CellCognition - CellCognition
První vydání | Prosince 2009 |
---|---|
Stabilní uvolnění | 1.6.1 / 1. května 2017 |
Operační systém | Jakékoli (Krajta na základě) |
Typ | Zpracování obrazu & Počítačové vidění & Strojové učení |
Licence | Licence LGPL |
webová stránka | www |
CellCognition je zdarma open-source výpočetní rámec pro kvantitativní analýzu vysoké propustnosti fluorescenční mikroskopie (časová prodleva ) obrázky v oblasti bioimage informatika a systémová mikroskopie. Rámec CellCognition používá zpracování obrazu, počítačové vidění a strojové učení techniky pro sledování jednotlivých buněk a klasifikaci morfologií buněk. To umožňuje měření časové progrese buněčných fází, modelování buněčné dynamiky a generování fenotyp mapa.[1][2]
Funkce
CellCognition používá výpočetní kanál, který obsahuje obrázek segmentace, detekce objektů, extrakce funkcí, statistická klasifikace, sledování jednotlivých buněk v průběhu času, detekce motivů přechodu třídy (např. buněk vstupujících do mitózy) a HMM oprava klasifikačních chyb na štítcích tříd.
Tento software je napsán v Pythonu 2.7 a binární soubory jsou k dispozici pro Windows a Mac OS X.
Dějiny
CellCognition (verze 1.0.1) byla poprvé vydána v prosinci 2009 vědci z Gerlich Lab a skupiny Buhmann na Švýcarský federální technologický institut v Curychu a Ellenbergova laboratoř v Evropská laboratoř molekulární biologie Heidelberg. Nejnovější vydání je 1.6.1 a software je vyvíjen a udržován laboratoří Gerlich v Ústav molekulární biotechnologie.
aplikace
CellCognition byl použit v RNAi - screening na základě,[3] aplikováno v základním buněčný cyklus studie,[4] a rozšířeno na bezobslužné modelování.[5]
Reference
- ^ Held M, Schmitz MH, Fischer B, Walter T, Neumann B, Olma MH, Peter M, Ellenberg J, Gerlich DW (2010). „CellCognition: časově rozlišená anotace fenotypu ve vysokorychlostním zobrazování živých buněk“ (PDF). Přírodní metody. 7 (9): 747–54. doi:10.1038 / nmeth.1486. hdl:1912/3869. PMID 20693996.
- ^ Schmitz MH, Held M, Janssens V, Hutchins JR, Hudecz O, Ivanova E, Goris J, Trinkle-Mulcahy L, Lamond AI, Poser I, Hyman AA, Mechtler K, Peters JM, Gerlich DW (2010). „Obrazovka RNAi zobrazující živé buňky identifikuje PP2A-B55alpha a importin-beta1 jako klíčové mitotické výstupní regulátory v lidských buňkách“. Přírodní buněčná biologie. 12 (9): 886–93. doi:10.1038 / ncb2092. PMC 3839080. PMID 20711181.
- ^ Piwko W, Olma MH, Held M, Bianco JN, Pedrioli PG, Hofmann K, Pasero P, Gerlich DW, Peter M (2010). „Screening na základě RNAi identifikuje komplex Mms22L-Nfkbil2 jako nový regulátor replikace DNA v lidských buňkách“. EMBO Journal. 29 (24): 4210–22. doi:10.1038 / emboj.2010.304. PMC 3018799. PMID 21113133.
- ^ Wurzenberger C, Held M, Lampson MA, Poser I, Hyman AA, Gerlich DW (2012). "Sds22 a Repo-Man stabilizují segregaci chromozomů působením proti Aurora B na anafázových kinetochorech". Journal of Cell Biology. 198 (2): 173–83. doi:10.1083 / jcb.201112112. PMC 3410419. PMID 22801782.
- ^ Zhong Q, Busetto AG, Fededa JP, Buhmann JM, Gerlich DW (2012). "Bezobslužné modelování dynamiky morfologie buněk pro časosběrnou mikroskopii". Přírodní metody. 9 (7): 711–13. doi:10.1038 / nmeth.2046. PMID 22635062.