BioLinux - BioLinux
 | Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte vylepši to nebo diskutovat o těchto problémech na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)
|
BioLinux je termín používaný v různých projektech zapojených do zpřístupnění bioinformatika software na Linux platforma jednodušší pomocí jedné nebo více z následujících metod:
- Poskytování kompletních systémů
- Poskytování úložiště bioinformatického softwaru
- Přidání bioinformatických balíčků do standardních distribucí
- Žít DVD /CD s přidaným bioinformatickým softwarem
- Systémy budování a podpory komunity
Nyní existují různé projekty s podobnými cíli, a to jak na systémech Linux, tak na jiných Unices, a jejich výběr je uveden níže. K dispozici je také přehled v kanadském informačním bulletinu o bioinformatice Helpdesk[1] který podrobně popisuje některé projekty založené na Linuxu.
Úložiště balíků
červená čepice
Úložiště balíků jsou obecně specifická pro distribuci Linuxu, který bioinformatik používá. V bioinformatické práci převládá řada variant Linuxu. Fedora je volně distribuovaná verze reklamy červená čepice Systém. Red Hat je v podnikovém světě široce používán, protože nabízí komerční podporu a tréninkové balíčky. Fedora Core je komunitní derivát Red Hat a je populární mezi těmi, kteří mají rádi systém Red Hat, ale nevyžadují komerční podporu. Vyrobilo mnoho uživatelů bioinformatických aplikací RPM (Formát balíčku Red Hat) navržený pro práci s Fedorou, na kterou si můžete případně také nainstalovat Red Hat Enterprise Linux systémy. Další distribuce jako např Mandriva a SUSE používat RPM, takže tyto balíčky mohou fungovat i na těchto distribucích.
Debian
Debian je další velmi populární Linuxová distribuce používá se v mnoha akademických institucích a někteří bioinformatici zpřístupnili své vlastní softwarové balíčky pro tuto distribuci na internetu deb formát.
Slackware
Slackware je jedním z méně používaných Linuxové distribuce. Je oblíbený u těch, kteří mají lepší znalosti operačního systému Linux a kteří upřednostňují příkazový řádek před různými dostupnými grafickými uživatelskými rozhraními. Balíčky jsou ve formátu tgz nebo tgx. Nejznámější živá distribuce založená na Slackware je Slax a byl používán jako základ pro mnoho distribucí bioinformatiky.
Apple / Mac
Mnoho balíčků Linux je kompatibilní s Mac OS X a existuje několik projektů, které se pokoušejí usnadnit instalaci vybraných balíčků Linuxu (včetně bioinformatického softwaru) na počítač se systémem Mac OS X. (zdroj?)
Živé DVD / CD
Živé disky DVD nebo CD nejsou ideálním způsobem, jak poskytnout bioinformatické výpočty, protože jsou spouštěny z jednotky CD / DVD. To znamená, že jsou pomalejší než tradiční instalace pevného disku a mají omezenou možnost konfigurace. Mohou však být vhodné k poskytnutí ad hoc řešení, kde není k dispozici žádný jiný přístup k systému Linux, a lze je dokonce použít jako základ pro instalaci systému Linux.
Standardní distribuce s dobrou podporou bioinformatiky
Obecně platí, že distribuce Linuxu mají k dispozici širokou škálu oficiálních balíčků, ale to obvykle nezahrnuje mnoho způsobů vědecké podpory. Existují výjimky, například ty, které jsou podrobně popsány níže.
- Gentoo Linux
Gentoo Linux poskytuje více než 156 bioinformatických aplikací (viz Stádo sci-biologie Gentoo v hlavním stromu ) ve formě ebuilduje, které vytvářejí aplikace ze zdrojového kódu. Dalších 315 balíčků je v Gentoo science overlay (pro testování).
Ačkoli je to velmi flexibilní systém s vynikající podporou komunity, požadavek na instalaci ze zdroje znamená, že systémy Gentoo se často instalují pomalu a vyžadují značnou údržbu. Je možné zkrátit část času kompilace pomocí centrálního serveru ke generování binárních balíčků. Na druhou stranu můžete všechny doladit tak, aby běžely nejvyšší rychlostí s využitím toho nejlepšího z vašeho procesoru (například pro skutečné použití instrukcí SSE a AVX a AVX2 CPU). Binární distribuce obvykle poskytují binární soubory, které používají pouze instrukční sady i686 nebo dokonce jen i386.
- FreeBSD
FreeBSD není distribuce Linuxu, ale jako verze Unix že je to velmi podobné. Své porty jsou jako e-sestavení Gentoo a platí stejná upozornění. K dispozici jsou však také předkomplikované binární balíčky. Existuje více než 60 aplikací biologických věd a jsou uvedeny na stránkách Fresh Ports[2] stránky.
- Debian
Součástí standardní instalace Debianu je více než sto balíčků bioinformatiky. NEBC Bio-Linux[3] balíčky lze také nainstalovat na standardní systém Debian, pokud je nainstalován také balíček bio-linux-base. Tím se vytvoří adresář / usr / local / bioinf, kde naše ostatní balíčky instalují svůj software. Balíčky Debianu mohou také fungovat Ubuntu Linux nebo jiné instalace odvozené od Debianu.
Systémy budování a podpory komunity
Poskytování podpory a dokumentace by mělo být důležitou součástí každého projektu BioLinux, aby vědci, kteří nejsou IT specialisty, mohli rychle najít odpovědi na své konkrétní problémy. Fóra podpory nebo e-mailové seznamy jsou také užitečné pro šíření znalostí ve výzkumné komunitě. Některé z těchto zdrojů jsou zde propojeny.
Bezplatný a otevřený softwarový portál