Palladin - Palladin

PALLD
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2DM2, 2DM3
Identifikátory
Aliasy	PALLD, CGI-151, CGI151, MYN, PNCA1, SIH002, palladin, protein spojený s cytoskeletem
Externí ID	OMIM: 608092 MGI: 1919583 HomoloGene: 75052 Genové karty: PALLD
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	168,928,457 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	61,902,690 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• svalová vazba alfa-aktininu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktinová vazba; • vazba na proteiny podílející se na adhezi mezi buňkami;
Buněčná složka	• buněčná projekce; • ohnisková adheze; • růstový kužel; • prohrábnout; • buněčná membrána; • axon; • buněčné spojení; • Z disk; • aktinové vlákno; • aktinový cytoskelet; • podosomy; • cytoskelet; • buněčné jádro; • lamellipodium; • cytoplazma; • cytosol;
Biologický proces	• morfogeneze epitelových buněk; • vývoj keratinocytů; • organizace cytoskeletu; • organizace aktinového cytoskeletu; • migrace buněk; • homofilní buněčná adheze prostřednictvím molekul adheze na plazmatické membráně; • axonové vedení; • dendrite vyhýbání se sobě;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	23022
	72333
	ENSG00000129116
	ENSMUSG00000058056
	Q8WX93
	Q9ET54
NM_001166108; NM_001166109; NM_001166110; NM_016081; NM_001367567;
	NM_001367568; NM_001367569; NM_001367570
	NM_001081390; NM_001293772; NM_001293773; NM_001293774
NP_001159580; NP_001159581; NP_001159582; NP_057165; NP_001354496;
	NP_001354497; NP_001354498; NP_001354499
	NP_001074859; NP_001280701; NP_001280702; NP_001280703
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Palladin je protein že u lidí je kódován PALLD gen.^[5]^[6]^[7]^[8] Palladin je součástí aktin -obsahující mikrofilamenta, která řídí tvar buněk, přilnavost a kontrakce.^[8]

Objev

Palladin charakterizovali nezávisle dvě výzkumné skupiny, nejprve v laboratoři Carol Otey (v roce 2000)^[6] a poté v laboratoři Olli Carpén (v roce 2001).^[9] Je součástí rodiny myotilin-myopalladin-palladin a může hrát důležitou roli při modulaci aktin cytoskelet.^[10] Palladin, na rozdíl od myotilin a myopalladin, které jsou vyjádřeny pouze v pruhovaný sval, je exprimován všudypřítomně v buňkách mezenchymální původ.

Palladin byl pojmenován po italském renesančním architektovi Andrea Palladio, odrážející jeho lokalizaci na architektonické prvky buňky.^[6]

Eukaryotický cytoskelet. Palladin je jednou ze složek tohoto komplexního buněčného aparátu.

Izoformy

U lidí se zdá, že existuje sedm různých izoforem, z nichž některé vznikají skrz alternativní sestřih.^[11] U myší vznikají tři hlavní izoformy palladinu z jednoho genu. Tyto izoformy obsahují mezi třemi a pěti kopiemi (v závislosti na izoformě) domény podobné Ig a mezi jednou a dvěma kopiemi domény polyprolinu.^[6]

Funkce

Přesná biologická role Palladina je špatně pochopena, ale bylo prokázáno, že hraje roli v cytoskeletální organizaci, embryonálním vývoji, motilitě buněk, tvorbě jizev v kůži a vývoji nervových buněk.^[10]

Vazba nemoci

Nedávno bylo prokázáno, že palladin RNA je nadměrně exprimován u pacientů s pankreatické neoplazie a ten palladin je nadměrně exprimován a mutován v zděděné formě rakovina slinivky.^[12] Mutace palladinu identifikovaná u familiárního karcinomu pankreatu může být jedinečná pro jednu severoamerickou rodinu, protože stejná mutace nebyla nalezena v žádné jiné evropské nebo severoamerické populaci ve dvou dalších genetických studiích.^[13]^[14]

Dále Salaria et al. prokázali, že palladin je nadměrně exprimován v nenádorovém stromatu rakoviny pankreatu, ale jen zřídka v rakovinných buňkách jako takových,^[15] což naznačuje, že role palladinu v tomto onemocnění může zahrnovat změny v mikroprostředí nádoru. Je zřejmé, že je zapotřebí dalšího výzkumu, než bude možné plně pochopit tento protein a jeho roli v neoplázii.

Mutace způsobující nemoci byly také identifikovány u dvou dalších členů této genové rodiny. Myotilin mutace způsobují formu svalové dystrofie končetinového pletence a mutace v myopalladin způsobit dědičnou formu srdečních onemocnění (dilatační kardiomyopatie ).

Interakce

PALLD bylo prokázáno komunikovat s EZR.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000129116 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000058056 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (červenec 1999). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XIII. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. DNA Res. 6 (1): 63–70. doi:10.1093 / dnares / 6.1.63. PMID 10231032.
^ ^A ^b ^C ^d Parast MM, Otey CA (září 2000). „Charakterizace palladinu, nového proteinu lokalizovaného na stresová vlákna a adheze buněk“. J Cell Biol. 150 (3): 643–56. doi:10.1083 / jcb.150.3.643. PMC 2175193. PMID 10931874.
^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: Sekvenování a analýza 500 nových kompletních lidských cDNA kódujících proteiny“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
^ ^A ^b "Entrez Gene: PALLD palladin, cytoskeletální asociovaný protein". nih.gov.
^ ^A ^b Mykkänen OM, Grönholm M, Rönty M, Lalowski M, Salmikangas P, Suila H, Carpén O (2001). „Charakterizace lidského palladinu, proteinu spojeného s mikrofilamenty“. Mol. Biol. Buňka. 12 (10): 3060–73. doi:10,1091 / mbc. 12.10.3060. PMC 60155. PMID 11598191.
^ ^A ^b Otey CA, Rachlin A, Moza M, Arneman D, Carpen O (2005). Rodina lešení spojených s aktinem s palladinem / myotilinem / myopalladinem. Int. Reverend Cytol. International Review of Cytology. 246. 31–58. doi:10.1016 / S0074-7696 (05) 46002-7. ISBN 9780123646507. PMID 16164966.
^ Rachlin AS, Otey CA (2006). „Identifikace izoforem palladinu a charakterizace interakce specifické pro izoformu mezi Lasp-1 a palladinem“. J. Cell Sci. 119 (Pt 6): 995–1004. doi:10.1242 / jcs.02825. PMID 16492705.
^ Pogue-Geile KL, Chen R, Bronner MP, Crnogorac-Jurcevic T, Moyes KW, Dowen S, Otey CA, Crispin DA, George RD, Whitcomb DC, Brentnall TA (2006). „Mutace Palladin způsobuje familiární rakovinu pankreatu a navrhuje nový mechanismus rakoviny“. PLOS Med. 3 (12): e516. doi:10.1371 / journal.pmed.0030516. PMC 1751121. PMID 17194196.
^ Slater E, Amrillaeva V, Fendrich V, Bartsch D, Earl J, Vitone LJ, Neoptolemos JP, Greenhalf W (2007). „Mutace palladinem způsobuje familiární rakovinu pankreatu: absence v evropských rodinách“. PLOS Med. 4 (4): e164. doi:10.1371 / journal.pmed.0040164. PMC 1855695. PMID 17455999.
^ Zogopoulos G, Rothenmund H, Eppel A, Ash C, Akbari MR, Hedley D, Narod SA, Gallinger S (2007). „Varianta palladinu P239S nepředstavuje významnou část dědičného nebo časného nástupu rakoviny slinivky břišní“. Hučení. Genet. 121 (5): 635–7. doi:10.1007 / s00439-007-0361-z. PMID 17415588. S2CID 2445261.
^ Salaria SN, Illei P, Sharma R, Walter KM, Klein AP, Eshleman JR, Maitra A, Schulick R, Winter J, Ouellette MM, Goggins M, Hruban R (2007). „Palladin je nadměrně exprimován v neoplastickém stromatu infiltrujících duktálních adenokarcinomů slinivky břišní, ale je nadměrně exprimován pouze v neoplastických buňkách.“. Cancer Biol. Ther. 6 (3): 324–8. doi:10,4161 / cbt. 6.3.3904. PMC 3144721. PMID 17404500.

Další čtení

King CM, Olive CW, Cardona RA (1975). "Aktivace karcinogenních arylhydroxamových kyselin v lidských tkáních". J. Natl. Cancer Inst. 55 (2): 285–7. doi:10.1093 / jnci / 55.2.285. PMID 1159819.
Lai CH, Chou CY, Ch'ang LY a kol. (2000). „Identifikace nových lidských genů evolučně konzervovaných u Caenorhabditis elegans srovnávací proteomikou“. Genome Res. 10 (5): 703–13. doi:10,1101 / gr. 10.703. PMC 310876. PMID 10810093.
Bang ML, Mudry RE, McElhinny AS a kol. (2001). „Myopalladin, nový 145kilodaltonový sarkomérní protein s více rolemi v sestavách proteinů Z-Disc a I-Band“. J. Cell Biol. 153 (2): 413–27. doi:10.1083 / jcb.153.2.413. PMC 2169455. PMID 11309420.
Mykkänen OM, Grönholm M, Rönty M a kol. (2002). „Charakterizace lidského palladinu, proteinu spojeného s mikrofilamenty“. Mol. Biol. Buňka. 12 (10): 3060–73. doi:10,1091 / mbc. 12.10.3060. PMC 60155. PMID 11598191.
Eberle MA, Pfützer R, Pogue-Geile KL, et al. (2002). „Nové zaměření citlivosti na autosomálně dominantní mapy rakoviny pankreatu na chromozomu 4q32-34“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 70 (4): 1044–8. doi:10.1086/339692. PMC 379100. PMID 11870593.
Moriyama K, Bonifacino JS (2003). „Pallidin je složkou komplexu více proteinů, který se podílí na biogenezi organel souvisejících s lysozomy“. Provoz. 3 (9): 666–77. doi:10.1034 / j.1600-0854.2002.30908.x. PMID 12191018. S2CID 29888859.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Lee SY, Obata Y, Yoshida M a kol. (2003). „Imunomická analýza lidského sarkomu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (5): 2651–6. doi:10.1073 / pnas.0437972100. PMC 151395. PMID 12601173.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Rönty M, Taivainen A, Moza M a kol. (2004). "Molekulární analýza interakce mezi palladinem a alfa-aktininem". FEBS Lett. 566 (1–3): 30–4. doi:10.1016 / j.febslet.2004.04.006. PMID 15147863. S2CID 86151740.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Hillier LW, Graves TA, Fulton RS a kol. (2005). "Generování a anotace sekvencí DNA lidských chromozomů 2 a 4". Příroda. 434 (7034): 724–31. doi:10.1038 / nature03466. PMID 15815621.
Rönty M, Taivainen A, Moza M a kol. (2005). "Zapojení palladinu a alfa-aktininu do cílení adaptéru kinázy Abl / Arg ArgBP2 na aktinový cytoskelet". Exp. Cell Res. 310 (1): 88–98. doi:10.1016 / j.yexcr.2005.06.026. PMID 16125169.
Shiffman D, Ellis SG, Rowland CM a kol. (2005). „Identifikace čtyř genových variant spojených s infarktem myokardu“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 77 (4): 596–605. doi:10.1086/491674. PMC 1275608. PMID 16175505.
Boukhelifa M, Moza M, Johansson T a kol. (2006). „Protein bohatý na prolin palladin je vazebným partnerem pro profilin“. FEBS J. 273 (1): 26–33. doi:10.1111 / j.1742-4658.2005.05036.x. PMID 16367745. S2CID 21207885.
Rönty MJ, Leivonen SK, Hinz B a kol. (2007). "Isoformově specifická regulace aktin-organizujícího proteinu palladinu během diferenciace myofibroblastů vyvolané TGF-beta1". J. Invest. Dermatol. 126 (11): 2387–96. doi:10.1038 / sj.jid.5700427. PMID 16794588.
Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA a kol. (2006). „Přístup založený na pravděpodobnosti pro vysoce výkonnou analýzu fosforylace proteinů a lokalizaci místa“. Nat. Biotechnol. 24 (10): 1285–92. doi:10.1038 / nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F a kol. (2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.

externí odkazy

palladin + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000129116 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000058056 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10231032-5] Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (červenec 1999). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XIII. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. DNA Res. 6 (1): 63–70. doi:10.1093 / dnares / 6.1.63. PMID 10231032.

[pmid10931874-6] A ^b ^C ^d Parast MM, Otey CA (září 2000). „Charakterizace palladinu, nového proteinu lokalizovaného na stresová vlákna a adheze buněk“. J Cell Biol. 150 (3): 643–56. doi:10.1083 / jcb.150.3.643. PMC 2175193. PMID 10931874.

[pmid11230166-7] Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: Sekvenování a analýza 500 nových kompletních lidských cDNA kódujících proteiny“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.

[entrez-8] A ^b "Entrez Gene: PALLD palladin, cytoskeletální asociovaný protein". nih.gov.

[pmid11598191-9] A ^b Mykkänen OM, Grönholm M, Rönty M, Lalowski M, Salmikangas P, Suila H, Carpén O (2001). „Charakterizace lidského palladinu, proteinu spojeného s mikrofilamenty“. Mol. Biol. Buňka. 12 (10): 3060–73. doi:10,1091 / mbc. 12.10.3060. PMC 60155. PMID 11598191.

[pmid16164966-10] A ^b Otey CA, Rachlin A, Moza M, Arneman D, Carpen O (2005). Rodina lešení spojených s aktinem s palladinem / myotilinem / myopalladinem. Int. Reverend Cytol. International Review of Cytology. 246. 31–58. doi:10.1016 / S0074-7696 (05) 46002-7. ISBN 9780123646507. PMID 16164966.

[pmid16492705-11] Rachlin AS, Otey CA (2006). „Identifikace izoforem palladinu a charakterizace interakce specifické pro izoformu mezi Lasp-1 a palladinem“. J. Cell Sci. 119 (Pt 6): 995–1004. doi:10.1242 / jcs.02825. PMID 16492705.

[pmid17194196-12] Pogue-Geile KL, Chen R, Bronner MP, Crnogorac-Jurcevic T, Moyes KW, Dowen S, Otey CA, Crispin DA, George RD, Whitcomb DC, Brentnall TA (2006). „Mutace Palladin způsobuje familiární rakovinu pankreatu a navrhuje nový mechanismus rakoviny“. PLOS Med. 3 (12): e516. doi:10.1371 / journal.pmed.0030516. PMC 1751121. PMID 17194196.

[pmid17455999-13] Slater E, Amrillaeva V, Fendrich V, Bartsch D, Earl J, Vitone LJ, Neoptolemos JP, Greenhalf W (2007). „Mutace palladinem způsobuje familiární rakovinu pankreatu: absence v evropských rodinách“. PLOS Med. 4 (4): e164. doi:10.1371 / journal.pmed.0040164. PMC 1855695. PMID 17455999.

[pmid17415588-14] Zogopoulos G, Rothenmund H, Eppel A, Ash C, Akbari MR, Hedley D, Narod SA, Gallinger S (2007). „Varianta palladinu P239S nepředstavuje významnou část dědičného nebo časného nástupu rakoviny slinivky břišní“. Hučení. Genet. 121 (5): 635–7. doi:10.1007 / s00439-007-0361-z. PMID 17415588. S2CID 2445261.

[pmid17404500-15] Salaria SN, Illei P, Sharma R, Walter KM, Klein AP, Eshleman JR, Maitra A, Schulick R, Winter J, Ouellette MM, Goggins M, Hruban R (2007). „Palladin je nadměrně exprimován v neoplastickém stromatu infiltrujících duktálních adenokarcinomů slinivky břišní, ale je nadměrně exprimován pouze v neoplastických buňkách.“. Cancer Biol. Ther. 6 (3): 324–8. doi:10,4161 / cbt. 6.3.3904. PMC 3144721. PMID 17404500.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]