Escherichia coli sRNA - Escherichia coli sRNA

Escherichia coli obsahuje řadu malé RNA nacházející se v intergenové oblasti jeho genom. Přítomnost nejméně 55 z nich byla ověřena experimentálně.[1] 275 potenciálního kódování sRNA loci byly identifikovány výpočetně pomocí programu QRNA. Tyto lokusy budou zahrnovat falešně pozitivní výsledky, takže počet genů sRNA v E-coli bude pravděpodobně méně než 275.[2] Výpočetní obrazovka založená na promotér sekvence rozpoznávané faktor sigma sigma 70 a dále Rho -nezávislý terminátory předpovědělo 24 domnělých genů sRNA, 14 z nich bylo experimentálně ověřeno Northern blot. Experimentálně ověřené sRNA zahrnovaly dobře charakterizované sRNA RprA a RyhB. Mnoho sRNA identifikovaných na této obrazovce, včetně RprA, RyhB, SraB a SraL, jsou exprimovány pouze ve stacionární fázi růstu bakteriálních buněk.[3] Obrazovka pro geny sRNA založená na homologie na Salmonella a Klebsiella identifikovalo 59 kandidátských genů sRNA. Z této sady kandidátských genů microarray analýza a Northern blot potvrdily existenci 17 dříve nepopsaných sRNA, z nichž mnohé se váží na garde protein Hfq a regulovat překlad RpoS (Sigma 38 ).[4] UptR sRNA přepsaná z uptR Gen je zapojen do potlačení extracytoplazmatické toxicity snížením množství toxického hybridního proteinu vázaného na membránu.[5]

Pojmenována sRNA zvyšující motilitu buněk Esr41, byl objeven v intergenní oblasti patogenních enterohemoragických E-coli (EHEC) O157: H7 Sakai. Sekvence Esr41 není přítomna u nepatogenních látek E-coli K12, ale sRNA může také indukovat buněčnou motilitu v K12, což naznačuje, že cílové geny kontrolované Esr41 jsou přítomny v obou E-coli.[6]

Trans-kódovaná malá RNA RalA má 16 nukleotidů komplementárních ke kódující oblasti mRNA toxinu RalR. RalA funguje jako antitoxin tím, že brání translaci RalR (nespecifický endonukleáza který štěpí methylovanou a nemetylovanou DNA). Jeho aktivita vyžaduje RNA chaperon Hfq. RalR a RalA tvoří typ I. toxin-antitoxin (TA) systém. Lokalita RalR / RaLA TA je zodpovědná za rezistenci na antibiotikum fosfomycin v E-coli.[7]

Hluboké sekvenování RNA exprimované během chemického stresu a fermentace s vysokou hustotou buněk objevilo 253 nových intergenních transkriptů, které se přidávaly k zhruba 200 intergenním sRNA dříve popsaným v E-coli. Několik sRNA vykazovalo specifické expresní vzorce během fermentace s vysokou hustotou buněk a jsou odlišně exprimovány v přítomnosti více chemikálií, což naznačuje, že mohou hrát roli během stresových podmínek. Nové sRNA vykazující diferenciální expresi v několika stresových podmínkách byly: ES003, ES036, ES056, ES098, ES173, ES180, ES205, ES220, ES222, ES239.[8]

Esre sRNA pro "esenciální malou RNA v E-coli", se nachází ve 3 'části yigP gen[9] (také známý jako ubiJ), který se podílí na biosyntéze koenzymu Q8 v Escherichia coli a Salmonella enterica serovar Typhimurium.

AgrB antisenová RNA (ArsR-Gov rgen egionu B) je transkribován naproti dinQ (překládá se do toxického jediného transmembránového peptidu) s 30 komplementárními nukleotidy. AgrB Zdá se, že potlačuje akumulaci dinQ interferencí RNA a působí proti její toxicitě.[10]

Reference

  1. ^ Hershberg R, Altuvia S, Margalit H (duben 2003). „Průzkum malých genů kódujících RNA v Escherichia coli“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (7): 1813–1820. doi:10.1093 / nar / gkg297. PMC  152812. PMID  12654996.
  2. ^ Rivas E, Klein RJ, Jones TA, Eddy SR (září 2001). "Výpočetní identifikace nekódujících RNA v E. coli srovnávací genomikou". Aktuální biologie. 11 (17): 1369–1373. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00401-8. PMID  11553332.
  3. ^ Argaman L, Hershberg R, Vogel J, Bejerano G, Wagner EG, Margalit H, Altuvia S (červen 2001). „Nové malé geny kódující RNA v intergenních oblastech Escherichia coli“. Aktuální biologie. 11 (12): 941–950. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID  11448770.
  4. ^ Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (červenec 2001). „Identifikace nových malých RNA pomocí komparativní genomiky a mikročipů“. Geny a vývoj. 15 (13): 1637–1651. doi:10,1101 / gad.901001. PMC  312727. PMID  11445539.
  5. ^ Guigueno A, Dassa J, Belin P, Boquet PL (únor 2001). „Nadměrná syntéza nové malé RNA z Escherichia coli potlačuje exportní toxicitu nedokonalých periplazmatických proteinů DsbA'-PhoA“. Journal of Bacteriology. 183 (4): 1147–1158. doi:10.1128 / JB.183.4.1147-1158.2001. PMC  94987. PMID  11157926.
  6. ^ Sudo N, Soma A, Muto A, Iyoda S, Suh M, Kurihara N, Abe H, Tobe T, Ogura Y, Hayashi T, Kurokawa K, Ohnishi M, Sekine Y (2014-01-01). „Nová malá regulační RNA zvyšuje motilitu buněk u enterohemoragické Escherichia coli“. The Journal of General and Applied Microbiology. 60 (1): 44–50. doi:10,2323 / jgam.60,44. PMID  24646762.
  7. ^ Guo Y, Quiroga C, Chen Q, McAnulty MJ, Benedik MJ, Wood TK, Wang X (červen 2014). „RalR (DNáza) a RalA (malá RNA) tvoří toxin-antitoxinový systém typu I v Escherichia coli“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (10): 6448–6462. doi:10.1093 / nar / gku279. PMC  4041452. PMID  24748661.
  8. ^ Rau MH, Bojanovič K, Nielsen AT, Long KS (prosinec 2015). „Diferenciální exprese malých RNA pod chemickým stresem a fed-batch fermentací v E. coli“. BMC Genomics. 16: 1051. doi:10.1186 / s12864-015-2231-8. PMC  4676190. PMID  26653712. CC-BY icon.svg Tento článek obsahuje citace z tohoto zdroje, který je k dispozici pod Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) licence.
  9. ^ Chen Z, Wang Y, Li Y, Li Y, Fu N, Ye J, Zhang H (duben 2012). „Esre: nová základní nekódující RNA v Escherichia coli“. FEBS Dopisy. 586 (8): 1195–1200. doi:10.1016 / j.febslet.2012.03.010. PMID  22575655.
  10. ^ Weel-Sneve R, Kristiansen KI, Odsbu I, Dalhus B, Booth J, Rognes T, Skarstad K, Bjørås M (2013). „Jeden transmembránový peptid DinQ moduluje aktivity závislé na membráně“. Genetika PLOS. 9 (2): e1003260. doi:10.1371 / journal.pgen.1003260. PMC  3567139. PMID  23408903.

Další čtení