Softwarová knihovna FMRIB - FMRIB Software Library - Wikipedia
| Vývojáři | Skupina pro analýzu FMRIB |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 6.0.1 / 11. března 2019 |
| Napsáno | C ++, TCL |
| Operační systém | Linux, Operační Systém Mac |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Vědecká vizualizace a výpočet obrazu |
| Licence | Vlastní, nekomerční |
| webová stránka | fsl |
Příklad FSL GUI
The Softwarová knihovna FMRIB, zkráceně FSL, je softwarová knihovna obsahující analýzu obrazu a statistické nástroje pro funkční, strukturální a difúze Data zobrazování mozku pomocí MRI.
FSL je k dispozici jako předkompilovaný binární soubor i jako zdrojový kód pro Apple a PC (Linux ) počítače. Je volně dostupný pro nekomerční použití.
Funkce FSL
| Funkční MRI | |
|---|---|
| VÝKON | Modelová analýza FMRI s přímým, ale výkonným grafickým uživatelským rozhraním: předzpracování dat (včetně korekce časování řezu, korekce pohybu MCFLIRT a odkrývání PRELUDE + FUGUE EPI); FILM GLM analýza timeseries s předbělení; registrace na strukturální a / nebo standardní vesmírné obrazy; a plně zobecněná skupinová analýza smíšených efektů pomocí pokročilé Bayesian techniky. |
| MELODICKÝ | Analýza FMRI bez modelu pomocí pravděpodobnostního testu Analýza nezávislých komponent (PICA). MELODIC automaticky odhaduje počet zajímavých zdrojů šumu a signálu v datech a díky přidruženému „šumovému modelu“ je schopen přiřadit významnosti („p-hodnoty“) výstupním prostorovým mapám. |
| FLOBY | Generování optimálních základních HRF funkcí a odhad Bayesovské aktivace. |
| SMM | Modelování prostorové směsi - testování alternativních hypotéz pomocí modelování směsi histogramů s prostorovou regularizací klasifikace voxelů na aktivaci a neaktivaci. |
| Strukturální MRI | |
| SÁZKA / BET2 | Nástroj pro extrakci mozku - segmentuje mozek z ne-mozku ve strukturálních a funkčních datech a modeluje povrchy lebky a pokožky hlavy.[1] |
| SUSAN | Nelineární redukce šumu. |
| RYCHLE | Automatizovaný segmentační nástroj FMRIB - segmentace mozku (do různých typů tkání) a korekce zkreslení. |
| FLIRTOVAT | Nástroj pro registraci lineárního obrazu FMRIB - lineární inter- a intra-modální registrace.[2] |
| FUGA | Deformuje geometrické zkreslení v obrázcích EPI pomocí B.0 polní mapy. |
| SIENA | Strukturální analýza změn mozku pro odhad mozkové atrofie. |
| Difúzní MRI | |
| FDT | FMRIB's Diffusion Toolbox - nástroje pro rekonstrukci parametrů difúze na nízké úrovni a pravděpodobnostní traktografii. |
| TBSS | Tract-Based Spatial Statistics (součást FMRIB's Diffusion Toolbox) - voxelwise analýza dat zahrnujících více subjektů.[3] |
| Další nástroje | |
| Odvození | Různé nástroje pro odvození / prahování, včetně: Randomise (nástroj pro odvození na základě permutace pro neparametrické statistické prahování), cluster (prahování na základě klastru s využitím teorie GRF pro odvození), FDR (odvození rychlosti falešného zjišťování) a Glm (grafické uživatelské rozhraní pro vytváření návrhu modelu matice). |
| FS Oči | Interaktivní zobrazovací nástroj pro 3D a 4D data. |
| AVWUTILS | Různé nástroje pro převod a zpracování obrázků. |
Historie a vývoj
FSL píší hlavně členové analytické skupiny FMRIB (Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain), Oxford University, Velká Británie. První vydání FSL bylo v roce 2000; k dnešnímu dni existuje přibližně jedno hlavní nové vydání. Skupina FMRIBAnalysis je primárně financována z Wellcome Trust a ve Velké Británii EPSRC aMRC Rady pro výzkum.
Viz také
externí odkazy
Reference
- ^ S.M. Kovář. Rychlá robustní automatizovaná extrakce mozku. Human Brain Mapping, 17 (3): 143-155, listopad 2002.
- ^ Jenkinson, M., Bannister, P., Brady, J. M. a Smith, S. M. Vylepšená optimalizace pro robustní a přesnou lineární registraci a korekci pohybu obrazů mozku. NeuroImage, 17 (2), 825-841, 2002.
- ^ S.M. Smith, M. Jenkinson, H. Johansen-Berg, D. Rueckert, T.E. Nichols, C. E. Mackay, K.E. Watkins, O. Ciccarelli, M.Z. Cader, P.M. Matthews a T.E.J. Behrens. Traktová prostorová statistika: Voxelwise analýza difúzních dat s více subjekty. NeuroImage, 31: 1487-1505, 2006.