SAFB - SAFB

SAFB
Identifikátory
Aliasy	SAFB, HAP, HET, SAF-B1, SAFB1, SAB-B1, SAF-B, faktor připojení lešení B
Externí ID	OMIM: 602895 MGI: 2146974 HomoloGene: 2229 Genové karty: SAFB
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 19 (lidský)
Konec	5,668,478 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	56,606,294 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • vazba chromatinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • dvouřetězcová vazba DNA; • sekvenčně specifická vazba DNA; • Vazba RNA; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA;
Buněčná složka	• nukleoplazma; • buněčné jádro;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • organizace chromatinu; • transkripce, chráněná DNA; • hormonální metabolický proces; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • signální dráha intracelulárního estrogenového receptoru; • regulace zpracování mRNA; • růst; • regulace růstu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6294
	224903
	ENSG00000160633
	ENSMUSG00000071054
	Q15424
	D3YXK2
NM_001201338; NM_001201339; NM_001201340; NM_002967; NM_001320571;
	NM_001320572
	NM_001163300; NM_001374619
NP_001188267; NP_001188268; NP_001188269; NP_001307500; NP_001307501;
	NP_002958
	NP_001156772; NP_001361548
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor připevnění lešení B, také známý jako SAFB, je gen s homology, které byly studovány u lidí a myší.^[5]

Funkce

Tento gen kóduje protein vázající DNA, který má specificitu pro prvky DNA lešení nebo matrice připojující oblast (S / MAR DNA). Předpokládá se, že tento protein se účastní připojení báze chromatinových smyček k jaderné matrici, ale existují protichůdné názory na to, zda je tento protein součástí chromatinu, jaderné matrice nebo obou. Faktory připojení lešení jsou podmnožinou proteinů nukleární matrice (NMP) s obohacenou vazbou na sekvence S / MAR bohaté na AT. Předpokládá se, že protein SAF-B slouží jako molekulární základna k sestavení „komplexu transkriptů“ v blízkosti aktivně transkribovaných genů. Podílí se na regulaci transkripce proteinu 27 tepelného šoku a může také působit jako korepresor estrogenového receptoru. Tento gen je kandidátským genem pro tumorigenezi prsu.^[5]

Interakce

SAFB bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000160633 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000071054 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SAFB scaffold attachment factor B“.
^ ^A ^b Townson SM, Kang K, Lee AV, Oesterreich S (červen 2004). „Strukturně-funkční analýza faktoru B1 pro připevnění základního lešení na estrogenový receptor alfa: identifikace silné transkripční represivní domény“. J. Biol. Chem. 279 (25): 26074–81. doi:10,1074 / jbc.M313726200. PMID 15066997.
^ Oesterreich S, Zhang Q, Hopp T, Fuqua SA, Michaelis M, Zhao HH, Davie JR, Osborne CK, Lee AV (březen 2000). „Estrogenový receptor vázaný na tamoxifen (ER) silně interaguje s proteinem jaderné matrice HET / SAF-B, novým inhibitorem transaktivace zprostředkované ER“. Mol. Endokrinol. 14 (3): 369–81. doi:10.1210 / oprava.14.3.0432. PMID 10707955.
^ Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (srpen 2000). „Faktor související s jadernou matricí, SAF-B, interaguje se specifickými izoformami AUF1 / hnRNP D“. Oblouk. Biochem. Biophys. 380 (2): 228–36. doi:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
^ Townson SM, Dobrzycka KM, Lee AV, Air M, Deng W, Kang K, Jiang S, Kioka N, Michaelis K, Oesterreich S (květen 2003). „SAFB2, nový homolog připojovacího faktoru lešení a jádrový receptor estrogenového receptoru“. J. Biol. Chem. 278 (22): 20059–68. doi:10,1074 / jbc.M212988200. PMID 12660241.

Další čtení

Oesterreich S (2004). „Faktory připevnění lešení SAFB1 a SAFB2: Nevinní přihlížející nebo kritičtí hráči v tumorigenezi prsu?“. J. Cell. Biochem. 90 (4): 653–61. doi:10.1002 / jcb.10685. PMID 14587024. S2CID 39178501.
Romig H, Fackelmayer FO, Renz A, Ramsperger U, Richter A (1992). „Charakterizace SAF-A, nového proteinu vázajícího nukleární DNA z buněk HeLa s vysokou afinitou k prvkům DNA připojeným k jaderné matrici / lešení“. EMBO J.. 11 (9): 3431–40. doi:10.1002 / j.1460-2075.1992.tb05422.x. PMC 556878. PMID 1324173.
Renz A, Fackelmayer FO (1996). „Čištění a molekulární klonování lešení připojovacího faktoru B (SAF-B), nového lidského jaderného proteinu, který se specificky váže na S / MAR-DNA“. Nucleic Acids Res. 24 (5): 843–9. doi:10.1093 / nar / 24.5.843. PMC 145707. PMID 8600450.
Oesterreich S, Lee AV, Sullivan TM, Samuel SK, Davie JR, Fuqua SA (1997). „Nový protein HET s nukleární matricí se váže na a ovlivňuje aktivitu promotoru HSP27 v lidských buňkách rakoviny prsu“. J. Cell. Biochem. 67 (2): 275–86. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19971101) 67: 2 <275 :: AID-JCB13> 3.0.CO; 2-E. PMID 9328833.
DuPont BR, Garcia DK, Sullivan TM, Naylor SL, Oesterreich S (1998). „Přiřazení SAFB kódujícího Hsp27 ERE-TATA vazebný protein (HET) / vazebný faktor lešení B (SAF-B) k lidskému chromozomu 19 pásmu p13“. Cytogenet. Cell Genet. 79 (3–4): 284–5. doi:10.1159/000134744. PMID 9605873.
Nayler O, Strätling W, Bourquin JP, Stagljar I, Lindemann L, Jasper H, Hartmann AM, Fackelmayer FO, Ullrich A, Stamm S (1998). „Protein SAF-B spojuje transkripci a sestřih pre-mRNA s prvky SAR / MAR“. Nucleic Acids Res. 26 (15): 3542–9. doi:10.1093 / nar / 26.15.3542. PMC 147731. PMID 9671816.
Weighardt F, Cobianchi F, Cartegni L, Chiodi I, Villa A, Riva S, Biamonti G (1999). „Nový protein hnRNP (HAP / SAF-B) vstupuje do podskupiny komplexů hnRNP a přemisťuje se do jaderných granulí v reakci na tepelný šok.“ J. Cell Sci. 112 (10): 1465–76. PMID 10212141.
Oesterreich S, Zhang Q, Hopp T, Fuqua SA, Michaelis M, Zhao HH, Davie JR, Osborne CK, Lee AV (2000). „Estrogenový receptor vázaný na tamoxifen (ER) silně interaguje s proteinem jaderné matrice HET / SAF-B, novým inhibitorem transaktivace zprostředkované ER“. Mol. Endokrinol. 14 (3): 369–81. doi:10.1210 / oprava.14.3.0432. PMID 10707955.
Shnyreva M, Schullery DS, Suzuki H, Higaki Y, Bomsztyk K (2000). „Interakce dvou multifunkčních proteinů. Heterogenní jaderný ribonukleoprotein K a protein vázající Y-box“. J. Biol. Chem. 275 (20): 15498–503. doi:10.1074 / jbc.275.20.15498. PMID 10809782.
Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (2000). „Faktor související s jadernou matricí, SAF-B, interaguje se specifickými izoformami AUF1 / hnRNP D“. Oblouk. Biochem. Biophys. 380 (2): 228–36. doi:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
Stoss O, Olbrich M, Hartmann AM, Konig H, Memmott J, Andreadis A, Stamm S (2001). „Protein rodiny STAR / GSG rSLM-2 reguluje výběr alternativních spojovacích míst“. J. Biol. Chem. 276 (12): 8665–73. doi:10,1074 / jbc.M006851200. PMID 11118435.
Oesterreich S, Allredl DC, Mohsin SK, Zhang Q, Wong H, Lee AV, Osborne CK, O'Connell P (2001). „Vysoká míra ztráty heterozygotnosti na chromozomu 19p13 u lidské rakoviny prsu“. Br. J. Cancer. 84 (4): 493–8. doi:10.1054 / bjoc.2000.1606. PMC 2363776. PMID 11207044.
Nikolakaki E, Kohen R, Hartmann AM, Stamm S, Georgatsou E, Giannakouros T (2001). "Klonování a charakterizace alternativně sestřižené formy SR protein kinázy 1, která interaguje specificky s lešenovým připojovacím faktorem B". J. Biol. Chem. 276 (43): 40175–82. doi:10,1074 / jbc.M104755200. PMID 11509566.
Paul C, Manero F, Gonin S, Kretz-Remy C, Virot S, Arrigo AP (2002). „Hsp27 jako negativní regulátor uvolňování cytochromu c“. Mol. Buňka. Biol. 22 (3): 816–34. doi:10.1128 / MCB.22.3.816-834.2002. PMC 133538. PMID 11784858.
Traweger A, Fuchs R, Krizbai IA, Weiger TM, Bauer HC, Bauer H (2003). „Protein těsného spojení ZO-2 se lokalizuje do jádra a interaguje s heterogenním nukleovým ribonukleoproteinovým vazebným faktorem B“. J. Biol. Chem. 278 (4): 2692–700. doi:10,1074 / jbc.M206821200. PMID 12403786.
Townson SM, Dobrzycka KM, Lee AV, Air M, Deng W, Kang K, Jiang S, Kioka N, Michaelis K, Oesterreich S (2003). „SAFB2, nový homolog připojovacího faktoru lešení a jádrový receptor estrogenového receptoru“. J. Biol. Chem. 278 (22): 20059–68. doi:10,1074 / jbc.M212988200. PMID 12660241.
van den IJssel P, Wheelock R, Prescott A, Russell P, Quinlan RA (2003). „Jaderná skvrnitá lokalizace malého B-krystalinu proteinu tepelného šoku a jeho inhibice mutací spojenou s kardiomyopatií R120G“. Exp. Cell Res. 287 (2): 249–61. doi:10.1016 / S0014-4827 (03) 00092-2. PMID 12837281.
Tai HH, Geisterfer M, Bell JC, Moniwa M, Davie JR, Boucher L, McBurney MW (2003). „CHD1 se asociuje s NCoR a histon-deacetylázou i s proteiny sestřihu RNA“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 308 (1): 170–6. doi:10.1016 / S0006-291X (03) 01354-8. PMID 12890497.
Li J, Hawkins IC, Harvey CD, Jennings JL, Link AJ, Patton JG (2003). „Regulace alternativního sestřihu pomocí SRrp86 a jeho interakčních proteinů“. Mol. Buňka. Biol. 23 (21): 7437–47. doi:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. PMC 207616. PMID 14559993.

Tento článek o gen na lidský chromozom 19 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000160633 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000071054 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: SAFB scaffold attachment factor B“.

[pmid15066997-6] A ^b Townson SM, Kang K, Lee AV, Oesterreich S (červen 2004). „Strukturně-funkční analýza faktoru B1 pro připevnění základního lešení na estrogenový receptor alfa: identifikace silné transkripční represivní domény“. J. Biol. Chem. 279 (25): 26074–81. doi:10,1074 / jbc.M313726200. PMID 15066997.

[pmid10707955-7] Oesterreich S, Zhang Q, Hopp T, Fuqua SA, Michaelis M, Zhao HH, Davie JR, Osborne CK, Lee AV (březen 2000). „Estrogenový receptor vázaný na tamoxifen (ER) silně interaguje s proteinem jaderné matrice HET / SAF-B, novým inhibitorem transaktivace zprostředkované ER“. Mol. Endokrinol. 14 (3): 369–81. doi:10.1210 / oprava.14.3.0432. PMID 10707955.

[pmid10933876-8] Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (srpen 2000). „Faktor související s jadernou matricí, SAF-B, interaguje se specifickými izoformami AUF1 / hnRNP D“. Oblouk. Biochem. Biophys. 380 (2): 228–36. doi:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.

[pmid12660241-9] Townson SM, Dobrzycka KM, Lee AV, Air M, Deng W, Kang K, Jiang S, Kioka N, Michaelis K, Oesterreich S (květen 2003). „SAFB2, nový homolog připojovacího faktoru lešení a jádrový receptor estrogenového receptoru“. J. Biol. Chem. 278 (22): 20059–68. doi:10,1074 / jbc.M212988200. PMID 12660241.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]