PI4KB - PI4KB

PI4KB
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	4D0L, 4D0M, 4WAE, 4WAG, 5C4G, 5C46, 5EUQ
Identifikátory
Aliasy	PI4KB, NPIK, PI4K-BETA, PI4K92, PI4KBETA, PI4KIIIBETA, PIK4CB, fosfatidylinositol 4-kináza beta, PI4KIII
Externí ID	OMIM: 602758 MGI: 1334433 HomoloGene: 6741 Genové karty: PI4KB
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	151,327,715 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 3 (myš)
Konec	95,006,843 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• ATP vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • kinázová aktivita; • vazba nukleotidů; • aktivita transferázy; • Vazba 14-3-3 proteinů; • Aktivita 1-fosfatidylinositol 4-kinázy;
Buněčná složka	• endomembránový systém; • mitochondriální vnější membrána; • drsná membrána endoplazmatického retikula; • endozom; • perinukleární oblast cytoplazmy; • cytosol; • endoplazmatické retikulum; • cytoplazma; • Golgiho aparát; • mitochondrie; • membrána; • Golgiho membrána; • intracelulární;
Biologický proces	• proces biosyntézy fosfatidylinositolu; • fosforylace fosfatidylinositolu; • receptorem zprostředkovaná endocytóza; • fosforylace; • signální transdukce; • signalizace zprostředkovaná fosfatidylinositolem;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5298
	107650
	ENSG00000143393
	ENSMUSG00000038861
	Q9UBF8
	Q8BKC8
NM_001198773; NM_001198774; NM_001198775; NM_002651; NM_001330721;
	NM_001369623; NM_001369624; NM_001369625; NM_001369626; NM_001369628; NM_001369629
	NM_001293715; NM_001293716; NM_175356
NP_001185702; NP_001185703; NP_001185704; NP_001317650; NP_002642;
	NP_001356552; NP_001356553; NP_001356554; NP_001356555; NP_001356557; NP_001356558
	NP_001280644; NP_001280645; NP_780565
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Fosfatidylinositol 4-kináza beta je enzym že u lidí je kódován PI4KB gen.^[5]^[6]^[7]

Klasifikace

Tento gen kóduje a fosfatidylinositol 4-kináza který katalyzuje fosforylace z fosfatidylinositol v poloze D-4, poddajně fosfatidylinositol 4-fosfát (PI4P). Kromě toho PI4P slouží jako předchůdce dalších důležitých fosfoinositidů, jako je fosfatidylinositol 4,5-bisfosfát, PI4P je základní molekula v buněčná signalizace a obchodování s lidmi, zejména v EU Golgiho aparát a trans Síť Golgi.

Fosfatidylinositol 4-kinázy jsou evoluční konzervované mezi eukaryoty a zahrnují čtyři lidské izoformy

fosfatidylinositol 4-kináza alfa (PI4KA)
fosfatidylinositol 4-kináza beta (PI4KB)
fosfatidylinositol 4-kináza 2-alfa (PI4K2A)
fosfatidylinositol 4-kináza 2-beta (PI4K2B)

Funkce

Fosfatidylinositol 4-kináza beta (PI4KB) je rozpustný protein pendlování mezi cytoplazma a jádro,^[8] a mohou být přijati na membrány Golgiho systém přes interakce protein-protein, např. s malými GTP vazebné proteiny Arf1^[9] a Rab11,^[10] nebo Golgiho adaptační protein ACBD3.^[11]^[12] PI4KB může být fosforylovaný podle protein kináza D,^[13] který podporuje interakci s 14-3-3 bílkovin a stabilizace proteinu v jeho aktivní konformaci.^[14] v cytoplazma PI4KB reguluje obchodování z Golgiho systém do plazmatická membrána, nicméně, jeho jaderný zbývá určit funkci.

Klinický význam

Široká škála pozitivních smyslů jednořetězcových RNA viry (např. pikornaviry ) včetně mnoha důležitých lidí patogeny únos člověka PI4KB kináza generovat konkrétní PI4P - obohacený organely nazývané membránové pavučiny.^[15] Tyto organely se pak používají jako specifické platformy pro efektivní virová replikace v hostitelské buňce.

Dále homolog PI4KB z prvoky parazit Plasmodium falciparum byl identifikován jako cíl imidopyrazinů, an antimalarický složená třída.^[16]

Struktura

PI4KB se skládá z a prolin -bohatý N-terminální oblast, centrální spirálovitá doména, a kináza doména se nachází C-terminálně. The N-terminální oblast obsahuje fyziologicky důležité vazebné místo pro Golgiho adaptační protein ACBD3, ale je pravděpodobně neuspořádaný a postradatelný pro kináza aktivita. Centrální šroubovicová doména je zodpovědná za interakci s malou guanosin trifosfatázou Rab11. The kináza doménu lze rozdělit na N-terminál a C- koncové laloky s ATP vazebná drážka a domnělá fosfatidylinositol vázací kapsa v rozštěpu mezi laloky.^[17] Kromě toho ALPY motiv byl identifikován v extrémní C-koncové oblasti PI4KB, což podporuje jeho asociaci s nenasycenými nebo volně zabalenými oblastmi membrán.^[18]

Kreslené znázornění helikálních a kinázových domén fosfatidylinositol 4-kinázy beta s nukleosidovým analogem. Čelní doména je zbarvena lososem, N-lób kinázové domény ve zlatě, C- lalok v akvamarinu, specifický inhibitor vázaný v aktivním místě mezi laloky v tyčinkové reprezentaci. Kód PDB: 4WAG.

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000143393 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038861 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Meyers R, Cantley LC (únor 1997). "Klonování a charakterizace lidské fosfatidylinositol 4-kinázy citlivé na wortmannin". The Journal of Biological Chemistry. 272 (7): 4384–90. doi:10.1074 / jbc.272.7.4384. PMID 9020160.
^ Saito T, Seki N, Ishii H, Ohira M, Hayashi A, Kozuma S, Hori T (srpen 1997). „Doplňkové klonování DNA a chromozomální mapování nového genu pro fosfatidylinositol kinázu“. Výzkum DNA. 4 (4): 301–5. doi:10.1093 / dnares / 4.4.301. PMID 9405938.
^ „Entrez Gene: PIK4CB fosfatidylinositol 4-kináza, katalytická, beta polypeptid“.
^ de Graaf P, Klapisz EE, Schulz TK, Cremers AF, Verkleij AJ, van Bergen en Henegouwen PM (duben 2002). "Jaderná lokalizace fosfatidylinositol 4-kinázy beta". Journal of Cell Science. 115 (Pt 8): 1769–75. PMID 11950893.
^ Godi A, Pertile P, Meyers R, Marra P, Di Tullio G, Iurisci C, Luini A, Corda D, De Matteis MA (září 1999). „ARF zprostředkovává nábor PtdIns-4-OH kinázy-beta a stimuluje syntézu PtdIns (4,5) P2 v komplexu Golgi“. Přírodní buněčná biologie. 1 (5): 280–7. doi:10.1038/12993. PMID 10559940.
^ de Graaf P, Zwart WT, van Dijken RA, Deneka M, Schulz TK, Geijsen N, Coffer PJ, Gadella BM, Verkleij AJ, van der Sluijs P, van Bergen en Henegouwen PM (duben 2004). „Fosfatidylinositol 4-kinasebeta je zásadní pro funkční asociaci rab11 s komplexem Golgi“. Molekulární biologie buňky. 15 (4): 2038–47. doi:10,1091 / mbc.E03-12-0862. PMC 379297. PMID 14767056.
^ Sasaki J, Ishikawa K, Arita M, Taniguchi K (únor 2012). „Nábor PI4KB zprostředkovaný ACBD3 na replikační místa RNA picornaviru“. Časopis EMBO. 31 (3): 754–66. doi:10.1038 / emboj.2011.429. PMC 3273392. PMID 22124328.
^ Greninger AL, Knudsen GM, Betegon M, Burlingame AL, DeRisi JL (duben 2013). „Interakce ACBD3 s proteinem TBC1 domény 22 je odlišně ovlivněna vazbou enterovirového a kobuvirového proteinu 3A“. mBio. 4 (2): e00098-13. doi:10,1 128 / mBio. 00098-13. PMC 3622926. PMID 23572552.
^ Hausser A, Storz P, Märtens S, Link G, Toker A, Pfizenmaier K (září 2005). „Protein kináza D reguluje vezikulární transport fosforylací a aktivací fosfatidylinositol-4 kinázy IIIbeta v komplexu Golgi“. Přírodní buněčná biologie. 7 (9): 880–6. doi:10.1038 / ncb1289. PMC 1458033. PMID 16100512.
^ Hausser A, Link G, Hoene M, Russo C, Selchow O, Pfizenmaier K (září 2006). „Fosfo-specifická vazba 14-3-3 proteinů na fosfatidylinositol 4-kinázu III beta chrání před defosforylací a stabilizuje aktivitu lipidové kinázy“. Journal of Cell Science. 119 (Pt 17): 3613–21. doi:10.1242 / jcs.03104. PMID 16912074.
^ Hsu NY, Ilnytska O, Belov G, Santiana M, Chen YH, Takvorian PM, Pau C, van der Schaar H, Kaushik-Basu N, Balla T, Cameron CE, Ehrenfeld E, van Kuppeveld FJ, Altan-Bonnet N (květen 2010). „Virová reorganizace sekreční dráhy generuje odlišné organely pro replikaci RNA“. Buňka. 141 (5): 799–811. doi:10.1016 / j.cell.2010.03.050. PMC 2982146. PMID 20510927.
^ McNamara CW, Lee MC, Lim CS, Lim SH, Roland J, Simon O, Yeung BK, Chatterjee AK, McCormack SL, Manary MJ, Zeeman AM, Dechering KJ, Kumar TS, Henrich PP, Gagaring K, Ibanez M, Kato N , Kuhen KL, Fischli C, Nagle A, Rottmann M, Plouffe DM, Bursulaya B, Meister S, Rameh L, Trappe J, Haasen D, Timmerman M, Sauerwein RW, Suwanarusk R, Russell B, Renia L, Nosten F, Tully DC, Kocken CH, Glynne RJ, Bodenreider C, Fidock DA, Diagana TT, Winzeler EA (prosinec 2013). „Cílení na Plasmodium PI (4) K k odstranění malárie“. Příroda. 504 (7479): 248–253. doi:10.1038 / příroda12782. PMC 3940870. PMID 24284631.
^ Burke JE, Inglis AJ, Perisic O, Masson GR, McLaughlin SH, Rutaganira F, Shokat KM, Williams RL (květen 2014). „Struktury komplexů PI4KIIIβ ukazují současný nábor Rab11 a jeho efektorů“. Věda. 344 (6187): 1035–8. doi:10.1126 / science.1253397. PMC 4046302. PMID 24876499.
^ Mesmin B, Bigay J, Polidori J, Jamecna D, Lacas-Gervais S, Antonny B (listopad 2017). „Přenos sterolu, spotřeba PI4P a kontrola pořadí membránových lipidů endogenním OSBP“. Časopis EMBO. 36 (21): 3156–3174. doi:10.15252 / embj.201796687. PMC 5666618. PMID 28978670.

Další čtení

Balla A, Balla T (červenec 2006). "Fosfatidylinositol 4-kinázy: staré enzymy s objevujícími se funkcemi". Trendy v buněčné biologii. 16 (7): 351–61. doi:10.1016 / j.tcb.2006.05.003. PMID 16793271.
Balla T (červenec 2013). „Fosfoinositidy: drobné lipidy s obrovským dopadem na regulaci buněk“. Fyziologické recenze. 93 (3): 1019–137. doi:10.1152 / physrev.00028.2012. PMC 3962547. PMID 23899561.
Altan-Bonnet N, Balla T (červenec 2012). „Fosfatidylinositol 4-kinázy: rukojmí využívaní k budování panvirových replikačních platforem“. Trendy v biochemických vědách. 37 (7): 293–302. doi:10.1016 / j.tibs.2012.03.004. PMC 3389303. PMID 22633842.
Minogue S, Waugh MG (2012). „Fosfatidylinositol 4-kinázy: nenazývejte to návratem“. Subcelulární biochemie. Subcelulární biochemie. 58: 1–24. doi:10.1007/978-94-007-3012-0_1. ISBN 978-94-007-3011-3. PMID 22403072.
Kutateladze TG (červenec 2010). "Překlad fosfoinositidového kódu PI efektory". Přírodní chemická biologie. 6 (7): 507–13. doi:10.1038 / nchembio.390. PMC 3182472. PMID 20559318.
Tan J, Brill JA (2014). „Příběh Popelky: PI4P jde od předchůdce ke klíčové signální molekule“. Kritické recenze v biochemii a molekulární biologii. 49 (1): 33–58. doi:10.3109/10409238.2013.853024. PMID 24219382.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000143393 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038861 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9020160-5] Meyers R, Cantley LC (únor 1997). "Klonování a charakterizace lidské fosfatidylinositol 4-kinázy citlivé na wortmannin". The Journal of Biological Chemistry. 272 (7): 4384–90. doi:10.1074 / jbc.272.7.4384. PMID 9020160.

[pmid9405938-6] Saito T, Seki N, Ishii H, Ohira M, Hayashi A, Kozuma S, Hori T (srpen 1997). „Doplňkové klonování DNA a chromozomální mapování nového genu pro fosfatidylinositol kinázu“. Výzkum DNA. 4 (4): 301–5. doi:10.1093 / dnares / 4.4.301. PMID 9405938.

[entrez-7] „Entrez Gene: PIK4CB fosfatidylinositol 4-kináza, katalytická, beta polypeptid“.

[8] Graaf P, Klapisz EE, Schulz TK, Cremers AF, Verkleij AJ, van Bergen en Henegouwen PM (duben 2002). "Jaderná lokalizace fosfatidylinositol 4-kinázy beta". Journal of Cell Science. 115 (Pt 8): 1769–75. PMID 11950893.

[9] Godi A, Pertile P, Meyers R, Marra P, Di Tullio G, Iurisci C, Luini A, Corda D, De Matteis MA (září 1999). „ARF zprostředkovává nábor PtdIns-4-OH kinázy-beta a stimuluje syntézu PtdIns (4,5) P2 v komplexu Golgi“. Přírodní buněčná biologie. 1 (5): 280–7. doi:10.1038/12993. PMID 10559940.

[10] Graaf P, Zwart WT, van Dijken RA, Deneka M, Schulz TK, Geijsen N, Coffer PJ, Gadella BM, Verkleij AJ, van der Sluijs P, van Bergen en Henegouwen PM (duben 2004). „Fosfatidylinositol 4-kinasebeta je zásadní pro funkční asociaci rab11 s komplexem Golgi“. Molekulární biologie buňky. 15 (4): 2038–47. doi:10,1091 / mbc.E03-12-0862. PMC 379297. PMID 14767056.

[11] Sasaki J, Ishikawa K, Arita M, Taniguchi K (únor 2012). „Nábor PI4KB zprostředkovaný ACBD3 na replikační místa RNA picornaviru“. Časopis EMBO. 31 (3): 754–66. doi:10.1038 / emboj.2011.429. PMC 3273392. PMID 22124328.

[12] Greninger AL, Knudsen GM, Betegon M, Burlingame AL, DeRisi JL (duben 2013). „Interakce ACBD3 s proteinem TBC1 domény 22 je odlišně ovlivněna vazbou enterovirového a kobuvirového proteinu 3A“. mBio. 4 (2): e00098-13. doi:10,1 128 / mBio. 00098-13. PMC 3622926. PMID 23572552.

[13] Hausser A, Storz P, Märtens S, Link G, Toker A, Pfizenmaier K (září 2005). „Protein kináza D reguluje vezikulární transport fosforylací a aktivací fosfatidylinositol-4 kinázy IIIbeta v komplexu Golgi“. Přírodní buněčná biologie. 7 (9): 880–6. doi:10.1038 / ncb1289. PMC 1458033. PMID 16100512.

[14] Hausser A, Link G, Hoene M, Russo C, Selchow O, Pfizenmaier K (září 2006). „Fosfo-specifická vazba 14-3-3 proteinů na fosfatidylinositol 4-kinázu III beta chrání před defosforylací a stabilizuje aktivitu lipidové kinázy“. Journal of Cell Science. 119 (Pt 17): 3613–21. doi:10.1242 / jcs.03104. PMID 16912074.

[15] Hsu NY, Ilnytska O, Belov G, Santiana M, Chen YH, Takvorian PM, Pau C, van der Schaar H, Kaushik-Basu N, Balla T, Cameron CE, Ehrenfeld E, van Kuppeveld FJ, Altan-Bonnet N (květen 2010). „Virová reorganizace sekreční dráhy generuje odlišné organely pro replikaci RNA“. Buňka. 141 (5): 799–811. doi:10.1016 / j.cell.2010.03.050. PMC 2982146. PMID 20510927.

[16] McNamara CW, Lee MC, Lim CS, Lim SH, Roland J, Simon O, Yeung BK, Chatterjee AK, McCormack SL, Manary MJ, Zeeman AM, Dechering KJ, Kumar TS, Henrich PP, Gagaring K, Ibanez M, Kato N , Kuhen KL, Fischli C, Nagle A, Rottmann M, Plouffe DM, Bursulaya B, Meister S, Rameh L, Trappe J, Haasen D, Timmerman M, Sauerwein RW, Suwanarusk R, Russell B, Renia L, Nosten F, Tully DC, Kocken CH, Glynne RJ, Bodenreider C, Fidock DA, Diagana TT, Winzeler EA (prosinec 2013). „Cílení na Plasmodium PI (4) K k odstranění malárie“. Příroda. 504 (7479): 248–253. doi:10.1038 / příroda12782. PMC 3940870. PMID 24284631.

[17] Burke JE, Inglis AJ, Perisic O, Masson GR, McLaughlin SH, Rutaganira F, Shokat KM, Williams RL (květen 2014). „Struktury komplexů PI4KIIIβ ukazují současný nábor Rab11 a jeho efektorů“. Věda. 344 (6187): 1035–8. doi:10.1126 / science.1253397. PMC 4046302. PMID 24876499.

[18] Mesmin B, Bigay J, Polidori J, Jamecna D, Lacas-Gervais S, Antonny B (listopad 2017). „Přenos sterolu, spotřeba PI4P a kontrola pořadí membránových lipidů endogenním OSBP“. Časopis EMBO. 36 (21): 3156–3174. doi:10.15252 / embj.201796687. PMC 5666618. PMID 28978670.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]