Databáze interakcí NCI-Nature Pathway - NCI-Nature Pathway Interaction Database

PID
Obsah
Popis	Pathway Interaction Database.
Kontakt
Laboratoř	Národní onkologický institut; NIH; Nature Publishing Group
Primární citace	Schaefer a kol. (2009)
Datum vydání	2005
Přístup
Standardy	BioPAX
Datový formát	XML
webová stránka	http://www.ndexbio.org

The Pathway Interaction Database (PID) je bezplatná biomedicínská databáze lidských buněčných signálních drah.^[1] Databáze obsahuje informace o molekulárních interakcích a reakcích, které probíhají v buňkách, se zvláštním zaměřením na procesy, které by mohly být relevantní pro výzkum a léčbu rakoviny. Databáze byla založena jako spolupráce mezi USA Národní onkologický institut, NIH a Nature Publishing Group v roce 2005 a byla zahájena v listopadu 2006. V září 2012 byla aktivní kurace zastavena a data PID jsou nyní k dispozici na internetu Síťová výměna dat, NDEx.

Obsah databáze

V listopadu 2007 databáze obsahovala 59 drah (zahrnujících 3309 molekulárních interakcí), které připravil redakční tým NCI-Nature. Nové cesty jsou přidávány každý měsíc. Databáze také obsahuje 254 cest (zahrnujících 3003 interakcí) importovaných z vydání BioCarta databáze cest.

Data NCI-Nature jsou shromažďována z publikované výzkumné literatury a před publikováním přezkoumána odbornými vědci. Evidenční kódy jsou přiřazeny každé molekulární interakci, což umožňuje uživatelům vyhodnotit spolehlivost interakcí nebo vyhledávat interakce identifikované konkrétními experimentálními technikami.

Výstup a stahování dat

Obsah databáze lze zobrazit v samostatných předdefinovaných cestách. Databáze může také dynamicky generovat interakční sítě k vizualizaci výsledků vyhledávání v databázi. Cesty a dynamicky generované sítě se zobrazují v obrázcích GIF a SVG a lze je stáhnout jako XML (včetně standardního formátu pro výměnu cest, BioPAX ). Celá databáze je také k dispozici ke stažení.

Viz také

Reference

^ ^A ^b Schaefer, Carl F; Anthony Kira; Krupa Shiva; Buchoff Jeffrey; Den Matthew; Hannay Timo; Buetow Kenneth H (leden 2009). „PID: Pathway Interaction Database“. Nucleic Acids Res. Anglie. 37 (Problém s databází): D674-9. doi:10.1093 / nar / gkn653. PMC 2686461. PMID 18832364.

Další reference

externí odkazy

[pmid18832364-1] A ^b Schaefer, Carl F; Anthony Kira; Krupa Shiva; Buchoff Jeffrey; Den Matthew; Hannay Timo; Buetow Kenneth H (leden 2009). „PID: Pathway Interaction Database“. Nucleic Acids Res. Anglie. 37 (Problém s databází): D674-9. doi:10.1093 / nar / gkn653. PMC 2686461. PMID 18832364.

[1]