PharmGKB - PharmGKB

PharmGKB
Logo PharmGKB.png
Obsah
PopisThe Farmakogenomika Znalostní báze
Typy dat
zajat		Farmakogenomika a Farmakogenetika
OrganismyČlověk
Kontakt
Výzkumné centrumStanfordská Univerzita
Primární citacePMID  22992668
Datum vydání2000
Přístup
webová stránkawww.pharmgkb.org
Stáhnout URLwww.pharmgkb.org/ stahování
webová služba URLapi.pharmgkb.org
Smíšený
LicenceCreative Commons BY-SA 4.0 www.pharmgkb.org/strana/ dataUsagePolicy
Kurátorská politikaAno

Databáze znalostí o farmakogenomice (PharmGKB) je veřejně dostupný online znalostní báze odpovědný za agregaci, léčení, integraci a šíření znalostí týkajících se dopadu lidské genetické variace na reakci na léky.[1] Je financován z Národní institut zdraví (NIH) Národní ústav všeobecných lékařských věd (NIGMS) a je partnerem NIH Síť pro výzkum farmakogenomiky (PGRN). Bylo spravováno na Stanfordská Univerzita od svého založení v roce 2000.[2]

Účel

Hlavním cílem PharmGKB je pomoci vědcům pochopit, jak variace v genetickém složení člověka ovlivňují to, jak reaguje na drogu, pole známé jako farmakogenomika nebo farmakogenetika (PGx). Aby bylo dosaženo tohoto cíle, PharmGKB ručně vyčistí informace PGx z primární literatury a poté je uloží do znalostní báze. Tyto informace lze agregovat, což umožňuje společnosti PharmGKB konzistentní identifikaci genetická varianta - interakce s drogami. Pro potenciální klinickou implementaci lze poté zvážit interakce variant s léky s velkým množstvím podpůrných důkazů.[3] Za účelem využití případů, kdy existují silné literární důkazy o PGx, založila společnost PharmGKB sdružení Clinical Pharmacogenetic Implementation Consortium (CPIC), organizaci odpovědnou za vytváření a šíření peer-reviewed, volně dostupných pokynů pro dávkování léků založených na genotypu pro klinické lékaře.[4][5][6] PharmGKB také spolupracuje s různými mezinárodními skupinami konsorcií, jako je International Warfarin Pharmacogenetics Consortium (IWPC) a International Clopidogrel Pharmacogenomics Consortium (ICPC), což usnadňuje spolupráci a analýzu velkých souborů dat PGx.[7][8]

Obsah

PharmGKB má na webu k dispozici mnoho různých typů informací souvisejících s PGx, které jsou popsány v následujících částech. PharmGKB má obsah PGx v genetických variantách (včetně jedno-nukleotidové polymorfismy (SNP) a haplotypy, stejně jako některé kopírovat varianty počtu (CNV) a indels ), geny, léky, fenotypy (včetně nemocí a vedlejší efekty ) a PubMed ID (PMID).[1]

Varianty anotací

Anotace variant jsou souhrny popisující, jak konkrétní genetický polymofismus je spojena s lékovou odpovědí, jak je uvedeno v jedné publikaci. Mezi příklady odpovědí na léky patří nežádoucí účinky, změny v účinnosti léku a změny v tom, jak rychle nebo pomalu lék je metabolizován. Kurátoři posoudí minulou a současnou literaturu a do studie přidají jakékoli studie obsahující výsledky relevantní pro PGx znalostní báze prostřednictvím těchto variantních anotací. Sdružení variant-lék mohou být negativní nebo pozitivní a pocházejí z široké škály typů studií, včetně genomové asociační studie, klinické testy a funkční in vitro studie. Všechny varianty varianty obsahují standardizovanou větu, která umožňuje snadné srovnání výsledků a srovnání mezi studiemi v celém textu znalostní báze. Kromě záznamu asociace fenotypů genetická varianta-lék jsou klíčové parametry studie, jako je velikost studie, etnická populace, p-hodnoty a frekvence alel jsou také uvedeny v anotaci [1][3][8]

Klinické anotace

Klinické anotace kombinují všechny varianty anotací, které pojednávají o stejné asociaci fenotypů varianta-lék, a spojují je do jednoho písemného shrnutí asociace. Klinické anotace se skládají ze souhrnného textu, který je psán jako asociace pro každý genotyp ve srovnání s jinými genotypy. Pod tímto souhrnným textem obsahují klinické anotace seznam všech variantních anotací, které podporují tuto konkrétní asociaci variantního léku s fenotypem. Každá klinická anotace má také určitou úroveň důkazu, který poskytuje míru důvěry v asociaci. Úroveň důkazu pro klinickou anotaci je hodnocena ručně a je založena na kritériích, jako je počet studií s pozitivním a negativním výsledkem, p-hodnoty a velikosti studia:[1][3][8]

  • Úroveň 1A: Klinická anotace kombinace variant a léků v pokynech CPx nebo PGx schválených lékařskou společností nebo implementovaných v síti Pharmagenomics Research Network (PGRN) nebo v jiném významném zdravotnickém systému.
  • Úroveň 1B: Klinická anotace pro kombinaci variant a léků, kde převaha důkazů ukazuje souvislost. Asociace musí být replikována ve více než jedné kohortě s významnými hodnotami p a nejlépe bude mít silnou velikost účinku.
  • Úroveň 2A: Klinická anotace pro kombinaci variant a léků, která splňuje podmínky pro úroveň 2B, kde je varianta v rámci a Velmi důležitý farmakogen (VIP) jak je definováno PharmGKB. Varianty na úrovni 2A jsou ve známých farmakogenech, takže funkční význam je pravděpodobnější.
  • Úroveň 2B: Klinická anotace kombinace variant a léků se středním důkazem asociace. Asociace musí být replikována, ale mohou existovat některé studie, které nevykazují statistickou významnost a / nebo velikost účinku může být malá.
  • Úroveň 3: Anotace kombinace variant - lék na základě jedné významné (dosud nereplikované) nebo anotace kombinace variant - lék hodnocená v několika studiích, ale chybí jasný důkaz asociace.
  • Úroveň 4: Anotace založená na kazuistice, nevýznamné studii nebo důkazech in vitro, molekulárních nebo funkčních testů.[3][9]

Souhrny velmi důležitých farmakogenu (VIP)

VIP jsou přehledy důležitých genů zapojených do reakce na léky. Jejich účelem je poskytnout uživatelům lepší pochopení konkrétního genu relevantního pro PGx a skládat se ze základních informací o genu, včetně jakýchkoli asociací chorob, a z hloubkového přehledu jeho genu farmakogenetika. Ačkoli jsou VIP na webu PharmGKB k dispozici v interaktivním formátu, jsou také obvykle publikovány v časopise Farmakogenetika a genomika.[1][8] VIP také poskytují odkazy na souhrny pro zvláště důležité varianty v rámci tohoto genu - tyto jsou známé jako souhrny VIP variant.[10]

Cesty

Cesty PharmGKB jsou diagramy založené na důkazech podrobně popisující farmakokinetika (PK) nebo farmakodynamika (PD) léku relevantního pro PGx, doprovázeného textem poskytujícím základní informace o léku a diskusí o něm PK, PD a PGx. Cesty jsou obvykle publikovány v časopise Farmakogenetika a genomika.[1][8] Cesty se vytvářejí ručně po rozsáhlém přehledu literatury a spojení na diagramech cest jsou podporována citacemi z literatury; tyto podpůrné citace lze zobrazit v online verzích cest. Informace obsažené v každém diagramu cest jsou navíc k dispozici ke stažení v TSV, BioPAX a formáty GPML.[1][8]

"Seznam cest PharmGKB". PharmGKB.

Pokyny pro dávkování

PharmGKB poskytuje pokyny pro dávkování léků na bázi PGx od CPIC, stejně jako The Royal Dutch Association for the Advancement of Pharmacy Pharmacogenetics Working Group (DWPG) a odborné společnosti, jako je The Americká vysoká škola revmatologie.[1] Více informací o DPWG a jejich cílech a metodách najdete na webových stránkách PharmGKB.[11]

CPIC

CPIC se skládá z členů NIH Pharmagenomics Research Network (PGRN), zaměstnanci PharmGKB a odborníci v PGx a medicíně. Cílem CPIC je vytvořit volně dostupné, recenzované pokyny pro dávkování léků pro klinické lékaře, kteří mají přístup k preventivním výsledkům genetického testování.[4][5][6] Pokyny CPIC jsou psány pro sdružení PGx, která mají významné podpůrné důkazy, například sdružení mezi HLA-B*58:01 a Stevens-Johnsonův syndrom /toxická epidermální nekrolýza u pacientů užívajících alopurinol,[12] a SLCO1B1 rs4149056 a myopatie u pacientů užívajících simvastatin[13] Pokyny CPIC jsou publikovány v časopise Klinická farmakologie a terapeutika, a jsou také k dispozici prostřednictvím PharmGKB v interaktivním formátu.[6] Pokyny pro dávkování CPIC na PharmGKB zahrnují výňatek ze zveřejněného pokynu, doporučení pro terapeutické dávkování ve formátu tabulky a verze pokynu a dodatku ve formátu PDF. PharmGKB také poskytuje nástroj pro pokyny k dávkování, kde mohou uživatelé zadat požadovaný genotyp a obdržet příslušné doporučení pro dávkování. Stahovatelné, vypočítatelné verze pokynů v JSON formát jsou také k dispozici na PharmGKB.[14]

"Seznam pokynů pro dávkování CPIC". PharmGKB.

"Seznam všech pokynů pro dávkování PharmGKB". PharmGKB.

Etikety na léky FDA a EMA

PharmGKB spravuje a komentuje štítky s léky obsahujícími informace PGx z obou US Food and Drug Administration (FDA) a Evropská agentura pro léčivé přípravky (EMA).[1] Etikety na léky schválené FDA s informacemi PGx pocházejí od FDA Tabulka farmakogenomických biomarkerů na štítcích s drogami stránku nebo identifikovanou kurátory. Štítky na léky schválené agenturou EMA (známé jako European Public Assessment Reports (EPAR)) jsou ručně vyhledávány pro použití těchto léčiv v tabulce FDA Biomarker. Každá značka PharmGKB FDA nebo EMA štítek s úrovní PGx na základě interně vytvořených pokynů:

  • Vyžaduje se genetické testování: Štítek uvádí nebo naznačuje, že nějaký druh gen, protein nebo chromozomální testování, včetně genetické testování, testy funkčních proteinů, cytogenetický před použitím tohoto léku by měly být provedeny studie atd. Tento požadavek může platit pouze pro konkrétní podskupinu pacientů. PharmGKB považuje štítky, které uvádějí varianta je indikace pro lék, což znamená požadavek na test. Pokud štítek uvádí, že by měl být test proveden, je to také interpretováno jako požadavek.
  • Doporučeno genetické testování: Štítek uvádí nebo naznačuje, že nějaký druh gen, protein nebo chromozomální testování, počítaje v to genetické testování, testy funkčních proteinů, cytogenetický před použitím tohoto léku se doporučují studie atd. Toto doporučení může být pouze pro konkrétní podskupinu pacientů. PharmGKB považuje štítky, které říkají, že testování „by mělo být zváženo“, za doporučení testování.
  • Akční PGx: Štítek se nezabývá genetickými ani jinými testy na gen /protein /chromozomální varianty, ale obsahuje informace o změnách v účinnosti, dávkování nebo toxicita kvůli těmto variantám. Štítek může uvádět kontraindikaci léku u konkrétní podskupiny pacientů, ale nevyžaduje ani nedoporučuje gen, protein nebo chromozomální testování.
  • Informativní PGx: Štítek uvádí a gen nebo protein je zapojen do metabolismus nebo farmakodynamika drogy, ale neexistují žádné informace, které by tomu nasvědčovaly variace v těchto genech / proteinech vede k odlišné odpovědi.[15][16]

Při ošetřování lékových etiket schválených FDA existuje několik problémů; ty jsou popsány v a Blogový příspěvek PharmGKB 2013.

„Seznam štítků s drogami FDA a EMA“. PharmGKB.

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i "Přehled PharmGKB". PharmGKB.
  2. ^ "Historie PharmGKB". PharmGKB.
  3. ^ A b C d Whirl-Carrillo M, McDonagh EM, Hebert JM, Gong L, Sangkuhl K, Thorn CF a kol. (Říjen 2012). „Znalosti farmakogenomiky pro personalizovanou medicínu“. Klinická farmakologie a terapeutika. 92 (4): 414–7. doi:10.1038 / clpt.2012.96. PMC  3660037. PMID  22992668.
  4. ^ A b „Co je CPIC?“. PharmGKB.
  5. ^ A b Relling MV, Klein TE (březen 2011). „CPIC: Konsorcium pro implementaci klinické farmakogenetiky sítě pro výzkum farmakogenomiky“. Klinická farmakologie a terapeutika. 89 (3): 464–7. doi:10.1038 / clpt.2010.279. PMC  3098762. PMID  21270786.
  6. ^ A b C Caudle KE, Klein TE, Hoffman JM, Muller DJ, Whirl-Carrillo M, Gong L a kol. (Únor 2014). „Začlenění farmakogenomiky do rutinní klinické praxe: proces vývoje pokynů v rámci Konsorcia pro implementaci klinické farmakogenetiky (CPIC)“. Současný metabolismus drog. 15 (2): 209–17. doi:10.2174/1389200215666140130124910. PMC  3977533. PMID  24479687.
  7. ^ „Projekty PharmGKB“. PharmGKB.
  8. ^ A b C d E F McDonagh EM, Whirl-Carrillo M, Garten Y, Altman RB, Klein TE (prosinec 2011). „Od získávání farmakogenomických znalostí po klinické aplikace: PharmGKB jako zdroj klinického farmakogenomického biomarkeru“. Biomarkery v medicíně. 5 (6): 795–806. doi:10,2217 / bmm. 11,94. PMC  3339046. PMID  22103613.
  9. ^ „Úrovně klinické anotace“. PharmGKB.
  10. ^ „VIP: velmi důležité farmakogeny“. PharmGKB.
  11. ^ „DPWG: Dutch Pharmacogenetics Working Group“.
  12. ^ „Annotation of CPIC Guideline for alopurinol and HLA-B“. PharmGKB.
  13. ^ „Annotation of CPIC Guideline for simvastatin and SLCO1B1“. PharmGKB.
  14. ^ Barbarino, Julia M .; Whirl-Carrillo, Michelle; Klein, Teri E. (2014). „PharmGKB: The Pharmacogenomics Knowledge Base“ v Handbook of Pharmacogenomics and Stratified Medicine. Elsevier. 289–306. ISBN  978-0-12-386882-4.
  15. ^ „Informace o drogovém štítku a legenda“. PharmGKB.
  16. ^ http://pharmgkb.blogspot.com/2013/11/pharmgkb-drug-labels-description-update.html