MBD3 - MBD3
Protein vázající doménu methyl-CpG 3 je protein že u lidí je kódován MBD3 gen.[5][6][7]
Funkce
Methylace DNA je hlavní modifikací eukaryotických genomů a hraje zásadní roli ve vývoji savců. Lidské proteiny MECP2, MBD1, MBD2, MBD3 a MBD4 obsahují rodinu jaderných proteinů souvisejících s přítomností v každém z a vazebná doména methyl-CpG (MBD). Na rozdíl od ostatních členů rodiny však MBD3 není schopen vázat se na methylovanou DNA, ale místo toho se váže na hydroxymethylovaná DNA.[8] Předpokládaný protein MBD3 má 71% a 94% identitu s MBD2 (izoforma 1) a myší Mbd3. MBD3 je podjednotka NuRD, multisubunitový komplex obsahující přestavbu nukleosomů a aktivity histon-deacetylázy. MBD3 zprostředkovává asociaci proteinu 2 spojeného s metastázami (MTA2) s komplexem histon-deacetylázy.[7]
MBD3 také obsahuje svinutá cívka doména společná pro všechny tři izoformy MBD3. Doména coiled-coil, ale nikoli doména MBD, pomáhá udržovat pluripotenci embryonálních kmenových buněk prostřednictvím náboru polycomb represivní komplex 2 do podskupiny genů spojených s vývojem a organogenezí, čímž se vytváří stabilní transkripční represi.[9]
Interakce
MBD3 bylo prokázáno komunikovat s:
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000071655 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000035478 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Hendrich B, Bird A (listopad 1998). "Identifikace a charakterizace rodiny savčích methyl-CpG vazebných proteinů". Molekulární a buněčná biologie. 18 (11): 6538–47. doi:10.1128 / mcb.18.11.6538. PMC 109239. PMID 9774669.
- ^ Hendrich B, Abbott C, McQueen H, Chambers D, Cross S, Bird A (září 1999). "Genomická struktura a chromozomální mapování myšího a lidského genu Mbd1, Mbd2, Mbd3 a Mbd4". Savčí genom. 10 (9): 906–12. doi:10,1007 / s003359901112. PMID 10441743. S2CID 819148.
- ^ A b „Entrez Gene: MBD3 methyl-CpG protein vázající doménu 3“.
- ^ Yildirim O, Li R, Hung JH, Chen PB, Dong X, Ee LS, Weng Z, Rando OJ, Fazzio TG (prosinec 2011). „Komplex Mbd3 / NURD reguluje expresi genů označených 5-hydroxymethylcytosinem v embryonálních kmenových buňkách“. Buňka. 147 (7): 1498–510. doi:10.1016 / j.cell.2011.11.054. PMC 3252821. PMID 22196727.
- ^ Hirasaki M, Ueda A, Asaka MN, Uranishi K, Suzuki A, Kohda M, Mizuno Y, Okazaki Y, Nishimoto M, Sharif J, Koseki H, Okuda A (květen 2018). „Identifikace domény Coiled-Coil jako základního prvku Mbd3 pro zachování potenciálu závazku linie u embryonálních kmenových buněk“. Kmenové buňky. 36 (9): 1355–1367. doi:10,1002 / kmen. 2849. PMID 29761578.
- ^ A b C Sakai H, Urano T, Ookata K, Kim MH, Hirai Y, Saito M, Nojima Y, Ishikawa F (prosinec 2002). „MBD3 a HDAC1, dvě složky komplexu NuRD, jsou lokalizovány v centrosomech pozitivních na Aurora-A v M fázi“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (50): 48714–23. doi:10,1074 / jbc.M208461200. PMID 12354758.
- ^ Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (říjen 2002). „Dva vysoce příbuzné proteiny p66 obsahují novou rodinu silných transkripčních represorů interagujících s MBD2 a MBD3“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 40958–66. doi:10,1074 / jbc.M207467200. PMID 12183469.
- ^ Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (leden 2002). „Identifikace a funkční charakterizace složek p66 / p68 komplexu MeCP1“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (2): 536–46. doi:10.1128 / MCB.22.2.536-546.2002. PMC 139742. PMID 11756549.
- ^ A b C Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (srpen 1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Geny a vývoj. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.
- ^ A b Saito M, Ishikawa F (září 2002). „Doména vázající mCpG lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje se složkami NuRD / Mi2 HDAC1 a MTA2“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (38): 35434–9. doi:10,1074 / jbc.M203455200. PMID 12124384.
- ^ Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP (prosinec 2004). „MBD3L1 je transkripční represor, který interaguje s proteinem vázajícím methyl-CpG 2 (MBD2) a složkami komplexu NuRD“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (50): 52456–64. doi:10,1074 / jbc.M409149200. PMID 15456747.
Další čtení
- Shen L, Zhang Y (červen 2013). „5-Hydroxymethylcytosin: generace, osud a genomová distribuce“. Současný názor na buněčnou biologii. 25 (3): 289–96. doi:10.1016 / j.ceb.2013.02.017. PMC 4060438. PMID 23498661.
- Abbott WM, Mellor A, Edwards Y, Feizi T (duben 1989). „Rozpustný lektin vázající hovězí galaktózu. Klonování cDNA odhaluje kompletní aminokyselinovou sekvenci a antigenní vztah s hlavní encefalitogenní doménou myelinového bazického proteinu“. The Biochemical Journal. 259 (1): 283–90. doi:10.1042 / bj2590283. PMC 1138502. PMID 2470348.
- Zhang Y, LeRoy G, Seelig HP, Lane WS, Reinberg D (říjen 1998). „Dermatomyositis specifický autoantigen Mi2 je složkou komplexu obsahujícího aktivity histon-deacetylázy a aktivity remodelace nukleosomů“. Buňka. 95 (2): 279–89. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81758-4. PMID 9790534. S2CID 18786866.
- Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (říjen 1998). "Deacetylace chromatinu komplexem remodelace nukleosomů závislým na ATP". Příroda. 395 (6705): 917–21. Bibcode:1998 Natur.395..917T. doi:10.1038/27699. PMID 9804427. S2CID 4355885.
- Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (srpen 1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Geny a vývoj. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.
- Wade PA, Gegonne A, Jones PL, Ballestar E, Aubry F, Wolffe AP (září 1999). "Komplex Mi-2 spojuje methylaci DNA s remodelací chromatinu a deacetylací histonu". Genetika přírody. 23 (1): 62–6. doi:10.1038/12664. PMID 10471500. S2CID 52868103.
- Tatematsu KI, Yamazaki T, Ishikawa F (srpen 2000). „Komplex MBD2-MBD3 se váže na hemi-methylovanou DNA a tvoří komplex obsahující DNMT1 v ohniscích replikace v pozdní fázi S“. Geny do buněk. 5 (8): 677–88. doi:10.1046 / j.1365-2443.2000.00359.x. PMID 10947852. S2CID 25185979.
- Humphrey GW, Wang Y, Russanova VR, Hirai T, Qin J, Nakatani Y, Howard BH (březen 2001). „Stabilní komplexy histon-deacetylázy se vyznačují přítomností proteinů domény SANT CoREST / kiaa0071 a Mta-L1“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (9): 6817–24. doi:10,1074 / jbc.M007372200. PMID 11102443.
- Shi Y, Downes M, Xie W, Kao HY, Ordentlich P, Tsai CC, Hon M, Evans RM (květen 2001). „Sharp, indukovatelný kofaktor, který integruje represi a aktivaci jaderných receptorů“. Geny a vývoj. 15 (9): 1140–51. doi:10,1101 / gad. 871201. PMC 312688. PMID 11331609.
- Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (leden 2002). „Identifikace a funkční charakterizace složek p66 / p68 komplexu MeCP1“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (2): 536–46. doi:10.1128 / MCB.22.2.536-546.2002. PMC 139742. PMID 11756549.
- Schlegel J, Güneysu S, Mennel HD (2002). "Exprese genů proteinů vázajících methylovou doménu v lidských gliomech". Zprávy o onkologii. 9 (2): 393–5. doi:10.3892 / nebo 9.2.293. PMID 11836615.
- Saito M, Ishikawa F (září 2002). „Doména vázající mCpG lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje se složkami NuRD / Mi2 HDAC1 a MTA2“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (38): 35434–9. doi:10,1074 / jbc.M203455200. PMID 12124384.
- Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (říjen 2002). „Dva vysoce příbuzné proteiny p66 obsahují novou rodinu silných transkripčních represorů interagujících s MBD2 a MBD3“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 40958–66. doi:10,1074 / jbc.M207467200. PMID 12183469.
- Sakai H, Urano T, Ookata K, Kim MH, Hirai Y, Saito M, Nojima Y, Ishikawa F (prosinec 2002). „MBD3 a HDAC1, dvě složky komplexu NuRD, jsou lokalizovány v centrosomech pozitivních na Aurora-A v M fázi“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (50): 48714–23. doi:10,1074 / jbc.M208461200. PMID 12354758.
- Fujita N, Jaye DL, Kajita M, Geigerman C, Moreno CS, Wade PA (duben 2003). „MTA3, podjednotka komplexu Mi-2 / NuRD, reguluje invazivní růstovou cestu u rakoviny prsu“. Buňka. 113 (2): 207–19. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00234-4. PMID 12705869. S2CID 5773916.
- Fujita N, Jaye DL, Geigerman C, Akyildiz A, Mooney MR, Boss JM, Wade PA (říjen 2004). „MTA3 a komplex Mi-2 / NuRD regulují buněčný osud během diferenciace B lymfocytů“. Buňka. 119 (1): 75–86. doi:10.1016 / j.cell.2004.09.014. PMID 15454082. S2CID 17391732.