SLX4IP - SLX4IP
| SLX4IP | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | SLX4IP, C20orf94, bA204H22.1, bA254M13.1, dJ1099D15.3, SLX4 interagující protein | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 615958 MGI: 1921493 HomoloGene: 49913 Genové karty: SLX4IP | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 20: 10,44 - 10,64 Mb | Chr 2: 136,89 - 137,07 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
SLX4 interagující protein je protein že u lidí je kódováno SLX4IP gen.[5]
Funkce
SLX4 interagující protein (SLX4IP) existuje v a monomerní a komunikuje s SLX4 -XPF -ERCC1 multiproteinový komplex, který je zodpovědný za sestavení a Holliday křižovatka resolvase v roli opravy a údržby DNA.[6]
Bylo prokázáno, že SLX4IP přímo interaguje s N-terminál konec SLX4 protein, který hraje roli v koordinaci mnoha různých endonukleáz specifických pro strukturu DNA.[7]
Bylo také prokázáno, že SLX4IP se podílí na řízení alternativního prodloužení telomery prostřednictvím jeho akumulace a interakcí s SLX4, BLM a XPF bílkoviny.[8]
Umístění a výraz
Gen SLX4IP se nachází na krátkém rameni (p) chromozom 20 na pozici 12,2 (20p12,2).[9] Lidský gen SLX4IP obsahuje 14 exony s tím, že cDNA je 204 000 párů bází orientovaných na kladné vlákno.[9] To kóduje protein 408 aminokyselin s molekulovou hmotností 45 552 Daltony.[10]
Homology Bylo zjištěno, že geny SLX4IP jsou konzervovány u několika druhů jiných než lidských, včetně myší, potkanů, žab, kuřat, psů, opic rhesus a šimpanzů.[11] Ortology pro lidský gen SLX4IP byly také identifikovány u 283 dalších organismů.[11]
Protein SLX4IP je exprimován na nejvyšší úrovni v kůži a varlatech a je exprimován v 26 dalších tkáních.[12]
Klinický význam
Rakovina
Akutní lymfoblastická leukémie
Ukázalo se, že somatické a monoalelické delece v 5´ oblasti SLX4IP se vyskytují u 30% pacientů s dětstvím akutní lymfoblastická leukémie (ALL) a v případech ETV6 /RUNX1 - nově uspořádaná akutní lymfoblastická leukémie, delece byly nalezeny ve více než 60% případů.[13] Analýzou hraničních bodů SLX4IP, charakteristické nelegitimní V (D) J byla odhalena zprostředkovaná rekombinace.[13] Bylo zjištěno, že tyto delece byly významně předpojaté vůči mužskému pohlaví.[13]
Alternativní prodloužení telomer
Aby si rakovinné buňky zachovaly svoji schopnost proliferovat bez omezení, mohou regulovat telomery jejich chromozomů rekombinací procesem známým jako alternativní prodloužení telomer (ALT).[14] Ukázalo se, že tato rekombinace vyžaduje akumulaci SLX4IP v ALT telomerách kvůli jeho antagonizaci promiskuitních BLM aktivita.[8] BLM je zodpovědná za rozšíření telomer, protože je RecQ helikáza nezbytná pro homologní rekombinaci a replikaci DNA.[15]
Oprava křížového síťování Interstrand
V DNA Mezivláknové síťování (ICL) musí být opraveny kvůli jejich vysoké toxicitě, která často vede k chorobám, jako je Fanconiho anémie.[16] SLX4IP hraje roli ve funkcích opravy ICL komplexu SLX4-XPF-ERCC1 díky své současné vazbě jak na SLX4, tak na XPF-ERCC1, která udržuje stabilitu komplexu a podporuje interakci mezi regiony SLX4 a XPF-ERCC1 .[6][17] Když byl SLX4IP vyčerpán z ošetřených buněk, bylo zjištěno, že se hromadí ve fázi G2 / M buněčného cyklu, kde pravidelně dochází k rozlišení prázdninových spojů během opravy ICL.[17][18]
HIV-1
The HIV-1 pomocný protein Vpr účinně zastavuje progresi hostitelských buněk prostřednictvím jejich přirozeného cyklu v G2 / M přechodová fáze.[19] Bylo zjištěno, že toto zatčení bylo způsobeno jeho předčasnou aktivací specifické pro strukturu SLX4 endonukleáza komplex, se kterým SLX4IP přímo interaguje.[20] Prostřednictvím tohoto výzkumu bylo také zjištěno, že komplex SLX4 je zapojen do regulace vrozené imunity, kvůli své negativní regulaci interferon typu 1 produkce, jak při spontánní indukci, tak při zprostředkování HIV-1.[20]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000149346 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027281 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Entrez Gene: SLX4 interagující protein“.
- ^ A b Svendsen JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (červenec 2009). „Savčí BTBD12 / SLX4 sestavuje rezolázu spojení Holliday a je nutná pro opravu DNA“. Buňka. 138 (1): 63–77. doi:10.1016 / j.cell.2009.06.030. PMC 2720686. PMID 19596235.
- ^ Fekairi S, Scaglione S, Chahwan C, Taylor ER, Tissier A, Coulon S a kol. (Červenec 2009). „Human SLX4 je podjednotka resolvázy Holliday Junction, která váže více endonukleáz na opravu / rekombinaci DNA“. Buňka. 138 (1): 78–89. doi:10.1016 / j.cell.2009.06.029. PMC 2861413. PMID 19596236.
- ^ A b Panier S, Maric M, Hewitt G, Mason-Osann E, Gali H, Dai A a kol. (Říjen 2019). „SLX4IP antagonizuje promiskuitní aktivitu BLM během údržby ALT“. Molekulární buňka. 76 (1): 27–43.e11. doi:10.1016 / j.molcel.2019.07.010. PMC 6863466. PMID 31447390.
- ^ A b „SLX4IP SLX4 interagující protein [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2019-10-31.
- ^ „SLX4IP - Protein SLX4IP - Homo sapiens (člověk) - SLX4IP gen a protein“. www.uniprot.org. Citováno 2019-10-31.
- ^ A b „Gene: SLX4IP (ENSG00000149346) - Shrnutí - Homo sapiens - Prohlížeč genomu Ensembl 98“. asia.ensembl.org. Citováno 2019-10-31.
- ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J a kol. (Únor 2014). „Analýza exprese specifické pro lidskou tkáň pomocí genomové integrace transkriptomik a proteomiky založené na protilátkách“. Molekulární a buněčná proteomika. 13 (2): 397–406. doi:10,1074 / mcp.M113.035600. PMC 3916642. PMID 24309898.
- ^ A b C Meissner B, Bartram T, Eckert C, Trka J, Panzer-Grümayer R, Hermanova I a kol. (Únor 2014). „Časté a sexuálně předpojaté delece SLX4IP nelegitimní V (D) J zprostředkovanou rekombinací u dětské akutní lymfoblastické leukémie“. Lidská molekulární genetika. 23 (3): 590–601. doi:10,1093 / hmg / ddt447. PMID 24045615.
- ^ Bryan TM, Englezou A, Dalla-Pozza L, Dunham MA, Reddel RR (listopad 1997). "Důkazy o alternativním mechanismu pro udržení délky telomer v lidských nádorech a buněčných liniích odvozených z nádoru". Přírodní medicína. 3 (11): 1271–4. doi:10,1038 / nm1197-1271. PMID 9359704. S2CID 10220776.
- ^ Bhattacharyya S, Keirsey J, Russell B, Kavecansky J, Lillard-Wetherell K, Tahmaseb K a kol. (Květen 2009). „Protein 1, HSP90 asociovaný s telomerázou, a topoizomeráza IIalfa se přímo spojují s BLM helikázou v imortalizovaných buňkách pomocí ALT a modulují její aktivitu helikázy pomocí telomerních DNA substrátů“. The Journal of Biological Chemistry. 284 (22): 14966–77. doi:10.1074 / jbc.m900195200. PMC 2685679. PMID 19329795.
- ^ Hashimoto S, Anai H, Hanada K (2016-05-01). „Mechanismy opravy síťování mezi řetězci DNA a lidské poruchy“. Geny a prostředí. 38 (1): 9. doi:10.1186 / s41021-016-0037-9. PMC 4918140. PMID 27350828.
- ^ A b Zhang H, Chen Z, Ye Y, Ye Z, Cao D, Xiong Y a kol. (Listopad 2019). „SLX4IP spolupracuje s SLX4 a XPF-ERCC1 na podpoře mezičlánkové opravy křížových spojů“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (19): 10181–10201. doi:10.1093 / nar / gkz769. PMC 6821277. PMID 31495888.
- ^ McHugh PJ, Sarkar S (květen 2006). „Oprava křížové vazby mezi řetězci DNA v buněčném cyklu: kritická role polymerázy zeta ve fázi G1“. Buněčný cyklus. 5 (10): 1044–7. doi:10,4161 / cc. 5. 10. 2763. PMID 16687932.
- ^ Connor RI, Chen BK, Choe S, Landau NR (únor 1995). „Vpr je vyžadován pro účinnou replikaci viru lidské imunodeficience typu 1 v mononukleárních fagocytech.“ Virologie. 206 (2): 935–44. doi:10.1006 / viro.1995.1016. PMID 7531918.
- ^ A b Laguette N, Brégnard C, Hue P, Basbous J, Yatim A, Larroque M a kol. (Leden 2014). „Předčasná aktivace komplexu SLX4 pomocí Vpr podporuje zastavení G2 / M a únik z vrozeného imunitního snímání“. Buňka. 156 (1–2): 134–45. doi:10.1016 / j.cell.2013.12.011. PMID 24412650.
Další čtení
- Svendsen JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (červenec 2009). „Savčí BTBD12 / SLX4 sestavuje rezolázu spojení Holliday a je nutná pro opravu DNA“. Buňka. 138 (1): 63–77. doi:10.1016 / j.cell.2009.06.030. PMC 2720686. PMID 19596235.
- Ghosal G, Leung JW, Nair BC, Fong KW, Chen J (říjen 2012). „Proliferující buněčný jaderný antigen (PCNA) vázající protein C1orf124 je regulátor syntézy translesie“. The Journal of Biological Chemistry. 287 (41): 34225–33. doi:10,1074 / jbc.M112.400135. PMC 3464530. PMID 22902628.
- Warnatz HJ, Schmidt D, Manke T, Piccini I, Sultan M, Borodina T a kol. (Červenec 2011). „Cílové geny BTB a CNC homologie 1 (BACH1) se podílejí na reakci na oxidační stres a na kontrole buněčného cyklu.“. The Journal of Biological Chemistry. 286 (26): 23521–32. doi:10.1074 / jbc.M111.220178. PMC 3123115. PMID 21555518.