Atlas rakovinového genomu - The Cancer Genome Atlas

Atlas rakovinového genomu (TCGA) je projekt, který byl zahájen v roce 2005 a jehož součástí je katalogizace genetické mutace zodpovědný za rakovina, použitím sekvenování genomu a bioinformatika.[1][2] Platí TCGA vysoce výkonné techniky analýzy genomu zlepšit schopnost diagnostikovat, léčit a předcházet rakovině prostřednictvím lepšího pochopení genetického základu této nemoci.

TCGA je pod dohledem Národní onkologický institut je Centrum pro genomiku rakoviny a Národní institut pro výzkum lidského genomu financován vládou USA. Tříletý pilotní projekt, zahájený v roce 2006, se zaměřil na charakterizaci tří typů rakoviny člověka: glioblastoma multiforme, plíce, a rakovina vaječníků.[3] V roce 2009 expandovala do fáze II, která plánovala dokončit genomovou charakterizaci a sekvenční analýzu 20–25 různých typů nádorů do roku 2014. TCGA tento cíl překonala a charakterizovala 33 typů rakoviny včetně 10 vzácných druhů rakoviny.[4][5] Financování je rozděleno mezi centra pro charakterizaci genomu (GCC), která provádějí sekvenování, a centra pro analýzu genomových dat (GDAC), která provádějí bioinformatické analýzy.

Projekt naplánoval 500 vzorků pacientů, což je více než většina studií genomiky, a pro analýzu vzorků pacientů byly použity různé techniky. Mezi techniky patří profilování genové exprese, variace počtu kopií profilování, Genotypizace SNP, široký genom Methylace DNA profilování, mikroRNA profilování a exon sekvenování alespoň 1 200 genů. TCGA sekvenoval celé genomy některých nádorů, včetně alespoň 6 000 kandidátských genů a sekvencí mikroRNA. Toto cílené sekvenování provádějí všechna tři centra sekvenování pomocí technologie hybridního snímání. Ve fázi II prováděla TCGA sekvenování celého exomu a celého transkriptomu na 100% případů a sekvenování celého genomu na 10% případů použitých v projektu.

Cíle

Cílem pilotního projektu bylo prokázat, že tým vědců z různých institucí může využít pokročilé genomové technologie ke generování statisticky a biologicky významných závěrů z generovaného souboru genomových dat.[6] Během pilotní fáze byly zkoumány dva typy nádorů, Glioblastoma Multiforma (GBM) a cystadenokarcinom z vaječníků. Cílem TCGA Phase II je rozšířit úspěch v pilotním projektu na více typů rakoviny a poskytnout velký, statisticky významný soubor dat pro další objev.

Řízení

TCGA je společně řízena vědci a manažery z National Cancer Institute (NCI) a National Human Genome Research Institute (NHGRI). S rozšířením TCGA z pilotní fáze do fáze II v říjnu 2009 vytvořil NCI programovou kancelář TCGA. Dr. Jean Claude Zenklusen je ředitelem kanceláře od srpna 2013. Tato kancelář je odpovědná za provoz šesti středisek pro charakterizaci genomu, sedmi středisek pro analýzu genomu, základního zdroje biospecimenu, střediska pro koordinaci dat a přibližně jedné třetiny sekvenování provedené pro projekt třemi centry pro sekvenování genomu.[7] Kromě toho byla projektová kancelář TCGA odpovědná za koordinaci akumulace tkání pro TCGA. Dr. Carolyn Hutter, projektová manažerka pro NHGRI, řídí dvě třetiny sekvenování v Centrech pro sekvenování genomu.

Projekt je řízen projektovým týmem složeným z členů z NCI a NHGRI. Tento tým spolu s hlavními vyšetřovateli financovanými z projektu tvoří řídící výbor. Řídící výbor má za úkol dohlížet na vědeckou platnost projektu, zatímco projektový tým NCI / NHGRI zajišťuje, aby byl splněn vědecký pokrok a cíle projektu, projekt byl dokončen včas a na základě rozpočtu a koordinace různých složek projektu. projekt.

Nárůst tkáně

Požadavky na tkáně se lišily od typu tkáně k typu tkáně a od typu rakoviny k typu rakoviny. Odborníci na nemoci z pracovních skupin pro nemoci v rámci projektu pomohli definovat vlastnosti typických vzorků tkáně, které se ve Spojených státech označují jako „standard péče“, a jak může TCGA tkáň nejlépe využít. Například Onemocnění mozku Pracovní skupina určila, že vzorky obsahující více než 50% nekróza by nebylo vhodné pro TCGA a že v životaschopné části nádoru bylo zapotřebí 80% nádorových jader. TCGA postupovala podle některých obecných pokynů jako výchozího bodu pro odběr vzorků z jakéhokoli typu nádoru. Patří mezi ně minimálně 200mg co do velikosti, ne méně než 80% nádorových jader a odpovídající zdroj zárodečná linie DNA (jako je krev nebo purifikovaná DNA ). Instituce předkládající tkáně TCGA musí navíc mít minimální soubor klinických údajů, jak je definuje pracovní skupina pro choroby, podepsané souhlasy, které byly schváleny IRB jejich instituce, a také smlouva o převodu materiálu s TCGA.

V roce 2009 NCI odstranilo přibližně 130 milionů USD z ARRA z „Prime Contract“ NCI se společností Science Applications International Corporation (SAIC) na financování akumulace tkáně a řady dalších aktivit prostřednictvím NCI Office of Acquisition. 42 milionů USD bylo k dispozici na nahromadění tkáně prostřednictvím NCI pomocí „Žádostí o nabídky“ (RFQ) a „Žádostí o návrhy“ (RFP) ke generování nákupních objednávek a smluv. RFQ byly primárně použity pro sběr retrospektivních vzorků od zavedených bank, zatímco RFP jsou použity pro prospektivní sběr vzorků. TCGA dokončila odběr vzorků v prosinci 2013 s téměř 20 000 biospecimeny.[8]

Instituce, které přispívají vzorky do TCGA, jsou placeny a mají přístup k molekulárním údajům generovaným na jejich vzorcích, přičemž udržují spojení mezi jedinečným identifikátorem TCGA a jejich vlastním jedinečným identifikátorem. To umožňuje přispívajícím institucím propojit se s klinickými údaji o jejich vzorcích a navázat spolupráci s jinými institucemi, které mají podobné údaje o vzorcích TCGA, čímž se zvyšuje síla analýzy výsledků.

Organizace

TCGA má řadu různých typů center, která jsou financována za účelem generování a analýzy dat. TCGA je první rozsáhlý genomický projekt financovaný NIH, který zahrnuje významné zdroje pro bioinformatický objev. NCI věnoval 50% prostředků přidělených TCGA, přibližně 12 milionů USD / rok, na financování bioinformatického objevu. Centra charakterizace genomu a centra sekvenování genomu generují data. Data pro bioinformatický objev využívají dva typy center pro analýzu genomových dat. Dvě centra jsou financována za účelem izolace biomolekul ze vzorků pacientů a jedno centrum je financováno za účelem ukládání dat. Další informace o organizaci projektu TCGA najdete v části http://cancergenome.nih.gov/newsevents/multimedialibrary/interactives/howitworks.

Biospecimen základní zdroj

Biospecimen Core Resource (BCR) je zodpovědný za ověřování kvality a množství tkáně dodávané místy tkáňových zdrojů, izolaci DNA a RNA ze vzorků, kontrolu kvality těchto biomolekul a dodávku vzorků do GSC a GCC. Konsorcium International Genomics Consortium získalo zakázku na zahájení BCR pro pilotní projekt. Na začátku celého projektu byly ze strany NCI financovány dva BCR: Celostátní dětská nemocnice a International Genomics Consortium. BCR byly přepočítány s termínem pro podání návrhů 4. června 2010 a zakázku získala Celostátní dětská nemocnice.[9]

Centra sekvenování genomu

NCI a NHGRI spolufinancovaly tři centra pro sekvenování genomu: Široký institut, McDonnell Genome Institute na Washington University a Baylor College of Medicine. Všechna tři z těchto sekvenčních center přešla od Sangerova sekvenování k sekvenování nové generace (NGS), ačkoliv jsou současně implementovány různé technologie NGS.

Centra charakterizace genomu

NCI financovala sedm charakterizačních center genomu: Broad Institute, Harvard, University of North Carolina, MD Anderson Cancer Center, Van Andel Institute, Baylor College of Medicine a British Columbia Cancer Center.

Datové koordinační centrum

Centrum pro koordinaci dat je centrálním úložištěm pro data TCGA. Je také odpovědný za kontrolu kvality dat vstupujících do databáze TCGA. DCC také udržuje datový portál TCGA, kde uživatelé přistupují k datům TCGA. Tato práce je prováděna na základě smlouvy bioinformatickými vědci a vývojáři z SRA International, Inc. DCC nehostuje nižší úrovně sekvenčních dat. NCI Centrum pro genomiku rakoviny (CGHub) je zabezpečené úložiště pro ukládání, katalogizaci a přístup k datům souvisejícím se sekvencemi. Tato práce je prováděna na základě smlouvy vědci a zaměstnanci v University of California, Santa Cruz.

Centra pro analýzu dat genomu

Sedm center pro analýzu dat genomu financovaných NCI / NHGRI je zodpovědných za integraci dat napříč všemi centry charakterizace a sekvenování, jakož i biologickou interpretaci dat TCGA. Mezi GDAC patří The Broad Institute, University of North Carolina, Oregon Health and Science University, University of California at Santa Cruz, MD Anderson Cancer Center, Memorial Sloan Kettering Cancer Center a The Institute for Systems Biology. Všech sedm GDAC pracuje společně na vývoji analytického kanálu pro automatizovanou analýzu dat.

Nádory

Předběžný seznam nádorů pro studium TCGA byl vytvořen kompilací statistik výskytu a přežití z webových stránek SEER Cancer Statistic. Při výběru top 25 typů nádorů byl navíc zohledněn současný americký standard „péče“, protože TCGA se zaměřuje na typy nádorů, kde je standardem péče resekce před doplňkovou léčbou. Dostupnost vzorků také hraje rozhodující roli při určování, které typy nádorů se mají studovat, a pořadí, ve kterém jsou zahájeny projekty nádorů. Čím častější je nádor, tím je pravděpodobnější, že se vzorky rychle nashromáždí, což povede k tomu, že se první typy nádorů, které se do projektu dostaly, staly běžnými typy nádorů, jako je rakovina tlustého střeva, plic a prsu, před vzácnými typy nádorů.

TCGA cílené nádory: spinocelulární karcinom plic, ledvinový papilární karcinom, jasný karcinom ledviny, duktální karcinom prsu, karcinom ledvin, rakovina děložního hrdla (šupinatá), adenokarcinom tlustého střeva, adenokarcinom žaludku, rektální karcinom, hepatocelulární karcinom Spinocelulární karcinom hlavy a krku (orální), karcinom štítné žlázy, uroteliální karcinom močového měchýře - nepapilární korpus dělohy (karcinom endometria ), duktální adenokarcinom pankreatu, Akutní myeloidní leukémie, adenokarcinom prostaty, adenokarcinom plic, kožní melanom, lobulární karcinom prsu a gliom nižšího stupně, karcinom jícnu, ovariální serózní cystadenokarcinom, spinocelulární karcinom plic, adrenokortikální karcinom, Difúzní velký B-buněčný lymfom, paraganglioma & feochromocytom, cholangiokarcinom, karcinosarkom dělohy, uveální melanom, thymom, sarkom, mezoteliom, a rakovina zárodečných buněk varlat.

TCGA nashromáždil vzorky pro všechny tyto typy nádorů současně. Jakmile byly vzorky k dispozici, byly do výroby uvedeny typy nádorů s největším počtem nashromážděných vzorků. U vzácnějších typů nádorů, typů nádorů, u nichž je obtížné získat vzorky, au typů nádorů, u nichž TCGA nedokáže identifikovat zdroj vysoce kvalitních vzorků, vstoupily tyto typy rakoviny do „produkčního potrubí TCGA“ ve druhém roce projektu. To poskytlo TCGA Program Office více času na získání dostatečných vzorků pro projekt.

Publikace

Pokrok k 7. prosinci 2017
Typ rakoviny studovánFinále

Počet analyzovaný v originálním popisovacím papíru

Data jsou veřejně dostupnáNálezy analýzy TCGA
Glioblastoma Multiforme206XGBM subtypy Classical, Mesenchymal and Proneural are defined by EGFR, NF1, a PDGFRA/IDH1 mutace;[10] více než 40% nádorů má mutace v genech modifikujících chromatin;[11] další často mutované geny zahrnují TP53, PlK3R1, PIK3CA, IDH1, PTEN, RB1, LZTR1[12]
Gliom nižšího stupně293XDefinované tři podtypy korelovaly s výsledky pacientů: IDH1 mutant s odstraněním 1p / 19q, IDH mutant bez delece 1p / 19q a IDH divoký typ; IDH divoký typ je genomicky podobný glioblastomu[13]
Lobulární karcinom prsu203XLobulární karcinom odlišný od duktálního karcinomu; FOXA1 zvýšené v lobulárním karcinomu, GATA3 zvýšené u duktálního karcinomu; lobulární karcinom obohacený o PTEN ztráta a aktivace Akt[14][15]
Duktální karcinom prsu784XČtyři odlišné genomové podtypy: bazální, Her2, luminální A, luminální B; nejběžnější mutace ovladače TP53, PIK3CA, GATA3; bazální podtyp podobný serózní rakovině vaječníků[14]
Kolorektální adenokarcinom276XRakoviny tlustého střeva a konečníku mají podobné genomové profily; hypermutovaný podtyp (16% vzorků) většinou nalezený v pravém tlustém střevě a spojený s příznivou prognózou; nové potenciální ovladače: ARlD1A, SOX9, FAM123B/WTX; nadměrná exprese: ERBB2, IGF2; mutace v dráze WNT[16]
Adenokarcinom žaludku295XByly identifikovány čtyři podtypy: EBV charakterizovaná infekcí virem Epstein-Barr, MSI (mikrosatelitní nestabilita) charakterizovaná hypermutací, GS charakterizovaná genomovou stabilitou, CIN charakterizovaná chromozomální nestabilitou; CIN obohacený o mutace v tyrosin kinázách[17]
Karcinom jícnu164XSpinocelulární buňka a adenokarcinom jsou molekulárně odlišné; spinocelulární karcinomy byly podobné spinocelulárním karcinomům hlavy a krku a měly časté amplifikace CCND1, SOX2 a TP63; adenokarcinomy byly podobné chromozomálně nestabilnímu adenokarcinomu žaludku a měly časté amplifikace v ERBB2, VEGFA, GATA4 a GATA6[18]
Sérový cystadenokarcinom vaječníků489XMutace v TP53 došlo v 96% studovaných případů;[19] mutace v BRCA1 a BRCA2 se vyskytly v 21% případů a byly spojeny s příznivějšími výsledky[20]
Karcinom endometria děložního těla373XKlasifikované rakoviny endometria do čtyř kategorií: PÓL ultramutovaný, MSI (mikrosatelitní nestabilita) hypermutovaný, nízký počet kopií a vysoký počet kopií; serózní karcinomy dělohy byly podobné serózním a bazálním karcinomům prsu jako vaječníky a měly méně příznivé prognózy než endometrioidní karcinomy dělohy.[21]
Cervikální spinocelulární karcinom a adenokarcinom228XIdentifikace HPV negativních endometriálních karcinomů děložního hrdla s mutacemi v KRAS, ARID1A, a PTEN geny; zesílení CD274 a PDCD1LG2 geny imunitního kontrolního bodu; změny genů včetně MED1, ERBB3, CASP8, HLA-A, a TGFBR2 a fúze zahrnující lncRNA BCAR4; téměř tři čtvrtiny vzorků měly změny v jedné nebo obou signálních drahách PI3K / MAPK a TGF-beta[22]
Spinocelulární karcinom hlavy a krku279XIdentifikované genomové rysy rakoviny související s HPV a kouřením: HPV-pozitivní charakterizované zkráceným nebo odstraněným TRAF3, HPV-negativní charakterizované společnou amplifikací 11q13 a 11q22, charakterizované kouřením TP53 mutace, CDKN2A deaktivace a změny počtu kopií[23]
Karcinom štítné žlázy496XVětšinu řídí RAS nebo mutace BRAFV600E; nádory řízené těmito mutacemi jsou odlišné[24]
Akutní myeloidní leukémie200XNízká mutační zátěž, pouze 13 kódujících mutací v průměru na nádor; klasifikované události řidiče do devíti kategorií včetně fúzí transkripčních faktorů, mutací modifikujících histon, mutací spliceosomu a dalších[25]
Kožní melanom331XStanovené čtyři podtypy: BRAF mutant, RAS mutant, NF1 mutant a trojitý divoký typ na základě mutací řidiče; vyšší úrovně infiltrace imunitních lymfocytů korelovaly s lepším přežitím pacientů[26]
Adenokarcinom plic230XVysoká zátěž mutací; 76% nádorů prokázalo aktivaci receptorových tyrosinkinázových drah[27]
Spinocelulární karcinom plic178XVysoký průměrný počet mutací a aberace počtu kopií; jako ovariální serózní cystadenokarcinom téměř všechny plicní spinocelulární karcinomy obsahovaly mutaci TP53; mnoho nádorů obsahovalo inaktivující mutace v HLA-A které mohou rakovině pomoci vyhnout se imunitní detekci[28]
Čistý buněčný renální buněčný karcinom446XZahrnuty jsou běžně mutované geny VHL podílí se na snímání kyslíku, SED2 podílí se na epigenetických modifikacích vedoucích ke globální hypomethylaci a genům dráhy PI3K / AKT / mTOR; metabolický posun podobný „Warburgovu efektu“ koreluje se špatnou prognózou[29]
Ledvinový papilární karcinom161X81% nádorů typu 1 obsahovalo změnu MET; genomové profily nádorů typu 2 byly heterogenní, se změnami CDKN2A, SETD2, TFE3 nebo zvýšenou expresí dráhy NRF2 – ARE; ztráta exprese CDKN2A a fenotyp metylace ostrova CpG byly spojeny se špatným výsledkem[30]
Invazivní uroteliální rakovina močového měchýře131XKouření je spojeno se zvýšeným rizikem; často mutované geny zahrnují TP53, který byl inaktivován u 76% nádorů a ERBB2 (HER2), geny v dráhách receptorové tyrosinkinázy (RTK) / RAS se změnily u 44% nádorů;[31]
Adenokarcinom prostaty333XVysoce heterogenní s 26% vzorků poháněných neznámými molekulárními změnami; Sedm podtypů definovaných fúzí nebo mutacemi genu transkripčního faktoru ETS v SPOP, FOXA1nebo IDH1; použitelné léze v opravných drahách PI3K, MAPK a DNA[32]
Chromofobní renální buněčný karcinom66XExtrémně nízká zátěž mutací; karcinom pochází z distálnějších oblastí ledvin ve srovnání s jasným buněčným karcinomem, který je primárně z proximálních oblastí; metabolický posun odlišný od posunu „Warburgova efektu“ pozorovaného u karcinomu jasných buněk; TP53 a PTEN geny potlačující nádory byly často mutovány; TERT promotor genu byl často měněn[33]
Adrenokortikální karcinom91XNadměrná exprese IGF2mutace v TP53, PRKAR1A a další geny a změny počtu kopií byly běžnými znaky; hypoploidie následovaná zdvojnásobením celého genomu může být hnacím mechanismem vývoje nádoru[34]
Paraganglioma a feochromocytom173XČtyři odlišné podtypy: Wnt-alterovaná, kortikální směs, pseudohypoxie a kinázová signalizace; Fúzní gen MAML3 a somatická mutace CSDE1 definují a řídí špatnou prognózu, Wnt-změněný podtyp[35]
Cholangiokarcinom38XNízká exprese genů CDKN2, BAP1 a ARID1 a nadměrná exprese genů FGFR2 a IDH1 / 2; čtyři podtypy, jeden podtyp charakterizovaný změnami v IDH, umlčením ARID1A a nízkou expresí dalších modifikátorů chromatinu a vysokou expresí mitochondriálních genů; další podtyp charakterizovaný mutacemi BAP1 a fúzí genu FGFR2; rakovina může existovat v kontinuálním spektru s podmnožinou jaterních karcinomů s mutacemi IDH nebo FGFR[36]
Hepatocelulární karcinom jater363XMutace promotoru TERT, identifikované u 44% nádorů, spojené se zvýšeným prodloužením telomer a umlčením CDKN2A; TP53 běžně mutovaný nebo nedostatečně exprimovaný; CTNNBB1 významně mutoval; mnoho nádorů s vysokou úrovní infiltrace lymfocytů nebo overexprimovaných imunitních kontrolních bodů geny CTLA4, PD-1 a PD-L1[37]
Duktální adenokarcinom pankreatu150XPoužito hluboké a cílené sekvenování pro lepší analýzu nízké neoplastické buněčnosti; Mutace KRAS přítomné v 93% nádorů; mutace v RREB1 nebo jiných členech signální dráhy RAS-MAPK[38]
Karcinosarkom dělohy57XZjistil silný a různorodý stupeň epiteliálně-mezenchymálního přechodu; Mutace TP53 přítomné v 91% vzorků; změny v PI3K přítomné v polovině vzorků[39]
Uvealní melanom80XKomplexní mutace v BAP1; identifikované odlišné dělení subtypů disomie 3 (D3) a monosomie 3 (M3); v M3 mají vzájemně se vylučující mutace EIF1AX a SRSF2 / SF3B1 odlišné methylační profily a prognózy[40]
Thymoma124X
Sarkom206XTP53, ATRX a RB1 mezi několika geny opakovaně mutovanými napříč typy sarkomů; změny počtu kopií se často vyskytovaly u komplexních karyotypových sarkomů, které ovlivňovaly buněčný cyklus p53 a RB1 a další dráhy; synoviální sarkomové sarkomy exprimovaly fúze v SSX1 nebo SSX2 a TERT; U dediferencovaného liposarkomu je amplifikace JUN spojena s horším přežitím; pozměněná dráha PI3K-AKT-mTOR v leiomyosarkomu; nediferencovaný pleomorfní sarkom a myxofibrosarkom mohou být způsobeny změnami v cestě hrocha[41]
Mezoteliom87X
Rakovina zárodečných buněk varlat150X

Glioblastoma multiforme

V roce 2008 TCGA zveřejnila své první výsledky dne Glioblastoma multiforme (GBM) v Příroda.[42] Tyto první výsledky byly publikovány na 91 párech nádor-normální pár. Zatímco pro studii bylo odebráno 587 biospecimenů, většina byla během kontroly kvality odmítnuta: vzorky nádoru musely obsahovat alespoň 80% nádorových jader a ne více než 50% nekrózy a sekundární hodnocení patologie muselo souhlasit s tím, že původní diagnóza GBM bylo přesné. Poslední šarže vzorků byla vyloučena, protože shromážděná DNA nebo RNA nebyla dostatečně kvalitní nebo kvantitativní, aby mohla být analyzována všemi různými platformami použitými v této studii.

Všechna data z příspěvku, jakož i údaje, které byly shromážděny od publikace, jsou veřejně dostupné v Centru pro koordinaci dat (DCC) pro veřejný přístup.[43]Většina dat TCGA má zcela otevřený přístup, s výjimkou dat, která by mohla potenciálně identifikovat konkrétní pacienty. K těmto klinicky kontrolovaným datům lze přistupovat prostřednictvím aplikace k Výboru pro přístup k datům (DAC), který hodnotí, zda je koncový uživatel bona fide výzkumník a žádá oprávněnou vědeckou otázku, která si zaslouží přístup k datům na úrovni jednotlivce.[44] Tento proces je podobný jako u jiných programů financovaných NIH, včetně dbGAP.

Od zveřejnění prvního značkovacího papíru předložilo několik analytických skupin v síti TCGA podrobnější analýzu glioblastom data. Analytická skupina vedená Roelem Verhaakem, PhD, Katie Hoadleyovou, PhD a Neilem Hayesem, úspěšně korelovala gliom podtypy genové exprese s genomickými abnormalitami.[45] The Methylace DNA tým pro analýzu dat vedený Houtanem Noushmehrem, PhD a Peterem Lairdem, PhD, identifikovali odlišnou podmnožinu gliom vzorky, které vykazují koordinovanou hypermethylaci u velkého počtu lokusů, což naznačuje existenci gliomu-Fenotyp methylátoru ostrova CpG (G-CIMP ). G-CIMP nádory patří do náchylné podskupiny a byly s nimi úzce spojeny IDH1 somatické mutace.[46][47]

Serózní vaječník

Počínaje novou éru v sekvenování rakovinového genomu, TCGA informovala o exome sekvenování 316 nádorových vzorků vysoce kvalitního serózního ovariálního karcinomu u Příroda v červnu 2011.[48]

Kolorektální karcinom

TCGA informovala o sekvenování exomu a analýze genové exprese 276 vzorků nádorů tlustého střeva a konečníku, včetně sekvenování celého genomu 97 vzorků, v Příroda v červenci 2012.[49] Nedávno byla databáze známá jako Atlas rakoviny tlustého střeva (http://colonatlas.org ) byla vyvinuta integrace genomových a proteomických údajů týkajících se tkání kolorektálního karcinomu z TCGA a buněčných linií.

Stav k roku 2013: mutační prostředí 12 běžných podtypů rakoviny

V roce 2013 TCGA zveřejnila popis „mutační krajiny“ definované jako často se opakující mutace identifikované z sekvenování exome 3 281 nádorů z 12 běžně se vyskytujících podtypů rakoviny. Dvanáct studovaných podtypů bylo adenokarcinom prsu, adenokarcinom plic, spinocelulární karcinom plic, karcinom endometria, glioblastoma multiforme, spinocelulární karcinom hlavy a krku, rakovina tlustého střeva, rakovina konečníku, rakovina močového měchýře, ledviny jasný buněčný karcinom, ovariální karcinom a akutní myeloidní leukémie.[50]

Viz také

Reference

  1. ^ „Domovská stránka Atlasu rakoviny genomu“. NCI a NHGRI. Citováno 2009-04-28.
  2. ^ NIH zahajuje projekt genomu rakoviny Washington Post 14. prosince 2005
  3. ^ Daniela S. Gerhard (2008-05-27). „TCGA posouvá molekulární onkologii vpřed“. Bulletin o rakovině NCI, aktualizace ředitele. Národní onkologický institut. Citováno 2009-08-27.
  4. ^ „Rakoviny vybrané pro studium“. Atlas rakovinového genomu - National Cancer Institute. Citováno 2015-11-02.
  5. ^ „Projekty charakterizace vzácných nádorů“. Atlas rakovinového genomu - National Cancer Institute. Citováno 2015-11-02.
  6. ^ McLendon, R .; Friedman, Allan; Bigner, Darrell; Van Meir, Erwin G .; Brat, Daniel J .; M. Mastrogianakis, Gena; Olson, Jeffrey J .; Mikkelsen, Tom; et al. (2008-10-23). „Komplexní genomová charakterizace definuje geny lidského glioblastomu a základní cesty“. Příroda. 455 (7216): 1061–1068. doi:10.1038 / nature07385. PMC  2671642. PMID  18772890.
  7. ^ „2015 Sammies Winner: People's Choice Award“. Service to America Medals. Citováno 2015-10-15.
  8. ^ „Historie a časová osa“. Atlas rakovinového genomu - National Cancer Institute. Citováno 2015-11-02.
  9. ^ „Datový portál Atlas genomu rakoviny: Základní zdroj biospecimenu“. NCI a NHGRI. Citováno 2014-01-24.
  10. ^ Verhaak, Roel G.W .; Hoadley, Katherine A .; Purdom, Elizabeth; Wang, Victoria; Qi, Yuan; Wilkerson, Matthew D .; Miller, C. Ryan; Ding, Li; Golub, Todde (2010-01-19). „Integrovaná genomová analýza identifikuje klinicky relevantní podtypy glioblastomu charakterizované abnormalitami v PDGFRA, IDH1, EGFR a NF1“. Rakovinová buňka. 17 (1): 98–110. doi:10.1016 / j.ccr.2009.12.020. ISSN  1535-6108. PMC  2818769. PMID  20129251.
  11. ^ Brennan, Cameron W .; Verhaak, Roel G. W .; McKenna, Aaron; Campos, Benito; Noushmehr, Houtan; Salama, Sofie R .; Zheng, Siyuan; Chakravarty, Debyani; Sanborn, J. Zachary (10. 10. 2013). „Somatická genomová krajina glioblastomu“. Buňka. 155 (2): 462–477. doi:10.1016 / j.cell.2013.09.034. ISSN  1097-4172. PMC  3910500. PMID  24120142.
  12. ^ McLendon, Roger; Friedman, Allan; Bigner, Darrell; Meir, Erwin G. Van; Brat, Daniel J .; Mastrogianakis, Gena M .; Olson, Jeffrey J .; Mikkelsen, Tom; Lehman, Norman (23.10.2008). „Komplexní genomová charakterizace definuje geny lidského glioblastomu a základní cesty“. Příroda. 455 (7216): 1061–1068. doi:10.1038 / nature07385. ISSN  0028-0836. PMC  2671642. PMID  18772890.
  13. ^ Síť pro výzkum atomu rakoviny genomu; Brat, D. J .; Verhaak, R. G .; Aldape, K. D .; Yung, W. K.; Salama, S. R .; Cooper, L. A .; Rheinbay, E .; Miller, C. R.; Vitucci, M .; Morozova, O .; Robertson, A. G .; Noushmehr, H .; Laird, P. W .; Cherniack, A. D .; Akbani, R .; Huse, J. T .; Ciriello, G .; Poisson, L. M .; Barnholtz-Sloan, J. S .; Berger, M. S .; Brennan, C .; Colen, R. R .; Colman, H .; Flanders, A.E .; Giannini, C .; Grifford, M .; Iavarone, A .; Jain, R .; et al. (2015-06-25). „Komplexní, integrativní genomická analýza difúzních gliomů nižšího stupně“. New England Journal of Medicine. 372 (26): 2481–2498. doi:10.1056 / NEJMoa1402121. ISSN  0028-4793. PMC  4530011. PMID  26061751.
  14. ^ A b Network, The Cancer Genome Atlas (04.10.2012). „Komplexní molekulární portréty lidských nádorů prsu“. Příroda. 490 (7418): 61–70. doi:10.1038 / příroda11412. ISSN  0028-0836. PMC  3465532. PMID  23000897.
  15. ^ Ciriello, Giovanni; Gatza, Michael L .; Beck, Andrew H .; Wilkerson, Matthew D .; Rhie, Suhn K .; Pastore, Alessandro; Zhang, Hailei; McLellan, Michael; Yau, Christina (2015-08-10). „Komplexní molekulární portréty invazivního lobulárního karcinomu prsu“. Buňka. 163 (2): 506–519. doi:10.1016 / j.cell.2015.09.033. ISSN  0092-8674. PMC  4603750. PMID  26451490.
  16. ^ Network, The Cancer Genome Atlas (2012-07-19). „Komplexní molekulární charakterizace lidského karcinomu tlustého střeva a konečníku“. Příroda. 487 (7407): 330–337. doi:10.1038 / příroda11252. ISSN  0028-0836. PMC  3401966. PMID  22810696.
  17. ^ Bass, Adam J .; Thorsson, Vesteinn; Shmulevich, Ilya; Reynolds, Sheila M .; Miller, Michael; Bernard, Brady; Hinoue, Toshinori; Laird, Peter W .; Curtis, Christina (2014-07-23). "Komplexní molekulární charakterizace adenokarcinomu žaludku". Příroda. 513 (7517): 202–209. doi:10.1038 / příroda13480. PMC  4170219. PMID  25079317.
  18. ^ Kim, Jihun; Bowlby, Reanne; Mungall, Andrew J .; Robertson, A. Gordon; Odze, Robert D .; Cherniack, Andrew D .; Shih, Juliann; Pedamallu, Chandra Sekhar; Cibulskis, Carrie (04.01.2017). „Integrovaná genomová charakterizace karcinomu jícnu“. Příroda. 541 (7636): 169–175. doi:10.1038 / příroda20805. ISSN  1476-4687. PMC  5651175. PMID  28052061.
  19. ^ Bell, D .; Berchuck, A .; Birrer, M .; Chien, J .; Cramer, D. W .; Dao, F .; Dhir, R .; Disaia, P .; Gabra, H .; Glenn, P .; Godwin, A. K .; Gross, J .; Hartmann, L .; Huang, M .; Huntsman, D. G .; Iacocca, M .; Imielinski, M .; Kalloger, S .; Karlan, B. Y .; Levine, D. A .; Mills, G. B .; Morrison, C .; Mutch, D .; Olvera, N .; Orsulic, S .; Park, K .; Petrelli, N .; Rabeno, B .; Rader, J. S .; et al. (2011-06-29). „Integrovaná genomová analýza karcinomu ovaria“. Příroda. 474 (7353): 609–615. doi:10.1038 / příroda10166. ISSN  0028-0836. PMC  3163504. PMID  21720365.
  20. ^ Bolton, Kelly L .; Chenevix-Trench, G .; Goh, C .; Sadetzki, S .; Ramus, S.J .; Karlan, B. Y .; Lambrechts, D .; Despierre, E .; Barrowdale, D .; McGuffog, L .; Healey, S .; Easton, D. F .; Sinilnikova, O .; Benítez, J .; García, M. J .; Neuhausen, S .; Gail, M. H .; Hartge, P .; Peock, S .; Frost, D .; Evans, D. G .; Eeles, R .; Godwin, A. K .; Daly, M. B .; Kwong, A .; Ma, E. S .; Lázaro, C .; Blanco, I .; Montagna, M .; et al. (2012-01-25). „Asociace mezi mutacemi brca1 a brca2 a přežití u žen s invazivním epiteliálním karcinomem vaječníků“. JAMA. 307 (4): 382–389. doi:10.1001 / jama.2012.20. ISSN  0098-7484. PMC  3727895. PMID  22274685.
  21. ^ Network, The Cancer Genome Atlas Research (2013-05-02). „Integrovaná genomová charakterizace karcinomu endometria“. Příroda. 497 (7447): 67–73. doi:10.1038 / příroda12113. ISSN  0028-0836. PMC  3704730. PMID  23636398.
  22. ^ Síť pro výzkum atomu rakoviny genomu; Albert Einstein College of Medicine; Analytické biologické služby; Nemocnice pro rakovinu Barretos; Baylor College of Medicine; Beckman Research Institute of City of Hope; Buckův institut pro výzkum stárnutí; Kanadské centrum genomových věd Michaela Smitha; Harvard Medical School (2017-03-16). „Integrovaná genomová a molekulární charakterizace rakoviny děložního čípku“. Příroda. 543 (7645): 378–384. doi:10.1038 / nature21386. ISSN  1476-4687. PMC  5354998. PMID  28112728.
  23. ^ "Komplexní genomická charakterizace spinocelulárních karcinomů hlavy a krku". Příroda. 517 (7536): 576–582. 2015-01-29. doi:10.1038 / příroda14129. ISSN  0028-0836. PMC  4311405. PMID  25631445.
  24. ^ Agrawal, Nishant; Akbani, Rehan; Aksoy, B. Arman; Ally, Adrian; Arachchi, Harindra; Asa, Sylvia L .; Auman, J. Todd; Balasundaram, Miruna; Balu, Saianand (2014). "Integrovaná genomická charakterizace papilárního karcinomu štítné žlázy". Buňka. 159 (3): 676–690. doi:10.1016 / j.cell.2014.09.050. ISSN  0092-8674. PMC  4243044. PMID  25417114.
  25. ^ Síť pro výzkum atomu rakoviny genomu; Ley, Timothy J .; Miller, Christopher; Ding, Li; Raphael, Benjamin J .; Mungall, Andrew J .; Robertson, A. Gordon; Hoadley, Katherine; Triche, Timothy J. (2013-05-30). „Genomické a epigenomické krajiny dospělé de novo akutní myeloidní leukémie“. The New England Journal of Medicine. 368 (22): 2059–2074. doi:10.1056 / NEJMoa1301689. ISSN  1533-4406. PMC  3767041. PMID  23634996.
  26. ^ Síť Atlas rakoviny genomu (2015-06-18). "Genomická klasifikace kožního melanomu". Buňka. 161 (7): 1681–1696. doi:10.1016 / j.cell.2015.05.044. ISSN  1097-4172. PMC  4580370. PMID  26091043.
  27. ^ Collisson, Eric A .; Campbell, Joshua D .; Brooks, Angela N .; Berger, Alice H .; Lee, William; Chmielecki, Juliann; Pivo, David G .; Cope, Leslie; Creighton, Čad J .; Danilová, Ludmila; Ding, Li; Getz, Gad; Hammerman, Peter S .; Neil Hayes, D .; Hernandez, Bryan; Herman, James G .; Heymach, John V .; Jurisica, Igor; Kucherlapati, Raju; Kwiatkowski, David; Ladanyi, Marc; Robertson, Gordon; Schultz, Nikolaus; Shen, Ronglai; Sinha, Rileen; Sougnez, Carrie; Tsao, Ming-Sound; Travis, William D .; Weinstein, John N .; et al. (2014-07-31). "Komplexní molekulární profil adenokarcinomu plic". Příroda. 511 (7511): 543–550. doi:10.1038 / příroda13385. ISSN  0028-0836. PMC  4231481. PMID  25079552.
  28. ^ Network, The Cancer Genome Atlas Research (2012-09-27). „Komplexní genomická charakterizace spinocelulárních karcinomů plic“. Příroda. 489 (7417): 519–525. doi:10.1038 / příroda11404. ISSN  0028-0836. PMC  3466113. PMID  22960745.
  29. ^ Síť pro výzkum rakoviny Atomový genom (04.07.2013). "Komplexní molekulární charakterizace jasného buněčného karcinomu ledvin". Příroda. 499 (7456): 43–49. doi:10.1038 / příroda12222. ISSN  0028-0836. PMC  3771322. PMID  23792563.
  30. ^ Síť pro výzkum atomu rakoviny genomu; Linehan, W. Marston; Spellman, Paul T .; Ricketts, Christopher J .; Creighton, Čad J .; Fei, Suzanne S .; Davis, Caleb; Wheeler, David A .; Murray, Bradley A. (2016-01-14). "Komplexní molekulární charakterizace papilárního karcinomu ledvin a buněk". The New England Journal of Medicine. 374 (2): 135–145. doi:10.1056 / NEJMoa1505917. ISSN  1533-4406. PMC  4775252. PMID  26536169.
  31. ^ Síť pro výzkum atlasu genomu rakoviny (2014-03-20). "Komplexní molekulární charakterizace uroteliálního karcinomu močového měchýře". Příroda. 507 (7492): 315–322. doi:10.1038 / příroda12965. ISSN  0028-0836. PMC  3962515. PMID  24476821.
  32. ^ Síť pro výzkum atlasu rakoviny genomu (05.11.2015). „Molekulární taxonomie primárního karcinomu prostaty“. Buňka. 163 (4): 1011–1025. doi:10.1016 / j.cell.2015.10.025. ISSN  1097-4172. PMC  4695400. PMID  26544944.
  33. ^ Davis, Caleb F .; Ricketts, Christopher J .; Wang, Min; Yang, Lixing; Cherniack, Andrew D .; Shen, Hui; Buhay, Christian; Kang, Hyojin; Kim, Sang Cheol (08.09.2014). „Somatická genomická krajina chromofobního karcinomu ledvinových buněk“. Rakovinová buňka. 26 (3): 319–330. doi:10.1016 / j.ccr.2014.07.014. PMC  4160352. PMID  25155756.
  34. ^ Zheng, Siyuan; Cherniack, Andrew D .; Dewal, Ninad; Moffitt, Richard A .; Danilová, Ludmila; Murray, Bradley A .; Lerario, Antonio M .; Jinak Tobias; Knijnenburg, Theo A. (09.05.2016). "Komplexní pangenomická charakterizace adrenokortikálního karcinomu". Rakovinová buňka. 29 (5): 723–736. doi:10.1016 / j.ccell.2016.04.002. ISSN  1878-3686. PMC  4864952. PMID  27165744.
  35. ^ Fishbein, Lauren; Leshchiner, Ignaty; Walter, Vonn; Danilová, Ludmila; Robertson, A. Gordon; Johnson, Amy R .; Lichtenberg, Tara M .; Murray, Bradley A .; Ghayee, Hans K. (2017-02-13). "Komplexní molekulární charakterizace feochromocytomu a paragangliomu". Rakovinová buňka. 31 (2): 181–193. doi:10.1016 / j.ccell.2017.01.001. ISSN  1878-3686. PMC  5643159. PMID  28162975.
  36. ^ Farshidfar, Farshad; Zheng, Siyuan; Gingras, Marie-Claude; Newton, Julie; Shih, Juliann; Robertson, A. Gordon; Hinoue, Toshinori; Hoadley, Katherine A .; Gibb, Ewan A. (2017-03-14). „Integrativní genomická analýza cholangiokarcinomu identifikuje odlišné molekulární profily IDH-mutantů“. Zprávy buněk. 18 (11): 2780–2794. doi:10.1016 / j.celrep.2017.02.033. ISSN  2211-1247. PMC  5493145. PMID  28297679.
  37. ^ Síť pro výzkum atlasu genomu rakoviny. Elektronická adresa: [email protected]; Síť pro výzkum atlasu rakoviny genomu (2017-06-15). "Komplexní a integrativní genomická charakterizace hepatocelulárního karcinomu". Buňka. 169 (7): 1327–1341.e23. doi:10.1016 / j.cell.2017.05.046. ISSN  1097-4172. PMC  5680778. PMID  28622513.
  38. ^ Síť pro výzkum atlasu genomu rakoviny. Elektronická adresa: [email protected]; Síť pro výzkum rakoviny Atomový genom (2017-08-14). „Integrovaná genomická charakterizace duktálního adenokarcinomu pankreatu“. Rakovinová buňka. 32 (2): 185–203.e13. doi:10.1016 / j.ccell.2017.07.007. ISSN  1878-3686. PMC  5964983. PMID  28810144.
  39. ^ Cherniack, Andrew D .; Shen, Hui; Walter, Vonn; Stewart, Chip; Murray, Bradley A .; Bowlby, Reanne; Hu, Xin; Ling, Shiyun; Soslow, Robert A. (2017-03-13). "Integrovaná molekulární charakterizace děložního karcinosarkomu". Rakovinová buňka. 31 (3): 411–423. doi:10.1016 / j.ccell.2017.02.010. ISSN  1878-3686. PMC  5599133. PMID  28292439.
  40. ^ Robertson, A. Gordon; Shih, Juliann; Yau, Christina; Gibb, Ewan A .; Oba, Junna; Mungall, Karen L .; Hess, Julian M .; Uzunangelov, Vladislav; Walter, Vonn (2017-08-14). „Integrativní analýza identifikuje čtyři molekulární a klinické podskupiny uveálního melanomu“. Rakovinová buňka. 32 (2): 204–220.e15. doi:10.1016 / j.ccell.2017.07.003. ISSN  1878-3686. PMC  5619925. PMID  28810145.
  41. ^ Síť pro výzkum atlasu genomu rakoviny. Elektronická adresa: [email protected]; Síť pro výzkum rakoviny Atomový genom (02.11.2017). „Komplexní a integrovaná genomická charakterizace dospělých sarkomů měkkých tkání“. Buňka. 171 (4): 950–965.e28. doi:10.1016 / j.cell.2017.10.014. ISSN  1097-4172. PMC  5693358. PMID  29100075.
  42. ^ McLendon, Roger; Friedman, Allan; Bigner, Darrell; Van Meir, Erwin G .; Brat, Daniel J .; m. Mastrogianakis, Gena; Olson, Jeffrey J .; Mikkelsen, Tom; Lehman, Norman; Aldape, Ken; Alfred Yung, W. K .; Bogler, Oliver; Vandenberg, Scott; Berger, Mitchel; Prados, Michael; Muzny, Donna; Morgan, Margaret; Scherer, Steve; Sabo, Aniko; Nazareth, Lynn; Lewis, Lora; Hall, Otis; Zhu, Yiming; Ren, Yanru; Alvi, Omar; Yao, Jiqiang; Hawes, Alicia; Jhangiani, Shalini; Fowler, Gerald; et al. (Říjen 2008). „Komplexní genomová charakterizace definuje geny lidského glioblastomu a základní cesty“. Příroda. 455 (7216): 1061–8. doi:10.1038 / nature07385. PMC  2671642. PMID  18772890.
  43. ^ „Datový portál Atlas genomu rakoviny“. NCI a NHGRI. Citováno 2009-04-28.
  44. ^ „Datový portál Atlas genomu rakoviny“. Národní institut zdraví. Citováno 2. listopadu 2010.
  45. ^ Verhaak, Roel G.W .; Hoadley, Katherine A .; Purdom, Elizabeth; Wang, Victoria; Qi, Yuan; Wilkerson, Matthew D .; Miller, C. Ryan; Ding, Li; Golub, Todd; Mesirov, Jill P.; Alexe, Gabriele; Lawrence, Michael; O'Kelly, Michael; Tamayo, Pablo; Weir, Barbara A .; Gabriel, Stacey; Winckler, Wendy; Gupta, Supriya; Jakkula, Lakshmi; Feiler, Heidi S .; Hodgson, J. Graeme; James, C. David; Sarkaria, Jann N .; Brennan, Cameron; Kahn, Ari; Spellman, Paul T .; Wilson, Richard K.; Rychlost, Terence P.; Gray, Joe W .; Meyerson, Matthew; Getz, Gad; Perou, Charles M .; Hayes, D. Neil (2010). „Integrovaná genomová analýza identifikuje klinicky relevantní podtypy glioblastomu charakterizované abnormalitami v PDGFRA, IDH1, EGFR a NF1“. Rakovinová buňka. 17 (1): 98–110. doi:10.1016 / j.ccr.2009.12.020. PMC  2818769. PMID  20129251.
  46. ^ Noushmehr H; Weisenberger DJ; Diefes K; et al. (Květen 2010). „Identifikace fenotypu metylátoru ostrova CpG, který definuje odlišnou podskupinu gliomu“. Rakovinová buňka. 17 (5): 510–22. doi:10.1016 / j.ccr.2010.03.017. PMC  2872684. PMID  20399149.
  47. ^ „Podtyp gliomu s méně závažným výsledkem“. Citováno 6. března 2011.
  48. ^ Bell, D .; Berchuck, A .; Birrer, M .; Chien, J .; Cramer, D. W .; Dao, F .; Dhir, R .; Disaia, P .; Gabra, H .; Glenn, P .; Godwin, A. K .; Gross, J .; Hartmann, L .; Huang, M .; Huntsman, D. G .; Iacocca, M .; Imielinski, M.; Kalloger, S.; Karlan, B. Y.; Levine, D. A.; Mills, G. B .; Morrison, C .; Mutch, D.; Olvera, N.; Orsulic, S.; Park, K .; Petrelli, N.; Rabeno, B.; Rader, J. S.; et al. (2011). "Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma". Příroda. 474 (7353): 609–15. doi:10.1038/nature10166. PMC  3163504. PMID  21720365.
  49. ^ „Komplexní molekulární charakterizace lidského karcinomu tlustého střeva a konečníku“. Příroda. 487 (7407): 330–7. 2012. doi:10.1038 / příroda11252. PMC  3401966. PMID  22810696.
  50. ^ Kandoth C, McLellan MD, Vandin F, Ye K, Niu B, Lu C, Xie M, Zhang Q, McMichael JF, Wyczalkowski MA, Leiserson MD, Miller CA, Welch JS, Walter MJ, Wendl MC, Ley TJ, Wilson RK, Raphael BJ, Ding L (2013). „Mutační prostředí a význam u 12 hlavních typů rakoviny“. Příroda. 502 (7471): 333–9. doi:10.1038 / příroda12634. PMC  3927368. PMID  24132290.

externí odkazy