SRNA Mycobacterium tuberculosis - Mycobacterium tuberculosis sRNA

Sekundární struktura z b55, jedna ze sRNA experimentálně potvrzená v M. tuberculosis

Mycobacterium tuberculosis obsahuje nejméně devět malá RNA rodiny v jeho genom.^[1] Malé rodiny RNA (sRNA) byly identifikovány pomocí RNomics - přímé analýzy molekul RNA izolovaných z kultur z Mycobacterium tuberculosis.^[2]^[3] SRNA byly charakterizovány prostřednictvím Mapování RACE a Northern blot experimenty.^[1] Sekundární struktury sRNA bylo předpovězeno pomocí Mfold.^[4]

sRNAPredict2 - a bioinformatika nástroj - navrhuje 56 domnělých sRNA M. tuberculosis, ačkoli tyto teprve musí být experimentálně ověřeny.^[5] Hfq protein homology dosud nebyly nalezeny v M. tuberculosis;^[6] alternativní cesta - potenciálně zahrnující konzervované C -rich motivy - byl teoretizován, aby umožnil trans-působící funkce sRNA.^[1]

Ukázalo se, že sRNA mají důležitý význam fyziologický role v M. tuberculosis. Nadměrná exprese G2 sRNA například zabránila růstu M. tuberculosis a výrazně snížil růst M. smegmatis; ASdes sRNA je považována za cis působící regulátor a mastné kyseliny desaturase (desA2), zatímco ASpks je nalezen s otevřený čtecí rámec pro Polyketid syntáza -12 (pks12) a je regulátor antisense z pks12 mRNA.^[1]

SRNA ncrMT1302 bylo zjištěno, že je lemován MT1302 a MT1303 otevřené čtecí rámce. MT1302 kóduje adenylyl cykláza který převádí ATP na tábor, je exprese ncrMT1302 regulována cAMP a pH.^[7]

McR7 sRNA kódovaná mcr7 gen moduluje překlad tatC mRNA a ovlivňuje činnost Twin Arginine Translocation (Tat) sekreční proteinový aparát.^[8]

npcTB_6715 je první sRNA identifikovaná jako potenciální biomarker pro detekci MTB u pacientů.^[9]

Viz také

Reference

^ ^A ^b ^C ^d Arnvig KB, Young DB (srpen 2009). "Identifikace malých RNA v Mycobacterium tuberculosis". Molekulární mikrobiologie. 73 (3): 397–408. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06777.x. PMC 2764107. PMID 19555452.
^ Vogel J, Bartels V, Tang TH, Churakov G, Slagter-Jäger JG, Hüttenhofer A, Wagner EG (listopad 2003). „RNomics in Escherichia coli detekuje nové druhy sRNA a indikuje paralelní transkripční výstup v bakteriích“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (22): 6435–6443. doi:10,1093 / nar / gkg867. PMC 275561. PMID 14602901.
^ Kawano M, Reynolds AA, Miranda-Rios J, Storz G (2005). "Detekce 5'- a 3'-UTR odvozených malých RNA a cis-kódovaných antisense RNA v Escherichia coli". Výzkum nukleových kyselin. 33 (3): 1040–1050. doi:10.1093 / nar / gki256. PMC 549416. PMID 15718303.
^ Zuker M (červenec 2003). „Mfold webový server pro skládání nukleových kyselin a predikci hybridizace“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (13): 3406–3415. doi:10,1093 / nar / gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.
^ Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). „Identifikace 17 sRNA Pseudomonas aeruginosa a predikce genů kódujících sRNA u 10 různých patogenů pomocí bioinformatického nástroje sRNAPredict2“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (12): 3484–3493. doi:10.1093 / nar / gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723.^{[mrtvý odkaz ]}
^ Sun X, Zhulin I, Wartell RM (září 2002). "Předpovídaná struktura a fyletická distribuce proteinu Hfq vázajícího RNA". Výzkum nukleových kyselin. 30 (17): 3662–3671. doi:10.1093 / nar / gkf508. PMC 137430. PMID 12202750.
^ Pelly S, Bishai WR, Lamichhane G (květen 2012). „Screening pro nekódující RNA v Mycobacterium tuberculosis odhaluje RNA reagující na cAMP, která je exprimována během infekce“. Gen. 500 (1): 85–92. doi:10.1016 / j.gene.2012.03.044. PMC 3340464. PMID 22446041.
^ Solans L, Gonzalo-Asensio J, Sala C, Benjak A, Uplekar S, Rougemont J, Guilhot C, Malaga W, Martín C, Cole ST (květen 2014). „PhoP-dependentní ncRNA Mcr7 moduluje sekreční systém TAT u Mycobacterium tuberculosis“. PLoS patogeny. 10 (5): e1004183. doi:10.1371 / journal.ppat.1004183. PMC 4038636. PMID 24874799.
^ Kanniappan P, Ahmed SA, Rajasekaram G, Marimuthu C, Ch'ng ES, Lee LP, Raabe CA, Rozhdestvensky TS, Tang TH (říjen 2017). „RNomická identifikace a hodnocení npcTB_6715, neprotein kódujícího RNA genu jako potenciálního biomarkeru pro detekci Mycobacterium tuberculosis“. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 21 (10): 2276–2283. doi:10,1111 / jcmm.13148. PMC 5618688. PMID 28756649.

Další čtení

Pánek J, Bobek J, Mikulík K, Basler M, Vohradský J (květen 2008). „Biokomputační predikce malých nekódujících RNA ve Streptomyces“. BMC Genomics. 9: 217. doi:10.1186/1471-2164-9-217. PMC 2422843. PMID 18477385.
Livny J, Waldor MK (duben 2007). "Identifikace malých RNA u různých bakteriálních druhů". Současný názor v mikrobiologii. 10 (2): 96–101. doi:10.1016 / j.mib.2007.03.005. PMID 17383222.
Cole ST, Brosch R, Parkhill J, Garnier T, Churcher C, Harris D a kol. (Červen 1998). „Dešifrování biologie Mycobacterium tuberculosis z úplné sekvence genomu“. Příroda. 393 (6685): 537–544. doi:10.1038/31159. PMID 9634230.
Arnvig KB, Gopal B, Papavinasasundaram KG, Cox RA, Colston MJ (únor 2005). „Mechanismus upstream aktivace v rrnB operonu Mycobacterium smegmatis se liší od paradigmatu Escherichia coli“. Mikrobiologie. 151 (Pt 2): 467–473. doi:10,1099 / mic. 0,27597-0. PMID 15699196.
Matsunaga I, Bhatt A, Young DC, Cheng TY, Eyles SJ, Besra GS, Briken V, Porcelli SA, Costello CE, Jacobs WR, Moody DB (prosinec 2004). „Mycobacterium tuberculosis pks12 produkuje nový polyketid prezentovaný CD1c T buňkám“. The Journal of Experimental Medicine. 200 (12): 1559–1569. doi:10.1084 / jem.20041429. PMC 2211992. PMID 15611286.

[Arn09-1] A ^b ^C ^d Arnvig KB, Young DB (srpen 2009). "Identifikace malých RNA v Mycobacterium tuberculosis". Molekulární mikrobiologie. 73 (3): 397–408. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06777.x. PMC 2764107. PMID 19555452.

[2] Vogel J, Bartels V, Tang TH, Churakov G, Slagter-Jäger JG, Hüttenhofer A, Wagner EG (listopad 2003). „RNomics in Escherichia coli detekuje nové druhy sRNA a indikuje paralelní transkripční výstup v bakteriích“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (22): 6435–6443. doi:10,1093 / nar / gkg867. PMC 275561. PMID 14602901.

[3] Kawano M, Reynolds AA, Miranda-Rios J, Storz G (2005). "Detekce 5'- a 3'-UTR odvozených malých RNA a cis-kódovaných antisense RNA v Escherichia coli". Výzkum nukleových kyselin. 33 (3): 1040–1050. doi:10.1093 / nar / gki256. PMC 549416. PMID 15718303.

[4] Zuker M (červenec 2003). „Mfold webový server pro skládání nukleových kyselin a predikci hybridizace“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (13): 3406–3415. doi:10,1093 / nar / gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.

[5] Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). „Identifikace 17 sRNA Pseudomonas aeruginosa a predikce genů kódujících sRNA u 10 různých patogenů pomocí bioinformatického nástroje sRNAPredict2“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (12): 3484–3493. doi:10.1093 / nar / gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723.^{[mrtvý odkaz ]}

[6] Sun X, Zhulin I, Wartell RM (září 2002). "Předpovídaná struktura a fyletická distribuce proteinu Hfq vázajícího RNA". Výzkum nukleových kyselin. 30 (17): 3662–3671. doi:10.1093 / nar / gkf508. PMC 137430. PMID 12202750.

[pmid22446041-7] Pelly S, Bishai WR, Lamichhane G (květen 2012). „Screening pro nekódující RNA v Mycobacterium tuberculosis odhaluje RNA reagující na cAMP, která je exprimována během infekce“. Gen. 500 (1): 85–92. doi:10.1016 / j.gene.2012.03.044. PMC 3340464. PMID 22446041.

[8] Solans L, Gonzalo-Asensio J, Sala C, Benjak A, Uplekar S, Rougemont J, Guilhot C, Malaga W, Martín C, Cole ST (květen 2014). „PhoP-dependentní ncRNA Mcr7 moduluje sekreční systém TAT u Mycobacterium tuberculosis“. PLoS patogeny. 10 (5): e1004183. doi:10.1371 / journal.ppat.1004183. PMC 4038636. PMID 24874799.

[9] Kanniappan P, Ahmed SA, Rajasekaram G, Marimuthu C, Ch'ng ES, Lee LP, Raabe CA, Rozhdestvensky TS, Tang TH (říjen 2017). „RNomická identifikace a hodnocení npcTB_6715, neprotein kódujícího RNA genu jako potenciálního biomarkeru pro detekci Mycobacterium tuberculosis“. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 21 (10): 2276–2283. doi:10,1111 / jcmm.13148. PMC 5618688. PMID 28756649.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]