Caenorhabditis - Caenorhabditis
| Caenorhabditis | |
|---|---|
 | |
| Caenorhabditis elegans | |
Vědecká klasifikace  | |
| Království: | Animalia |
| Kmen: | Nematoda |
| Třída: | Chromadorea |
| Objednat: | Rhabditida |
| Rodina: | Rhabditidae |
| Rod: | Caenorhabditis (Osche, 1952[1]) Dougherty, 1955[2] |
| Synonyma | |
Rhabditida (Caenorhabditis) Osche, 1952 | |
Caenorhabditis je rod hlístice kteří žijí v prostředí bohatém na bakterie, jako jsou hromady kompostu, rozpadající se mrtvá zvířata a hnijící ovoce. Název pochází z řečtiny: caeno- (καινός (caenos) = nový, nedávný); rhabditis = tyčový (ῥάβδος (rhabdos) = tyč, hůlka). V roce 1900 Maupas původně pojmenovaný druh Rhabditida eleganci, Osche ho umístil do podrod Caenorhabditis v roce 1952 a v roce 1955 Dougherty vychoval Caenorhabditis do stavu rod.[3]
Rod Caenorhabditis obsahuje uvedené modelový organismus Caenorhabditis elegans a několik dalších druhů, pro které a sekvence genomu je k dispozici nebo se právě určuje. Dva nejvíce studované druhy v tomto rodu (C. elegans a C. briggsae) jsou oba androdioecious (mají muže a hermafrodit pohlaví), zatímco většina ostatních druhů ano gonochoristický (mají mužské a ženské pohlaví).[4]
C. elegans je typový druh rodu.[5]
Ekologie
Caenorhabditis zabírají různá prostředí bohatá na živiny a bakterie. V půdě netvoří soběstačné populace, protože jí chybí dostatek organické hmoty. Juvenilní červi a také larvy dauer mohou být přepravovány bezobratlými včetně mnohonožky, hmyz, stejnonožci, a plži. Některé druhy se také zdají být spojeny s obratlovci včetně dobytek zebu, i když povaha tohoto sdružení není jasná. Tento druh lze klasifikovat jako „phoretický „nebo„ nekromanické “na základě jejich vztahů k hostitelům bezobratlých. Phoretický červ jede na hostiteli, dokud nenajde příznivé prostředí, a pak odejde. Nekromenický červ čeká na smrt hostitele a žije na bakteriích, kterým se v mrtvém zvířeti daří. Mnoho druhů je schopných jak foretického, tak nekromanického životního stylu.[6]
Druh
| Cladogram of Caenorhabditis druh | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Druhy Caenorhabditis: C. nigoni je sesterské druhy z C. briggsae zatímco C. elegans zůstává sám, bazální ve skupině „Elegans“. |
V tomto rodu je asi 50 známých druhů, z nichž některé ještě nejsou formálně popsány a pojmenovány[7]navzdory tomu, že v jednom článku 2014 bylo jmenováno 15 druhů.[8] Na základě ITS2 porovnání sekvencí, lze je seskupit takto:[8]
- Superskupina „Elegans“
- Caenorhabditis inopinata - Před rokem 2017 označován jako C. sp. 34. Z fíků a vosích fíg byl izolován gonochoristický druh (muž-žena). Jeho genom je sekvenován na University of Miyazaki[9]
- Caenorhabditis sp. 35
- Skupina „Elegans“
- Caenorhabditis elegans - genom sekvenovaný v roce 1998 Washingtonská univerzita v St. Louis a Wellcome Trust Sanger Institute až 6x pokrytí[10] Toto je v současné době nejvíce studovaný druh rodu a pravděpodobně v kmeni. C. elegans jsou většinou XX protandrous hermafroditi, kteří oplodňují vlastní spermie nebo spermie příležitostných XO mužů.[11]
- Caenorhabditis briggsae - sekvence genomu skončila 2003 v Washingtonská univerzita v St. Louis.[12] C. briggsae je druhým nejlépe studovaným druhem rodu. Zatímco C. briggsae jsou také většinou XX protandrózní hermafroditi, nejsou to nejbližší příbuzní C. elegansa hermafroditická reprodukční strategie těchto druhů a také C. tropicalis, je příkladem konvergentní evoluce. Evoluční vzdálenost mezi C. briggsae a C. elegans je podobný jako u lidí a myší. C. nigoni je nejbližší příbuzný C. briggsaea tyto dva druhy mohou příležitostně produkovat poněkud úrodné hybridy.[13]
- Caenorhabditis remanei - genom v pořadí WashU GSC.[14] Úzce souvisí s C. briggsae než C. elegans, C. remanei je gonochoristický (obligátní) samec-samice v Eleganové skupina. V minulosti existovaly určité nejasnosti ohledně umístění kmenů mezi C. remanei, C. vulgaris (nyní viděn jako poddruh C. remanei) a C. brenneri "".[15]
- Caenorhabditis brenneri - (před rokem 2007 označováno jako C. sp 4, C. sp CB5161, a C. sp PB2801) - genom seřazený podle WashU GSC.[16] Tento gonochoristický druh se vyskytuje v Eleganové skupina, blíže k C. briggsae než C. elegans.[17]
- Caenorhabditis nigoni - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 9[8]
- Caenorhabditis doughertyi - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 10[8]
- Caenorhabditis tropicalis - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 11[8] Podobný C. elegans a C. briggsae, C. tropicalis populace tvoří XX protandrózních hermafroditů a X0 mužů. Tyto tři druhy jsou ne navzájem nejbližší příbuzní
- Caenorhabditis wallacei - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 16[8]
- Caenorhabditis latens - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 23[8]
- Caenorhabditis sinica - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 5
- Skupina „Japonica“
- Caenorhabditis japonica - genom sekvenovaný WashU GSC.[18] Tento gonochoristický druh se vyskytuje v Japonica skupina, sesterský clade k Eleganové skupina. Ve volné přírodě se tento druh neparaziticky vyskytuje u brouků Parastrachia japonensis a může být schopen vstoupit do fáze dauer bez ohledu na podmínky jídla a stísnění.[19][20]
- Caenorhabditis afra - (označovaný také jako C. sp. 7, C. sp. JU1199 a C. sp. JU1286). Tento gonochoristický druh (samec-samice) byl izolován Matthiasem Herrmannem v Begoro v Ghaně v Africe v roce 2007.[21][8] Jeho genom je sekvenován v Umýt U.[22]
- Caenorhabditis imperialis - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 14[8]
- Caenorhabditis kamaaina - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 15[8]
- Caenorhabditis nouraguensis - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 17[8]
- Caenorhabditis macrosperma - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 18[8]
- Caenorhabditis yunquensis - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 19[8]
- Nadskupina „Drosophilae“: skupina druhů, které se obvykle nacházejí na shnilých plodech a jsou transportovány Drosophila letí
- Caenorhabditis angaria - (před rokem 2011 označováno jako C. sp. 2, C. sp. 3, a C. sp. PS1010)[23] - genom sekvenován na Kalifornském technologickém institutu v roce 2010.[24] Tento gonochoristický druh, nalezený v Angaria skupina Drosophilae superskupina, má odlišnou morfologii a chování ve srovnání s C. elegans. Zejména, C. angaria muži vykazují chování spirálního páření. Jeho odlišnost od C. elegans je podobná vzdálenosti mezi lidmi a rybami. C. castelli je jeho nejbližší příbuzný a oba druhy mohou produkovat hybridy F1.[25]
- Caenorhabditis castelli - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 12[8]
- Caenorhabditis drosophilae
- Caenorhabditis guadeloupensis - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 20[8]
- Caenorhabditis portoensis - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 6[8]
- Caenorhabditis virilis - Před rokem 2014 označováno jako C. sp. 13[8]
- Caenorhabditis sp. 8
- bazální
- Caenorhabditis monodelphis - Před rokem 2017 označováno jako Caenorhabditis sp. 1
- Caenorhabditis plicata - genom sekvenovaný University of Edinburgh.
Další fylogenetické studie
The Caenorhabditis skupina druhů se skupinou „Protorhabditis“ obsahující druhy v rodech Protorhabditida, Diploscapter a Prodontorhabditida na jedné straně a s Oscheius na druhé straně tvoří skupinu „Eurhabditis“ Rhabditidae rody.[26]
Reference
- ^ Osche, G., 1952.— „Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda)“. Zool. Jb. (Abt. 1), 81, 190–280.
- ^ Rody a druhy podčeleď Rhabditinae Micoletzky, 1922 (Nematoda): nomenklativní analýza - včetně dodatku o složení čeledi Rhabditidae Örley, 1880. Ellsworth C. Dougherty, Journal of Helminthology, svazek 29, číslo 3, září 1955 , strany 105-152, doi:10.1017 / S0022149X00024317
- ^ Ferris, H (30. listopadu 2013). "Caenorhabditis elegans". University of California, Davis. Archivovány od originál dne 9. prosince 2013. Citováno 2013-11-19.
- ^ Haag, Eric S. „Vývoj určování pohlaví hlístic: C. elegans jako referenční bod pro srovnávací biologii “. WormBook.
- ^ Caenorhabditis na nematode.unl.edu
- ^ Kiontke, K; Sudhaus, W (leden 2006). "Ekologie druhu Caenorhabditis". WormBook: 1–14. doi:10.1895 / wormbook.1.37.1. PMC 4780885. PMID 18050464.
- ^ Kiontki, Karin; et al. (21. listopadu 2011). „Fylogeneze a molekulární čárové kódy pro Caenorhabditis s mnoha novými druhy z hnijících plodů“. BMC Evoluční biologie. 11: 339. doi:10.1186/1471-2148-11-339. PMC 3277298. PMID 22103856.
- ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (11. dubna 2014). „Zjednodušený systém pro diagnostiku druhů u Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) s názvy jmen pro 15 odlišných biologických druhů“. PLOS ONE. 9 (4): e94723. doi:10.1371 / journal.pone.0094723. PMC 3984244. PMID 24727800.
- ^ „NCBI“. Citováno 23. června 2017.
- ^ The C. elegans Konsorcium pro sekvenování (1998). „Genomová sekvence hlístice C. elegans: platforma pro zkoumání biologie “. Věda. 282 (5396): 2012–2018. doi:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID 9851916.
- ^ „Wormbase“. Citováno 4. září 2015.
- ^ Stein, L. D .; et al. (2003). "Sekvence genomu Caenorhabditis briggsae: Platforma pro srovnávací genomiku “. PLoS Biology. 1 (2): 166–192. doi:10.1371 / journal.pbio.0000045. PMC 261899. PMID 14624247.
- ^ „Wormbase“. Citováno 4. září 2015.
- ^ „GSC: Caenorhabditis remanei“. Archivovány od originál dne 13. března 2007. Citováno 28. dubna 2007.
- ^ „Wormbase“. Citováno 4. září 2015.
- ^ „GSC: Caenorhabditis n. Sp. PB2801“. Archivovány od originál dne 18. srpna 2007. Citováno 28. dubna 2007.
- ^ „Wormbase“. Citováno 4. září 2015.
- ^ „GSC: Caenorhabditis japonica“. Archivovány od originál dne 28. února 2008. Citováno 28. dubna 2007.
- ^ "WormBase". Citováno 4. září 2015.
- ^ "Genome Institute". Archivovány od originál dne 9. října 2015. Citováno 4. září 2015.
- ^ „Wormbase“. Citováno 7. září 2015.
- ^ „Wormbase“. Citováno 7. září 2015.
- ^ Sudhaus, Walter; Kiontke, Karin; Giblin-Davis, Robin M. (2011). „Popis Caenorhabditis angaria n. Sp. (Nematoda: Rhabditidae), spolupracovník cukrové třtiny a nosatců palmových (Coleoptera: Curculionidae)“. Nematologie. 13 (1): 61–78. doi:10.1163 / 138855410X500334.
- ^ Mortazavi, A .; Schwarz, E. M .; Williams, B .; Schaeffer, L .; Antoshechkin, I .; Wold, B. J .; Sternberg, P. W. (2010). "Lešení genomu háďátka Caenorhabditis s RNA-seq". Výzkum genomu. 20 (12): 1740–1747. doi:10.1101 / gr.111021.110. PMC 2990000. PMID 20980554.
- ^ „Wormbase“. Citováno 4. září 2015.
- ^ Fylogenetické vztahy Caenorhabditis a dalších rhabditidů. Karin Kiontke a David H. A. Fitch, Wormbook, 2005, doi:10.1895 / wormbook.1.11.1