ITK-SNAP - ITK-SNAP

ITK-SNAP
Itksnaplogo.png
ITK-SNAP
ITK-SNAP
VývojářiVýzkumní pracovníci z UPenn a UNC
První vydání2004
NapsánoC ++
PlošinaCross-platform
K dispozici vAngličtina
TypZdravotnický software
LicenceGNU General Public License
webová stránkahttp://www.itksnap.org

ITK-SNAP je interaktivní softwarová aplikace, která umožňuje uživatelům procházet trojrozměrné lékařské obrazy, ručně vymezovat anatomické oblasti zájmu a provádět automatické segmentace obrazu. Tento software byl navržen s ohledem na posluchače klinických a vědců základní vědy a důraz byl kladen na uživatelsky přívětivé rozhraní a zachování omezené sady funkcí, aby se zabránilo funkce tečení. ITK-SNAP se nejčastěji používá pro práci s datovými soubory s magnetickou rezonancí (MRI), kuželovou paprskovou počítačovou tomografií (CBCT) a počítačovou tomografií (CT).

Funkce

Účelem tohoto nástroje je usnadnit výzkumníkům vymezení anatomických struktur a oblastí zájmu v zobrazovacích datech. Sada funkcí je omezena na minimum. Hlavní rysy programu jsou

Obrazová navigace
vždy jsou zobrazeny tři ortogonální roviny řezu objemem obrazu. Roviny řezu jsou spojeny společným kurzorem, takže pohyb kurzoru v jedné rovině řezu aktualizuje ostatní roviny řezu. Kurzor se pohybuje tažením myši po rovinách řezu, což usnadňuje navigaci. Propojený kurzor funguje také napříč relacemi ITK-SNAP, což umožňuje navigaci v multimodálních zobrazovacích datech (např. Dva skeny MRI subjektu z jedné relace).
Ruční segmentace
ITK-SNAP poskytuje nástroje pro ruční vymezení anatomických struktur v obrazech. Značení může probíhat ve všech třech ortogonálních rovinách řezu a výsledky lze vizualizovat jako trojrozměrné vykreslování. Díky tomu je snazší zajistit, aby si segmentace udržovala přiměřený tvar ve 3D.
Automatická segmentace
ITK-SNAP poskytuje automatické funkce segmentace za použití metoda nastavení úrovně. To umožňuje segmentovat struktury, které se v lékařských obrazech zdají být poněkud homogenní, za použití velmi malé lidské interakce. Například boční komory v MRI lze spolehlivě segmentovat, stejně jako některé typy nádorů v CT a MRI.

ITK-SNAP je open-source software distribuováno pod GNU General Public License. Je napsán v C ++ a využívá Sada nástrojů pro segmentaci a registraci statistik (ITK) knihovna. ITK-SNAP umí číst a zapisovat různé formáty lékařských obrazů, včetně DICOM, NIfTI a Mayo Analyzovat. Nabízí také omezenou podporu pro vícesložkové (např. difúzní tenzorové zobrazování ) a obrazová data s více variacemi.

Aplikace

ITK-SNAP byl použit v následujících oblastech

Reference

  1. ^ Kauke, Martin Kauke a Ali-Farid Safi (leden 2019). „Aproximace objemu na základě segmentace obrazu - objem jako faktor v klinické léčbě lézí osteolytické čelisti“. Dentomaxilofaciální radiologie. 48: 20180113. Bibcode:2007SPIE.6512E.120S. doi:10,1259 / dmfr.20180113. PMC  6398913. PMID  30216090.
  2. ^ Kauke, Martin (únor 2018). „Volumetrická analýza keratocystických odontogenních nádorů a neoplastických cyst čelistí - srovnání a jeho klinický význam“. Journal of Cranio-Maxillofacial Surrgery. 46 (2): 257–263. doi:10.1016 / j.jcms.2017.11.012. PMID  29233700.
  3. ^ Safi, Ali-Farid (2018). „Slouží objemové měření jako zobrazovací biomarker pro agresivitu nádorů ameloblastomů?“. Orální onkologie. 78 (Březen 2018): 16–24. doi:10.1016 / j.oraloncology.2018.01.002. PMID  29496045.
  4. ^ Spangler, E. L .; Brown, C .; Roberts, J. A .; Chapman, B. E. (2007). „Hodnocení segmentace vnitřní krční tepny pomocí InsightSNAP“. Sborník SPIE. 6512 (5): 65123F. Bibcode:2007SPIE.6512E.120S. doi:10.1117/12.709954. Citováno 2007-11-08.[trvalý mrtvý odkaz ]
  5. ^ Corouge, I .; Fletcher, T .; Joshi, S .; Gouttard, S .; Gerig, G. (říjen 2006). „Statistika zaměřená na vláknový trakt pro kvantitativní analýzu tenzoru difúze MRI“. Analýza lékařského obrazu. 10 (5): 786–798. CiteSeerX  10.1.1.101.8505. doi:10.1016 / j.media.2006.07.003. ISSN  1361-8415. PMID  16926104.
  6. ^ Xiao, Y .; Werner-wasik, M .; Curran, W .; Galvin, J. (2006). „SU-EE-A2-03: Hodnocení nástrojů automatické segmentace pro definici cíle pro léčbu rakoviny plic“. Lékařská fyzika. 33 (6): 1992. Bibcode:2006MedPh..33.1992X. doi:10.1118/1.2240194. Archivovány od originál dne 23.02.2013. Citováno 2007-11-08.
  7. ^ D'addario, V .; Pinto, V .; Pintucci, A .; Di Cagno, L. (2007). „OP13. 04: Přesnost šesti sonografických znaků v prenatální dignoze spina bifida“. Ultrazvuk v porodnictví a gynekologii. 30 (4): 498. doi:10,1002 / uog. 4534.
  8. ^ Rizzi, S.H .; Banerjee, P. P .; Luciano, C. J. (2007). "Automatizace extrakce 3D modelů z lékařských snímků pro virtuální realitu a haptické simulace". Automation Science and Engineering, 2007. CASE 2007. IEEE International Conference on. str. 152–157. doi:10.1109 / COASE.2007.4341748.
  9. ^ Cavidanes, L. H .; Styner, M .; Proffit, W. R. (2006). "Analýza obrazu a superpozice modelů trojrozměrného kuželového paprsku s výpočetní tomografií". American Journal of Orthodontics and Dentofacial Orthopedics. 129 (5): 611–618. doi:10.1016 / j.ajodo.2005.12.008. PMC  3586191. PMID  16679201.
  10. ^ MacHado, A. M. C .; Simon, T. J .; Nguyen, V .; McDonald-mcginn, D. M .; Zackai, E. H .; Gee, J. C. (2007). "Morfologie corpus callosum a velikost komor v syndromu delece chromozomu 22q11.2". Výzkum mozku. 1131 (1): 197–210. doi:10.1016 / j.brainres.2006.10.082. PMC  1802103. PMID  17169351.
  11. ^ Apostolova, L. G .; Thompson, P. M. (2007). „Mapování mozku jako nástroj ke studiu neurodegenerace“. Neuroterapeutika. 4 (3): 387–400. doi:10.1016 / j.nurt.2007.05.009. PMC  2634605. PMID  17599704.
  12. ^ Krishnan, S .; Slavin, M. J .; Tran, T. T .; Doraiswamy, P. M .; Petrella, J. R. (2006). „Přesnost prostorové normalizace hipokampu: důsledky pro výzkum fMRI u poruch paměti“. NeuroImage. 31 (2): 560–571. doi:10.1016 / j.neuroimage.2005.12.061. PMID  16513371.
  13. ^ https://journals.lww.com/jcraniofacialsurgery/Fulltext/2019/12000/Does_Meningioma_Volume_Correlate_With_Clinical.144.aspx

externí odkazy