RNA Helicase A - RNA Helicase A - Wikipedia

DHX9
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3LLM, 3VYX, 3VYY
Identifikátory
Aliasy	DHX9, DDX9, LKP, NDH2, NDHII, RHA, RNA Helikáza A, DEAH-box helikáza 9, DExH-box helikáza 9
Externí ID	OMIM: 603115 MGI: 108177 HomoloGene: 1039 Genové karty: DHX9
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	182,887,982 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 1 (myš)
Konec	153,487,660 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Aktivita RNA helikázy; • vazba nukleotidů; • GO: Aktivita helikázy 0008026; • Vazba transkripčního faktoru RNA polymerázy II; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • aktivita hydrolázy; • Vazba RNA; • Vazba DNA; • jednořetězcová vazba DNA; • dvouvláknová vazba RNA; • jednořetězcová vazba RNA; • aktivita nukleosid-trifosfatázy; • vazba chromatinové DNA; • GO: 0033681 aktivita 3'-5 'DNA / RNA helikázy; • GO: 0034459 aktivita 3'-5 'RNA helikázy; • triplexová DNA vazba; • aktivita nukleosid-trifosfát-difosfatázy; • vazba proteinů rodiny importin-alfa; • jednovláknová DNA závislá na ATP závislá 3'-5 'aktivita DNA helikázy; • vazba siRNA; • mRNA vazba; • Vazba kmenové smyčky RNA; • polysomová vazba; • promotor-specifická chromatinová vazba; • Vazba na jádro RNA polymerázy II; • vazba regulační oblasti RNA; • GO: Aktivita transkripčního koregulátoru 0001104; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • Vazba počátku replikace DNA; • dvouřetězcová vazba DNA; • GO: 0004003 aktivita DNA helikázy; • ATP vazba; • Aktivita ATPázy; • Vazba RNA polymerázy; • GO: 0043140 3'-5 'aktivita DNA helikázy; • Vazba komplexu RISC; • sekvenčně specifické vázání mRNA; • vazba kovových iontů; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA;
Buněčná složka	• CRD zprostředkovaný komplex stability mRNA; • cytosol; • centrosome; • membrána; • cytoplazmatická ribonukleoproteinová granule; • buněčné jádro; • jádro; • perichromatinové fibrily; • cytoplazma; • granule jaderného stresu; • jaderné těleso; • polysomální ribozom; • polysome; • aktinový cytoskelet; • RISC-loading komplex; • nukleoplazma; • organizační centrum mikrotubulů; • cytoskelet; • makromolekulární komplex; • ribonukleoprotein;
Biologický proces	• Stabilizace mRNA zprostředkovaná CRD; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • Zpracování RNA; • rytmický proces; • lokalizace proteinu do granule cytoplazmatického stresu; • diferenciace osteoblastů; • pozitivní regulace produkce interferonu typu I.; • Odvíjení sekundární struktury RNA; • pozitivní regulace opravy DNA; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace reakce na stimul cytokinů; • buněčná odpověď na exogenní dsRNA; • alternativní sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • Transkripce viru v templátu DNA; • pozitivní regulace virové transkripce; • pozitivní regulace virového překladu; • pozitivní regulace cytoplazmatického překladu; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • Odvíjení duplexu DNA; • pozitivní regulace replikace DNA; • pozitivní regulace proliferace fibroblastů; • regulace zpracování mRNA; • pozitivní regulace aktivity transkripčního faktoru NF-kappaB; • buněčná odpověď na faktor nekrózy nádoru; • pozitivní regulace aktivity DNA topoizomerázy (ATP-hydrolyzující); • regulace cytoplazmatického překladu; • cílení mRNA na destrukci podílející se na interferenci RNA; • pozitivní regulace produkce interleukinu-18; • Odvíjení G-kvadruplexní DNA; • pozitivní regulace vrozené imunitní odpovědi; • pozitivní regulace exportu RNA z jádra; • regulace obranné reakce na virus hostitelem; • pozitivní regulace zánětlivé reakce; • pyroptóza; • malé načítání RNA na RISC; • pozitivní regulace vazby polysomu; • pozitivní regulace umlčování genů miRNA; • proces imunitního systému; • replikace DNA; • transkripce, chráněná DNA; • Transkripce s templátem DNA, ukončení; • regulace transkripce, DNA-šablony; • Zpracování mRNA; • regulace překladu; • doprava; • zánětlivá reakce; • Sestřih RNA; • umlčování genů pomocí RNA; • vrozený imunitní systém; • transport mRNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	1660
	13211
	ENSG00000135829
	ENSMUSG00000042699
	Q08211
	O70133
	NM_001357; NM_030588
	NM_007842
	NP_001348
	NP_031868
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

ATP-dependentní RNA helikáza A (RHA; také známý jako DHX9, LKP a NDHI) je enzym že u lidí je kódován DHX9 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

DEAD / DEAH box helikázy jsou proteiny a jsou domnělou RNA helikázy. Jsou zapojeny do řady buněčných procesů zahrnujících změnu sekundární struktury RNA, jako je iniciace translace, nukleární a mitochondriální sestřih a ribozomová a spliceosomová sestava. Na základě jejich distribučních vzorců se někteří členové této rodiny považují za členy embryogeneze, spermatogeneze a buněčného růstu a dělení. Tento gen kóduje protein DEAD box s aktivitou RNA helikázy. Může se účastnit tání hybridů DNA: RNA, jako jsou ty, které se vyskytují během transkripce, a může hrát roli v genové expresi vázané na X. Obsahuje 2 kopie dvouvláknové domény vázající RNA, jádrovou doménu DEXH a RGG box. Domény vázající RNA a RGG box ovlivňují a regulují aktivitu RNA helikázy.^[7]The DHX9 gen se nachází na dlouhé rameno q z chromozom 1.

Interakce

Bylo prokázáno, že DHX9 komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000135829 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000042699 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Lee CG, Hurwitz J (srpen 1993). „Lidská RNA helikáza A je homologní s proteinem bez mužů Drosophila“. The Journal of Biological Chemistry. 268 (22): 16822–30. PMID 8344961.
^ Zhang S, Grosse F (duben 1997). "Doménová struktura lidské nukleární DNA helikázy II (RNA helikáza A)". The Journal of Biological Chemistry. 272 (17): 11487–94. doi:10.1074 / jbc.272.17.11487. PMID 9111062.
^ ^A ^b „Entrez Gene: DHX9 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptid 9".
^ Yang JP, Tang H, Reddy TR, Wong-Staal F (srpen 2001). „Mapování funkčních domén HAP95, proteinu, který váže RNA helikázu A a aktivuje konstitutivní transportní prvek retrovirů typu D“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (33): 30694–700. doi:10,1074 / jbc.M102809200. PMID 11402034.
^ Westberg C, Yang JP, Tang H, Reddy TR, Wong-Staal F (červenec 2000). „Nový kyvadlový protein se váže na RNA helikázu A a aktivuje retrovirový konstitutivní transportní prvek“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (28): 21396–401. doi:10,1074 / jbc.M909887199. PMID 10748171.
^ Schlegel BP, Starita LM, Parvin JD (únor 2003). „Nadměrná exprese proteinového fragmentu RNA helikázy A způsobuje inhibici endogenní funkce BRCA1 a defekty ploidie a cytokineze v epiteliálních buňkách mléčné žlázy“. Onkogen. 22 (7): 983–91. doi:10.1038 / sj.onc.1206195. PMID 12592385.
^ Anderson SF, Schlegel BP, Nakajima T, Wolpin ES, Parvin JD (červenec 1998). „Protein BRCA1 je spojen s komplexem holoenzymu RNA polymerázy II prostřednictvím RNA helikázy A“. Genetika přírody. 19 (3): 254–6. doi:10.1038/930. PMID 9662397.
^ Wilson BJ, Giguère V (listopad 2007). „Identifikace nových partnerů dráhy helikáz p68 a p72 pomocí metaanalýzy Oncomine“. BMC Genomics. 8: 419. doi:10.1186/1471-2164-8-419. PMC 3225811. PMID 18005418.
^ Reddy TR, Tang H, Xu W, Wong-Staal F (červenec 2000). „Sam68, RNA helikáza A a Tap spolupracují na post-transkripční regulaci viru lidské imunodeficience a retrovirové mRNA typu D“. Onkogen. 19 (32): 3570–5. doi:10.1038 / sj.onc.1203676. PMID 10951562.
^ Fujita H, Fujii R, Aratani S, Amano T, Fukamizu A, Nakajima T (duben 2003). „Antitetické účinky MBD2a na regulaci genů“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (8): 2645–57. doi:10.1128 / mcb.23.8.2645-2657.2003. PMC 152551. PMID 12665568.
^ Tang H, Wong-Staal F (říjen 2000). „Specifická interakce mezi RNA helikázou A a Tap, dvěma buněčnými proteiny, které se vážou na konstitutivní transportní prvek retroviru typu D“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (42): 32694–700. doi:10,1074 / jbc.M003933200. PMID 10924507.
^ Smith WA, Schurter BT, Wong-Staal F, David M (květen 2004). „Argininová methylace RNA helikázy a určuje její subcelulární lokalizaci“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (22): 22795–8. doi:10,1074 / jbc.C300512200. PMID 15084609.
^ Tetsuka T, Uranishi H, Sanda T, Asamitsu K, Yang JP, Wong-Staal F, Okamoto T (září 2004). „RNA helikáza A interaguje s nukleárním faktorem kappaB p65 a funguje jako transkripční koaktivátor“. European Journal of Biochemistry / FEBS. 271 (18): 3741–51. doi:10.1111 / j.1432-1033.2004.04314.x. PMID 15355351.
^ Pellizzoni L, Charroux B, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (leden 2001). „Funkční interakce mezi komplexem motorických neuronů přežití a RNA polymerázou II“. The Journal of Cell Biology. 152 (1): 75–85. doi:10.1083 / jcb.152.1.75. PMC 2193649. PMID 11149922.

Další čtení

Lee CG, Hurwitz J (březen 1992). „Nová RNA helikáza izolovaná z buněk HeLa, která se katalyticky translokuje ve směru 3 'až 5'“. The Journal of Biological Chemistry. 267 (7): 4398–407. PMID 1537828.
Lee CG, Zamore PD, Green MR, Hurwitz J (červen 1993). „Aktivita hybridizace RNA je skutečně spojená s U2AF“. The Journal of Biological Chemistry. 268 (18): 13472–8. PMID 7685763.
Abdelhaleem MM, Hameed S, Klassen D, Greenberg AH (březen 1996). „Leukophysin: molekula související s RNA helikázou A identifikovaná v granulích a vezikulách cytotoxických T buněk“. Journal of Immunology. 156 (6): 2026–35. PMID 8690889.
Nakajima T, Uchida C, Anderson SF, Lee CG, Hurwitz J, Parvin JD, Montminy M (září 1997). „RNA helikáza A zprostředkovává asociaci CBP s RNA polymerázou II“. Buňka. 90 (6): 1107–12. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80376-1. PMID 9323138.
Loor G, Zhang SJ, Zhang P, Toomey NL, Lee MY (prosinec 1997). „Identifikace replikace DNA a proteinů buněčného cyklu, které interagují s PCNA“. Výzkum nukleových kyselin. 25 (24): 5041–6. doi:10.1093 / nar / 25.24.5041. PMC 147130. PMID 9396813.
Lee CG, Eki T, Okumura K, da Costa Soares V, Hurwitz J (únor 1998). "Molekulární analýza cDNA a genomové DNA kódující myší RNA helikázu A". Genomika. 47 (3): 365–71. doi:10.1006 / geno.1997.5139. PMID 9480750.
Anderson SF, Schlegel BP, Nakajima T, Wolpin ES, Parvin JD (červenec 1998). „Protein BRCA1 je spojen s komplexem holoenzymu RNA polymerázy II prostřednictvím RNA helikázy A“. Genetika přírody. 19 (3): 254–6. doi:10.1038/930. PMID 9662397.
Lee CG, da Costa Soares V, Newberger C, Manova K, Lacy E, Hurwitz J (listopad 1998). „RNA helikáza A je nezbytná pro normální gastrulaci“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (23): 13709–13. doi:10.1073 / pnas.95.23.13709. PMC 24884. PMID 9811865.
Li J, Tang H, Mullen TM, Westberg C, Reddy TR, Rose DW, Wong-Staal F (leden 1999). „Role RNA helikázy A v post-transkripční regulaci HIV typu 1“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (2): 709–14. doi:10.1073 / pnas.96.2.709. PMC 15201. PMID 9892698.
Tang H, McDonald D, Middlesworth T, Hope TJ, Wong-Staal F (květen 1999). „Karboxylový konec RNA helikázy A obsahuje obousměrnou doménu jaderného přenosu“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (5): 3540–50. doi:10,1128 / mcb.19.5.3540. PMC 84146. PMID 10207077.
Westberg C, Yang JP, Tang H, Reddy TR, Wong-Staal F (červenec 2000). „Nový kyvadlový protein se váže na RNA helikázu A a aktivuje retrovirový konstitutivní transportní prvek“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (28): 21396–401. doi:10,1074 / jbc.M909887199. PMID 10748171.
Tang H, Wong-Staal F (říjen 2000). „Specifická interakce mezi RNA helikázou A a Tap, dvěma buněčnými proteiny, které se vážou na konstitutivní transportní prvek retroviru typu D“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (42): 32694–700. doi:10,1074 / jbc.M003933200. PMID 10924507.
Lee CG, Eki T, Okumura K, Nogami M, Soares Vda C, Murakami Y, Hanaoka F, Hurwitz J (leden 1999). „Gen lidské RNA helikázy A (DDX9) se mapuje na lokus citlivosti na rakovinu prostaty v pásmu chromozomu 1q25 a jeho pseudogen (DDX9P) na 13q22, v uvedeném pořadí“. Somatická buněčná a molekulární genetika. 25 (1): 33–9. doi:10.1023 / B: SCAM.0000007138.44216.3a. PMID 10925702.
Reddy TR, Tang H, Xu W, Wong-Staal F (červenec 2000). „Sam68, RNA helikáza A a Tap spolupracují na post-transkripční regulaci viru lidské imunodeficience a retrovirové mRNA typu D“. Onkogen. 19 (32): 3570–5. doi:10.1038 / sj.onc.1203676. PMID 10951562.
Pellizzoni L, Charroux B, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (leden 2001). „Funkční interakce mezi komplexem motorických neuronů přežití a RNA polymerázou II“. The Journal of Cell Biology. 152 (1): 75–85. doi:10.1083 / jcb.152.1.75. PMC 2193649. PMID 11149922.
Takasaki Y, Kogure T, Takeuchi K, Kaneda K, Yano T, Hirokawa K, Hirose S, Shirai T, Hashimoto H (duben 2001). „Reaktivita antiproliferujících buněčných jaderných antigenů (PCNA) myší monoklonální protilátky a lidské autoprotilátky proti PCNA multiproteinovým komplexům zapojeným do buněčné proliferace“. Journal of Immunology. 166 (7): 4780–7. doi:10,4049 / jimmunol. 166,7,4780. PMID 11254741.
Yang JP, Tang H, Reddy TR, Wong-Staal F (srpen 2001). „Mapování funkčních domén HAP95, proteinu, který váže RNA helikázu A a aktivuje konstitutivní transportní prvek retrovirů typu D“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (33): 30694–700. doi:10,1074 / jbc.M102809200. PMID 11402034.
Aratani S, Fujii R, Oishi T, Fujita H, Amano T, Ohshima T, Hagiwara M, Fukamizu A, Nakajima T (červenec 2001). „Dvojí role RNA helikázy A v transkripci závislé na CREB“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (14): 4460–9. doi:10.1128 / MCB.21.14.4460-4469.2001. PMC 87106. PMID 11416126.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000135829 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000042699 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8344961-5] Lee CG, Hurwitz J (srpen 1993). „Lidská RNA helikáza A je homologní s proteinem bez mužů Drosophila“. The Journal of Biological Chemistry. 268 (22): 16822–30. PMID 8344961.

[pmid9111062-6] Zhang S, Grosse F (duben 1997). "Doménová struktura lidské nukleární DNA helikázy II (RNA helikáza A)". The Journal of Biological Chemistry. 272 (17): 11487–94. doi:10.1074 / jbc.272.17.11487. PMID 9111062.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: DHX9 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptid 9".

[pmid11402034-8] Yang JP, Tang H, Reddy TR, Wong-Staal F (srpen 2001). „Mapování funkčních domén HAP95, proteinu, který váže RNA helikázu A a aktivuje konstitutivní transportní prvek retrovirů typu D“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (33): 30694–700. doi:10,1074 / jbc.M102809200. PMID 11402034.

[pmid10748171-9] Westberg C, Yang JP, Tang H, Reddy TR, Wong-Staal F (červenec 2000). „Nový kyvadlový protein se váže na RNA helikázu A a aktivuje retrovirový konstitutivní transportní prvek“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (28): 21396–401. doi:10,1074 / jbc.M909887199. PMID 10748171.

[pmid12592385-10] Schlegel BP, Starita LM, Parvin JD (únor 2003). „Nadměrná exprese proteinového fragmentu RNA helikázy A způsobuje inhibici endogenní funkce BRCA1 a defekty ploidie a cytokineze v epiteliálních buňkách mléčné žlázy“. Onkogen. 22 (7): 983–91. doi:10.1038 / sj.onc.1206195. PMID 12592385.

[pmid9662397-11] Anderson SF, Schlegel BP, Nakajima T, Wolpin ES, Parvin JD (červenec 1998). „Protein BRCA1 je spojen s komplexem holoenzymu RNA polymerázy II prostřednictvím RNA helikázy A“. Genetika přírody. 19 (3): 254–6. doi:10.1038/930. PMID 9662397.

[pmid18005418-12] Wilson BJ, Giguère V (listopad 2007). „Identifikace nových partnerů dráhy helikáz p68 a p72 pomocí metaanalýzy Oncomine“. BMC Genomics. 8: 419. doi:10.1186/1471-2164-8-419. PMC 3225811. PMID 18005418.

[pmid10951562-13] Reddy TR, Tang H, Xu W, Wong-Staal F (červenec 2000). „Sam68, RNA helikáza A a Tap spolupracují na post-transkripční regulaci viru lidské imunodeficience a retrovirové mRNA typu D“. Onkogen. 19 (32): 3570–5. doi:10.1038 / sj.onc.1203676. PMID 10951562.

[pmid12665568-14] Fujita H, Fujii R, Aratani S, Amano T, Fukamizu A, Nakajima T (duben 2003). „Antitetické účinky MBD2a na regulaci genů“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (8): 2645–57. doi:10.1128 / mcb.23.8.2645-2657.2003. PMC 152551. PMID 12665568.

[pmid10924507-15] Tang H, Wong-Staal F (říjen 2000). „Specifická interakce mezi RNA helikázou A a Tap, dvěma buněčnými proteiny, které se vážou na konstitutivní transportní prvek retroviru typu D“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (42): 32694–700. doi:10,1074 / jbc.M003933200. PMID 10924507.

[pmid15084609-16] Smith WA, Schurter BT, Wong-Staal F, David M (květen 2004). „Argininová methylace RNA helikázy a určuje její subcelulární lokalizaci“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (22): 22795–8. doi:10,1074 / jbc.C300512200. PMID 15084609.

[pmid15355351-17] Tetsuka T, Uranishi H, Sanda T, Asamitsu K, Yang JP, Wong-Staal F, Okamoto T (září 2004). „RNA helikáza A interaguje s nukleárním faktorem kappaB p65 a funguje jako transkripční koaktivátor“. European Journal of Biochemistry / FEBS. 271 (18): 3741–51. doi:10.1111 / j.1432-1033.2004.04314.x. PMID 15355351.

[pmid11149922-18] Pellizzoni L, Charroux B, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (leden 2001). „Funkční interakce mezi komplexem motorických neuronů přežití a RNA polymerázou II“. The Journal of Cell Biology. 152 (1): 75–85. doi:10.1083 / jcb.152.1.75. PMC 2193649. PMID 11149922.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]