Ilastik - Ilastik
| Vývojáři | Christoph Sommer, Christoph Straehle, Thorben Kröger, Bernhard X. Kausler, Ullrich Koethe, Fred A. Hamprecht a další |
|---|---|
| První vydání | 2011 |
| Stabilní uvolnění | 1.3.3 / 7. října 2019 |
| Úložiště |  |
| Operační systém | Jakékoli (Krajta na základě) |
| Typ | Zpracování obrazu & Počítačové vidění & Strojové učení |
| Licence | GPL2 |
| webová stránka | www |
ilastik[1] je uživatelsky přívětivý zdarma otevřený zdroj software pro klasifikace obrazu a segmentace. Ke spuštění softwaru nejsou nutné žádné předchozí zkušenosti se zpracováním obrazu.
Funkce
ilastik umožňuje uživateli anotovat libovolný počet tříd v obrázcích pomocí a myš rozhraní. Pomocí těchto uživatelských anotací a obecného (nelineární ) obraz funkce může uživatel trénovat a náhodný les klasifikátor. ilastik má CellProfiler modul pro použití klasifikátorů ilastik ke zpracování obrázků v rámci a CellProfiler rámec.
Dějiny
ilastik byl poprvé vydán v roce 2011 vědci z Heidelberg Collaboratory for Image Processing (HCI), University of Heidelberg.
aplikace
- Sada nástrojů pro interaktivní učení a segmentaci
- Řezba[2][3]
- Klasifikace buněk a klasifikace neuronů[4]
- Detekce synapse
- Sledování buněk[5]
Zdroje
Projekt ilastik je hostován na GitHub. Jedná se o projekt založený na spolupráci, jakékoli příspěvky, jako jsou komentáře, hlášení o chybách, opravy chyb nebo příspěvky v kódu, jsou vítány.
Reference
- ^ Sommer, C; Straehle C; Koethe U; Hamprecht FA (2011). ilastik: Sada interaktivního učení a segmentace. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. str. 230–33. doi:10.1109 / ISBI.2011.5872394. ISBN 978-1-4244-4127-3. S2CID 206949135.
- ^ Straehle, C; Köthe U; Briggman K; Denk W; Hamprecht FA (2012). "Naočkované povodí omezuje odhady nejistoty pro řízenou interaktivní segmentaci". CVPR.
- ^ Straehle, CN; Köthe U; Knott G; Hamprecht FA (2011). „Carving: škálovatelná interaktivní segmentace snímků elektronové mikroskopie nervového objemu“. MICCAI. 14 (Pt 1): 653–60. doi:10.1007/978-3-642-23623-5_82. PMID 22003674.
- ^ Kreshuk, A; Straehle CN; Sommer C; Koethe U; Cantoni M; et al. (2011). „Automatická detekce a segmentace synaptických kontaktů v obrazech téměř izotropní sériové elektronové mikroskopie“. PLOS ONE. 6 (10): e24899. doi:10,1371 / journal.pone.0024899. PMC 3198725. PMID 22031814.
- ^ Berg, Stuart; Kutra, Dominik; Kroeger, Thorben; Straehle, Christoph N .; Kausler, Bernhard X .; Haubold, Carsten; Schiegg, Martin; Aleš, Janez; Beier, Thorsten; Rudy, Markus; Eren, Kemal; Cervantes, Jaime I; Xu, Buote; Beuttenmueller, Fynn; Wolny, Adrian; Zhang, Chong; Koethe, Ullrich; Hamprecht, Fred A .; Kreshuk, Anna (30. září 2019). „ilastik: interaktivní strojové učení pro (bio) analýzu obrazu“. Přírodní metody. 16 (12): 1226–1232. doi:10.1038 / s41592-019-0582-9. PMID 31570887. S2CID 203609613.
