ConsensusPathDB - ConsensusPathDB
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | lidské funkční interakční sítě. |
| Organismy | Homo sapiens, Saccharomyces cerevisiae, Mus musculus |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Institut Maxe Plancka pro molekulární genetiku |
| Autoři | Atanas Kamburov |
| Primární citace | Kamburov a kol. (2011)[1] |
| Datum vydání | 2008 |
| Přístup | |
| Datový formát | BioPAX PSI-MI SBML |
| webová stránka | consensuspathdb |
| Stáhnout URL | Ano |
| webová služba URL | Ano |
| Smíšený | |
| Verze | 30; 9. ledna 2015 |
The ConsensusPathDB je molekulární funkční interakce databáze, integrující informace o proteinové interakce, genetické interakce signalizace, metabolismus, genová regulace a lékové interakce u lidí. ConsensusPathDB aktuálně (vydání 30) zahrnuje takové interakce z 32 databází.[1] ConsensusPathDB je volně k dispozici pro akademické použití pod http://ConsensusPathDB.org.
Integrované databáze
- Reactome (metabolické a signální dráhy )
- KEGG (metabolické cesty byly integrovány pouze do ConsensusPathDB)
- HumanCyc (metabolické cesty)
- PID - Pathway Interaction Database (signální dráhy)
- BioCarta (signální dráhy)
- Netpath (signální dráhy)
- IntAct (proteinové interakce)
- DIP (proteinové interakce)
- MINT (proteinové interakce)
- HPRD (proteinové interakce)
- BioGRID (proteinové interakce)
- SPIKE (proteinové interakce, signální reakce)
- WikiPathways (metabolické a signální dráhy )
- a mnoho dalších.
Funkce
ConsensusPathDB je přístupný přes a webové rozhraní poskytuje řadu funkcí.
Hledání a vizualizace
Pomocí webového rozhraní mohou uživatelé vyhledávat fyzické entity (např. bílkoviny, metabolity atd.) nebo cesty používající běžné názvy nebo přístupová čísla (např. UniProt identifikátory). Vybrané interakce lze v interaktivním prostředí vizualizovat jako rozšiřitelné sítě. ConsensusPathDB v současné době umožňuje uživatelům exportovat své modely BioPAX formátu nebo jako obrázek v několika formátech.
Nejkratší cesta
Uživatelé mohou vyhledávat nejkratší cesty funkčních interakcí mezi fyzickými entitami na základě všech interakcí v databázi. Hledání cesty může být omezeno tím, že zakáže průchod určitými fyzickými entitami.
Nahrávání dat
Uživatelé mohou nahrát vlastní interakční sítě v BioPAX, PSI-MI nebo SBML soubory za účelem ověření a / nebo rozšíření těchto sítí v kontextu interakcí v ConsensusPathDB.
Analýza nadměrného zastoupení
Pomocí webového rozhraní databáze lze provádět analýzu nadreprezentace na základě biochemické cesty nebo na sousedních sadách entit (NEST), které tvoří podsítě celkové interakční sítě obsahující všechny fyzické entity kolem centrální v rámci „okruhu“ (počet interakcí od centra). Pro každou předdefinovanou sadu (cesta / NEST), a P-hodnota je počítán na základě hypergeometrická distribuce. Odráží význam pozorovaného překrývání mezi uživatelsky specifickým seznamem vstupních genů a členy předdefinované sady.
Analýzy nadměrného zastoupení lze provádět s uživatelem specifikovanými geny nebo metabolity.
Reference
- ^ A b Kamburov, Atanas; Pentchev Konstantin; Galička Hanna; Wierling Christoph; Lehrach Hans; Herwig Ralf (leden 2011). „ConsensusPathDB: směrem k úplnějšímu obrazu buněčné biologie“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D712-7. doi:10.1093 / nar / gkq1156. PMC 3013724. PMID 21071422.