DDX3X - DDX3X

DDX3X
Protein DDX3X PDB 2i4i.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyDDX3X, DBX, DDX14, DDX3, HLP2, CAP-Rf, MRX102, DEAD-box helicase 3, X-linked, DEAD-box helicase 3 X-linked, MRXSSB
Externí IDOMIM: 300160 MGI: 103064 HomoloGene: 3425 Genové karty: DDX3X
Umístění genu (člověk)
X chromozom (lidský)
Chr.X chromozom (lidský)[1]
X chromozom (lidský)
Genomické umístění pro DDX3X
Genomické umístění pro DDX3X
KapelaXp11.4Start41,333,284 bp[1]
Konec41,364,472 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE DDX3X 201210 na fs.png

PBB GE DDX3X 212514 x na fs.png

PBB GE DDX3X 201211 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

1654

13205

Ensembl

ENSG00000215301

ENSMUSG00000000787

UniProt

O00571

Q62167

RefSeq (mRNA)

NM_001193416
NM_001193417
NM_001356
NM_024005
NM_001363819

NM_010028

RefSeq (protein)

NP_001180345
NP_001180346
NP_001347
NP_001350748

NP_034158

Místo (UCSC)Chr X: 41,33 - 41,36 MbChr X: 13,28 - 13,29 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Závisí na ATP RNA helikáza DDX3X je enzym že u lidí je kódován DDX3X gen.[5][6][7]

Funkce

DEAD boxové proteiny, charakterizované konzervovaným motivem Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), jsou domnělou RNA helikázy. Jsou zapojeny do řady buněčných procesů zahrnujících změnu sekundární struktury RNA, jako je zahájení překladu, jaderné a mitochondriální sestřih, a ribozom a spliceosome shromáždění. Na základě jejich distribučních vzorců se někteří členové této rodiny považují za členy embryogeneze, spermatogeneze a buněčného růstu a dělení. Tento gen kóduje DEAD box protein, který specificky interaguje s jádrovým proteinem viru hepatitidy C, což vede ke změně intracelulárního umístění. Tento gen má homolog umístěný v nerekombinující oblasti chromozomu Y. Proteinová sekvence je na 91% identická mezi tímto genem a Y-homologem.[7]

Subcelulární obchodování

DDX3X vykonává své funkce v buňce jádro a cytoplazma, opouštějící jádro prostřednictvím exportní-1 / CRM1 jaderná exportní cesta. Původně bylo hlášeno, že pro tuto interakci je nutná doména helikázy DDX3X, zatímco kanonické rysy obchodní cesty, konkrétně přítomnost jaderný exportní signál (NES) na DDX3X a Ran-GTP vazby na exportin-1, byly postradatelné.[8] Od té doby se ukázalo, že vazba DDX3X na exportin-1 a obchodování s ním, nevyžadují doménu helikázy DDX3X a jsou výslovně závislé na NES a Ran-GTP.[9]

Role v rakovině

DDX3X se podílí na mnoha různých typech rakoviny. Například je abnormálně exprimován v rakovinných buňkách epitelu prsu, ve kterých je jeho exprese aktivována HIF1A v době hypoxie.[10] Zvýšená exprese DDX3X HIF1A u hypoxie je iniciována přímou vazbou HIF1A na HIF1A prvek odpovědi,[10] jak ověřeno s imunoprecipitace chromatinu a luciferázový reportér. Protože exprese DDX3X je ovlivněna aktivitou HIF1A, byla také prokázána společná lokalizace těchto proteinů MDA-MB-231 xenograft vzorky nádoru.[10]

v HeLa buňky Uvádí se, že DDX3X řídí průběh buněčného cyklu Cyklin E1.[11] Přesněji se ukázalo, že DDX3X se přímo váže na 5´ UTR cyklinu E1 a tím usnadňuje translaci proteinu. Bylo prokázáno, že zvýšené hladiny proteinu cyklinu E1 zprostředkovávají přechod S fáze vstup.[11]

Přežití, migrace a proliferace melanomu je ovlivněna aktivitou DDX3X.[12] Buňky melanomu s nízkou expresí DDX3X vykazují vysokou migrační kapacitu, nízkou rychlost proliferace a redukci vemurafenib citlivost. Zatímco buňky s vysokou expresí DDX3X jsou citlivé na léky, jsou proliferativnější a méně migrují. Tyto fenotypy lze vysvětlit translačními účinky na transkripční faktor melanomu MITF.[12] 5 'UTR MITF mRNA obsahuje komplexní RNA regulon (IRES ), který je vázán a aktivován DDX3X. Aktivace IRES vede k translaci MITF mRNA. Myši injikované melanomovými buňkami s odstraněným IRES vykazovaly agresivnější progresi nádoru včetně zvýšené plic metastáza.[12] Je zajímavé, že DDX3X u melanomu je ovlivněn vemurafenibem prostřednictvím dosud neobjeveného mechanismus. Není známo jak DDX3X je downregulován přítomností vemurafenibu. Snížené úrovně DDX3X během léčby drogami vysvětluje vývoj buněk rezistentních na léky, často detekovaných s nízkou MITF výraz.[12][13][14]

Klinický význam

Mutace DDX3X gen je spojen s meduloblastom.[15][16][17] U melanomu je nízká exprese genu spojena se špatnou vzdálené přežití bez metastáz.[12] Kromě toho je hladina mRNA DDX3X nižší u odpovídajících biopsií melanomu po relapsu u pacientů užívajících vemurafenib a při progresi nádorů.

Viz také

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000215301 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000000787 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Lahn BT, Strana DC (říjen 1997). "Funkční koherence lidského chromozomu Y". Věda. 278 (5338): 675–80. doi:10.1126 / science.278.5338.675. PMID  9381176.
  6. ^ Park SH, Lee SG, Kim Y, Song K (říjen 1998). "Přiřazení lidského domnělého genu RNA helikázy, DDX3, k lidským X chromozomovým pásmům p11.3 → p11.23". Cytogenetika a genetika buněk. 81 (3–4): 178–9. doi:10.1159/000015022. PMID  9730595.
  7. ^ A b „Entrez Gene: DDX3X DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptid 3, X-linked“.
  8. ^ Yedavalli VS, Neuveut C, Chi YH, Kleiman L, Jeang KT (říjen 2004). "Požadavek DDX3 DEAD box RNA helikázy pro exportní funkci HIV-1 Rev-RRE". Buňka. 119 (3): 381–92. doi:10.1016 / j.cell.2004.09.029. PMID  15507209.
  9. ^ Heaton SM, Atkinson SC, Sweeney MN, Yang SN, Jans DA, Borg NA (září 2019). „Jaderný export závislý na exportu 1 DEAD-box Helicase DDX3X je ústředním bodem jeho role v antivirové imunitě“. Buňky. 8 (10): 1181. doi:10,3390 / buňky8101181. PMID  31575075.
  10. ^ A b C Botlagunta M, Krishnamachary B, Vesuna F, Winnard PT, Bol GM, Patel AH, Raman V (březen 2011). "Exprese DDX3 je přímo modulována hypoxií indukovatelným faktorem-1 alfa v buňkách epitelu prsu". PLOS ONE. 6 (3): e17563. doi:10.1371 / journal.pone.0017563. PMC  3063174. PMID  21448281.
  11. ^ A b Lai MC, Chang WC, Shieh SY, Tarn WY (listopad 2010). „DDX3 reguluje růst buněk translační kontrolou cyklinu E1“. Molekulární a buněčná biologie. 30 (22): 5444–53. doi:10.1128 / MCB.00560-10. PMC  2976371. PMID  20837705.
  12. ^ A b C d E Phung B, Cieśla M, Sanna A, Guzzi N, Beneventi G, Cao Thi Ngoc P a kol. (Červen 2019). „X-Linked DDX3X RNA Helicase diktuje překladové přeprogramování a metastázu v melanomu“. Zprávy buněk. 27 (12): 3573–3586.e7. doi:10.1016 / j.celrep.2019.05.069. PMID  31216476.
  13. ^ Müller J, Krijgsman O, Tsoi J, Robert L, Hugo W, Song C a kol. (Prosinec 2014). „Nízký poměr MITF / AXL předpovídá časnou rezistenci na více cílených léků u melanomu“. Příroda komunikace. 5 (1): 5712. doi:10.1038 / ncomms6712. PMC  4428333. PMID  25502142.
  14. ^ Konieczkowski DJ, Johannessen CM, Abudayyeh O, Kim JW, Cooper ZA, Piris A, et al. (Červenec 2014). „Rozlišení stavu melanomových buněk ovlivňuje citlivost na inhibitory dráhy MAPK“. Objev rakoviny. 4 (7): 816–27. doi:10.1158 / 2159-8290.CD-13-0424. PMC  4154497. PMID  24771846.
  15. ^ Robinson G, Parker M, Kranenburg TA, Lu C, Chen X, Ding L a kol. (Srpen 2012). „Nové mutace cílí na odlišné podskupiny meduloblastomu“. Příroda. 488 (7409): 43–8. doi:10.1038 / příroda11213. PMC  3412905. PMID  22722829.
  16. ^ Jones DT, Jäger N, Kool M, Zichner T, Hutter B, Sultan M a kol. (Srpen 2012). „Disekující genomovou složitost, která je základem meduloblastomu“. Příroda. 488 (7409): 100–5. doi:10.1038 / příroda11284. PMC  3662966. PMID  22832583.
  17. ^ Pugh TJ, Weeraratne SD, Archer TC, Pomeranz Krummel DA, Auclair D, Bochicchio J a kol. (Srpen 2012). „Sekvenování medulloblastomu exome odhaluje somatické mutace specifické pro podtyp“. Příroda. 488 (7409): 106–10. doi:10.1038 / příroda11329. PMC  3413789. PMID  22820256.

Další čtení