C2orf16 - C2orf16

C2orf16
Identifikátory
AliasyC2orf16, otevřený čtecí rámec chromozomu 2 16
Externí IDHomoloGene: 82476 Genové karty: C2orf16
Umístění genu (člověk)
Chromozom 2 (lidský)
Chr.Chromozom 2 (lidský)[1]
Chromozom 2 (lidský)
Genomické umístění pro C2orf16
Genomické umístění pro C2orf16
Kapela2p23.3Start27,537,386 bp[1]
Konec27,582,721 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

84226

102635566

Ensembl

ENSG00000221843

n / a

UniProt

Q68DN1

n / a

RefSeq (mRNA)

NM_032266

XM_017321194

RefSeq (protein)

NP_115642

n / a

Místo (UCSC)Chr 2: 27,54 - 27,58 Mbn / a
PubMed Vyhledávání[2][3]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

C2orf16 je protein, který je u lidí kódován genem C2orf16. Izoforma 2 tohoto proteinu (NCBI ID: CAH18189.1[4] dále jen C2orf16) je dlouhý 1 984 aminokyselin.[5] Gen obsahuje 1 exon a je umístěn na 2p23.3.[6] Aliasy pro C2orf16 zahrnují otevřený čtecí rámec 16 na chromozomu 2 a P-S-E-R-S-H-H-S opakování obsahující sekvenci.[7]

68 ortology jsou pro tento gen známé, včetně myší a ovcí, ale ne paralogy byl nalezen.[8]

Gen

C2orf16 izoforma 2 je 6,2 kb, 1 exonový gen na lokusu 2p23.3, a obsahuje P-S-E-R-S-H-H-S repetice na C-koncové straně genu od aminokyseliny 1 559 až 1 903. Zdá se, že tyto opakování vznikly z a transponovatelný prvek. Primáti vykazují více opakování P-S-E-R-S-H-H-S než ostatní savci ortology dělat.[6]

Výraz

Bylo zjištěno, že C2orf16 je vysoce vyjádřen v testy[9] a a kyselina retinová a mitogen - ošetřeno lidské embryonální kmenové buňky čára,[10] ale není známo, že by byla vyjádřena odlišně ve věku nebo nemoci fenotypy.[11] C2orf16 je také vidět, že má vysokou expresi v pre-implantace embryo z 4článková embryonální fáze do blastocyst etapa.[12]

C2orf16 není vidět rapamycin citlivý výraz.[13] C2orf16 také významně zvyšuje expresi v c-MYC knockdown buňky rakoviny prsu.[14]

mRNA

Izoformy

Dva izoformy existují C2orf16. Isoforma 1 je dlouhá 5 388 aminokyselin kódovaných v 5 exony přes 16 401 základní páry. Isoform 2 používá alternativní počáteční místo transkripce a je podstatně kratší při délce 1 984 aminokyselin kódovaných v 1 exonu přes 6 200 párů bází.[8]

Regulace výrazu

Jeden miRNA se předpokládá, že se bude vázat na 3'UTR C2orf16, přístupové číslo MI0005564.[15][16]

Protein

C2orf16 má předpovídané molekulární váha 224 kD a předpokládané izoelektrický bod ze dne 10.08,[17] hodnoty, které jsou mezi ortology relativně konstantní. Protein zahrnuje vyšší než průměrné složení serinu, histidinu a argininu a nižší než průměrné složení alaninu.[18]

Kompoziční funkce

Klastr pozitivního náboje se nachází od aminokyselinových zbytků 1274 do 1302.[18]

An arginin bohatá oblast se nachází od aminokyselin 1 545 do 1 933, a serin bohatá oblast se nachází od aminokyselin 1 568 do 1 934 a histidin bohatá oblast se nachází od aminokyselin 1 630 do 1 853.[18]

A bodová maticová analýza[19] odhaluje silně opakovanou oblast od přibližně zbytku 1 500 do 1 984, což je opakování P-S-E-R-S-H-H-S. malý pás teček při přibližně 1 200 aminokyselinách označuje poloviční opakování sekvence P-S-E-R-S-H-H-S.

Dotová maticová analýza necharakterizovaného proteinu C2orf16 izoformy 2. Opakovací sekvence P-S-E-R-S-H-H-S je vizualizována prostřednictvím tmavší oblasti matrice od aminokyseliny 1500–1984 a polovina opakovací sekvence P-S-E-R-S-H-H-S je považována za pás poblíž aminokyseliny 1200.

Izoforma 2 C2orf16 nemá žádné transmembránové domény,[20] a předpokládá se, že bude lokalizován do jádra po translaci kvůli dvěma sekvence nukleární lokalizace predikováno na zbytky 1 233 a 1 281.[21] Ne nukleární exportní sekvence je zachován mezi ortology,[22] což naznačuje, že C2orf16 nemá za cíl opustit jádro po importu. Nebyly předpovídány žádné úpravy N- nebo C- terminálu.[23][24][25][26]

Subcelulární lokalizace

Předpokládá se, že C2orf16 bude po transkripci lokalizován v jádře.[8]

Struktura

Izoforma 2 C2orf16 předpověděla 3D strukturu zobrazující tři hlavní domény proteinu. Doména 3 obsahuje opakovací sekvenci P-S-E-R-S-H-H-S.

Předpokládá se, že 3D struktura C2orf16 bude mít tři hlavní domény. Doména 1 je z aminokyselin 1 až 662, doména 2 je z aminokyselin 674 až 1 487 a doména 3 je z aminokyselin 1 488 až 1 984.[27] Předpokládá se, že doména 1 a 2 jsou spojeny prostřednictvím úseku 12 aminokyselin, které nejsou jinak uspořádány do a sekundární struktura umožňující flexibilitu mezi doménami 1 a 2. Předpokládá se, že doména 2 bude mít domény interagující s proteiny transkripční faktory.[27] Předpokládá se, že doména 3 bude sledovat strukturu „koule na řetězci“[27] a má mnoho míst pro možnou fosforylaci.[28]

Interakce s proteiny

Ukázalo se, že C2orf16 má fyzickou interakci s protoonkogen Moje C podle tandemové afinitní čištění.[29]

Ortologní fylogeneze

Pro C2orf16 je známo 68 ortologů.[8] Zdá se, že se tento protein objevil v evoluční historii savců před 320 miliony let, kolem divergence savců od plazů. Tato historie by vysvětlovala proč ortology neexistují v obojživelníci, plazi, ptactvo, ani jiné vzdáleněji příbuzné druhy.[30]

Jakékoli ortology druhů vzdálenějších lidem než jiné savce pravděpodobně nesouvisejí ve funkci, nicméně opakování P-S-E-R-S-H-H-S je přítomno v kostnaté ryby, korýši, stramenopiles počítaje v to bramborová plíseň, plantae, a prokaryoty.[30]

The transposon opakování mohlo být u savců znovu zavedeno a virový vektor.

Opakujte sekvenci

Logo opakované sekvence P-S-E-R-S-H-H-S

Opakovací sekvence P-S-E-R-S-H-H-S je považována za konzervovanou v ortologech pro C2orf16 a je konzervována v organismech tak vzdáleně příbuzných jako oomycete slizová forma[31] a rostliny včetně chloroplastů z Ashbyho proutí.[32] Část opakování S-P-S-E-R je považována za nejdůležitější pro zachování, jak je patrné podle zarovnání s těmito ortology a vytvořením loga.[33]

Konzervativní analýza opakování ukazuje, že počáteční S-P-S je vysoce konzervovaný, pravděpodobně pro fosforylaci (S) a strukturu (P), a R je téměř úplně konzervovaný, v některých ortologech mutuje na lysin,[32] naznačení kladného náboje je nezbytné pro účely opakování.

3D tvar opakující se sekvence je nejasný, protože se předpovídá, že bude buď koule na řetězci[34] nebo antiparalelní beta-list[6] struktura.

Funkce

Předpokládá se, že v izoformě 2 C2orf16 bude možná funkce mitóza regulace prostřednictvím své jaderné lokalizace,[8][21] předpokládané vazebné místo transkripčního faktoru,[27] fyzické spojení s Moje C,[29] a zvýšená exprese v c-MYC knockdown buňkách rakoviny prsu.[14]

Klinický význam

Pro C2orf16 jsou zaznamenány čtyři patenty, z nichž každý zahrnuje: rakovinový PPP2RIA a ARID1A mutace,[35] Alzheimerova choroba náchylnost,[36] virová vakcína rozmanitost,[37] a variace počtu kopií vztah k běžná variabilní imunodeficience.[38] U C2orf16 je také prokázáno, že má zvýšenou expresi v některých liniích rakoviny prsu,[14] stejně jako zapojení do Moje C[29] což je běžné onkogen, čímž je C2orf16 možným onkogenem, na který se lze zaměřit při léčbě rakoviny.

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000221843 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  3. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ "hypotetický protein [Homo sapiens] - protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2019-05-02.
  5. ^ „C2orf16 Gene“. Databáze lidských genů GeneCards. Weizmann Institute of Science, Life Map Sciences. Citováno 5. února 2019.
  6. ^ A b C „C2orf16 - necharakterizovaný protein C2orf16 - Homo sapiens (člověk) - gen a protein C2orf16“. www.uniprot.org. Citováno 2019-05-02.
  7. ^ „C2orf16 Gene“. Databáze lidských genů GeneCards. Weizmann Institute of Science, Life Map Sciences. Citováno 5. února 2019.
  8. ^ A b C d E Zerbino DR, Achuthan P, Akanni W, Amode MR, Barrell D, Bhai J a kol. (Leden 2018). „Ensembl 2018“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D754 – D761. doi:10.1093 / nar / gkx1098. PMC  5753206. PMID  29155950.
  9. ^ Johnson JM, Castle J, Garrett-Engele P, Kan Z, Loerch PM, Armor CD, Santos R, Schadt EE, Stoughton R, Shoemaker DD (prosinec 2003). „Průzkum celého genomu humánních alternativních sestřihů pre-mRNA s mikročipy exonového spojení“. Věda. 302 (5653): 2141–4. Bibcode:2003Sci ... 302.2141J. doi:10.1126 / science.1090100. PMID  14684825. S2CID  10007258.
  10. ^ "Gen Homo sapiens C2orf16, kódující chromozom 2, otevřený čtecí rámec 16". AceView. NCBI National Institute of Health. Citováno 5. února 2019.
  11. ^ „Profil EST - Hs.131021“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2019-05-02.
  12. ^ Xie D, Chen CC, Ptaszek LM, Xiao S, Cao X, Fang F, Ng HH, Lewin HA, Cowan C, Zhong S (červen 2010). "Rewitable gen regulační sítě v preimplantačním embryonálním vývoji tří druhů savců". Výzkum genomu. 20 (6): 804–15. doi:10,1101 / gr. 100594,109. PMC  2877577. PMID  20219939.
  13. ^ Petrich AM, Leshchenko V, Kuo PY, Xia B, Thirukonda VK, Ulahannan N, Gordon S, Fazzari MJ, Ye BH, Sparano JA, Parekh S (květen 2012). „Akt inhibitory MK-2206 a nelfinavir překonávají rezistenci na inhibitory mTOR u difuzního velkobuněčného B-lymfomu“. Klinický výzkum rakoviny. 18 (9): 2534–44. doi:10.1158 / 1078-0432.CCR-11-1407. PMC  3889476. PMID  22338016.
  14. ^ A b C Cappellen D, Schlange T, Bauer M, Maurer F, Hynes NE (leden 2007). „Nové cílové geny c-MYC zprostředkovávají rozdílné účinky na buněčnou proliferaci a migraci“. Zprávy EMBO. 8 (1): 70–6. doi:10.1038 / sj.embor.7400849. PMC  1796762. PMID  17159920.
  15. ^ Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP (srpen 2015). Izaurralde E (ed.). „Predikce účinných cílových míst mikroRNA v savčích mRNA“. eLife. 4: e05005. doi:10,7554 / eLife.05005. PMC  4532895. PMID  26267216.
  16. ^ „položka miRNA pro MI0005564“. www.mirbase.org. Citováno 2019-05-05.
  17. ^ "ExPASy - nástroj pro výpočet pI / MW". web.expasy.org. Citováno 2019-05-02.
  18. ^ A b C Madeira F, Park YM, Lee J, Buso N, Gur T, Madhusoodanan N, Basutkar P, Tivey AR, Potter SC, Finn RD, Lopez R (duben 2019). „Rozhraní API pro vyhledávání a sekvenční analýzu EMBL-EBI v roce 2019“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (W1): W636 – W641. doi:10.1093 / nar / gkz268. PMC  6602479. PMID  30976793.
  19. ^ „EMBOSS: dotmatcher“. www.bioinformatics.nl. Citováno 2019-05-02.
  20. ^ Cserzö M, Eisenhaber F, Eisenhaber B, Simon I (září 2002). „Filtrování předpovědí falešně pozitivních transmembránových proteinů“. Proteinové inženýrství. 15 (9): 745–52. doi:10.1093 / protein / 15.9.745. PMID  12456873.
  21. ^ A b Sigrist CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N (leden 2010). „PROSITE, databáze proteinové domény pro funkční charakterizaci a anotaci“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D161-6. doi:10.1093 / nar / gkp885. PMC  2808866. PMID  19858104.
  22. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (červen 2004). „Analýza a předpověď jaderných exportních signálů bohatých na leucin“. Proteinové inženýrství, design a výběr. 17 (6): 527–36. doi:10,1093 / protein / gzh062. PMID  15314210.
  23. ^ Kiemer L, Bendtsen JD, Blom N (duben 2005). „NetAcet: předpověď N-terminálních acetylačních stránek“. Bioinformatika. 21 (7): 1269–70. doi:10.1093 / bioinformatika / bti130. PMID  15539450.
  24. ^ Bologna G, Yvon C, Duvaud S, Veuthey AL (červen 2004). "Předpovědi myristoylace N-terminálu soubory neuronových sítí". Proteomika. 4 (6): 1626–32. doi:10.1002 / pmic.200300783. PMID  15174132. S2CID  20289352.
  25. ^ Chuang GY, Boyington JC, Joyce MG, Zhu J, Nabel GJ, Kwong PD, Georgiev I (září 2012). „Výpočetní predikce N-vázané glykosylace zahrnující strukturní vlastnosti a vzory“. Bioinformatika. 28 (17): 2249–55. doi:10.1093 / bioinformatika / bts426. PMC  3426846. PMID  22782545.
  26. ^ Julenius K (srpen 2007). „NetCGlyc 1.0: predikce savčích C-mannosylačních stránek“. Glykobiologie. 17 (8): 868–76. doi:10.1093 / glycob / cwm050. PMID  17494086.
  27. ^ A b C d Yang J, Zhang Y (červenec 2015). „Server I-TASSER: nový vývoj pro predikci struktury a funkce proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (W1): W174-81. doi:10.1093 / nar / gkv342. PMC  4489253. PMID  25883148.
  28. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (prosinec 1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  29. ^ A b C „PSICQUIC View“. www.ebi.ac.uk. Citováno 2019-05-02.
  30. ^ A b Madden, Tom (2003-08-13). Nástroj pro analýzu sekvence BLAST. Národní centrum pro biotechnologické informace (USA).
  31. ^ "prekurzor specifického kyselého opakujícího se kyselého cystového klíčení [Phytophthora infestans]". NCBI. Citováno 2019-05-02.
  32. ^ A b "accD (chloroplast) [Acacia ashbyae] - protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2019-05-02.
  33. ^ „WebLogo - Vytvoření log sekvence“. weblogo.berkeley.edu. Citováno 2019-05-02.
  34. ^ Zhang Y (leden 2008). „I-TASSER server pro predikci 3D struktury proteinů“. BMC bioinformatika. 9 (1): 40. doi:10.1186/1471-2105-9-40. PMC  2245901. PMID  18215316.
  35. ^ Vogelstein B, Kinzler KW, Velculescu V, Papadopoulous N, Jones S (31. května 2012). „US Patent 9 982 304“ (USA 20130210900 A1). Citováno 5. února 2019. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  36. ^ Nagy, Zsuzsanna (16. ledna 2014). „US Patent 9 944 986“ (USA 20150141491 A1). Citováno 5. února 2019. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  37. ^ Shenk T, Wang D (16. dubna 2009). „US Patent 9 439 960“ (USA 20100285059 A1). Citováno 5. února 2019. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  38. ^ Hakonarson H, Glessner J, Orange J (28. listopadu 2013). „US Patent 9 109 254“ (USA 20130315858 A1). Citováno 5. února 2019. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)