McDonnell Genome Institute - McDonnell Genome Institute

McDonnell Genome Institute
Založeno1993
Oblast výzkumu
ŘeditelJeffrey Milbrandt
UmístěníSt. Louis, Missouri
Přidružení
webová stránkagenom.wustl.edu
Umístění institutu McDonnell Genome Institute

McDonnell Genome Institute (Institut genomu Elizabeth H. a James S. McDonnell III) na Washingtonská univerzita v St. Louis, Missouri, je jedním ze tří NIH financované ve velkém měřítku sekvenování centra v Spojené státy.[1] Přidružený Lékařská fakulta Washingtonské univerzity a Alvin J. Siteman Cancer Center, McDonnell Genome Institute vytváří, testuje a implementuje nové přístupy ke studiu genomika s cílem porozumět lidskému zdraví a nemocem a také vývoj a biologie jiných organismů.

Dějiny

Založený v roce 1993, McDonnell Genome Institute, dříve Genome Sequencing Center a The Genome Institute, začínal jako klíčový hráč v Projekt lidského genomu, což v konečném důsledku přispívá více než 25 procenty hotové sekvence.[2] Po dokončení pracovního návrhu lidského genomu v roce 2000 a dokončené sekvence lidského genomu v roce 2003 obrátil McDonnell Genome Institute své schopnosti sekvenování a analýzy k určení genomů mnoha dalších organismů s cílem poskytnout první referenční sekvence pro tyto druhy .[3] V roce 2014 se občanští vůdci a dlouholetí filantropové Elizabeth H. a James S. McDonnell III zavázali 25 milionů $ na The Genome Institute, který byl přejmenován na Elizabeth H. a James S. McDonnell III Genome Institute na Washington University.[4]

Projekty

  • Atlas rakovinového genomu porovnává sekvence DNA dospělých pacientů s rakovinou a jejich nádorů za účelem identifikace genetických změn důležitých pro rakovinu.
  • Projekt lidského mikrobiomu sekvenuje genomy mikrobů podílejících se na lidském zdraví a nemocech.
  • Projekt 1000 genomů usiluje o katalogizaci nesmírné lidské variace zapsané do genetického kódu.
  • Washington University Cancer Genome Initiative poskytuje sekvenování stovek nádorových a normálních genomů vzorků.
  • Projekt pediatrického genomu rakoviny je spolupráce s Dětská výzkumná nemocnice St. Jude identifikovat genetické změny, které vedou k některým z nejsmrtelnějších dětských rakovin na světě.
  • Lékařské sekvenování se zaměřuje na sekvence z nemocí, jako jsou metabolické syndromy a poruchy související se zrakem, aby pomohly individualizovat léčbu pacientů.

Personál

McDonnell Genome Institute zaměstnává přes 300 fakult na plný úvazek a zaměstnance z různých oborů. Mezi hlavní zaměstnance patří:

Jeffrey Milbrandt, MD, PhD: Dr. Milbrandt je výkonným ředitelem McDonnell Genome Institute.

Činnosti

Opakování celého genomu: Skupina pro přepracování celého genomu se zaměřuje na vývoj a optimalizaci příjmu vzorků, sekvenování produkce a sekvenční analýzu pro genomický výzkum lidských nemocí, s hlavním důrazem na rakovinu.

De Novo Assembly: De Novo Assembly Group je zodpovědná za odebírání sekvenovaných kousků genomů různých druhů a jejich spojování pokud možno souvisle a přesně.

Mikrobiální genomika: Skupina mikrobiální genomiky představuje řadu aktivit od sekvenování jednotlivých bakterií přes populační genomické studie mikrobiálních druhů až po analýzu komplexních metagenomických vzorků.

Cílené opakování: Skupina Targeted Re-sequencing Group sekvenuje specifické oblasti genomů pomocí několika různých metod, včetně technik PCR a hybridní selekce.

Přepisy: Skupina transkriptomů pracuje na různých aspektech sekvenování a analýzy transkriptomů na základě sekvenování RNA nové generace.

Data

McDonnell Genome Institute zpřístupňuje veškerá sekvenční data výzkumné komunitě, dokud nebude provedena příslušná analýza kvality. Některé z těchto údajů jsou předběžné a podléhají opomenutím a chybám. Data se také mění na základě dostupnosti nových dat a verzí sestavení.

Podle NHGRI S ohledem na zásady uvolňování dat musí všichni uživatelé uznat jako zdroj dat McDonnell Genome Institute.[5]

Dosah

Outreach Department McDonnell Genome Institute bylo založeno v roce 2003 jako reakce na Národní institut pro výzkum lidského genomu Menšinový akční plán.[6] Od svého založení Outreach provozuje aktivity, které slouží ke vzdělávání studentů K-12 a široké komunity ohledně genomiky a role, kterou v této oblasti hraje McDonnell Genome Institute. Outreach hostil tisíce patronů prostřednictvím prohlídek, prezentací, vědeckých veletrhů a různých návštěv mimo místo. Oddělení zřídilo Opportunities in Genomics Research, jehož účelem je zvýšit počet nedostatečně zastoupených menšin, kteří získají doktorské tituly v oboru genomika / genetika. V rámci OGR byly implementovány dva programy, které poskytují výzkumné příležitosti pro vysokoškoláky (vysokoškoláci) a čerstvé absolventy vysokých škol (rozsáhlé studium).

Zařízení

McDonnell Genome Institute se nachází v kampusu Washington University School of Medicine v St. Louis, Missouri, na 4444 Forest Park Avenue. Je přístupný z Metrolink (Central West End Station).

McDonnell Genome Institute má samostatné datové centrum umístěné přes ulici na 222 Newstead Avenue. Datové centrum o rozloze 20 milionů dolarů a 16 000 čtverečních stop bylo postaveno s plně redundantními napájecími a chladicími systémy schopnými pojmout více než 100 stojanů výpočetních a úložných systémů s vysokou hustotou.

Datové centrum McDonnell Genome Institute je první „zelenou“ budovou v areálu School of Medicine a získalo Vedení v oblasti energetiky a životního prostředí (LEED) Status zlata americkou radou pro zelené budovy.[7] V datovém centru se také nachází dědictví o rozloze 110 metrů čtverečních2) serverovna vybavená zvýšenými podlahami, redundantním napájením a chlazením.

Reference

  1. ^ Arbanas, Caroline (30. listopadu 2006). „Centrum genomu dostává 156 milionů dolarů“. Washingtonská univerzita v St. Louis. Citováno 29. července 2012.
  2. ^ Purdy, Michael (21. října 2004). „Centrum genomu významně přispívá k„ dokončené “sekvenci lidského genomu.“. Washingtonská univerzita v St. Louis. Citováno 29. července 2012.
  3. ^ Dryden, Jim (23. dubna 2003). „Projekt lidského genomu dokončen“. Washingtonská univerzita v St. Louis. Citováno 29. července 2012.
  4. ^ Zaměstnanci časopisu Outlook. (1. dubna 2015). „New Name, New Era“. Washingtonská univerzita v St. Louis. Archivovány od originál 3. května 2015. Citováno 1.května, 2015.
  5. ^ „Opětovné potvrzení a rozšíření zásad rychlého uvolňování dat NHGRI“. genome.gov. Národní institut pro výzkum lidského genomu. Únor 2003. Citováno 29. července 2012.
  6. ^ „O menšinovém akčním plánu NHGRI“. genome.gov. Národní institut pro výzkum lidského genomu. 23. února 2012. Citováno 29. července 2012.
  7. ^ Arbanas, Caroline (21. října 2009). „Datové zařízení Genome Center získalo certifikaci LEED Gold“. Washingtonská univerzita v St. Louis. Citováno 29. července 2012.

externí odkazy

Souřadnice: 38 ° 38'13,7 "N 90 ° 15'24,8 "W / 38,637139 ° N 90,256889 ° W / 38.637139; -90.256889