Netpath - Netpath
 | Tento článek je Použití externí odkazy nemusí dodržovat zásady nebo pokyny Wikipedie. (Říjen 2012) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | upravené dráhy přenosu signálu. |
| Kontakt | |
| Laboratoř | Ústav bioinformatiky |
| Primární citace | Kandasamy & al. (2010)[1] |
| Datum vydání | 2010 |
| Přístup | |
| webová stránka | http://www.netpath.org |
NetPath[1] je ručně upravovaný zdroj člověka signální transdukce cesty. Jedná se o společné úsilí Pandey Lab na Univerzita Johna Hopkinse a Ústav bioinformatiky (IOB), Bangalore, Indie,[2] a také na něm pracují další strany.
NetPath hostí 45 signálních drah, včetně 10 cest s hlavní rolí v regulaci imunitní systém a 10 cest souvisejících s regulací EU rakovina.
Přehled
45 cest obsahuje informace týkající se interakce protein-protein, enzym-proteinové substrátové reakce, které vyvolávají posttranslační úpravy (PTM) a také katalog genů, které jsou rozdílně regulovány při aktivaci specifických ligand zprostředkovaný receptor cesty. Molekuly, které se lokalizují do různých buněk organely vzhledem k jejich PTM nebo specifickým interakcím protein-protein, ke kterým dochází za cestou zprostředkovanou cestou ligand-receptor, jsou k dispozici při translokačních událostech. Nedávno NetPath také kurátoroval molekuly zapojené do transkripční regulace genů v kontextu imunitních signálních drah. Reakce v systému NetPath vybírají vědci na úrovni PhD z experimentálních důkazů dostupných v publikovaných výzkumných článcích. NetPath také obsahuje textový popis svých reakcí s informacemi o PTM, závislost PTM na různých signálních reakcích, subcelulární umístění, proteinová interakce domén nebo motivy a typ buňky nebo buněčná linie ve kterých jsou prokázány reakce. Informace v NetPath jsou propojeny s odpovídajícími články z výzkumu a jsou často aktualizovány. Každá cesta je podrobena jiné úrovni interních kontrol kvality a peer-review odborníky a úřady.
Rozvoj
NetPath byl vyvinut s použitím PathBuilder, softwarové aplikace s otevřeným zdrojovým kódem pro anotování a vývoj prostředků cesty.[3] PathBuilder umožňuje anotaci molekulárních událostí včetně interakcí protein-protein, vztahy enzym-substrát a události translokace proteinů pomocí manuálních nebo automatických metod. Mezi funkce PathBuilder patří automatické ověřování datových formátů, vestavěné moduly pro vizualizaci cest, automatický import dat z jiných zdrojů cest, export dat v několika standardních formátech pro výměnu dat a aplikační programovací rozhraní pro načítání souborů cest.
Dostupnost dat
Všech 45 cest je volně ke stažení v BioPAX, PSI-MI a SBML formáty. BioPAX je nastupující standard pro výměnu dat o dráze. Cesty jsou k dispozici pod adaptivním Licence Creative Commons 2.5 který stanoví, že cesty mohou být použity, je-li autorům poskytnut odpovídající kredit.
Imunitní signální dráhy
Následující imunitní signalizační cesty jsou hostovány Netpath:
- Dráha receptoru B buněk
- Dráha receptoru T buněk
- Dráha interleukinu-1
- Dráha interleukinu-2
- Dráha interleukinu-3
- Dráha interleukinu-4
- Dráha interleukinu-5
- Dráha interleukinu-6
- Dráha interleukinu-7
- Dráha interleukinu-9
Signální dráhy rakoviny
Signální dráhy rakoviny byly vyvinuty ve spolupráci s Centrem výpočetní biologie v Memorial Sloan – Kettering Cancer Center a s Bader Lab na University of Toronto pro „mapu rakovinných buněk“. Následující signální dráhy rakoviny hostuje Netpath:
- Cesta receptoru epidermálního růstového faktoru
- Dráha receptoru transformujícího růstového faktoru beta
- Cesta alfa faktoru nekrózy nádoru
- Cesta integrinu Alpha6 Beta4
- Inhibitor vazby DNA
- Ježek cesta
- Vrubová cesta
- Wnt cesta
- Cesta androgenového receptoru
- Dráha receptoru soupravy
Aktuální statistiky
| Vybrané cesty | 45 |
| Zapojené molekuly | 1,053 |
| Fyzické interakce | 2,448 |
| Geny transkripčně regulované | 7,401 |
| Doprava | 284 |
| Enzymatická katalýza | 1,597 |
| Citace PubMed | 2,228 |
Program účasti Společenství
Program komunitní účasti je zaměřen na školení studentů na různých univerzitách z Indie v kuraci reakcí dráhy. Jedná se o společný program vedený Institutem bioinformatiky v Bangalore v Indii s aktivní účastí od Laboratoř Dr. Akhilesh Pandey na Univerzita Johna Hopkinse (USA) a Laboratoř Garyho Badera na University of Toronto, Kanada. V současné době jsou to studenti ze 3 hlavních indických univerzit Pondicherry University, University of Pune a University of Mysore jsou účastníky tohoto úsilí komunity.
Reference
- ^ A b Kandasamy, Kumaran; Mohan, Sujatha; Raju, Rajesh; Keerthikumar, Shivakumar; Kumar, Ghantasala S Sameer; Venugopal, Abhilash K; Telikicherla, Deepthi; Navarro, Daniel J; Mathivanan, Suresh (2010). „NetPath: veřejný zdroj upravených drah přenosu signálu“. Genome Biology. 11 (1): R3. doi:10.1186 / gb-2010-11-1-r3. PMC 2847715. PMID 20067622.
- ^ Laboratoř Dr. Akhilesh Pandey
- ^ Kandasamy, K .; Keerthikumar, S .; Raju, R .; Keshava Prasad, T. S .; Ramachandra, Y. L .; Mohan, S .; Pandey, A. (2009). „PathBuilder - software s otevřeným zdrojovým kódem pro anotování a vývoj prostředků cesty“. Bioinformatika. 25 (21): 2860–2. doi:10.1093 / bioinformatika / btp453. PMC 2781757. PMID 19628504.