Lipothrixviridae - Lipothrixviridae

Lipothrixviridae
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:incertae sedis
Království:incertae sedis
Kmen:incertae sedis
Třída:incertae sedis
Objednat:Ligamenvirales
Rodina:Lipothrixviridae
Rody

Lipothrixviridae je rodina viry v pořadí Ligamenvirales. Termofilní archaea v království Crenarchaeota slouží jako přirození hostitelé. V současné době existuje v této rodině jedenáct druhů rozdělených mezi 4 rody.[1][2][3][4][5]

Taxonomie

Skupina: dsDNA

}}[2]

Rodina se skládá ze čtyř rodů: Alphalipothrixvirus, Betalipothrixvirus, Gammalipothrixvirus a Deltalipothrixvirus.[6] Jsou klasifikovány do rodů na základě jejich genomových vlastností a na rozmanitosti jejich koncových příloh, které se podílejí na rozpoznávání hostitelských buněk. Původně navrhovaný rod Alphalipothrixvirus, včetně viru Thermoproteus tenax 1, byl přejmenován Alphatristromavirus a přestěhoval se do rodiny Tristromaviridae.[7][8] V roce 2020 rod Alphalipothrixvirus byl znovu vytvořen pro klasifikaci vláknitého viru Sulfolobus 1 [9] a vláknitý virus Sulfolobales Beppu 2.[10]

V rodu Gammalipothrixvirus drápové struktury se nacházejí na obou koncích virionu.

Členové Lipothrixviridae sdílejí strukturní a genomové vlastnosti s viry z Rudiviridae rodina, která obsahuje neobalené viry ve tvaru tyčinky. Viry ze dvou rodin mají lineární dsDNA genomy a sdílejí až devět genů. Kromě toho jsou vláknité částice rudivirů a lipothrixvirů vytvořeny ze strukturně podobných homologních hlavních kapsidových proteinů. Kvůli těmto sdíleným vlastnostem jsou viry ze dvou rodin klasifikovány do pořadí Ligamenvirales.[11]

Členové Ligamenvirales strukturálně souvisí s viry rodiny Tristromaviridae které, podobně jako lipothrixviry, jsou obaleny a kódují dva paralogní hlavní kapsidové proteiny se stejným záhybem jako u ligamenvirů.[12] Kvůli těmto strukturálním podobnostem objednávejte Ligamenvirales a rodina Tristromaviridae bylo navrženo, aby byly sjednoceny do třídy „Tokiviricetes“ (toki znamená „vlákno“ v gruzínštině a viricetes je oficiální přípona pro třídu virů).[12]

Virologie

Viry jsou obalené a vláknité. Délka kapsidy se značně liší - 410–1950 nanometrů (nm) - a má průměr 24–38 nm. Obálka má jednovrstvou strukturu a obsahuje lipidy di-fytanyl-tetraetherů.

Z obou konců vironu jsou výstupky vybíhající z jádra přes obal. Samotná kapsida je protáhlá a vykazuje spirálovitou symetrii. Samotné jádro je spirálovité.

Existují dva hlavní kapsidové proteiny (MCP1 a MCP2). MCP1 a MCP2 tvoří heterodimer, který obklopuje lineární dsDNA genom a transformuje jej do A-formy. Interakce mezi genomem a MCP vede ke kondenzaci genomu do superhelixu virionu.[9][13][14] Genomy jsou lineární, až do délky 40 kb.[1]

RodStrukturaSymetrieCapsidGenomické uspořádáníGenomická segmentace
AlphalipothrixvirusVláknitéSpirálovitýObalLineárníMonopartitní
BetalipothrixvirusVláknitéSpirálovitýObalLineárníMonopartitní
GammalipothrixvirusVláknitéSpirálovitýObalLineárníMonopartitní
DeltalipothrixvirusVláknitéSpirálovitýObalLineárníMonopartitní

Životní cyklus

Virová replikace je cytoplazmatická. Vstupu do hostitelské buňky se dosáhne adsorpcí do hostitelské buňky. Bylo zjištěno, že vláknitý virus 1 Acidianus se váže na přívěsky podobné buněčným pili. Transkripce s templátem DNA je metoda transkripce. Archaea slouží jako přirozený hostitel. Přenosové cesty jsou pasivní šíření.[1]

RodPodrobnosti o hostiteliTkáňový tropismusVstupní údajePodrobnosti o vydáníReplikační webMísto montážePřenos
AlphalipothrixvirusArchea: SaccharolobusŽádnýInjekceNeznámýCytoplazmaCytoplazmaPasivní difúze
BetalipothrixvirusArchea: Acidianus, SaccharolobusŽádnýInjekceNeznámýCytoplazmaCytoplazmaPasivní difúze
GammalipothrixvirusArchea: AcidianusŽádnýInjekceNeznámýCytoplazmaCytoplazmaPasivní difúze
DeltalipothrixvirusArchea: AcidianusŽádnýInjekceNeznámýCytoplazmaCytoplazmaPasivní difúze

Reference

  1. ^ A b C „Virová zóna“. EXPASY. Citováno 15. června 2015.
  2. ^ A b ICTV. „Virus Taxonomy: 2014 Release“. Citováno 15. června 2015.
  3. ^ Arnold, H.P., Zillig, W., Ziese, U., Holz, I., Crosby, M., Utterback, T., Weidmann, J.F., Kristjanson, J.K., Klenk, H.P., Nelson, K.E. a Fraser, C.M. (2000). Nový lipothrixvirus, SIFV, extrémně teplomilného crenarchaeonového sulfolobu. Virology, 267, 252–266.
  4. ^ Janekovic, D., Wunderl S, Holz I, Zillig W, Gierl A, Neumann H (1983) TTV1, TTV2 a TTV3, rodina virů extrémně termofilní anaerobní, redukující síru, archaeabacterium Thermoproteus tenax. Mol. Gen. Genet. 19239–19245
  5. ^ Bettstetter, M., Peng, X., Garrett, R.A. a Prangishvili, D. (2003). AFV-1, nový virus infikující hypertermofilní archy rodu Acidianus. Virology, 315, 68–79.
  6. ^ Häring M, Vestergaard G, Brügger K, Rachel R, Garrett RA, Prangishvili D (2005) Struktura a organizace genomu AFV2, nového archaeálního lipothrixviru s neobvyklými terminálními a jádrovými strukturami. J Bacteriol 187 (11): 3855–3858 doi:10.1128 / JB.187.11.3855-3858.2005
  7. ^ Prangishvili, D; Rensen, E; Mochizuki, T; Krupovic, M; Zpráva ICTV, konsorcium (únor 2019). „Profil taxonomie viru ICTV: Tristromaviridae“. The Journal of General Virology. 100 (2): 135–136. doi:10.1099 / jgv.0.001190. PMID  30540248.
  8. ^ "Zpráva ICTV Tristromaviridae".
  9. ^ A b Liu, Y; Osinski, T; Wang, F; Krupovic, M; Schouten, S; Kasson, P; Prangishvili, D; Egelman, EH (2018). „Strukturální konzervace ve vláknitém viru obaleném membránou infikujícím hypertermofilní acidofil“. Příroda komunikace. 9 (1): 3360. Bibcode:2018NatCo ... 9.3360L. doi:10.1038 / s41467-018-05684-6. PMC  6105669. PMID  30135568.
  10. ^ Liu, Y; Brandt, D; Ishino, S; Ishino, Y; Koonin, EV; Kalinowski, J; Krupovic, M; Prangishvili, D (2019). „Nové archaální viry objevené metagenomickou analýzou virových komunit v obohacovacích kulturách“. Mikrobiologie prostředí. 21 (6): 2002–2014. doi:10.1111/1462-2920.14479. PMID  30451355.
  11. ^ Prangishvili D, Krupovic M (2012). „Nový navrhovaný taxon pro dvouvláknové DNA viry, řád“ Ligamenvirales"". Arch Virol. 157 (4): 791–795. doi:10.1007 / s00705-012-1229-7. PMID  22270758.
  12. ^ A b Wang, Fengbin; Baquero, Diana P; Su, Zhangli; Osinski, Tomasz; Prangishvili, David; Egelman, Edward H; Krupovic, Mart (2020). „Struktura vláknitého viru odkrývá rodinné vazby v archaické virosféře“. Evoluce virů. 6 (1): veaa023. doi:10.1093 / ve / veaa023. PMC  7189273. PMID  32368353.
  13. ^ Kasson, P; DiMaio, F; Yu, X; Lucas-Staat, S; Krupovic, M; Schouten, S; Prangishvili, D; Egelman, EH (2017). „Model nové membránové obálky vláknitého hypertermofilního viru“. eLife. 6: e26268. doi:10,7554 / eLife.26268. PMC  5517147. PMID  28639939.
  14. ^ Wang, F; Baquero, DP; Beltran, LC; Su, Z; Osinski, T; Zheng, W; Prangishvili, D; Krupovic, M; Egelman, EH (2020). „Struktury vláknitých virů infikujících hypertermofilní archy vysvětlují stabilizaci DNA v extrémních podmínkách“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 117 (33): 19643–19652. doi:10.1073 / pnas.2011125117. PMID  32759221.

externí odkazy