TAF15 - TAF15

TAF15
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2MMY
Identifikátory
Aliasy	TAF15, Npl3, RBP56, TAF2N, TAFII68, faktor 15 související s proteinem vázajícím se na TATA
Externí ID	OMIM: 601574 MGI: 1917689 HomoloGene: 131088 Genové karty: TAF15
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 17 (lidský)
Konec	35,864,615 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 11 (myš)
Konec	83,506,743 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kovových iontů; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • jádro; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace přenosu signálu mediátorem třídy p53;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	8148
	70439
	ENSG00000270647; ENSG00000276833
	ENSMUSG00000020680
	Q92804
	n / a
	NM_003487; NM_139215
	NM_027427
	NP_003478; NP_631961
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein vázající TATA - související faktor 2N je protein že u lidí je kódován TAF15 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Zahájení transkripce RNA polymerázou II vyžaduje aktivity více než 70 polypeptidů. Protein, který koordinuje tyto aktivity, je transkripční faktor IID (TFIID), který se váže na promotor jádra, aby správně umístil polymerázu, slouží jako kostra pro sestavení zbytku transkripčního komplexu a působí jako kanál pro regulační signály. TFIID se skládá z proteinu vázajícího TATA (TBP) a skupiny evolučně konzervovaných proteinů známých jako faktory spojené s TBP nebo TAF. TAF se mohou účastnit bazální transkripce, sloužit jako koaktivátory, fungovat při rozpoznávání promotoru nebo modifikovat obecné transkripční faktory (GTF), aby se usnadnilo složité sestavení a zahájení transkripce. Tento gen kóduje podjednotku TFIID přítomnou v podskupině komplexů TFIID. Translokace zahrnující chromozom 17 a chromozom 9, kde se nachází gen pro jaderný receptor CSMF, vedou k produktu genové fúze, kterým je protein vázající RNA spojený s podskupinou extraskeletálních myxoidních chondrosarkomů. Byly identifikovány dva přepisy kódující různé izoformy.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že TAF15 komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000276833 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000270647, ENSG00000276833 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020680 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Morohoshi F, Arai K, Takahashi EI, Tanigami A, Ohki M (15. listopadu 1996). „Klonování a mapování lidského genu RBP56 kódujícího domnělý protein vázající RNA podobný proteinům FUS / TLS a EWS“. Genomika. 38 (1): 51–7. doi:10.1006 / geno.1996.0591. PMID 8954779.
^ Morohoshi F, Ootsuka Y, Arai K, Ichikawa H, Mitani S, Munakata N, Ohki M (prosinec 1998). "Genomická struktura lidských genů RBP56 / hTAFII68 a FUS / TLS". Gen. 221 (2): 191–8. doi:10.1016 / S0378-1119 (98) 00463-6. PMID 9795213.
^ ^A ^b „Entrez Gene: TAF15 TAF15 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím TATA box (TBP), 68 kDa“.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (březen 1998). „EWS, ale ne EWS-FLI-1, je spojován s TFIID i RNA polymerázou II: interakce mezi dvěma členy rodiny TET, EWS a hTAFII68, a podjednotkami komplexů TFIID a RNA polymerázy II“. Mol. Buňka. Biol. 18 (3): 1489–97. doi:10.1128 / mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.
^ Townson SM, Kang K, Lee AV, Oesterreich S (červen 2004). „Strukturně-funkční analýza faktoru B1 pro připevnění základního lešení na estrogenový receptor alfa: identifikace silné transkripční represivní domény“. J. Biol. Chem. 279 (25): 26074–81. doi:10,1074 / jbc.M313726200. PMID 15066997.
^ Hoffmann A, Roeder RG (červenec 1996). „Klonování a charakterizace lidského TAF20 / 15. Několik interakcí naznačuje ústřední roli při tvorbě komplexu TFIID“. J. Biol. Chem. 271 (30): 18194–202. doi:10.1074 / jbc.271.30.18194. PMID 8663456.

Další čtení

Zhou Q, Sharp PA (1995). „Nový mechanismus a faktor pro regulaci HIV-1 Tat“. EMBO J.. 14 (2): 321–8. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07006.x. PMC 398086. PMID 7835343.
Parada CA, Yoon JB, Roeder RG (1995). „Nové omezení LBP-1 zprostředkované omezení transkripce HIV-1 na úrovni prodloužení in vitro“. J. Biol. Chem. 270 (5): 2274–83. doi:10.1074 / jbc.270.5.2274. PMID 7836461.
Ou SH, Garcia-Martínez LF, Paulssen EJ, Gaynor RB (1994). "Role doprovodných motivů E boxu ve funkci elementu TATA viru lidské imunodeficience typu 1". J. Virol. 68 (11): 7188–99. doi:10.1128 / JVI.68.11.7188-7199.1994. PMC 237158. PMID 7933101.
Kashanchi F, Piras G, Radonovich MF, Duvall JF, Fattaey A, Chiang CM, Roeder RG, Brady JN (1994). "Přímá interakce lidského TFIID s transaktivátorem HIV-1 tat". Příroda. 367 (6460): 295–9. doi:10.1038 / 367295a0. PMID 8121496. S2CID 4362048.
Hoffmann A, Roeder RG (1996). „Klonování a charakterizace lidského TAF20 / 15. Několik interakcí naznačuje ústřední roli při tvorbě komplexu TFIID“. J. Biol. Chem. 271 (30): 18194–202. doi:10.1074 / jbc.271.30.18194. PMID 8663456.
Wang Z, Morris GF, Rice AP, Xiong W, Morris CB (1996). „Mutanty divokého typu a defekty transaktivace defektního proteinu Tat viru lidské imunodeficience typu 1 se vážou na lidský protein vázající TATA in vitro“. J. Acquir. Imunitní deficit. Syndr. Hučení. Retrovirol. 12 (2): 128–38. doi:10.1097/00042560-199606010-00005. PMID 8680883.
Pendergrast PS, Morrison D, Tansey WP, Hernandez N (1996). „Mutace v karboxyterminální doméně TBP ovlivňují syntézu viru lidské imunodeficience typu 1 v plné délce i v krátkých transkriptech podobně“. J. Virol. 70 (8): 5025–34. doi:10.1128 / JVI.70.8.5025-5034.1996. PMC 190456. PMID 8764009.
Kashanchi F, Khleif SN, Duvall JF, Sadaie MR, Radonovich MF, Cho M, Martin MA, Chen SY, Weinmann R, Brady JN (1996). „Interakce viru lidské imunodeficience typu 1 Tat s jedinečným místem TFIID inhibuje negativní kofaktor Dr1 a stabilizuje komplex TFIID-TFIIA“. J. Virol. 70 (8): 5503–10. doi:10.1128 / JVI.70.8.5503-5510.1996. PMC 190508. PMID 8764062.
Zhou Q, Sharp PA (1996). „Tat-SF1: kofaktor pro stimulaci transkripčního prodloužení HIV-1 Tat“. Věda. 274 (5287): 605–10. doi:10.1126 / science.274.5287.605. PMID 8849451. S2CID 13266489.
Bertolotti A, Lutz Y, Heard DJ, Chambon P, Tora L (1996). „hTAF (II) 68, nový protein vázající RNA / ssDNA s homologií k proonkoproteinům TLS / FUS a EWS je spojen s TFIID i RNA polymerázou II“. EMBO J.. 15 (18): 5022–31. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00882.x. PMC 452240. PMID 8890175.
García-Martínez LF, Ivanov D, Gaynor RB (1997). „Sdružení Tat s vyčištěnými preiniciačními komplexy HIV-1 a HIV-2“. J. Biol. Chem. 272 (11): 6951–8. doi:10.1074 / jbc.272.11.6951. PMID 9054383.
Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (1998). „EWS, ale ne EWS-FLI-1, je spojován s TFIID i RNA polymerázou II: interakce mezi dvěma členy rodiny TET, EWS a hTAFII68, a podjednotkami komplexů TFIID a RNA polymerázy II“. Mol. Buňka. Biol. 18 (3): 1489–97. doi:10.1128 / mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.
Zhang D, Paley AJ, Childs G (1998). „Transkripční represor ZFM1 interaguje s a moduluje schopnost EWS aktivovat transkripci“. J. Biol. Chem. 273 (29): 18086–91. doi:10.1074 / jbc.273.29.18086. PMID 9660765.
Martini A, La Starza R, Janssen H, Bilhou-Nabera C, Corveleyn A, Somers R, Aventin A, Foà R, Hagemeijer A, Mecucci C, Marynen P (2002). „Opakované přeskupení genu Ewingova sarkomu, EWSR1 nebo jeho homologu, TAF15, s transkripčním faktorem CIZ / NMP4 u akutní leukémie“. Cancer Res. 62 (19): 5408–12. PMID 12359745.
Townson SM, Kang K, Lee AV, Oesterreich S (2004). „Strukturně-funkční analýza faktoru B1 pro připevnění základního lešení na estrogenový receptor alfa: identifikace silné transkripční represivní domény“. J. Biol. Chem. 279 (25): 26074–81. doi:10,1074 / jbc.M313726200. PMID 15066997.
Lee HJ, Kim S, Pelletier J, Kim J (2004). "Stimulace hTAFII68 (NTD) zprostředkované transaktivace pomocí v-Src". FEBS Lett. 564 (1–2): 188–98. doi:10.1016 / S0014-5793 (04) 00314-X. PMID 15094065. S2CID 1526475.
Jin J, Smith FD, Stark C, Wells CD, Fawcett JP, Kulkarni S, Metalnikov P, O'Donnell P, Taylor P, Taylor L, Zougman A, Woodgett JR, Langeberg LK, Scott JD, Pawson T (2004). "Proteomická, funkční a doménová analýza in vivo 14-3-3 vazebných proteinů zapojených do cytoskeletální regulace a buněčné organizace". Curr. Biol. 14 (16): 1436–50. doi:10.1016 / j.cub.2004.07.051. PMID 15324660. S2CID 2371325.

externí odkazy

Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q92804 (Faktor 2N vázající se na protein TATA) na PDBe-KB.

Tento článek o gen na lidský chromozom 17 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000276833 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000270647, ENSG00000276833 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020680 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8954779-5] Morohoshi F, Arai K, Takahashi EI, Tanigami A, Ohki M (15. listopadu 1996). „Klonování a mapování lidského genu RBP56 kódujícího domnělý protein vázající RNA podobný proteinům FUS / TLS a EWS“. Genomika. 38 (1): 51–7. doi:10.1006 / geno.1996.0591. PMID 8954779.

[pmid9795213-6] Morohoshi F, Ootsuka Y, Arai K, Ichikawa H, Mitani S, Munakata N, Ohki M (prosinec 1998). "Genomická struktura lidských genů RBP56 / hTAFII68 a FUS / TLS". Gen. 221 (2): 191–8. doi:10.1016 / S0378-1119 (98) 00463-6. PMID 9795213.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: TAF15 TAF15 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím TATA box (TBP), 68 kDa“.

[pmid9488465-8] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (březen 1998). „EWS, ale ne EWS-FLI-1, je spojován s TFIID i RNA polymerázou II: interakce mezi dvěma členy rodiny TET, EWS a hTAFII68, a podjednotkami komplexů TFIID a RNA polymerázy II“. Mol. Buňka. Biol. 18 (3): 1489–97. doi:10.1128 / mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.

[pmid15066997-9] Townson SM, Kang K, Lee AV, Oesterreich S (červen 2004). „Strukturně-funkční analýza faktoru B1 pro připevnění základního lešení na estrogenový receptor alfa: identifikace silné transkripční represivní domény“. J. Biol. Chem. 279 (25): 26074–81. doi:10,1074 / jbc.M313726200. PMID 15066997.

[pmid8663456-10] Hoffmann A, Roeder RG (červenec 1996). „Klonování a charakterizace lidského TAF20 / 15. Několik interakcí naznačuje ústřední roli při tvorbě komplexu TFIID“. J. Biol. Chem. 271 (30): 18194–202. doi:10.1074 / jbc.271.30.18194. PMID 8663456.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]