WikiPathways - WikiPathways

WikiPathways: otevřený zdroj pro biologické cesty.
Logo WikiPathways
Obsah
PopisZdroj založený na wiki pro sběr, údržbu a distribuci biologických cest
Kontakt
Primární citacePMID  18651794
Přístup
Datový formátGPML
BioPAX
webová stránkahttp://www.wikipathways.org
Stáhnout URLCesty
webová služba URLZBYTEK
Sparql koncový bodhttp://sparql.wikipathways.org/sparql
Smíšený
LicenceCreative Commons 0
Uvolnění dat
frekvence		měsíční

WikiPathways[1][2] je komunitní zdroj pro přispívání a udržování obsahu věnovaného biologické cesty. Každý registrovaný uživatel WikiPathways může přispívat a kdokoli se může stát registrovaným uživatelem.[3] Příspěvky sleduje skupina správců, ale většina z nich peer review, redakční úprava a údržba je odpovědností uživatelské komunity. WikiPathways je vytvořen pomocí MediaWiki software, vlastní nástroj pro úpravu grafických cest (PathVisio[4]) a integrovaný BridgeDb[5] databáze pokrývající hlavní gen, protein, a metabolit systémy.

Obsah cesty

Každý článek na WikiPathways je věnován konkrétní cestě. Je pokryto mnoho typů molekulárních drah, včetně metabolické,[6] signalizace, regulační atd. a podporované[7] druh zahrnout člověk, myš, zebrafish, ovocný let, C. elegans, droždí, rýže a arabidopsis,[8] stejně jako bakterie a rostlina druh. Pomocí vyhledávací funkce lze určit konkrétní cestu podle názvu, podle genů a proteinů, které obsahuje, nebo podle textu zobrazeného v popisu. Kolekci cest lze procházet také pomocí kombinací názvů druhů a kategorií založených na ontologii.

Kromě diagramu cesty obsahuje každá stránka cesty také popis, bibliografii, historii verzí cesty a seznam genů a proteinů komponent s linkouts k veřejným zdrojům. U jednotlivých uzlů cesty mohou uživatelé přistupovat k seznamu dalších cest s tímto uzlem. Změny dráhy lze sledovat zobrazením předchozích revizí nebo zobrazením rozdílů mezi konkrétními revizemi. Pomocí historie cesty se lze také vrátit k předchozí revizi cesty. Cesty lze také označit pojmy ontologie ze tří hlavních BioPortal ontologie (Pathway, Disease a Cell Type).

Obsah cesty na WikiPathways je volně k dispozici ke stažení v několika formátech dat a obrázků. WikiPathways je zcela otevřený přístup a otevřený zdroj. Veškerý obsah je k dispozici pod Creative Commons 0. Veškerý zdrojový kód pro WikiPathways a PathVisio editor je k dispozici pod Licence Apache, verze 2.0.

Přístup a integrace

Kromě různých primárních datové formáty (např. GPML, BioPAX, Reactome,[9] KEGG a RDF[10]), WikiPathways podporuje celou řadu způsobů integrace a interakce s obsahem cesty. Patří mezi ně přímá propojení, obrazové mapy, RSS zdroje a hluboko webové služby.[11]

Obsah WikiPathways se používá k anotaci a křížovým odkazům na články Wikipedie pokrývající různé geny, proteiny, metabolity a cesty. Zde je několik příkladů:

Viz také

Reference

Do tato úprava, tento článek používá obsah z "WikiPathWays: About", který je licencován způsobem, který umožňuje opětovné použití v rámci Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported License, ale ne pod GFDL. Je třeba dodržovat všechny příslušné podmínky.

  1. ^ Pico, A. R .; Kelder, T .; Van Iersel, M. P .; Hanspers, K .; Conklin, B. R .; Evelo, C. (2008). „WikiPathways: Pathway Editing for the People“. PLOS Biology. 6 (7): e184. doi:10.1371 / journal.pbio.0060184. PMC  2475545. PMID  18651794.
  2. ^ Kutmon, M .; Riutta, A .; Nunes, N .; Haspers, K .; Willighagen, E.L .; Bohler, A .; Mélius, J .; Waagmeester, A .; Sinha, S.R .; Miller, R .; Coort, S.L .; Cirillo, M .; Smeets, B .; Evelo, C.T .; Pico, A. (2015). „WikiPathways: capturing the full variety of pathway knowledge“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D488 – D494. doi:10.1093 / nar / gkv1024. PMC  4702772. PMID  26481357.
  3. ^ Marvin Martens; Ammar Ammar; Anders Riutta; et al. (19. listopadu 2020), "WikiPathways: spojování komunit", Výzkum nukleových kyselin, doi:10.1093 / NAR / GKAA1024, ISSN  0305-1048, PMID  33211851 Šek | pmid = hodnota (Pomoc), Wikidata  Q102205677
  4. ^ Van Iersel, M. P .; Kelder, T .; Pico, A. R .; Hanspers, K .; Coort, S .; Conklin, B. R .; Evelo, C. (2008). „Prezentace a zkoumání biologických cest pomocí PathVisio“. BMC bioinformatika. 9: 399. doi:10.1186/1471-2105-9-399. PMC  2569944. PMID  18817533.
  5. ^ Van Iersel, M. P .; Pico, A. R .; Kelder, T .; Gao, J .; Ho, I .; Hanspers, K .; Conklin, B. R .; Evelo, C. T. (2010). „Rámec BridgeDb: standardizovaný přístup ke službám mapování identifikátorů genů, proteinů a metabolitů“. BMC bioinformatika. 11: 5. doi:10.1186/1471-2105-11-5. PMC  2824678. PMID  20047655.
  6. ^ Slenter, Denise N .; Kutmon, Martina; Hanspers, Kristina; Riutta, Anders; Windsor, Jacob; Nunes, Nuno; Mélius, Jonathan; Cirillo, Elisa; Coort, Susan L .; Digles, Daniela; Ehrhart, Friederike; Giesbertz, Pieter; Kalafati, Marianthi; Martens, Marvin; Miller, Ryan; Nishida, Kozo; Rieswijk, Linda; Waagmeester, Andra; Eijssen, Lars M. T.; Evelo, Chris T .; Pico, Alexander R .; Willighagen, Egon L. (10. listopadu 2017). „WikiPathways: mnohostranná databáze cest spojující metabolomiku s dalším výzkumem omics“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D661 – D667. doi:10.1093 / NAR / GKX1064. PMC  5753270. PMID  29136241.
  7. ^ "Procházet cesty - WikiPathways".
  8. ^ Hanumappa, Mamatha; Preece, Justin; Elser, Justin; Nemeth, Denise; Bono, Gina; Wu, Kenny; Jaiswal, Pankaj (2013). „WikiPathways for plants: a community pathway curation portal and a case study in rice and arabidopsis seed development“. Rýže. 6 (1): 14. doi:10.1186/1939-8433-6-14. PMC  4883732. PMID  24280312.
  9. ^ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L .; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R .; Evelo, Chris T. (20. května 2016). „Reactome z pohledu WikiPathways“. PLOS výpočetní biologie. 12 (5): e1004941. Bibcode:2016PLSCB..12E4941B. doi:10.1371 / journal.pcbi.1004941. PMC  4874630. PMID  27203685.
  10. ^ Waagmeester, Andra; Kutmon, Martina; Riutta, Anders; Miller, Ryan; Willighagen, Egon L .; Evelo, Chris T .; Pico, Alexander R. (23. června 2016). „Použití sémantického webu pro rychlou integraci WikiPathways s dalšími biologickými online datovými zdroji“. PLOS výpočetní biologie. 12 (6): e1004989. Bibcode:2016PLSCB..12E4989W. doi:10.1371 / journal.pcbi.1004989. PMC  4918977. PMID  27336457.
  11. ^ Kelder, T .; Pico, A. R .; Hanspers, K .; Van Iersel, M. P .; Evelo, C .; Conklin, B. R .; Skrýt, W. (2009). Skrýt, Winston (ed.). „Těžba biologických cest pomocí webových služeb WikiPathways“. PLOS ONE. 4 (7): e6447. Bibcode:2009PLoSO ... 4,6447 tis. doi:10.1371 / journal.pone.0006447. PMC  2714472. PMID  19649250.

externí odkazy