Fidži (software) - Fiji (software)

Fidži je jen obrázek J.
Logo FIJI (software) ..svg
VývojářiJohannes Schindelin, Albert Cardona, Mark Longair, Benjamin Schmid a další
Stabilní uvolnění
Madison / 7. března 2011 (oficiální vydání, pluginy průběžně aktualizovány)
Operační systémJakékoli (Jáva -na základě)
TypZpracování obrazu a Analýza obrazu
LicenceGPL v2 (rozhraní pluginu je z této licence vyloučeno; některé doplňky mají různé licence)
webová stránkaFidži.sc

Fidži (Fidži je jen obrázek J.)[1][2] je open source balíček pro zpracování obrazu založený na Obrázek J..

Hlavním účelem Fidži je zajistit distribuci ImageJ s mnoha balíčky pluginy. Fidži je vybaveno integrovaným aktualizačním systémem a jeho cílem je poskytnout uživatelům soudržnou strukturu nabídek, rozsáhlou dokumentaci ve formě podrobných popisů algoritmů a výukových programů a schopnost vyhnout se nutnosti instalovat více komponent z různých zdrojů.

Fidži je také zaměřeno na vývojáře pomocí a systém řízení verzí, tracker problémů, vyhrazené vývojové kanály a infrastruktura pro rychlé prototypování ve formě editoru skriptů, který podporuje BeanShell, Jython, JRuby a další skriptovací jazyky a také právě včas Vývoj Java.

Pluginy

Pro ImageJ existuje mnoho pluginů, které mají širokou škálu aplikací, ale také širokou škálu kvality.[3]

Některé doplňky dále vyžadují konkrétní verze ImageJ, konkrétní verze knihoven třetích stran nebo další komponenty Java, jako je kompilátor Java nebo Java3D.

Jedním z hlavních cílů Fidži je instalace ImageJ, Java, Java3D, pluginy a další pohodlné součásti, co nejjednodušší. V důsledku toho se Fidži těší stále více aktivním uživatelům.[4]

Publikum

Zatímco Fidži bylo původně určeno pro neurovědy (a je tomu tak dodnes)[5]), nashromáždil dostatek funkcí, aby přilákal vědce z různých oborů, jako je buněčná biologie,[6] parazitologie,[7] genetika, vědy o životě obecně, věda o materiálech atd. Jak je uvedeno na oficiálních webových stránkách, primárním zaměřením jsou „vědy o životě“, ačkoli Fidži poskytuje mnoho nástrojů, které pomáhají obecně s analýzou vědeckého obrazu.[8]

Fidži je nejpopulárnější v humanitní vědy komunita, kde je 3D prohlížeč[9] pomáhá vizualizovat data získaná prostřednictvím světelná mikroskopie a pro které Fidži poskytuje Registrace,[10] segmentace a další pokročilé algoritmy zpracování obrazu.

Fidžijská komponenta TrakEM2 byla úspěšně použita a vylepšena pro analýzu neuronové linie v larev Drosophila mozky.[11]

Fidži bylo prominentně uvedeno v doplňku revize Nature Methods o vizualizaci [12]

Rozvoj

Fidži je plně otevřený zdroj. Jeho zdroje žijí v Git úložiště (podrobnosti viz domovská stránka).

Fidži bylo přijato jako organizace do Google Summer of Code 2009, a dokončil dva projekty.

Skriptovací framework, který podporuje JavaScript, Jython, JRuby, Clojure, BeanShell a další jazyky je nedílnou součástí rozvoje Fidži; mnoho vývojářů prototypuje své pluginy v jednom ze zmíněných skriptovacích jazyků a postupně mění prototypy na správné Jáva kód. Za tímto účelem byl jako jeden z výše zmíněných projektů Google Summer of Code přidán editor skriptů zvýraznění syntaxe a provádění kódu na místě.

Rámec skriptů je součástí vydání Fidži, takže pokročilí uživatelé mohou takové skripty používat ve svém běžném pracovním postupu.

Vývoj těží z příležitostného hackatony, kde se setkávají vědci o životě s výpočetním zázemím a vylepšují své příslušné zajímavé doplňky.

Editor skriptů

Editor skriptů na Fidži podporuje rychlé prototypování skriptů a pluginů ImageJ, díky čemuž je Fidži mocným nástrojem pro vývoj nových algoritmů zpracování obrazu a prozkoumávání nových technik zpracování obrázků pomocí ImageJ.[13][14]

Podporované platformy

Fidži běží na Windows, Linux a Mac OSX, 32bitových nebo 64bitových procesorech Intel, s omezenou podporou pro MacOSX / PPC.

Reference

  1. ^ Primární reference: Johannes Schindelin; Ignacio Arganda-Carreras; Erwin Frise; Verena Kaynig; Mark Longair; Tobias Pietzsch; Stephan Preibisch; Curtis Rueden; Stephan Saalfeld; Benjamin Schmid; Jean-Yves Tinevez; Daniel James White; Volker Hartenstein; Kevin Eliceiri; Pavel Tomančák; Albert Cardona (2012). „Fidži: open-source platforma pro analýzu biologického obrazu“. Přírodní metody. 9 (7): 676–682. doi:10.1038 / nmeth.2019. PMC  3855844. PMID  22743772.
  2. ^ Fidži bylo poprvé veřejně představeno na konferenci uživatelů a vývojářů ImageJ v listopadu 2008.
  3. ^ Porovnejte prezentace na 2. konference ImageJ pro uživatele a vývojáře v listopadu 2008 a 3. konference ImageJ a User Developer Conference v říjnu 2010.
  4. ^ Porovnejte s Mapa využití Fidži
  5. ^ Značka Longair; Baker DA; Armstrong JD. (2011). „Simple Neurite Tracer: Open Source software pro rekonstrukci, vizualizaci a analýzu neuronálních procesů“. Bioinformatika. 27 (17): 2453–4. doi:10.1093 / bioinformatika / btr390. PMID  21727141.
  6. ^ Preibisch S, Saalfeld S, Tomancak P (duben 2009). „Globálně optimální sešívání skládaných 3D mikroskopických obrazů“. Bioinformatika. 25 (11): 1463–5. doi:10.1093 / bioinformatika / btp184. PMC  2682522. PMID  19346324.
  7. ^ Hegge S, Kudryashev M, Smith A, Frischknecht F (květen 2009). "Automatizovaná klasifikace Plasmodium sporozoitové pohybové vzorce odhalují posun směrem k produktivní pohyblivosti během infekce slinných žláz. Biotechnology Journal. 4 (6): 903–13. doi:10.1002 / biot.200900007. PMID  19455538. Archivovány od originál dne 1. srpna 2009.
  8. ^ The Fidži Wiki, zpřístupněno 01. 11. 2012.
  9. ^ Benjamin Schmid; Johannes Schindelin; Albert Cardona; Mark Longair; Martin Heisenberg (2010). „High-level 3D visualization API for Java and ImageJ“. BMC bioinformatika. 11: 274. doi:10.1186/1471-2105-11-274. PMC  2896381. PMID  20492697.
  10. ^ Stephan Preibisch; Stephan Saalfeld; Johannes Schindelin; Pavel Tomančák (2010). "Software pro perličkovou registraci dat mikroskopie selektivního osvětlení osvětlení". Přírodní metody. 7 (6): 418–419. doi:10.1038 / nmeth0610-418. PMID  20508634.
  11. ^ Albert Cardona; Stephan Saalfeld; Ignacio Arganda; Wayne Pereanu; Johannes Schindelin; Volker Hartenstein (2010). "Identifikace neuronových linií Drosophila sekvenční analýzou axonových ploch". The Journal of Neuroscience. 30 (22): 7538–7553. doi:10.1523 / JNEUROSCI.0186-10.2010. PMC  2905806. PMID  20519528.
  12. ^ Thomas Walter; David W Shattuck; Richard Baldock; Mark E Bastin; Anne E. Carpenter; Suzanne Duce; Jan Ellenberg; Adam Fraser; Nicholas Hamilton; Steve Pieper; Mark A Ragan; Jurgen E. Schneider; Pavel Tomančák; Jean-Karim Hériché (2010). „Vizualizace obrazových dat z buněk do organismů“. Přírodní metody. 7 (3 s): S26 – S41. doi:10.1038 / nmeth.1431. PMC  3650473. PMID  20195255.
  13. ^ Skriptování na Fidži (Fidži je jen obrázek J) na 3. konference uživatelů a vývojářů v říjnu 2010
  14. ^ Rychlokurz Alberta Cardony Skriptování Jython s Fidži.

externí odkazy