Salterprovirus - Salterprovirus

Salterprovirus
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:incertae sedis
Království:incertae sedis
Kmen:incertae sedis
Třída:incertae sedis
Objednat:incertae sedis
Rodina:Halspiviridae
Rod:Salterprovirus
Zadejte druh
Salterprovirus His1

Salterprovirus je rod viry[1] které infikují extrémně halofilně archaea (izolovaný od Haloarcula hispanica. V současné době existuje pouze jeden druh v tomto rodu: druh typu Salterprovirus His1.[2][3] Jeho 2 virus byl původně považován za vztahující se k His1,[1][2] ale rozsáhlejší charakterizace virionu His2 ukázala, že patří do rodiny Pleolipoviridae.[4] Název rodu je odvozen od sůl termin protein virus, protože jejich lineární dsDNA genomy mají proteiny připojené k 5 'koncům (tj. terminální proteiny). Tento morfotyp viru je běžně pozorován v hypersalinních vodách po celém světě a salterproviry mohou představovat environmentálně běžný halovirus.

Taxonomie

Virion má vřetenovitou morfologii a tvarem se podobá virům infikujícím termofilní Archaea, Fuselloviridae a His1V byl původně popsán jako pravděpodobný člen této skupiny.[5] Později však bylo zjištěno, že neexistuje žádný genetický vztah a jejich replikační strategie jsou zcela odlišné, a proto byl His1 zařazen do nové skupiny, rodu Salterprovirus v rodině Halspiviridae.[6]

Struktura

Viry v Salterprovirus jsou obaleny, s tvarem ve tvaru citronu nebo vřetena. Genomy jsou lineární o délce přibližně 14,5 kB. Genom má 35 otevřených čtecích rámců.[2]

RodStrukturaSymetrieCapsidGenomické uspořádáníGenomická segmentace
SalterprovirusVe tvaru citronuNeznámýObalLineárníMonopartitní

Životní cyklus

Virová replikace je cytoplazmatická. Vstup do hostitelské buňky se dosahuje navázáním viru na hostitelskou buňku. Transkripce s templátem DNA je metoda transkripce. Archaea a haloarcula hispanica slouží jako přirozený hostitel. Přenosové cesty jsou pasivní šíření.[2]

RodPodrobnosti o hostiteliTkáňový tropismusVstupní údajePodrobnosti o vydáníReplikační webMísto montážePřenos
SalterprovirusArchea: Haloarcula hispanicaŽádnýInjekceNeznámýCytoplazmaCytoplazmaPasivní difúze

Diskuse o His1V a His2V

Genomy His1 a His2 mají podobnou velikost (14 464 bp & 16 067 bp respektive) a mají stejný počet předpovězených otevřených čtecích rámců (35), ale nesdílejí téměř žádnou podobnost nukleotidové sekvence. Na úrovni proteinové sekvence však jejich DNA polymerázy sdílejí 42% identitu. To spolu s jejich podobnými morfologiemi, strukturou DNA (délka, invertované koncové sekvence opakování, koncové proteiny) a způsob replikace naznačují, že by měly patřit do stejné skupiny virů.
Obrázek částic His1 lze zobrazit na webových stránkách www.haloarchaea.com zde a přejděte dolů. Zajímavé je, že homology genů pro kapsidové proteiny His2 jsou široce distribuovány v genomech haloarchaea.[7] Genomické lokusy, které je obsahují, mají také tendenci mít poblíž další geny pro virus / plazmid a tento termín ViPRE[8] (pro prvky související s viry a plazmidy) bylo navrženo k označení těchto genových shluků, což může paralelizovat situaci v termofilní Archaei, kde jsou plazmidy a viry úzce spojeny.

Transfekce hostitelských buněk (Haloarcula hispanica ) pomocí His2 DNA prokázal Porter et al. (2008),[9] kteří prokázali, že infekční virus může být produkován z virové DNA, pokud nebyly terminální proteiny poškozeny působením proteázy. To odpovídá jejich pravděpodobné roli v replikaci DNA. Pak by se mohlo ukázat, že DNA His2 mohla transfektovat širokou škálu druhů haloarchaealů, i když buňky nebyly náchylné k infekci virem His2. V těchto experimentech byly transfektované buňky vysety spolu s buňkami hostitele, Haloarcula hispanicaa virus produkovaný transfektanty byl detekován infekcí blízkých buněk vnímavého druhu hostitele. Pokusy ukázaly, že cytoplazmy mnoha haloarchaea jsou schopné replikovat virus, dokud může vstoupit DNA (s koncovými proteiny). Je to virová kapsida, která určuje výběr buněk, nejpravděpodobněji proteiny v krátkém ocasu na jednom konci vřetenovitého virionu.

Jakmile byla zavedena transfekce, bylo možné vyvinout systém pro mutagenezi a stejná publikace popsala použití systému transpozonu in vitro pro náhodnou inzerci DNA do genomu His2. Transfekce reakčních produktů obnovila virové rekombinanty s inzercemi a mapování těchto lokalizovaných oblastí genomu His2, které nebyly podstatné. Bylo zjištěno, že většina inzercí leží v jedné ze dvou sekvencí invertované terminální repetice (ITR). Několik se objevilo na samých koncích tří otevřených čtecích rámců. Studie prokázala, že můžete vytvořit mutanty His2, že můžete vložit alespoň 435 extra bp do genomu a pomocí těchto inzercí můžete získat životaschopné mutanty. To otevírá cestu k analýze funkcí každého z virových genů, toho, co dělají a jak interagují navzájem a s hostitelskou buňkou. V současnosti téměř všechny předpokládané virové proteiny nemají žádnou známou funkci. Není jasné, kolik extra DNA lze vložit do genomu, ale jak je patrné z elektronového mikrofotografie, velikost kapsidy nemusí být omezujícím faktorem, protože velikosti částic His1 se značně liší v délce (a tedy pravděpodobně i pro His2, ačkoli EM s negativními barvami těchto částic je mnohem obtížnější).

Reference

  1. ^ A b Bath C, Cukalac T, Porter K, Dyall-Smith ML. „His1 a His2 jsou vzdáleně příbuzné haloviry ve tvaru vřetena patřící do nového rodu virů, Salterprovirus„Virology. 2006 350: 228–39
  2. ^ A b C d „Virová zóna“. EXPASY. Citováno 15. června 2015.
  3. ^ ICTV. „Virus Taxonomy: 2014 Release“. Citováno 15. června 2015.
  4. ^ Bamford, DH; Pietilä, MK; Roine, E; Atanasova, NS; Dienstbier, A; Oksanen, HM; Zpráva ICTV, Consortium (2017). "Profil taxonomie viru ICTV: Pleolipoviridae". The Journal of General Virology. 98 (12): 2916–2917. doi:10.1099 / jgv.0.000972. PMC  5882103. PMID  29125455.
  5. ^ Bath C, Dyall-Smith, ML. „His1, archaický virus Fuselloviridae rodina, která infikuje Haloarcula hispanica„J. Virol. 1998 72: 9392–9395
  6. ^ Adriaenssens, EM; Sullivan, MB; Knezevic, P; van Zyl, LJ; Sarkar, BL; Dutilh, BE; Alfenas-Zerbini, P; Łobocka, M; Tong, Y; Brister, JR; Moreno Switt, AI; Klumpp, J; Aziz, RK; Barylski, J; Uchiyama, J; Edwards, RA; Kropinski, AM; Petty, NK; Clokie, MRJ; Kushkina, AI; Morozova, VV; Duffy, S; Gillis, A; Rumnieks, J; Kurtböke, I; Chanishvili, N; Goodridge, L; Wittmann, J; Lavigne, R; Jang, HB; Prangishvili, D; Enault, F; Turner, D; Poranen, MM; Oksanen, HM; Krupovic, M (2020). „Taxonomie prokaryotických virů: aktualizace 2018–2019 z podvýboru ICTV pro bakteriální a archaální viry“. Archivy virologie. 165 (5): 1253–1260. doi:10.1007 / s00705-020-04577-8. PMID  32162068.
  7. ^ Bath C, Cukalac T, Porter K, Dyall-Smith ML. „His1 a His2 jsou vzdáleně příbuzné vřetenovité haloviry patřící do nové skupiny virů, Salterprovirus„Virology. 2006 350: 228–39
  8. ^ Dyall-Smith ML, Pfeiffer F, Klee K, Palm P, Gross K a kol. (2011) Haloquadratum walsbyi : Omezená rozmanitost v globálním rybníku. PLOS ONE. 6 (6): e20968. doi:10.1371 / journal.pone.0020968
  9. ^ Porter K, Dyall-Smith ML. „Transfekce haloarchaea DNA vřetenových a kulatých halovirů a použití transposonové mutageneze k identifikaci nepodstatných oblastí.“ Molekulární mikrobiologie. 2008. 70: 1236–45

externí odkazy