EcoCyc - EcoCyc

EcoCyc
Database.png
Obsah
Popiskomplexní databáze Escherichia coli biologie.
OrganismyEscherichia coli
Kontakt
Výzkumné centrumSRI International
LaboratořSRI International
AutořiPeter Karp et al[1]
Primární citaceKeseler a spol. (2011)[1]
Přístup
webová stránkaecocyc.org

v bioinformatika EcoCyc je biologická databáze pro bakterie Escherichia coli K-12. Projekt EcoCyc provádí kurátorství literatury E-coli genomu a E-coli transkripční regulace, transportéry a metabolické dráhy. EcoCyc obsahuje písemná shrnutí E-coli geny, destilované z více než 36 000 vědeckých článků. EcoCyc je také popisem genomu a celulárních sítí E-coli který podporuje vědce při provádění výpočtových analýz.[2]

Každý z nich popisuje datové objekty v databázi EcoCyc E-coli gen a genový produkt. Databázové objekty také popisují molekulární interakce, včetně metabolické cesty, transportní události a regulace genové exprese. EcoCyc poskytuje několik vizualizačních nástrojů v měřítku genomu, které pomáhají při analýze údajů o omics, jako je například malování genové exprese nebo metabolomických dat do celé regulační sítě E-coli.

EcoCyc je přístupný prostřednictvím webových stránek EcoCyc jako sada souborů ke stažení a ve spojení se softwarem Pathway Tools, který lze nainstalovat lokálně na počítače Macintosh, PC / Windows a PC / Linux. Software ke stažení poskytuje funkce, které jdou daleko za webovou verzi EcoCycu.

Reference

  1. ^ A b Keseler, Ingrid M; Collado-Vides Julio; Santos-Zavaleta Alberto; Peralta-Gil Martin; Gama-Castro Socorro; Muñiz-Rascado Luis; Bonavides-Martinez César; Paley Suzanne; Krummenacker Markus; Altman Tomer; Kaipa Pallavi; Spaulding Aaron; Pacheco John; Latendresse Mario; Fulcher Carol; Sarker Malabika; Shearer Alexander G; Mackie Amanda; Paulsen Ian; Gunsalus Robert P; Karp Peter D (leden 2011). "EcoCyc: komplexní databáze Escherichia coli biologie". Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D583–90. doi:10.1093 / nar / gkq1143. PMC  3013716. PMID  21097882.
  2. ^ Karp PD, Riley M, Paley SM, Pelligrini-Toole A (1996). "EcoCyc: encyklopedie Escherichia coli geny a metabolismus ". Nucleic Acids Res. 24 (1): 32–9. doi:10.1093 / nar / 24.1.32. PMC  145574. PMID  8594595.