DEPDC1B - DEPDC1B - Wikipedia

DEPDC1B
Identifikátory
AliasyDEPDC1B, BRCC3, XTP1, DEP doména obsahující 1B
Externí IDOMIM: 616073 MGI: 2145425 HomoloGene: 10157 Genové karty: DEPDC1B
Umístění genu (člověk)
Chromozom 5 (lidský)
Chr.Chromozom 5 (lidský)[1]
Chromozom 5 (lidský)
Genomické umístění pro DEPDC1B
Genomické umístění pro DEPDC1B
Kapela5q12.1Start60,596,912 bp[1]
Konec60,700,190 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

55789

218581

Ensembl

ENSG00000035499

ENSMUSG00000021697

UniProt

Q8WUY9

Q8BH88

RefSeq (mRNA)

NM_001145208
NM_018369

NM_178683

RefSeq (protein)

NP_001138680
NP_060839

NP_848798

Místo (UCSC)Chr 5: 60,6 - 60,7 MbChr 13: 108,32 - 108,41 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

DEP doména obsahující protein 1B také známý jako XTP1, XTP8, Protein transaktivovaný HBV XAg 8, [dříve označované jako BRCC3 ] je člověk protein kódováno a gen podobného jména umístěného na chromozom 5.[5][6][7]

Přesná funkce DEPDC1B není v současné době známa. Profily exprese ukazují, že DEPDC1B je vysoce exprimován všudypřítomně v lidské tkáni.[8]

Genová struktura

Genové sousedství

DEPDC1B genové lokusy

DEPDC1B se nachází na dlouhém rameni chromozomu 5 (5q12.1), které zahrnuje 103 kb na minusovém řetězci. Genové sousedství DEPDC1B zahrnuje 5 dalších genů. Následné jsou dva geny 21. SEPT a PDE4D. Upstream jsou další dva geny 7 a KRT8P31. Na řetězci komplementu je další gen ve stejné oblasti ČÁST 1.[6]

Promotér

Oblast promotoru DEPDC1B obsahuje několik transkripčních faktorů spojených s proteiny všudypřítomné exprese. Tyto transkripční faktory mají ústřední téma buněčné proliferace, regulace buněčného cyklu, apoptózy a diferenciace. V této oblasti existuje také několik promotorů jedinečných pro supresi nebo tumorgenezi.[9]

Následující seznam zahrnuje dvacet nejlepších předpovězených transkripčních faktorů:

Struktura mRNA

Varianty spoje

Dvě potvrzené varianty sestřihu mRNA DEPDC1B

DEPDC1B obsahuje 13 mRNA sestřihových variant, které tvoří dvě izoformy. Isoform 1 je nejdelší a je nejčastěji používanou verzí genu. Skládá se z 11 exonů a má délku 103254 bp. Isoform 2 je druhá potvrzená varianta transkriptu. Skládá se z 10 exonů, chybí desátý exon první varianty. Chybějící exon má délku 186 bp.[10] Vidět Struktura bílkovin část pro více podrobností ...

Sekundární struktura

Předpokládá se, že DEPDC1B bude převážně alfa-helikální. U proteinu neexistují žádné významné beta-řetězce ani beta struktury.[11]

Kmenové smyčky a vázání miRNA

Předpokládá se, že DEPDC1B bude mít více kmenové smyčky v 5 'a 3' nepřeložených oblastech (UTR)[12][13]. Ve 3 'UTR, miRNA has-miR-499-5p se váže na nukleotidovou oblast predikovanou jako kmenová smyčka.[14]

Struktura bílkovin

Sekvence

Gen DEPDC1B obsahuje dvě nové proteoformy. Nejdelší variace, kódovaná mRNA izoformou 1, se používá nejčastěji. Protein má délku 529 aminokyselin. Druhá nová proteoforma, DEPDC1B.2, je kódována 10 exony, chybí 10. exon z nejdelší variace. Protein má délku 467 aminokyselin. Chybějících 62 aminokyselin následuje doménu RhoGAP v oblasti, o které se předpokládá, že bude vysoce fosforylovaná[15]

Domény

Struktura řešení pro lidskou DEP doménu

DEPDC1B obsahuje dvě strukturální domény: a DEP doména a a RhoGAP doména.

DEP doména se primárně nachází v proteinech zapojených do G-protein signální dráhy a regulace GTPáza.[16][17] Experimentální důkazy rovněž naznačují, že doména DEP určuje subcelulární cíl některých proteinů aktivujících GTPázu.[18] V proteinu DEPDC1B elektronická inference ověřila funkci aktivity aktivátoru GTPázy.[15] Struktura roztoku lidské obsahující DEP doménu obsahující proteiny ověřuje sekundární strukturu domény: obsahující tři alfa-helixy a dva beta-řetězce v přibližně 80 aminokyselinové oblasti domény.[19][20]

Doména RhoGAP je další strukturální doménou, o které je známo, že interaguje s GTPázou a malou GTPázou. Výzkum týkající se domény v jiných proteinech naznačuje přibližně podobnou funkci mezi doménami v různých proteinech. Bylo ověřeno, že doména interaguje s jinými proteiny za vzniku komplexů nebo interaguje s jinými strukturami buňky, jako je cytoskelet nebo plazmatická membrána.[21]

Posttranslační modifikace

Předpokládá se, že proteinový produkt DEPDC1B bude po translaci vysoce fosforylován.[22] Jediné sumoylační místo, které se nachází v doméně RhoGAP, naznačuje možnou interakci proteinu s a SUMO protein, umožňující nebo inhibující interakci s jinými proteiny.[23] Jediné palmitoylační místo, které se nachází v doméně RhoGAP, naznačuje možnou interakci proteinového produktu DEPDC1B s membránou prostřednictvím lipidové kotvy.[24]

Ve zralém DEPDC1B proteinovém produktu se nepředpokládají žádná konzervovaná glykolační místa.[25] Žádný signální peptid nebo transmembránové domény jsou predikovány v lidském nebo jakémkoli ortologovém proteinu.[26][27] V žádném ortologu DEPDC1B se nepředpokládají žádná prenylační místa.[28]

Výraz

Myší DEPDC1B ve velkém měřítku exprimuje tkáň

Uvádí se, že exprese DEPDC1B je v myší tkáni do značné míry všudypřítomná. Vysoká úroveň genové exprese je pozorována ve všech obdobích života, s výjimkou časných stádií zygoty.[8] Experimentální důkazy naznačují, že DEPDC1B vykazuje podobnou všudypřítomnou expresi ve všech tkáních.[29]

Diferenciální profily exprese naznačují, že DEPDC1B je vyšší exprimován v mnoha rakovinových chorobných stavech, včetně:[30] rakovina prsu,[31] synoviální sarkom,[32] a progrese rakoviny prostaty.[33] Exprese DEPDC1B také klesá v prostředích vyčerpání beta-kateninu v buněčných liniích mnohočetného myelomu[34]

Interakce

Nebyly ověřeny žádné interakce DEPDC1B s jiným proteinovým produktem charakterizovaným experimentováním.[35]

Střední koexprese DEPDC1B s ECT2 v regulaci buněčného cyklu a syntéze DNA byla ověřena podobností exprese v různých tkáních.[35] Zbývající predikované interakce byly stanoveny pomocí dataminingu.

Homologie

Ortology

DEPDC1B je jedinečný pro Strunatci v království Animalia[36]

Vícenásobné seřazení sekvencí ověřuje, že DEPDC1B je mezi ortology vysoce konzervovaný.[37][38][39][40]Dvě strukturní domény (DEP a RhoGAP) jsou dva nejkonzervovanější prvky proteinů. V celém proteinu jsou také konzervovány různé motivy. Nelze určit žádná data naznačující funkci motivu. Vše předpovězeno posttranslační modifikace bylo potvrzeno, že jsou konzervovány v ortologních proteinech.

Předpokládá se, že vývoj DEPDC1B bude sledovat obecný vývoj druhů.

DEPDC1B Ortology
Rod a druhBěžné jménoTřídaDivergence (mya)[41]PřistoupeníProcento identity[36]
Nomascus leucogenysGibbon severní s bílou tváříMammalia20.4XP_003266016 [1]98%
Papio anubis Olivový paviánMammalia29XP_003899752 [2]98%
Mus musculusDomácí myšMammalia92.3NP_848798 [3]94%
Pteropus alectoČerná létající liškaMammalia94.2XP_006906108 [4]96%
Felis catusDomácí kočkaMammalia94.2XP_003981045 [5]96%
Bos taurusKrávaMammalia94.2XP_005221558 [6]95%
Monodelphis domesticaŠedý vačice s krátkým ocasemMammalia162.6XP_001363879 [7]88%
Ficedula albicollisLímeček černohlavýAve.296XP_005060715 [8]77%
Taeniopygia guttataZebra pěnkavaAve.296XP_002188294 [9]76%
Gallus gallus KuřeAve.296NP_001006576 [10]75%
Anolis carolinensisZelená anoleReptilia296XP_003216290 [11]76%
Xenopus tropicalisZápadní drápá žábaObojživelníci371.2NP_001121488 [12]68%
Lepisosteus oculatus Skvrnitý garActinopterygii400.1XP_006626875 [13]68%
Zebra MaylandiaZebra mbunaActinopterygii400.1XP_004566850 [14]57%

Paralogy

Evoluční vztah DEPDC1B k paralogům - DEPDC1A a DEPDC7

DEPDC1B má dva významné paralogy - DEPDC1A a DEPDC7

Vícenásobné seřazení sekvencí a fylogenetická analýza naznačuje, že DEPDC1A je nejnovější paralog, který se rozcházel přibližně před 600 miliony let. DEPDC1A byl zkoumán v několika chorobných stavech. Vysoká exprese proteinu v maligních plazmatických buňkách mnohočetného myelomu (MM) je spojena s úmrtností pacientů. Vysoká exprese byla potvrzena pomocí podmíněného dodání lentivirového vektoru „k inhibici růstu buněčných linií lidského melanomu (HMCL), s blokováním ve fázi G2 buněčného cyklu, fosforylací a stabilizací p53 a akumulací p21Cip1“ 9.[42] Ve stejné studii byl učiněn závěr, že DEPDC1A může přispívat k vlastnostem plazmablastů MM buněk a blokovat diferenciaci. Studie DEPDC1A v karcinogenezi močového měchýře odhalila gen jako možný antigen pro tvorbu buněk rakoviny močového měchýře. Použitím microarray a Northern blotu byla potvrzena přítomnost nepodstatného množství proteinu v normálních tkáních, s výjimkou varlat. V současné době je gen potenciální cílovou molekulou pro terapeutickou léčbu karcinogeneze močového měchýře.[43]

Žádná data popisující významnou funkci v DEPD7 nebyla publikována ani zaznamenána.

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000035499 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021697 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Morimoto, K (1996). „Charakterizace jedinečné varianty viru vztekliny netopýra odpovědného za nově se objevující případy u lidí v Severní Americe“. Sborník Národní akademie věd. 93 (11): 5653–5658. doi:10.1073 / pnas.93.11.5653. PMC  39303. PMID  8643632.
  6. ^ A b Entrez Gene: DEPDC1B https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?LinkName=protein_gene&from_uid=223633999
  7. ^ Genové karty: DEPDC1B https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=DEPDC1B
  8. ^ A b NCBI GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles
  9. ^ Software Genomatix. "Genomatix ElDorado". Citováno 1998-2014.
  10. ^ NCBI AceView https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/av.cgi?db=human&q=DEPDC1B
  11. ^ BPS: AW Burgess a PK Ponnuswamy a HA Sheraga, Analýza konformací aminokyselinových zbytků a predikce topografie páteře v proteinech, Israel J. Chem., Str. 239-286, 1974, sv. 12 .D_R: G. Dele`age a B. Roux, Algoritmus pro predikci sekundární struktury založený na predikci tříd, Protein Engineering, p289-294, 1987, sv. 1, č. 4. DSC: Ross D. King a Michael JE Sternberg - Identifikace a aplikace konceptů důležitých pro přesnou a spolehlivou predikce sekundární struktury proteinu. Věda o bílkovinách, 1996, 5: 2298-2310 GGR: Garnier, Gibrat a Robson, Meth. Enzymol., R.F. Doolittle vyd. 1996, 266: 97-120 Gor: Jean Garnier a D. J. Osguthorpe a Barry Robson, Analýza přesnosti a důsledků jednoduchých metod pro predikci sekundární struktury proteinů, J. Mol. Biol., Str. 97-120, 1978, sv. 120. G_G: O. Gascuel a JL Golmard, Jednoduchá metoda pro predikci sekundární struktury globulárních proteinů: implikace a přesnost, CABIOS, str. 357-365, 1988, sv. 4. H_K: L. Howard Holley a Martin Karplus, Predikce sekundární struktury proteinů s neurální sítí, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, str. 152-156, leden 1989, sv. 86. K_S: Ross D. King a Michael J. E. Sternberg, Přístup strojového učení pro predikci sekundární struktury proteinů, J. Mol. Biol., Str. 441-457, 1990, sv. 216. L_G: Jonathan M. Levin a Jean Garnier, Vylepšení metody predikce sekundární struktury založené na hledání lokálních sekvenčních homologií a její použití jako nástroje pro vytváření modelů, Biochim. Biophys. Acta., Str. 283-295, 1988, sv. 955. Q_S: Ning Qian a Terence Sejnowski, Predikce sekundární struktury proteinů pomocí modelů neuronových sítí, J. Mol. Biol., Str. 865-884, 1988, sv. 202. Společná predikce JOI - Predikce vytvořená programem, který přiřazuje strukturu pomocí postupu „vítěz bere vše“ pro každou predikci aminokyseliny pomocí jiných metod.
  12. ^ Mfold http://mfold.rna.albany.edu/
  13. ^ Sfold http://sfold.wadsworth.org/
  14. ^ TragetScan http://www.targetscan.org/
  15. ^ A b Q8WUY9 (DEP1B_HUMAN) https://www.uniprot.org/uniprot/Q8WUY9
  16. ^ Burchett SA (říjen 2000). "Regulátory signalizace G proteinu: bestiář modulárních domén vázajících protein". Journal of Neurochemistry. 75 (4): 1335–51. doi:10.1046 / j.1471-4159.2000.0751335.x. PMID  10987813. S2CID  37038615.
  17. ^ Wong HC, Mao J, Nguyen JT, Srinivas S, Zhang W, Liu B, Li L, Wu D, Zheng J (prosinec 2000). „Strukturální základna rozpoznání rozcuchané DEP domény v signální cestě Wnt“. Přírodní strukturní biologie. 7 (12): 1178–84. doi:10.1038/82047. PMC  4381838. PMID  11101902.
  18. ^ Martemyanov, K; et al. (2003). „Doména DEP určuje subcelulární cílení proteinu RGS9 aktivujícího GTPázu in vivo“. The Journal of Neuroscience. 23 (12): 10175–10181. doi:10.1523 / JNEUROSCI.23-32-10175.2003. PMC  6741003. PMID  14614075.
  19. ^ Zhang HP, Hayashi F, Yokoyama S. (2007) Struktura řešení dep domény z lidského proteinu obsahujícího doménu dep 1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=2ysr
  20. ^ Madej T, Addess KJ, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Lanczycki CJ, Liu C, Lu S, Marchler-Bauer A, Panchenko AR, Chen J, Thiessen PA, Wang Y, Zhang D, Bryant SH (2012). „MMDB: 3D struktury a makromolekulární interakce“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D461–4. doi:10.1093 / nar / gkr1162. PMC  3245041. PMID  22135289.
  21. ^ Peck J, Douglas G, Wu CH, Burbelo PD (září 2002). "Lidské proteiny obsahující doménu RhoGAP: struktura, funkce a evoluční vztahy". FEBS Dopisy. 528 (1–3): 27–34. doi:10.1016 / s0014-5793 (02) 03331-8. PMID  12297274. S2CID  30443852.
  22. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (prosinec 1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  23. ^ Expasy SumoSP http://sumosp.biocuckoo.org/
  24. ^ Expasy CSS-Palm http://csspalm.biocuckoo.org/
  25. ^ Predikce N-glykosylačních míst v lidských proteinech. R. Gupta, E. Jung a S. Brunak. V přípravě, 2004.
  26. ^ Cserzö M, Eisenhaber F, Eisenhaber B, Simon I (2002). „Filtrování předpovědí falešně pozitivních transmembránových proteinů“. Proteinové inženýrství. 15 (9): 745–52. doi:10.1093 / protein / 15.9.745. PMID  12456873.
  27. ^ Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H (2011). "SignalP 4.0: rozlišování signálních peptidů z transmembránových oblastí". Nat. Metody. 8 (10): 785–6. doi:10.1038 / nmeth.1701. PMID  21959131. S2CID  16509924.
  28. ^ Expasy PrePS http://mendel.imp.ac.at/sat/PrePS/index.html
  29. ^ BioGPS http://biogps.org/#goto=genereport&id=55789
  30. ^ NCBI GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/18885436
  31. ^ NCBI GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/36185472M
  32. ^ NCBI GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/38187695
  33. ^ NCBI GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/14261636
  34. ^ NCBI GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/61462636
  35. ^ A b Tětiva http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl
  36. ^ A b NCBI BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
  37. ^ Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R (duben 1992). "CLUSTAL V: vylepšený software pro vícenásobné seřazení sekvencí". Počítačové aplikace v biologických vědách. 8 (2): 189–91. doi:10.1093 / bioinformatika / 8.2.189. PMID  1591615.
  38. ^ Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (listopad 1994). „CLUSTAL W: zlepšuje citlivost postupného vícenásobného seřazení sekvencí pomocí vážení sekvencí, penalizací mezer pro konkrétní pozici a volby matice hmotnosti“. Výzkum nukleových kyselin. 22 (22): 4673–80. doi:10.1093 / nar / 22.22.4673. PMC  308517. PMID  7984417.
  39. ^ Felsenstein, J (1989). "PHYLIP - Phylogeny Inference Package (verze 3.2)". Kladistika. 5: 164–166. doi:10.1111 / j.1096-0031.1989.tb00562.x. S2CID  221547732.
  40. ^ CLUSTAL W: Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins a Toby J. Gibson, upravené; jakékoli chyby jsou způsobeny úpravami. PHYLIP: Felsenstein, J. 1993. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) verze 3.5c. Distribuováno autorem. Oddělení genetiky, University of Washington, Seattle.
  41. ^ Hedges SB, Dudley J, Kumar S (prosinec 2006). „TimeTree: veřejná znalostní báze divergenčních časů mezi organismy“. Bioinformatika. 22 (23): 2971–2. doi:10.1093 / bioinformatika / btl505. PMID  17021158.
  42. ^ Kassambara A, Schoenhals M, Moreaux J, Veyrune JL, Rème T, Goldschmidt H, Hose D, Klein B (2013). „Inhibice DEPDC1A, špatného prognostického markeru u mnohočetného myelomu, zpomaluje růst a indukuje markery zralých plazmatických buněk v maligních plazmatických buňkách“. PLOS ONE. 8 (4): e62752. doi:10.1371 / journal.pone.0062752. PMC  3640027. PMID  23646139.
  43. ^ Kanehira M, Harada Y, Takata R, Shuin T, Miki T, Fujioka T, Nakamura Y, Katagiri T (září 2007). "Zapojení upregulace DEPDC1 (DEP doména obsahující 1) do karcinogeneze močového měchýře". Onkogen. 26 (44): 6448–55. doi:10.1038 / sj.onc.1210466. PMID  17452976.