Methanosarcinaceae - Methanosarcinaceae

Methanosarcinaceae
	Methanosarcina barkeri fusaro
Vědecká klasifikace
Doména:	Archaea
Království:	Euryarchaeota
Kmen:	Euryarchaeota
Třída:	Methanomikrobie
Objednat:	Methanosarcinales
Rodina:	Methanosarcinaceae
Binomické jméno
	Methanosarcinaceae; Balch a Wolfe 1981
Rody
	Halomethanococcus ♦ Yu a Kawamura 1988; Methanimicrococcus Sprenger a kol. 2000; Methanococcoides Sowers and Ferry 1985; Methanohalobium Zhilina and Zavarzin 1988; Methanohalophilus Paterek a Smith 1988; Methanolobus König a Stetter 1983; Methanomethylovorans Lomans a kol. 2004; Methanosalsum Boone a Baker 2002; Methanosarcina Kluyver a van Niel 1936 emend. Ni a kol. 1994;

v taxonomie, Methanosarcinaceae plocha rodina z Methanosarcinales.^[1]

Fylogeneze

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)^[2] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI)^[3]a fylogeneze je založena na uvolňování 106 LTP na bázi 16S rRNA 106 o Projekt „All-Species Living Tree“.^[4]

?Halomethanococcus doii ♦ Yu a Kawamura 1988

?Methanohalobium evestigatum Zhilina and Zavarzin 1988

Methanosalsum zhilinae (Mathrani et al. 1988) Boone a Baker 2002

Methanomethylovorans

	?M. victoriae ♠ Muyodi a kol. 2000

	M. hollandica Lomans a kol. 2004 (typ sp.)

	M. thermophila Jiang a kol. 2005

Methanimicrococcus blatticola Sprenger a kol. 2000

Methanosarcina

?M. horonobensis Shimizu a kol. 2011

?M. methanica (Smit 1930) Kluyver a van Niel 1936 (nom. odmítnout. )

?M. siciliae (Stetter a König 1989) Ni a kol. 1994 vydáno. Elberson and Sowers 1997

?M. vakuolata Zhilina and Zavarzin 1987

	M. semesiae Lyimo et al. 2000

	M. baltica von Klein a kol. 2002 vychází. Singh a kol. 2005

M. lacustris Simankova a kol. 2002

M. mazei (Barker 1936) Mah a Kuhn 1984

M. acetivorans Sowers a kol. 1986

	M. barkeri Schnellen 1947 vychází. Maestrojuán a kol. 1992 (typ sp.)

	M. thermophila Zinder a kol. 1985

Methanococcoides

	?M. methylutens Sowers and Ferry 1985 (typ sp.)

	M. alaskense Singh a kol. 2005

	M. burtonii Franzmann a kol. 1993

Methanohalophilus

	?M. euhalobius ♠ (Obraztsova et al. 1987) Davidova et al. 1997

	?M. halophilus (Zhilina 1984) Wilharm a kol. 1991

	M. mahii Paterek a Smith 1988 (typ sp.)

	M. portucalensis Boone a kol. 1993

Methanolobus

?M. bombayensis Kadam a kol. 1994

?M. psychrophilus ♠ Zhang a kol. 2008

?M. tindarius König a Stetter 1983 (typ sp.)

M. zinderi Doerfert a kol. 2009

M. oregonensis (Liu et al. 1990) Boone 2002

M. taylorii Oremland a Boone 1994

	M. profundi Mochimaru a kol. 2009

	M. vulcani Stetter a kol. 1989 vychází. Kadam a Boone 1995

Poznámky:
♠ Kmeny nalezené na Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI), ale není uveden v seznamu Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)
♦ Ztráta typu nebo není k dispozici

Biochemie

Pozoruhodný rys Methanosarcinaceae je, že jsou methanogeny které obsahují neobvyklou aminokyselinu pyrrolysin do jejich enzymů.^[5] Enzym monomethylamin methyltransferáza katalyzuje reakci monomethylamin na metan. Tento enzym zahrnuje pyrrolysin. Neobvyklá aminokyselina je vložena pomocí jedinečné tRNA, jehož antikodon je UAG. Ve většině organismů a ve většině proteinů Methanosarcinaceae je UAG a stop kodon. Avšak v tomto enzymu a kdekoli jinde je pyrrolysin začleněn, pravděpodobně prostřednictvím kontextových markerů na mRNA, je místo faktor uvolnění. Mají také jedinečný aminoacyl-tRNA syntetáza konkrétně naplnit tuto tRNA pyrrolysinem. Tato jedinečná adaptace je stále předmětem významného studia.

Reference

^ Viz NCBI webová stránka o Methanosarcinaceae. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.
^ J.P.Euzéby. „Methanomicrobia“. Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Archivovány od originál dne 27.01.2013. Citováno 2011-11-17.
^ Sayers; et al. „Methanomicrobia“. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2011-06-05.
^ Projekt „All-Species Living Tree“.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 106 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2011-11-17.
^ Lehninger A, Nelson D, Cox M. Lehningerovy principy biochemie. 6. vyd. New York: W.H. Freeman; 2013 s. 1124-1126.

Další čtení

Vědecké časopisy

Cavalier-Smith, T (2002). „Neomuranský původ archebakterií, negibakteriální kořen univerzálního stromu a bakteriální megaklasifikace“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
Springer E; Sachs MS; Woese CR; Boone DR (1995). „Částečné genové sekvence pro podjednotku A methyl-koenzym M reduktázy (mcrI) jako fylogenetický nástroj pro rodinu Methanosarcinaceae“. Int. J. Syst. Bacteriol. 45 (3): 554–559. doi:10.1099/00207713-45-3-554. PMID 8590683.
Cavalier-Smith, T (1986). "Království organismů". Příroda. 324 (6096): 416–417. Bibcode:1986 Natur.324..416C. doi:10.1038 / 324416a0. PMID 2431320.
Secí stroje KR; Johnson JL; Ferry JG (1984). „Fylogenní vztahy mezi methylotrofními bakteriemi produkujícími metan a emendace čeledi Methanosarcinaceae“. Int. J. Syst. Bacteriol. 34 (4): 444–450. doi:10.1099/00207713-34-4-444.
Balch WE; Fox GE; Magrum LJ; Woses CR; et al. (1979). „Methanogeny: přehodnocení jedinečné biologické skupiny“. Microbiol. Rev. 43 (2): 260–296. doi:10.1128 / MMBR.43.2.260-296.1979. PMC 281474. PMID 390357.

Vědecké knihy

Boone DR; Whitman WB; Koga Y (2001). „Řád III. Methanosarcinales ord. Nov.“. V DR Boone; RW Castenholz (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria (2. vyd.). New York: Springer Verlag. str.169. ISBN 978-0-387-98771-2.
Udělit WD; Kamekura M; McGenity TJ; Ventosa A (2001). „Třída III. Třída Halobacteria. Nov.“. V DR Boone; RW Castenholz (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria (2. vyd.). New York: Springer Verlag. str.169. ISBN 978-0-387-98771-2.

Vědecké databáze

externí odkazy

[1] Viz NCBI webová stránka o Methanosarcinaceae. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.

[2] J.P.Euzéby. „Methanomicrobia“. Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Archivovány od originál dne 27.01.2013. Citováno 2011-11-17.

[3] Sayers; et al. „Methanomicrobia“. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2011-06-05.

[4] Projekt „All-Species Living Tree“.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 106 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2011-11-17.

[5] Lehninger A, Nelson D, Cox M. Lehningerovy principy biochemie. 6. vyd. New York: W.H. Freeman; 2013 s. 1124-1126.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

Methanosarcinaceae

Methanosarcina barkeri fusaro
Vědecká klasifikace
Doména:	Archaea
Království:	Euryarchaeota
Kmen:	Euryarchaeota
Třída:	Methanomikrobie
Objednat:	Methanosarcinales
Rodina:	Methanosarcinaceae
Binomické jméno
Methanosarcinaceae Balch a Wolfe 1981
Rody
Halomethanococcus ♦ Yu a Kawamura 1988 Methanimicrococcus Sprenger a kol. 2000 Methanococcoides Sowers and Ferry 1985 Methanohalobium Zhilina and Zavarzin 1988 Methanohalophilus Paterek a Smith 1988 Methanolobus König a Stetter 1983 Methanomethylovorans Lomans a kol. 2004 Methanosalsum Boone a Baker 2002 Methanosarcina Kluyver a van Niel 1936 emend. Ni a kol. 1994