GIMIAS - GIMIAS

GIMIAS
GimiasLogo.jpg
GIMIAS GUI zahrnuje multislice pohled na multimodální biomedicínské obrazy a nástroje pro navigaci signálů
GIMIAS GUI zahrnuje multislice pohled na multimodální biomedicínské obrazy a nástroje pro navigaci signálů
Stabilní uvolnění
1.5.r4 / říjen 2012; před 8 lety (2012-10)
NapsánoC ++
Operační systémOkna, Linux
TypVědecká vizualizace a výpočet obrazu
LicenceBSD styl
webová stránkagimias.org

GIMIAS je Pracovní postup -orientované prostředí zaměřené na biomedicínské zpracování obrazu a simulace. The open-source rámec je rozšiřitelný skrz zásuvné moduly a je zaměřen na budování výzkumu a klinického softwaru prototypy. Gimias byl použit k vývoji klinických prototypů v oblastech srdeční zobrazování a simulace, angiografie zobrazování a simulace a neurologie[1][2]

GIMIAS je financován z několika národních a mezinárodních projektů, jako je cvREMOD, euHeart nebo VPH NoE.[3]

O společnosti GIMIAS

GIMIAS je zkratka pro Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation. GIMIAS poskytuje a grafické uživatelské prostředí se všemi hlavními vstupně-výstupními daty, vizualizačními a interakčními funkcemi pro obrázky, sítě a signály. Mezi funkce GIMIAS patří:

  • DICOM prohlížeč a PACS spojení
  • Podpora různých zobrazovací modality
  • Vizualizace biomedicínských dat ve 2D a 3D: multiplanární reformace, zobrazení orto řezů, zobrazení více řezů, objemové vykreslování, Rentgenové vykreslování, projekce maximální intenzity
  • Několik vstupních a výstupních formátů: DICOM, vtk, stl, Nifty, Analyze.
  • Ovládání filmu: přehrávání, pozastavení, ovládání rychlosti
  • Více datových objektů: 2D DICOM obrázky, 3D obrazy, povrchové sítě, objemové sítě, signály nebo anotace
  • Anotace obrazu a povrchové sítě: orientační body, měření a oblasti zájmu
  • Klinická navigace v pracovním toku, která může uživateli pomoci při přechodu od dat pacienta k užitečným informacím pro léčbu pacienta.[4]
  • Další doplňkové nástroje pro segmentace obrazu, manipulace se sítí a navigace signálů.[5]

GIMIAS je vývojový rámec, který umožňuje vývojářům vytvářet vlastní lékařské aplikace pomocí různých doplňků, které lze dynamicky načítat a kombinovat. Prototypy vyvinuté na GIMIAS mohou koncoví uživatelé ověřit v reálných scénářích a se skutečnými daty v raných fázích vývoje.[6]

Je vyvinut pomocí C ++ jazyk, má zapojit architektura a je napříč platformami pomocí standardu CMake nářadí. Je možné integrovat nové knihovny pomocí nástroje CSnake a je založeno na běžných open source knihovnách, jako je VTK, ITK, MITK, ZVÝŠIT a wxWidgets. Plug-in modul může rozšířit rámec přidáním nových komponent zpracování, komponent GUI, jako jsou panely nástrojů nebo okna, nové typy zpracování dat nebo nové vykreslovací knihovny.[7]

GIMIAS podporuje několik typů zásuvných modulů, počínaje jednoduchou knihovnou DLL, a 3D kráječ kompatibilní zásuvný modul příkazového řádku nebo složitější zásuvný modul GIMIAS s přizpůsobeným grafickým rozhraním. Automatizované generování grafického uživatelského rozhraní a rozšiřitelný model datových objektů umožňují sdílet moduly plug-in s jinými rámci a posílit interoperabilitu.

Tento software je k dispozici na Okna a Linux, 64-bit a 32-bit.[8]

Dějiny

Počáteční verze rozhraní open source byly vydány do konce roku 2009 (GIMIAS 0.6.15 byl vydán v říjnu 2009).[9]

V roce 2010 bylo vynaloženo větší úsilí na posílení samotného rámce otevřeného zdroje, který poskytuje více funkcí, jako je správce pracovních postupů, 3D kráječ kompatibilita zásuvných modulů, prohlížeč signálů a přizpůsobitelná zobrazení. GIMIAS verze 0.8.1, 1.0.0, 1.1.0 a 1.2.0 byly vydány v průběhu tohoto roku.

Tým GIMIAS spolupracoval s:

  • tým cmgui: vyzkoušet použití prozatímního rozhraní cmgui API ze softwarové platformy GIMIAS[10][11]
  • Skupina ČTK[12]
  • Skupina B3C (MAF)[13]

GIMIAS je jedním z nástrojů používaných v Virtuální fyziologický člověk.[14]

Klinické prototypy

  • AngioLab je softwarový nástroj vyvinutý v rámci GIMIAS a je součástí ambicióznějšího kanálu pro integrovanou správu mozkových aneuryzmat. AngioLab v současné době zahrnuje čtyři zásuvné moduly: angio segmentaci, angio morfologii, virtuální stentování a virtuální angiografii. V prosinci 2009 vyplnilo 23 kliniků hodnotící dotazník o AngioLabu. Tato aktivita byla součástí výukového kurzu pořádaného během 2. výukového kurzu Evropské společnosti pro minimálně invazivní neurovaskulární léčbu (ESMINT), který se konal na Universitat Pompeu Fabra, Barcelona, ​​Španělsko. Byly hodnoceny Automatizovaná morfologická analýza (plug-in angiomorfologie) a Plánování endovaskulární léčby (plug-in stentu). Obecně byly výsledky poskytované těmito nástroji považovány za relevantní a jako naléhavá potřeba v jejich klinickém oboru.[15][16]
  • CardioLab: Sada CardioLab pro GIMIAS umožňuje provádět celý pracovní postup od lékařských snímků až po charakterizaci a kvantifikaci myokard nemoci a Srdeční resynchronizační terapie (CRT) plánování.[17]
  • FocusDET: Přesná lokalizace epileptogenních ložisek v neléčitelné parciální epilepsii je nezbytná pro posouzení možnosti chirurgického zákroku jako léčby. Byl vyvinut specifický softwarový balíček pro lokalizaci epileptogenního ohniska s použitím Ictal a Inter-ictal SPECT obrazů a MRI s využitím metodiky SISCOM. FocusDET byl vyvinut s využitím zařízení GIMIAS.[18]
  • QuantiDopa je software, který umožňuje provádět poloautomatickou kvantifikaci striatálního vychytávání v neurotransmisních studiích SPECT dopaminergního systému.[19]

Reference

  1. ^ I. Larrabide, P. Omedas, Y. Martelli, X. Planes, M. Nieber, J. A. Moya, C. Butakoff, R. Sebastián, O. Camara, M. De Craene, B. Bijnens, A.F. Frangi, GIMIAS: Rámec otevřeného zdroje pro efektivní vývoj výzkumných nástrojů a klinických prototypů, in Functional Imaging and Modeling of the Heart, 417-426, 2009.
  2. ^ „Cvičení týkající se požadavků na VPH a hodnocení technologie“. Virtuální fyziologická lidská síť excelence. str. 95. Archivovány od originál dne 2011-07-20.
  3. ^ „web cvREMOD“. Archivovány od originál dne 2010-05-30.
  4. ^ ahc. "Dělám zobrazování".
  5. ^ P. Omedas; Y. Martelli; I. Larrabid; B. H. Bijnens; A. F. Frangi. „Advance Tool for Visualization of Multi-modal and Multi-scale Cardiac Data“ (PDF). UPF. str. 42. Archivovány od originál (PDF) dne 15.06.2011.
  6. ^ „Domovská stránka GIMIAS“. Archivovány od originál dne 2011-07-20.
  7. ^ Tým GIMIAS. „GIMIAS architektura“. sdílení snímků.
  8. ^ Hamza Emadeen Mousa. „Řešení GIMIAS Medical Image Analysis and Simulation Solution pro Windows a Linux“. goomedic.
  9. ^ Tým GIMIAS. „GIMIAS na SourceForge“. SourceForge.
  10. ^ „CMGUI a fúze dat“. Virtuální fyziologická lidská síť excelence. str. 30. Archivovány od originál dne 2011-07-20.
  11. ^ "Úvod do cmgui". Aucklandský bioinženýrský institut.
  12. ^ „CTK-Hackfest-květen-2010“.
  13. ^ „Spolupráce B3C“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 25. 07. 2011.
  14. ^ „Virtuální fyziologický člověk“. Archivovány od originál dne 07.05.2011.
  15. ^ M.C. Villa-Uriol, I.Larrabide, J.M. Pozo, H. Bogunovic, P. Omedas, V. Barbarito, L. Carotenuto, C. Riccobene, X. Planes, Y. Martelli, A.J. Geers a A.F. Frangi, AngioLab: Integrovaná technologie pro pacientovo specifické řízení nitrolební aneuryzmat, 32. výroční mezinárodní konference IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBS), Buenos Aires, Argentina, 2010
  16. ^ „Řetězec nástrojů GIMIAS pro prasknutí aneuryzmatu“. vph-noe. Archivovány od originál dne 2011-07-20.
  17. ^ „Budování potrubí pro in-silico modelování srdeční resynchronizační terapie“. vph-noe. str. 11. Archivovány od originál dne 2011-07-20.
  18. ^ B. Martí; Ó. Esteban; X. letadla; P. Omedas; G. Wollny; A. dětská postýlka; X. Setoain; A. Frangi; M. Ledesma-Carbayo; J. Pavia (2009). „FocusDET: Softwarový nástroj k lokalizaci epileptogenních ložisek v neléčitelné parciální epilepsii“. ENAM.[trvalý mrtvý odkaz ]
  19. ^ „Harmonogram prezentace konference VPH2010“. vph-noe. Archivovány od originál dne 2011-07-20.

externí odkazy