Bezobratlý mitochondriální kód - Invertebrate mitochondrial code - Wikipedia

The mitochondriální kód bezobratlých (překladová tabulka 5) je genetický kód používá mitochondriální genom bezobratlých.

Kód

AA = FFLLSSSSYY ** CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG

Začíná = --- M ---------------------------- MMMM --------------- M ------------

Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGG

Base2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG

Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

Základy: adenin (A), cytosin (C), guanin (G) a tymin (T) nebo uracil (U).

Aminokyseliny: Alanin (Ala, A), Arginin (Arg, R), Asparagin (Asn, N), Kyselina asparagová (Asp, D), Cystein (Cys, C), Kyselina glutamová (Glu, E), Glutamin (Gln, Q), Glycin (Gly, G), Histidin (Jeho, H), Isoleucin (Ile, I), Leucin (Leu, L), Lysin (Lys, K), Methionin (Met, M), Fenylalanin (Phe, F), Prolin (Pro, P), Serine (Ser, S), Threonin (Thr, T), Tryptofan (Trp, W), Tyrosin (Tyr, Y), Valine (Val, V).

Rozdíly od standardního kódu


Kodony DNA	Kodony RNA	Tento kód (5)	Standardní kód (1)
`AGA`	`AGA`	`Ser` `(S)`	`Arg` `(R)`
`AGG`	`AGG`	`Ser` `(S)`	`Arg` `(R)`
`ATA`	`AUA`	`Se setkal` `(M)`	`Ile` `(Já)`
`TGA`	`UGA`	`Trp` `(Ž)`	`STOP = Ter` `(*)`

Poznámka: Kodon AGG chybí v Drosophila.^[1]

Alternativní iniciační kodony

AUA, AUU
AUC: Apis ^[2]
GUG: Polyplacophora^[3]
UUG: Ascaris, Caenorhabditis.

Systematický rozsah

Nematoda: Ascaris, Caenorhabditis ;
Měkkýš: Bivalvia );^[4] Polyplacophora;^[3]
Arthropoda /Korýš: Artemia;^[5]
Arthropoda /Insecta: Drosophila [Locusta migratoria (saranče stěhovavá), Apis mellifera (včelí med)].

Další varianty

Několik členovců překládá kodon AGG jako lysin místo serinu (jako v mitochondriální kód Pterobranchia ) nebo arginin (jako v standardní genetický kód ).^[6]
GUG může fungovat jako iniciátor v Drosophila.^[7]^[8] AUU se nepoužívá jako iniciátor v Mytilus^[4]
„Pro zahájení translace mRNA cytochromoxidázy podjednotky I musí fungovat výjimečný mechanismus D. melanogaster^[9] a D. yakuba,^[10] protože jeho jediný věrohodný iniciační kodon, AUA, je mimo rámec zbytku genu. Zdá se, že inicializace vyžaduje „čtení“ čtyřnásobku AUAA, což by odpovídalo iniciaci na AUA, následované bezprostředně určitým posunem ribozomálních rámců. Dalším možným mechanismem ... je, že mRNA je „upravena“, aby přenesla AUA iniciaci do rámce. “ ^[11]

Viz také

Seznam genetických kódů

Reference

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.^[12]

^ Sengupta S, Yang X, Higgs PG (červen 2007). „Mechanismy opětovného přiřazení kodonů v mitochondriálních genetických kódech“. Journal of Molecular Evolution. 64 (6): 662–88. doi:10.1007 / s00239-006-0284-7. PMC 1894752. PMID 17541678.
^ Crozier RH, Crozier YC (leden 1993). „Mitochondriální genom včely Apis mellifera: kompletní sekvence a organizace genomu“. Genetika. 133 (1): 97–117. PMC 1205303. PMID 8417993.
^ ^A ^b Boore JL, Brown WM (říjen 1994). „Complete DNA sequence of the mitochondrial genome of the black chiton, Katharina tunicata“. Genetika. 138 (2): 423–43. PMC 1206160. PMID 7828825.
^ ^A ^b Hoffmann RJ, Boore JL, Brown WM (červen 1992). „Nová organizace mitochondriálního genomu pro slávku modrou, Mytilus edulis“. Genetika. 131 (2): 397–412. PMC 1205014. PMID 1386586.
^ Batuecas B, Garesse R, Calleja M, Valverde JR, Marco R (červenec 1988). „Organizace genomu Artemia mitochondriální DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 16 (14A): 6515–29. doi:10.1093 / nar / 16.14.6515. PMC 338311. PMID 3135541.
^ Abascal F, Posada D, Knight RD, Zardoya R (květen 2006). „Paralelní vývoj genetického kódu v mitochondriálních genomech členovců“. PLOS Biology. 4 (5): e127. doi:10.1371 / journal.pbio.0040127. PMC 1440934. PMID 16620150.
^ Clary DO, Wolstenholme DR (1985). „The mitochondriální DNA molekula Drosophila yakuba: nukleotidová sekvence, genová organizace a genetický kód“. Journal of Molecular Evolution. 22 (3): 252–71. doi:10.1007 / BF02099755. PMID 3001325.
^ Gadaleta G, Pepe G, De Candia G, Quagliariello C, Sbisà E, Saccone C (červenec 1988). „Nukleotidová sekvence potkaní mitochondriální podjednotky NADH dehydrogenázy 1. GTG, nový iniciátorový kodon v mitochondriálním genomu obratlovců“. Výzkum nukleových kyselin. 16 (13): 6233. doi:10.1093 / nar / 16.13.6233. PMC 336868. PMID 3399396.
^ de Bruijn MH (1983). „Dochophila melanogaster mitochondriální DNA, nová organizace a genetický kód“. Příroda. 304 (5923): 234–41. doi:10.1038 / 304234a0. PMID 6408489.
^ Clary DO, Wolstenholme DR (červen 1983). „Nukleotidová sekvence segmentu mitochondriální DNA Drosophila, která obsahuje geny pro podjednotky II a III cytochrom c oxidázy a podjednotku 6 ATPázy“. Výzkum nukleových kyselin. 11 (12): 4211–27. doi:10.1093 / nar / 11.12.4211. PMC 326036. PMID 6306579.
^ Fox TD (1987). "Přirozená variace v genetickém kódu". Výroční přehled genetiky. 21: 67–91. doi:10.1146 / annurev.ge.21.120187.000435. PMID 3327473.
^ Elzanowski A, Ostell J, Leipe D, Soussov V. „Genetické kódy“. Prohlížeč taxonomie. National Center for Biotechnology Information (NCBI), USA National Library of Medicine. Citováno 26. srpna 2015.

Tento mikrobiologie související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[1] Sengupta S, Yang X, Higgs PG (červen 2007). „Mechanismy opětovného přiřazení kodonů v mitochondriálních genetických kódech“. Journal of Molecular Evolution. 64 (6): 662–88. doi:10.1007 / s00239-006-0284-7. PMC 1894752. PMID 17541678.

[2] Crozier RH, Crozier YC (leden 1993). „Mitochondriální genom včely Apis mellifera: kompletní sekvence a organizace genomu“. Genetika. 133 (1): 97–117. PMC 1205303. PMID 8417993.

[Boore_1994-3] A ^b Boore JL, Brown WM (říjen 1994). „Complete DNA sequence of the mitochondrial genome of the black chiton, Katharina tunicata“. Genetika. 138 (2): 423–43. PMC 1206160. PMID 7828825.

[Hoffmann_1992-4] A ^b Hoffmann RJ, Boore JL, Brown WM (červen 1992). „Nová organizace mitochondriálního genomu pro slávku modrou, Mytilus edulis“. Genetika. 131 (2): 397–412. PMC 1205014. PMID 1386586.

[Batuecas_1988-5] Batuecas B, Garesse R, Calleja M, Valverde JR, Marco R (červenec 1988). „Organizace genomu Artemia mitochondriální DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 16 (14A): 6515–29. doi:10.1093 / nar / 16.14.6515. PMC 338311. PMID 3135541.

[Abascal_2006-6] Abascal F, Posada D, Knight RD, Zardoya R (květen 2006). „Paralelní vývoj genetického kódu v mitochondriálních genomech členovců“. PLOS Biology. 4 (5): e127. doi:10.1371 / journal.pbio.0040127. PMC 1440934. PMID 16620150.

[Clary_1985-7] Clary DO, Wolstenholme DR (1985). „The mitochondriální DNA molekula Drosophila yakuba: nukleotidová sekvence, genová organizace a genetický kód“. Journal of Molecular Evolution. 22 (3): 252–71. doi:10.1007 / BF02099755. PMID 3001325.

[Gadaleta_1988-8] Gadaleta G, Pepe G, De Candia G, Quagliariello C, Sbisà E, Saccone C (červenec 1988). „Nukleotidová sekvence potkaní mitochondriální podjednotky NADH dehydrogenázy 1. GTG, nový iniciátorový kodon v mitochondriálním genomu obratlovců“. Výzkum nukleových kyselin. 16 (13): 6233. doi:10.1093 / nar / 16.13.6233. PMC 336868. PMID 3399396.

[de_Bruijn_1983-9] Bruijn MH (1983). „Dochophila melanogaster mitochondriální DNA, nová organizace a genetický kód“. Příroda. 304 (5923): 234–41. doi:10.1038 / 304234a0. PMID 6408489.

[Clary_1983-10] Clary DO, Wolstenholme DR (červen 1983). „Nukleotidová sekvence segmentu mitochondriální DNA Drosophila, která obsahuje geny pro podjednotky II a III cytochrom c oxidázy a podjednotku 6 ATPázy“. Výzkum nukleových kyselin. 11 (12): 4211–27. doi:10.1093 / nar / 11.12.4211. PMC 326036. PMID 6306579.

[pmid3327473-11] Fox TD (1987). "Přirozená variace v genetickém kódu". Výroční přehled genetiky. 21: 67–91. doi:10.1146 / annurev.ge.21.120187.000435. PMID 3327473.

[NCBI-12] Elzanowski A, Ostell J, Leipe D, Soussov V. „Genetické kódy“. Prohlížeč taxonomie. National Center for Biotechnology Information (NCBI), USA National Library of Medicine. Citováno 26. srpna 2015.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]