CIR (gen) - CIR (gene)

CIR1
Identifikátory
Aliasy	CIR1, CIR, interakce corepressoru s RBPJ, 1, interakce corepressoru s RBPJ
Externí ID	OMIM: 605228 MGI: 1914185 HomoloGene: 3589 Genové karty: CIR1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 2 (lidský)
Konec	174,395,712 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • aktivita transkripčního faktoru, vazba specifická pro sekvenci distálního zesilovače RNA polymerázy II; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • GO: Aktivita transkripčního corepresoru 0001106; • vazba protein kinázy; • GO: 0032403 vazba makromolekulárního komplexu;
Buněčná složka	• cytoplazma; • komplex histon-deacetylázy; • cytoskelet; • buněčné jádro; • organizační centrum mikrotubulů; • jaderná skvrna; • centrosome; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• Zpracování mRNA; • negativní regulace transkripce, DNA-šablony; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce, chráněná DNA; • Sestřih RNA; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9541
	66935
	ENSG00000138433
	ENSMUSG00000041777
	Q86X95
	Q9DA19
	NM_199075; NM_004882
	NM_025854
	NP_004873
	NP_080130
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Interakce jádra s RBPJ 1 je protein že u lidí je kódován CIR1 gen.^[4]^[5]^[6]^[7]

Interakce

Ukázalo se, že CIR (gen) komunikovat s SNW1.^[8]

Modelové organismy

Modelové organismy byly použity při studiu funkce CIR1. Podmíněný knockout myš linka volala Cir1^{tm3a (KOMP) Wtsi} byl vygenerován na Wellcome Trust Sanger Institute.^[9] Samci a samice prošli standardizací fenotypová obrazovka^[10] k určení účinků vypuštění.^[11]^[12]^[13]^[14] Další provedená vyšetření: - Hloubková imunologická fenotypizace^[15] - hloubková fenotypizace kostí a chrupavek^[16]

*Cir1* knockout myší fenotyp
Charakteristický	Fenotyp
Veškerá data jsou k dispozici na.^[10]^[15]^[16]
Leukocyty v periferní krvi 6 týdnů	Normální
Inzulín	Normální
Hematologie 6 týdnů	Normální
Homozygotní životaschopnost na P14	Abnormální
Recesivní smrtící studie	Abnormální
Tělesná hmotnost	Normální
Neurologické hodnocení	Normální
Síla úchopu	Normální
Dysmorfologie	Normální
Nepřímá kalorimetrie	Normální
Test tolerance glukózy	Normální
Sluchová odezva mozkového kmene	Normální
DEXA	Normální
Radiografie	Normální
Morfologie očí	Normální
Klinická chemie	Normální
Hematologie 16 týdnů	Normální
Leukocyty v periferní krvi 16 týdnů	Normální
Váha srdce	Normální
Salmonella infekce	Normální
Cytotoxická funkce T buněk	Normální
Imunofenotypizace sleziny	Normální
Imunofenotypizace mezenterických lymfatických uzlin	Normální
Imunofenotypizace kostní dřeně	Normální
Epidermální imunitní složení	Normální
Chřipková výzva	Normální

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000138433 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Maita H, Kitaura H, Ariga H, Iguchi-Ariga SM (únor 2005). „CIR, jádrový kompresor CBF1, se váže na PAP-1 a provádí alternativní sestřih“. Experimentální výzkum buněk. 303 (2): 375–87. doi:10.1016 / j.yexcr.2004.10.012. PMID 15652350.
^ Zhang J, Chen H, Weinmaster G, Hayward SD (březen 2001). „Virus Epstein-Barr BamHi - pravý transkriptem kódovaný protein RPMS interaguje s CBF1 asociovaným corepressorem CIR, aby negativně reguloval aktivitu EBNA2 a NotchIC“. Journal of Virology. 75 (6): 2946–56. doi:10.1128 / JVI.75.6.2946-2956.2001. PMC 115921. PMID 11222720.
^ Hsieh JJ, Zhou S, Chen L, Young DB, Hayward SD (leden 1999). „CIR, korepresor spojující vazebný faktor DNA CBF1 s komplexem histon-deacetylázy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (1): 23–8. doi:10.1073 / pnas.96.1.23. PMC 15086. PMID 9874765.
^ „Entrez Gene: CIR CBF1 interagující corepressor“.
^ Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Hayward SD (únor 2000). „Role SKIP v aktivaci EBNA2 promotorů potlačovaných CBF1“. Journal of Virology. 74 (4): 1939–47. doi:10.1128 / JVI.74.4.1939-1947.2000. PMC 111672. PMID 10644367.
^ Gerdin AK (2010). „Genetický program Sanger Mouse: vysoká propustnost charakterizace knockoutovaných myší“. Acta Ophthalmologica. 88. doi:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
^ ^A ^b „Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší“.
^ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (červen 2011). „Podmíněný knockoutový zdroj pro celogenomové studium funkce myšího genu“. Příroda. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038 / příroda10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
^ Dolgin E (červen 2011). „Knihovna myší je vyřazena“. Příroda. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (leden 2007). "Myš ze všech důvodů". Buňka. 128 (1): 9–13. doi:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
^ White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Salisbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Tannahill D , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (červenec 2013). „Generace v celém genomu a systematické fenotypování knockoutovaných myší odhaluje nové role mnoha genů“. Buňka. 154 (2): 452–64. doi:10.1016 / j.cell.2013.06.022. PMC 3717207. PMID 23870131.
^ ^A ^b „Konsorcium pro infekci a imunitu Imunofenotypizace (3i)“.
^ ^A ^b „OBCD Consortium“.

externí odkazy

Člověk CIR1 umístění genomu a CIR1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

DuBridge RB, Tang P, Hsia HC, Leong PM, Miller JH, Calos MP (leden 1987). „Analýza mutací v lidských buňkách pomocí kyvadlového systému pro virus Epstein-Barr“. Molekulární a buněčná biologie. 7 (1): 379–87. doi:10,1128 / mcb.7.1.379. PMC 365079. PMID 3031469.
Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Hayward SD (únor 2000). „Role SKIP v aktivaci EBNA2 promotorů potlačovaných CBF1“. Journal of Virology. 74 (4): 1939–47. doi:10.1128 / JVI.74.4.1939-1947.2000. PMC 111672. PMID 10644367.
Krithivas A, Young DB, Liao G, Greene D, Hayward SD (říjen 2000). „Lidský herpesvirus 8 LANA interaguje s proteiny komplexu mSin3 corepressor a negativně reguluje expresi genu viru Epstein-Barr v duálně infikovaných buňkách PEL“. Journal of Virology. 74 (20): 9637–45. doi:10.1128 / JVI.74.20.9637-9645.2000. PMC 112396. PMID 11000236.
Zhou S, Hayward SD (září 2001). „Jaderná lokalizace CBF1 je regulována interakcemi s komplexem corepressorů SMRT“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (18): 6222–32. doi:10.1128 / MCB.21.18.6222-6232.2001. PMC 87339. PMID 11509665.
Suzuki H, Fukunishi Y, Kagawa I, Saito R, Oda H, Endo T, Kondo S, Bono H, Okazaki Y, Hayashizaki Y (říjen 2001). „Panel interakce protein-protein využívající myší plné délky cDNA“. Výzkum genomu. 11 (10): 1758–65. doi:10,1101 / gr. 180101. PMC 311163. PMID 11591653.
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (listopad 2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.

Tento článek o gen na lidský chromozom 2 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000138433 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid15652350-4] Maita H, Kitaura H, Ariga H, Iguchi-Ariga SM (únor 2005). „CIR, jádrový kompresor CBF1, se váže na PAP-1 a provádí alternativní sestřih“. Experimentální výzkum buněk. 303 (2): 375–87. doi:10.1016 / j.yexcr.2004.10.012. PMID 15652350.

[pmid11222720-5] Zhang J, Chen H, Weinmaster G, Hayward SD (březen 2001). „Virus Epstein-Barr BamHi - pravý transkriptem kódovaný protein RPMS interaguje s CBF1 asociovaným corepressorem CIR, aby negativně reguloval aktivitu EBNA2 a NotchIC“. Journal of Virology. 75 (6): 2946–56. doi:10.1128 / JVI.75.6.2946-2956.2001. PMC 115921. PMID 11222720.

[pmid9874765-6] Hsieh JJ, Zhou S, Chen L, Young DB, Hayward SD (leden 1999). „CIR, korepresor spojující vazebný faktor DNA CBF1 s komplexem histon-deacetylázy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (1): 23–8. doi:10.1073 / pnas.96.1.23. PMC 15086. PMID 9874765.

[entrez-7] „Entrez Gene: CIR CBF1 interagující corepressor“.

[pmid10644367-8] Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Hayward SD (únor 2000). „Role SKIP v aktivaci EBNA2 promotorů potlačovaných CBF1“. Journal of Virology. 74 (4): 1939–47. doi:10.1128 / JVI.74.4.1939-1947.2000. PMC 111672. PMID 10644367.

[mgp_reference-9] Gerdin AK (2010). „Genetický program Sanger Mouse: vysoká propustnost charakterizace knockoutovaných myší“. Acta Ophthalmologica. 88. doi:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.

[IMPCsearch_ref-10] A ^b „Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší“.

[pmid21677750-11] Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (červen 2011). „Podmíněný knockoutový zdroj pro celogenomové studium funkce myšího genu“. Příroda. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038 / příroda10163. PMC 3572410. PMID 21677750.

[mouse_library-12] Dolgin E (červen 2011). „Knihovna myší je vyřazena“. Příroda. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.

[mouse_for_all_reasons-13] Collins FS, Rossant J, Wurst W (leden 2007). "Myš ze všech důvodů". Buňka. 128 (1): 9–13. doi:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.

[pmid23870131-14] White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Salisbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Tannahill D , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (červenec 2013). „Generace v celém genomu a systematické fenotypování knockoutovaných myší odhaluje nové role mnoha genů“. Buňka. 154 (2): 452–64. doi:10.1016 / j.cell.2013.06.022. PMC 3717207. PMID 23870131.

[iii_ref-15] A ^b „Konsorcium pro infekci a imunitu Imunofenotypizace (3i)“.

[obcd_ref-16] A ^b „OBCD Consortium“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]