Porovnání implementací silového pole - Comparison of force-field implementations

Toto je tabulka implementace významných počítačových programů molekulární mechanika silová pole.

Program	OPLS	JANTAR	CHARMM	TANČÍRNA	MMFF	QVBMM	UFF	Komentáře
Ušeň	UA	94, 96, 99SB, 03, GS, ii, automatický generátor FF^[1]	Ne	Ne	Ne	Ne	UFF-Dreiding -jako pole	Pro bílkoviny, DNA ligandy
JANTAR	Ano	Ano	Přes komora nástroj od verze 11	Ano	Ne	Ne	Ne
Návrhář Ascalaph	UA	94, 99SB, 03	Ne	Ne	Ne	Ne	Ne
Avogadro	Ne	Ne	Ne	Ano	94, 94s	Ne	Ano
Balón	Ne	Ne	Ne	Ne	94	Ne	Ne	MMFF94
ŠÉF	Ano	Ne	Ne	Ne	Ne	Ne	Ne
CHARMM	Ano*	Ano*	Ano*	Prostřednictvím CHARMM-GUI^[2]	Plný MMFF94, ale kód se říkal neudržovaný	Ne	Ne	* ve standardní distribuci
Gabedit	Ne	Ano	Ne	Ano	Ano	Ne	Ne
Gaussian mm užitečnost	Ne	Ano	Ne	Ne	Ne	Ne	Ano	Dreiding pole k dispozici
GROMACS	Ano	Ano*	Ano*	Ano	Ne	Ne	Ne	* ve standardní distribuci od verze 4.5.0
VOČKO	AA	89, 94, 99, také s Extended Hückel Theory	22, 27	Ne	94 (s)	Ne	Ne
NAMD	Ano	Ano	Ano	Ano	Ne	Ne	Ne
Q	Ano	Ano	Ano	Ne	Ne	Ne	Ne	Pro biopolymery
Dráteník	UA, AA, AA / L	94, 96, 98, 99	19, 27	Ne	Ne	Ne	Ne	Pro bílkoviny, organické molekuly
Towhee	UA, AA	86	19, 22, 27	Ne	94	Ne	Ano	Monte Carlo
Yasara	Ne	94, 96, 99, 03	Ne	Ne	Ne	Ne	Ne	Plus vlastní pole pro upřesnění najímání

Viz také