MBD1 - MBD1
Protein domény vázající methyl-CpG 1 je protein že u lidí je kódován MBD1 gen.[5][6][7] Protein kódovaný MBD1 se váže na methylovaný sekvence v DNA, a tím ovlivňuje transkripce. Váže se na řadu methylovaných sekvencí a zdá se, že zprostředkovává represi genové exprese. Bylo prokázáno, že hraje roli v modifikaci chromatinu prostřednictvím interakce s histonovou H3K9 methyltransferázou SETDB1. H3K9me3 je represivní modifikace.
Funkce
Methylace DNA je hlavní modifikací eukaryotických genomů a hraje zásadní roli ve vývoji savců. Lidské proteiny MECP2, MBD1, MBD2, MBD3 a MBD4 obsahují rodinu jaderných proteinů souvisejících přítomností v každé z vazebné domény methyl-CpG (MBD). Každý z těchto proteinů, s výjimkou MBD3, je schopen se specificky vázat na methylovanou DNA. MECP2, MBD1 a MBD2 mohou také potlačovat transkripci z promotorů methylovaného genu. Pět variant transkriptu MBD1 je generováno alternativním sestřihem, jehož výsledkem jsou proteinové izoformy, které obsahují jednu doménu MBD, dvě až tři domény bohaté na cysteiny (CXXC) a některé rozdíly na konci COOH. Všech pět variant transkriptu potlačuje transkripci z methylovaných promotorů; navíc varianty se třemi doménami CXXC také potlačují nemetylovanou aktivitu promotoru. MBD1 a MBD2 se mapují velmi blízko u sebe na chromozomu 18q21.[7]
Interakce
MBD1 bylo prokázáno komunikovat s ATF7IP,[8] CBX5,[9][10] CHAF1A[10] a SUV39H1.[9]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000141644 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024561 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Cross SH, Meehan RR, Nan X, Bird A (červenec 1997). „Složka transkripčního represoru MeCP1 sdílí motiv s DNA methyltransferázou a proteiny HRX“. Nat Genet. 16 (3): 256–9. doi:10.1038 / ng0797-256. PMID 9207790. S2CID 23475072.
- ^ Hendrich B, Abbott C, McQueen H, Chambers D, Cross S, Bird A (září 1999). "Genomická struktura a chromozomální mapování myšího a lidského genu Mbd1, Mbd2, Mbd3 a Mbd4". Mamm genom. 10 (9): 906–12. doi:10,1007 / s003359901112. PMID 10441743. S2CID 819148.
- ^ A b "Entrez Gene: MBD1 methyl-CpG vazebný doménový protein 1".
- ^ Fujita N, Watanabe S, Ichimura T, Ohkuma Y, Chiba T, Saya H, Nakao M (duben 2003). „MCAF zprostředkovává transkripční represi závislou na MBD1“. Mol. Buňka. Biol. 23 (8): 2834–43. doi:10.1128 / MCB.23.8.2834-2843.2003. PMC 152570. PMID 12665582.
- ^ A b Fujita N, Watanabe S, Ichimura T, Tsuruzoe S, Shinkai Y, Tachibana M, Chiba T, Nakao M (červen 2003). „Methyl-CpG vazebná doména 1 (MBD1) interaguje s heterochromatickým komplexem Suv39h1-HP1 pro transkripční represi založenou na methylaci DNA“. J. Biol. Chem. 278 (26): 24132–8. doi:10,1074 / jbc.M302283200. PMID 12711603.
- ^ A b Reese BE, Bachman KE, Baylin SB, Rountree MR (květen 2003). „Methyl-CpG vazebný protein MBD1 interaguje s podjednotkou p150 faktoru sestavy chromatinu 1“. Mol. Buňka. Biol. 23 (9): 3226–36. doi:10.1128 / MCB.23.9.3226-3236.2003. PMC 153189. PMID 12697822.
Další čtení
- Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Hendrich B, Bird A (1998). „Identifikace a charakterizace rodiny savčích proteinů vázajících methyl-CpG“. Mol. Buňka. Biol. 18 (11): 6538–47. doi:10.1128 / MCB.18.11.6538. PMC 109239. PMID 9774669.
- Ueba T, Kaspar B, Zhao X, Gage FH (1999). „Represe lidského fibroblastového růstového faktoru 2 novým transkripčním faktorem“. J. Biol. Chem. 274 (15): 10382–7. doi:10.1074 / jbc.274.15.10382. PMID 10187827.
- Fujita N, Takebayashi S, Okumura K, Kudo S, Chiba T, Saya H, Nakao M (1999). „Transkripční umlčování zprostředkované methylací v euchromatinu izoformami MBD1 vázajícími se na methyl-CpG“. Mol. Buňka. Biol. 19 (9): 6415–26. doi:10.1128 / MCB.19.9.6415. PMC 84611. PMID 10454587.
- Ohki I, Shimotake N, Fujita N, Nakao M, Shirakawa M (2000). "Struktura řešení domény vázající methyl-CpG metylačně závislého transkripčního represoru MBD1". EMBO J.. 18 (23): 6653–61. doi:10.1093 / emboj / 18.23.6653. PMC 1171728. PMID 10581239.
- Ng HH, Jeppesen P, Bird A (2000). "Aktivní represe methylovaných genů chromozomálním proteinem MBD1". Mol. Buňka. Biol. 20 (4): 1394–406. doi:10.1128 / MCB.20.4.1394-1406.2000. PMC 85293. PMID 10648624.
- Fujita N, Shimotake N, Ohki I, Chiba T, Saya H, Shirakawa M, Nakao M (2000). "Mechanismus transkripční regulace pomocí methyl-CpG vázajícího proteinu MBD1". Mol. Buňka. Biol. 20 (14): 5107–18. doi:10.1128 / MCB.20.14.5107-5118.2000. PMC 85960. PMID 10866667.
- Saito M, Ishikawa F (2002). „Doména vázající mCpG lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje se složkami NuRD / Mi2 HDAC1 a MTA2“. J. Biol. Chem. 277 (38): 35434–9. doi:10,1074 / jbc.M203455200. PMID 12124384.
- Beyer KS, Blasi F, Bacchelli E, Klauck SM, Maestrini E, Poustka A (2002). „Mutační analýza kódující sekvence genu MECP2 u infantilního autismu“. Hučení. Genet. 111 (4–5): 305–9. doi:10.1007 / s00439-002-0786-3. PMID 12384770. S2CID 16236528.
- Patra SK, Patra A, Zhao H, Carroll P, Dahiya R (2003). "Methyl-CpG-DNA vázající proteiny u lidské rakoviny prostaty: exprese sekvence CXXC obsahující MBD1 a represi MBD2 a MeCP2". Biochem. Biophys. Res. Commun. 302 (4): 759–66. doi:10.1016 / S0006-291X (03) 00253-5. PMID 12646234.
- Fujita N, Watanabe S, Ichimura T, Ohkuma Y, Chiba T, Saya H, Nakao M (2003). „MCAF zprostředkovává transkripční represi závislou na MBD1“. Mol. Buňka. Biol. 23 (8): 2834–43. doi:10.1128 / MCB.23.8.2834-2843.2003. PMC 152570. PMID 12665582.
- Reese BE, Bachman KE, Baylin SB, Rountree MR (2003). „Methyl-CpG vazebný protein MBD1 interaguje s podjednotkou p150 faktoru sestavy chromatinu 1“. Mol. Buňka. Biol. 23 (9): 3226–36. doi:10.1128 / MCB.23.9.3226-3236.2003. PMC 153189. PMID 12697822.
- Fujita N, Watanabe S, Ichimura T, Tsuruzoe S, Shinkai Y, Tachibana M, Chiba T, Nakao M (2003). „Methyl-CpG vazebná doména 1 (MBD1) interaguje s heterochromatickým komplexem Suv39h1-HP1 pro transkripční represi založenou na methylaci DNA“. J. Biol. Chem. 278 (26): 24132–8. doi:10,1074 / jbc.M302283200. PMID 12711603.
- Carney RM, Wolpert CM, Ravan SA, Shahbazian M, Ashley-Koch A, Cuccaro ML, Vance JM, Pericak-Vance MA (2003). "Identifikace mutací MeCP2 u řady žen s autistickou poruchou". Pediatr. Neurol. 28 (3): 205–11. doi:10.1016 / S0887-8994 (02) 00624-0. PMID 12770674.
- Georgel PT, Horowitz-Scherer RA, Adkins N, Woodcock CL, Wade PA, Hansen JC (2003). "Chromatinové zhutnění lidským MeCP2. Sestavení nových sekundárních chromatinových struktur bez přítomnosti methylace DNA". J. Biol. Chem. 278 (34): 32181–8. doi:10,1074 / jbc.M305308200. PMID 12788925.
- Watanabe S, Ichimura T, Fujita N, Tsuruzoe S, Ohki I, Shirakawa M, Kawasuji M, Nakao M (2004). „Methylovaná doména vázající DNA 1 a methylpurin – DNA glykosyláza spojují transkripční represi a opravu DNA v chromatinu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (22): 12859–64. doi:10.1073 / pnas.2131819100. PMC 240709. PMID 14555760.