Sobp - Sobp
| SOBP | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | SOBP, JXC1, MRAMS, Sobp, homolog proteinu vázajícího se na sinus oculis | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 613667 MGI: 1924427 HomoloGene: 41216 Genové karty: SOBP | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 6: 107,49 - 107,66 Mb | Chr 10: 43 - 43,17 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Homolog proteinu vázajícího sinus oculis (SOBP) také známý jako Jacksonův circlerový protein 1 (JXC1) je a protein že u lidí je kódován SOBP gen.[5][6][7] První SOBP gen byl identifikován v Drosophila melanogaster v droždí dvouhybridní obrazovka který jako návnadu používal doménu SIX proteinu Sine oculis.[8] Ve většině genomů, které ukrývají SOBP, gen je přítomen jako jediná kopie.
Gen
V člověku je SOBP Gen se nachází na dlouhém rameni chromozom 6 na 6q21 a překlenuje fyzickou vzdálenost o něco více než 171kbp. The mRNA je přepsán ze sedmi exony, orientovaný z centroméra na telomer, z nichž prvních šest exonů vytváří otevřený čtecí rámec. Kódování mRNA počítá 2 622 nukleotidů, které kódují protein s 873 aminokyselinami.
V myši Sopb se nachází na chromozom 10 v cytogenetickém pásmu 10qB2 pokrývající fyzickou oblast 172kbp. Stejně jako u lidí, myš Sobp kódující oblast zahrnuje šest exonů, ale její otevřený čtecí rámec je poněkud kratší, počítá s 2595 nukleotidy, které kódují protein s 864 aminokyselinami. Protein obsahuje dva jaderné lokalizační signály na každém na svém velmi amino- a karboxy-konci dvě sekvence bohaté na prolin navíc ke dvěma doménám, které souvisejí s typem FCS doména se zinkovým prstem. Kromě toho všechny proteiny SOBP sdílejí dva vysoce konzervované motivy.[7]
Výraz
U myší se genová exprese profilovala pomocí RT-PCR vykazovaly široký profil exprese v dospělých a embryonálních tkáních, přičemž nejsilnější exprese byla v mozku. RNA in situ hybridizace Exprese Sobp v novorozenecké tkáni byla prokázána v spirální ganglion, smyslové a podpůrné buňky maculae saccule a maculae of utricle, a cristae ampullaris. Sobp je také vyjádřen v vnitřní jaderná vrstva vývoje sítnice na E15, čichový epitel, v neuronech trigeminální ganglion a v buňkách obklopujících dermální papily z vlasové folikuly.
Genetika
U člověka, an autosomálně recesivní mutace způsobuje závažné mentální retardace s předním čelistním výčnělkem a strabismus, s názvem MRAMS syndrom (OMIM # 613671 ). Homozygotní mapování spojovalo syndrom MRAMS s oblastí 9,8 Mbp na 6q21. Vyhodnocení kandidátských genů v tomto intervalu identifikovalo homozygotní missense mutaci v SOBP u pacientů se syndromem MARMS. Mutace zkrátí protein SOBP poblíž karboxy-konce (p.R661X).
U myši se nezávisle na sobě vyskytly dvě spontánní recesivní autosomální mutace Jacksonova laboratoř které byly pojmenovány Jackson Circler (jc). První mutace proběhla v roce 1970 na pozadí C57BL / 6J s názvem C57BL / 6J-jc a druhá se vyskytla v pozadí B6.129S6 a byla pojmenována jc2J. Genetické vazebné analýzy lokalizovaly mutace na chromozom 10. Molekulárně genetické studie zaměřené na identifikaci genetického defektu v jc místo prokázal malou deleci 10 bp v exonu 6 z Sobp gen. Delece obsahuje nukleotidy c.1346-1355 a vede k posunu rámce otevřeného čtecího rámce zavedením stop kodonu v poloze aminokyseliny 490 (S449fsX490). V jc2J alela, mutace je nesmysl transverze guaninu na thymidin (c.1894G> T) měnící glycin na stop kodon (p. G632X).
Fenotypy
V myši zkrácené mutace jc a jc2J vést k hlubokému ztráta sluchu a nepravidelné krouživé chování. Konkrétně kochleární potrubí je zkrácen, varhany Corti vykazuje nadpočet vnější vlasové buňky, duplikace zrcadlového obrazu tunelu Corti a vnitřní vlasové buňky, stejně jako ektopická exprese skvrn vestibulárních vláskových buněk v Kollikerově orgánu. Vestibulární koncové orgány mají menší povrch a jsou silnější.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000112320 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038248 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ "Entrez Gene: sine oculis vázající proteinový homolog (Drosophila)".
- ^ Birk, E .; Har-Zahav, A .; Manzini, C. M .; Pasmanik-Chor, M .; Kornreich, L .; Walsh, C. A .; Noben-Trauth, K .; Albin, A .; Simon, A. J .; Colleaux, L .; Morad, Y .; Rainshtein, L .; Tischfield, D. J .; Wang, P .; Magal, N .; Maya, I .; Shoshani, N .; Rechavi, G .; Gothelf, D .; Maydan, G .; Shohat, M .; Basel-Vanagaite, L. (2010). „SOBP je mutován v syndromu a nesyndromatu s mentálním postižením a je vysoce vyjádřen v limbickém systému mozku“. American Journal of Human Genetics. 87 (5): 694–700. doi:10.1016 / j.ajhg.2010.10.005. PMC 2978971. PMID 21035105.
- ^ A b Chen, Z .; Montcouquiol, M .; Calderon, R .; Jenkins, N. A .; Copeland, N. G .; Kelley, M. W .; Noben-Trauth, K. (2008). „Jxc1 / Sobp, kódující protein nukleárního zinku, je kritický pro kochleární růst, buněčný osud a tvorbu Cortiho orgánu“. Journal of Neuroscience. 28 (26): 6633–41. doi:10.1523 / JNEUROSCI.1280-08.2008. PMC 2556235. PMID 18579736.
- ^ Kenyon KL, Li DJ, Clouser C, Tran S, Pignoni F (listopad 2005). „Fly homeixomainové proteiny typu SIX, Sine oculis a Optix, se během vývoje oka spojily s různými kofaktory.“ Dev. Dyn. 234 (3): 497–504. doi:10.1002 / dvdy.20442. PMID 15937930. S2CID 11462221.
Další čtení
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1996). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
- Stelzl U, Worm U, Lalowski M a kol. (2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Rose JE, Behm FM, Drgon T a kol. (2010). „Personalizované odvykání kouření: interakce mezi dávkou nikotinu, závislostí a skóre genotypu při ukončení léčby“. Mol. Med. 16 (7–8): 247–53. doi:10.2119 / molmed.2009.00159. PMC 2896464. PMID 20379614.
- Birk E, Har-Zahav A, Manzini CM a kol. (2010). „SOBP je mutován v syndromickém a nesyndromickém mentálním postižení a je vysoce exprimován v mozkovém limbickém systému“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 87 (5): 694–700. doi:10.1016 / j.ajhg.2010.10.005. PMC 2978971. PMID 21035105.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Calderon, A .; Derr, A .; Stagner, B .; Johnson, K .; Martin, G .; Nobentrauth, K. (2006). „Kochleární vývojová vada a prahové hodnoty sluchu závislé na pozadí u Jacksonovy mutantní myši“. Výzkum sluchu. 221 (1–2): 44–58. doi:10.1016 / j.heares.2006.07.008. PMID 16962269. S2CID 25996561.