Neallelická homologní rekombinace - Non-allelic homologous recombination

Neallelická homologní rekombinace (NAHR) je forma homologní rekombinace který se vyskytuje mezi dvěma délkami DNA které mají vysokou sekvenční podobnost, ale nejsou alely.[1][2][3]

Obvykle se vyskytuje mezi sekvencemi DNA, které byly dříve duplikováno prostřednictvím evoluce, a proto mají nízké opakování kopírování (LCR). Tyto opakující se prvky mají obvykle délku 10–300 kb a sdílejí 95-97% sekvenční identitu.[4] V době redukční dělení buněk nebo mitóza, LCR se mohou vychýlit a následně překračující může vést k genetickému přeskupení.[4] Když dojde k n alelické homologní rekombinaci mezi různými LCR, vypuštění nebo dále duplikace DNA. To může způsobit vzácnost genetické poruchy způsobené ztrátou nebo zvýšeným počtem kopií genů v odstraněné nebo duplikované oblasti. Může také přispět k variace počtu kopií vidět v některých genových shlucích.[5]

Protože LCR se často nacházejí v „hotspotech“ v lidském genomu, některé z nich chromozomální regiony jsou zvláště náchylné k NAHR.[1] Opakovaná přeskupení jsou variace nukleotidové sekvence nalezené u více jedinců, sdílející společnou velikost a umístění bodů zlomu.[4] Proto se více pacientů může projevit podobnými delecemi nebo duplikacemi, což vede k popisu genetiky syndromy. Mezi příklady patří Syndrom mikrodelece NF1, 17q21.3 syndrom opakované mikrodelece nebo Syndrom mikrodelece 3q29.[6][7][8]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Hurles, Matthew; et al. (2006), „Hotspoty rekombinace v neallelické homologní rekombinaci“, Genomické poruchy: Genomický základ nemoci, Humana Press, str. 341–355
  2. ^ Beckmann JS, Estivill X, Antonarakis SE (srpen 2007). "Kopírovat varianty počtu a genetické vlastnosti: blíže k rozlišení fenotypové na genotypovou variabilitu". Nat. Genet. 8 (8): 639–46. doi:10.1038 / nrg2149. PMID  17637735.
  3. ^ Colnaghi, Rita (červenec 2011). „Důsledky strukturálních genomových změn u lidí: genomové poruchy, genomová nestabilita a rakovina“. Semináře z buněčné a vývojové biologie. 22 (8): 875–885. doi:10.1016 / j.semcdb.2011.07.010. PMID  21802523.
  4. ^ A b C Colnaghi, Rita; Carpenter, Gillian; Volker, Marcel; O’Driscoll, Mark (01.10.2011). „Důsledky strukturálních genomových změn u lidí: genomové poruchy, genomová nestabilita a rakovina“. Semináře z buněčné a vývojové biologie. Polarizovaný růst a pohyb: Jak generovat nové tvary a struktury Rekombinace chromozomu. 22 (8): 875–885. doi:10.1016 / j.semcdb.2011.07.010. PMID  21802523.
  5. ^ Karn RC, Laukaitis CM (2009). „Mechanismus expanze a těkavost, kterou vytvořil ve třech klastrech feromonových genů v genomu myši (Mus musculus)“. Genome Biol Evol. 1: 494–503. doi:10.1093 / gbe / evp049. PMC  2839280. PMID  20333217.
  6. ^ Venturin M, Gervasini C, Orzan F a kol. (Červen 2004). "Důkazy o nehomologním spojování konců a neallelické homologní rekombinaci v atypických mikrodeletách NF1". Hučení. Genet. 115 (1): 69–80. doi:10.1007 / s00439-004-1101-2. PMID  15103551.
  7. ^ Koolen DA, Sharp AJ, Hurst JA a kol. (Listopad 2008). „Klinické a molekulární vymezení syndromu mikrodelece 17q21.31“. J. Med. Genet. 45 (11): 710–20. doi:10.1136 / jmg.2008.058701. PMC  3071570. PMID  18628315.
  8. ^ Willatt L, Cox J, Barber J a kol. (Červenec 2005). „Mikrodeleční syndrom 3q29: klinická a molekulární charakterizace nového syndromu“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 77 (1): 154–60. doi:10.1086/431653. PMC  1226188. PMID  15918153.