Biologická cesta - Biological pathway
A biologická cesta je řada interakcí mezi molekulami v buňce, která vede k určitému produktu nebo ke změně v buňce. Takováto dráha může vyvolat shromáždění nových molekul, jako je tuk nebo bílkovina. Cesty mohou také zapínat a vypínat geny nebo podněcovat pohyb buňky.[1] Jsou zahrnuty některé z nejběžnějších biologických cest metabolismus, regulace genové exprese a přenos signálů. Cesty hrají klíčovou roli v pokročilých studiích genomika.
Nejběžnější typy biologických cest:[1]
Databáze cest
- KEGG Databáze cest je populární vyhledávací databáze cest, kterou biologové velmi využívají.
- WikiPathways je komunitou spravovaná databáze cest využívající koncept "wiki". Všechny cesty mají otevřenou licenci a lze je libovolně používat.
- Reactome je bezplatná a ručně spravovaná online databáze biologických cest.
- Databáze interakcí NCI-Nature Pathway je bezplatná biomedicínská databáze lidských buněčných signálních drah (nový oficiální název: NCI Nature Pathway Interaction Database: Pathway, synonymum: PID).
- PhosphoSitePlus je databáze pozorovaných posttranslačních modifikací v lidských a myších proteinech; online zdroj biologie systémů poskytující komplexní informace a nástroje pro studium posttranslačních modifikací proteinů (PTM) včetně fosforylace, ubikvitinace, acetylace a methylace.
- Sbírka databáze BioCyc je sortiment databází Pathway / Genome specifických pro organismus.
- Referenční databáze lidských proteinů je centralizovaná platforma pro vizuální znázornění a integraci informací týkajících se architektury domény, posttranslačních modifikací, interakčních sítí a asociace nemocí pro každý protein v lidském proteomu (poslední vydání bylo č. 9 v roce 2010).
- PANTER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships) je rozsáhlá biologická databáze genových / proteinových rodin a jejich funkčně příbuzných podrodin, které lze použít ke klasifikaci a identifikaci funkce genových produktů.
- TRANSFAC (Databáze TRANScription FACtor) je ručně upravená databáze eukaryotických transkripčních faktorů, jejich genomových vazebných míst a profilů vazby DNA (poskytnutých společností genXplain GmbH).
- MiRTarBase je spravovaná databáze interakcí MicroRNA-Target.
- DrugBank je komplexní, vysoce kvalitní, volně přístupná online databáze obsahující informace o drogách a drogových cílech.
- esyN je síťový prohlížeč a tvůrce, který umožňuje importovat cesty z databáze biomodelů nebo z biogridu, flybase pombase a zjistit, jaké léky interagují s proteiny ve vaší síti.
- Srovnávací databáze toxikogenomiky (CTD) je veřejná webová stránka a výzkumný nástroj, který upravuje vědecká data popisující vztahy mezi chemickými látkami / léky, geny / bílkovinami, chorobami, taxony, fenotypy, anotacemi GO, cestami a moduly interakce; CTD osvětluje, jak environmentální chemikálie ovlivňují lidské zdraví.
- Pathway commons je projekt a databáze, která používá BioPAX jazyk pro převod, integraci a dotazování na jiné databáze biologických cest a interakcí.