Protein bohatý na prolin 30 - Proline-rich protein 30

Protein bohatý na prolin 30 (PRR30 nebo C2orf53) je protein u lidí, který je kódován pro PRR30 gen.[1] PRR30 je členem rodiny Proteiny bohaté na prolin charakterizované jejich vnitřní nedostatkem struktury. Zkopírujte varianty čísel v PRR30 gen jsou spojeny se zvýšeným rizikem neurofibromatóza.

Gen

The PRR30 Gen se nachází na krátkém rameni lidský chromozom 2 v pásmu 2p23.3. Je lemován vazbou regulačních prvků prolaktinu (PREB ) a transkripční faktor 23 (TCF23). Gen má tři Exons celkem. PRR30 má délku 2618 párů bází lineárního DNA.[2]

PRR30 Gene Neighborhood[3]

Promotor region

The PRR30 promotér přímo obklopuje gen a je dlouhý 1162 párů bází.[4]

Přepis

PRR30 mRNA přepis má délku 2063 párů bází. Jsou čtyři spojovací weby celkem jsou všechny v 5 ’UTR. Nejsou známy žádné izoformy nebo alternativní sestřih PRR30.

  • Spojovací vzor PRR30

Protein

Lidský protein PRR30 se skládá z 412 aminokyselinové zbytky. Má molekulovou hmotnost 44,7 kdal a izoelektrický bod ze dne 10.7.[5][6] to je prolin bohaté a složené převážně z neesenciální aminokyseliny. Existuje region extrémní ochrany napříč ortology zahrnující zbytky 187 až 321.[7] PRR30 se zdá být subcelulárně lokalizován do buněčné jádro.[8] NetNES předpovídá a jaderný exportní signál ze zbytků 213 až 216.[9] IntAct předpovídá, že PRR30 interaguje s proteinem Human Testis Protein 37 nebo TEX37, Cystiene Rich Tail Protein 1 (CYSRT1) a keratinem asociovaným proteinem 6-2 (KRTAP6-2).[10] Předpokládá se, že PRR30 podstoupí posttranslační úpravy ve formě glykosylace a fosforylace.[11][12][13]

Upravený Prosite obrázek zobrazující domény, fosforylační místa (červená), glykosylační místa (šedá) a jaderný exportní signál (zelená).[14]
I-Tasser predikovaný protein PRR30. Většinou nestrukturované s minimálním složením ve vysoce konzervované oblasti.[15]

Struktura

PRR30 je vnitřně narušený protein (IDP) a postrádá jakékoli formální terciární struktura nebo kvartérní struktura.[8] I-Tasser a Phyre předpovídají minimální navíjení v celém PRR30 jako celku. V oblasti vysoké ochrany se předpokládá alfa helixy & beta listy.[15][16]

Funkce

Nestrukturované proteiny jako PRR30 mají velmi variabilní funkci.[17] Ukázalo se, že jiné proteiny bohaté na prolin mají afinitu k vazbě vápník napříč různými tkáněmi v lidském těle.[18][19] TRENÉR předpovídá několik ligand vazba domén spojený s vápník přes PRR30. Nejvyšší spolehlivost předpovídala vápník vazebná doména sídlí v oblasti největší ochrany.[20][21]

Výraz

Profily NCBI EST ukázaly rozdíl výraz napříč mnoha tkáněmi, ale zvýšené hladiny u člověka testy a hltan.[22]

Homologie

PRR30 je exkluzivní pro savci ale není přítomen u všech savců. PRR30 je vysoce konzervativní Primáti ale vykazuje ztrátu genu u členů Hlodavci a Laurasiatheria.[23] Nejvzdálenější známý ortolog PRR30 se nachází v S. harrisii, tasmánský čert. Zdá se, že gen PRR30 se vyvíjí relativně rychle.[24]

Srovnání evolučních historií mezi Cytochrom C. (Šedá), Fibrinogen (oranžová) a PRR30 (modrá).[25]

Paralogy

Nejsou známy žádné paralogy pro PRR30.[26]

Ortology

Rod a druh[27]Identita sekvence[27]Datum odchylky (MYA)[27]Délka sekvence[27]
Homo sapiens100%0412
Pan paniscus99%6.4412
Pan troglodyt99%6.4412
Pongo abelii93%15.2413
Nomascus leucogenys94%19.43412
Gorilla beringei96%8.61412
Macaca fascicularis93%28.1412
Papio anubis93%28.1412
Macaca nemestrina93%28.1412
Acinonyx jubatus66%94394
Bos taurus65%94396
Bos indicus65%94396
Heterocephalus glaber57%88373
Cavia porcellus54%88391
Octodon degus61%88402
Mus musculus52%88399
Echinops telfairi61%102313
Erinaceus europaeus57%94375
Tupaia chinensis68%85410
Sorex araneus59%94298
Elephantulus edwardii51%102286
Rhinolophus sinicus68%94359
Miniopterus natalensis63%94396
Myotis brandtii64%94239
Sarcophilus harrisii57%160376
  • Tento seznam není úplný

Klinický význam

Ze studie o neurofibromatóze tento graf ukazuje, že pacienti byli postiženi Neurofibromatóza typu 1 pravděpodobně budou mít další kopii C2orf53.[28]

V nedávné studii z roku 2015 variace počtu kopií genu PRR30 bylo spojeno se zvýšeným rizikem pro neurofibromatóza. 78% pacientů vykazujících kožní neurofibromy spojené s typem 1 mělo další kopii genu PRR30. Nebyl popsán žádný mechanismus osvětlující korelaci.[28]

Reference

  1. ^ Lamesch, P; Li, N; Milstein, S; Ventilátor, C; Hao, T; Szabo, G; Hu, Z; Venkatesan, K; Bethel, G; Martin, P; Rogers, J; Lawlor, S; McLaren, S; Dricot, A; Borick, H; Cusick, ME; Vandenhaute, J; Dunham, já; Hill, DE; Vidal, M (březen 2007). „hORFeome v3.1: zdroj lidských otevřených čtecích rámců představujících více než 10 000 lidských genů“. Genomika. 89 (3): 307–15. doi:10.1016 / j.ygeno.2006.11.012. PMC  4647941. PMID  17207965.
  2. ^ 7. Vstup NCBI (National Center for Biotechnology Information) na PRR30 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/148236530
  3. ^ „PRR30 bohatý na prolin 30 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-04.
  4. ^ „Genomatix: Genomatix Genome Browser“. www.genomatix.de. Citováno 2017-04-27.
  5. ^ Brendel, V .; Bucher, P .; Nourbakhsh, I. R .; Blaisdell, B. E .; Karlin, S. (1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 89 (6): 2002–2006. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  6. ^ Volker Brendel, Department of Mathematics, Stanford University, Stanford CA 94305, USA, upravené; jakékoli chyby jsou způsobeny úpravou.[je zapotřebí objasnění ]
  7. ^ Thompson, J.D .; Higgins, D.G .; Gibson, T.J. (1994). „CLUSTAL W: zlepšuje citlivost postupného vícenásobného seřazení sekvencí pomocí vážení sekvencí, penalizací mezer pro konkrétní pozici a volby matice hmotnosti“. Nucleic Acids Res. 22 (22): 4673–4680. doi:10.1093 / nar / 22.22.4673. PMC  308517. PMID  7984417.
  8. ^ A b Rost, Burkhard. „PredictProtein - Analýza proteinové sekvence, Predikce strukturních a funkčních vlastností“. www.predictprotein.org. Citováno 2017-04-28.
  9. ^ la Cour, Tanja; Kiemer, Lars; Mølgaard, Anne; Gupta, Ramneek; Skriver, Karen; Brunak, Søren (2004). „Analýza a předpověď jaderných exportních signálů bohatých na leucin“. Protein Eng. Des. Sel. 17 (6): 527–36. doi:10,1093 / protein / gzh062. PMID  15314210.
  10. ^ Orchard, S .; Ammari, M .; Aranda, B .; Breuza, L .; Briganti, L .; Broackes-Carter, F .; Campbell, N. H .; Chavali, G .; Chen, C .; Del-Toro, N .; Duesbury, M .; Dumousseau, M .; Galeota, E .; Hinz, U .; Iannuccelli, M .; Jagannathan, S .; Jimenez, R .; Khadake, J .; Lagreid, A .; Licata, L .; Lovering, R. C .; Meldal, B .; Melidoni, A. N .; Milagros, M .; Peluso, D .; Perfetto, L .; Porras, P .; Raghunath, A .; Ricard-Blum, S .; et al. (2013). „Projekt MIntAct — IntAct jako společná kurátorská platforma pro 11 databází molekulárních interakcí“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D358 – D363. doi:10.1093 / nar / gkt1115. PMC  3965093. PMID  24234451.
  11. ^ Blom, N .; Sicheritz-Pontén, T .; Gupta, R .; Gammeltoft, S .; Brunak, S. (2004). „Predikce posttranslační glykosylace a fosforylace proteinů z aminokyselinové sekvence“. Proteomika. 4 (6): 1633–1649. doi:10.1002 / pmic.200300771. PMID  15174133.
  12. ^ Blom, N .; Gammeltoft, S .; Brunak, S. (1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–1362. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  13. ^ Predikce N-glykosylačních míst v lidských proteinech. R. Gupta, E. Jung a S. Brunak. V přípravě, 2004.
  14. ^ Castro, Edouard de. „PROSITE“. prosite.expasy.org. Citováno 2017-05-04.
  15. ^ A b Zhang, Yang (2008). „I-TASSER server pro predikci 3D struktury proteinů“. BMC bioinformatika. 9: 40. doi:10.1186/1471-2105-9-40. PMC  2245901. PMID  18215316.
  16. ^ Kelley, LA; et al. (2015). „Webový portál Phyre2 pro modelování, predikci a analýzu proteinů“. Přírodní protokoly. 10 (6): 845–858. doi:10.1038 / nprot.2015.053. PMC  5298202. PMID  25950237.
  17. ^ Dunker, A. K .; Lawson, J. D .; Brown, C. J .; Williams, R. M.; Romero, P; J. S .; Oldfield, C. J .; Campen, A. M .; Ratliff, C. M .; Hipps, K. W .; Ausio, J; Nissen, M. S .; Reeves, R; Kang, C; Kissinger, C. R .; Bailey, R. W .; Griswold, M. D .; Chiu, W; Garner, E. C .; Obradovic, Z (2001). "Jiskrově neuspořádaný protein". Journal of Molecular Graphics & Modeling. 19 (1): 26–59. doi:10.1016 / s1093-3263 (00) 00138-8. PMID  11381529.
  18. ^ Wong, R. S .; Bennick, A. (1980). "Primární struktura slinného vápníku vázajícího na prolin bohatého fosfoproteinu (protein C), možného prekurzoru příbuzného slinného proteinu A". The Journal of Biological Chemistry. 255 (12): 5943–5948. PMID  7380845.
  19. ^ Bennick, A (1982). "Slinné proteiny bohaté na prolin". Molekulární a buněčná biochemie. 45 (2): 83–99. doi:10.1007 / bf00223503. PMID  6810092. S2CID  31373141.
  20. ^ Yang, J .; Roy, A .; Zhang, Y. (2012). „BioLiP: Polomanuálně upravená databáze biologicky relevantních interakcí ligand-protein“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D1096 – D1103. doi:10.1093 / nar / gks966. PMC  3531193. PMID  23087378.
  21. ^ Yang, J .; Roy, A .; Zhang, Y. (2013). „Rozpoznávání vazebného místa protein-ligand pomocí komplementárního vazebně specifického srovnání substruktury a zarovnání sekvenčního profilu“. Bioinformatika (Oxford, Anglie). 29 (20): 2588–95. doi:10.1093 / bioinformatika / btt447. PMC  3789548. PMID  23975762.
  22. ^ Skupina, Schuler. „Profil EST - Hs.136555“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-04.
  23. ^ „Gene: PRR30 (ENSG00000186143) - Strom získávání / ztráty genů - Homo sapiens - Prohlížeč genomu souboru 88“. www.ensembl.org. Citováno 2017-05-06.
  24. ^ "Hledání orthologu | cegg.unige.ch Computational Evolutionary Genomics Group". www.orthodb.org. Citováno 2017-05-06.
  25. ^ „Gene: PRR30 (ENSG00000186143) - Genový strom - Homo sapiens - Prohlížeč genomu souboru 88“. www.ensembl.org. Citováno 2017-05-06.
  26. ^ Databáze, GeneCards Human Gene. "PRR30 Gene - GeneCards | PRR30 Protein | Protilátka PRR30". www.genecards.org. Citováno 2017-04-27.
  27. ^ A b C d Altschul, S.F .; Gish, W .; Miller, W .; Myers, E.W .; Lipman, D.J. (1990). Msgstr "Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–410. doi:10.1006 / jmbi.1990.9999. PMID  2231712.
  28. ^ A b Asai, A .; Karnan, S .; Ota, A .; Takahashi, M .; Damdindorj, L .; Konishi, Y .; Hosokawa, Y. (2015). „Srovnávací analýza genomové hybridizace s vysokým rozlišením 400K oligonukleotidových polí pro kožní neurofibromy spojené s neurofibromatózou typu 1“. Gen. 558 (2): 220–226. doi:10.1016 / j.gene.2014.12.064. PMID  25562418.