Srovnávací databáze toxikogenomiky - Comparative Toxicogenomics Database

Srovnávací databáze toxikogenomiky (CTD)
VývojářiKatedra biologických věd v Státní univerzita v Severní Karolíně a Katedra bioinformatiky, Biologická laboratoř MDI
První vydání12. listopadu 2004; Před 16 lety (2004-11-12)
K dispozici vAngličtina
TypBioinformatika, analýza dat
webová stránkahttp://ctdbase.org/

The Srovnávací databáze toxikogenomiky (CTD) je veřejná webová stránka a výzkumný nástroj spuštěný v listopadu 2004, který upravuje vědecká data popisující vztahy mezi chemickými látkami / léky, geny / proteiny, chorobami, taxony, fenotypy, anotacemi GO, cestami a moduly interakce. Databázi spravuje ministerstvo Biologické vědy ve společnosti Státní univerzita v Severní Karolíně.

Pozadí

Srovnávací databáze toxikogenomiky (CTD) je veřejná webová stránka a výzkumný nástroj, který připravuje vědecká data popisující vztahy mezi chemickými látkami, geny / proteiny, chorobami, taxony, fenotypy, anotacemi GO, cestami a interakčními moduly, spuštěná 12. listopadu 2004.[1][2][3][4] Databázi spravuje Katedra biologických věd na North Carolina State University.[Citace je zapotřebí ]

Záměry a cíle

Jedním z hlavních cílů CTD je prohloubit porozumění účinkům chemických látek v životním prostředí na lidské zdraví na genetické úrovni, což je pole zvané toxikogenomika.

The etiologie mnoha chronických onemocnění zahrnuje interakce mezi faktory prostředí a geny, které modulují důležité fyziologické procesy. Chemické látky jsou důležitou složkou životního prostředí. Podmínky jako astma, rakovina, cukrovka, hypertenze, imunodeficience, a Parkinsonova choroba je známo, že jsou ovlivňovány prostředím; molekulární mechanismy, z nichž tyto korelace vycházejí, však nejsou dobře známy. CTD může pomoci vyřešit tyto mechanismy. Nejaktuálnější obsáhlý seznam recenzovaných vědeckých článků o CTD je k dispozici na jejich publikační stránce[5]

Základní údaje

CTD je jedinečný zdroj, kde biokurátory[6][7] přečtěte si vědeckou literaturu a ručně upravte čtyři typy základních údajů:

  • Interakce chemických genů
  • Sdružení chemických chorob
  • Sdružení genových chorob
  • Chemicko-fenotypové asociace

Integrace dat

Díky integraci výše uvedených čtyř datových souborů CTD automaticky vytváří domnělé sítě chemicko-gen-fenotyp-nemoc, aby osvětlily molekulární mechanismy, které jsou základem chorob ovlivněných životním prostředím.

Tyto odvozené vztahy jsou statisticky hodnoceny a hodnoceny a mohou je vědci a výpočetní biologové použít ke generování a ověření testovatelných hypotéz o toxikogenomických mechanismech a jejich vztahu k lidskému zdraví.

Uživatelé mohou prohledávat CTD a zkoumat vědecké údaje o chemických látkách, genech, chorobách nebo interakcích mezi kterýmikoli z těchto tří konceptů. V současné době,[když? ] CTD integruje toxikogenomické údaje pro obratlovce a bezobratlé.

CTD integruje data z těchto databází nebo hypertextové odkazy na tyto databáze:

Reference

  1. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (září 2006). „Srovnávací databáze toxikogenomiky (CTD): Zdroj pro srovnávací toxikologické studie“. Časopis experimentální zoologie Část A: Srovnávací experimentální biologie. 305 (9): 689–92. doi:10.1002 / jez.a. 307. PMC  1586110. PMID  16902965.
  2. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (srpen 2006). „The Comparative Toxicogenomics Database (CTD): A Cross-Species Resource for Building Chemical-Gene Interaction Networks“. Toxicol. Sci. 92 (2): 587–95. doi:10.1093 / toxsci / kfl008. PMC  1586111. PMID  16675512.
  3. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). „Podpora komparativních molekulárních studií ve výzkumu zdraví v oblasti životního prostředí: přehled srovnávací toxikogenomické databáze (CTD)“. Farmakogenomika J.. 4 (1): 5–8. doi:10.1038 / sj.tpj.6500225. PMID  14735110.
  4. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (květen 2003). „Srovnávací databáze toxikogenomiky (CTD)“. Environ. Perspektiva zdraví. 111 (6): 793–5. doi:10,1289 / ehp.6028. PMC  1241500. PMID  12760826. Archivovány od originál dne 06.06.2010.
  5. ^ Stránka Publikace CTD ctdbase.org
  6. ^ Bourne PE, McEntyre J (říjen 2006). „Biokurátoři: přispěvatelé do světa vědy“. PLoS Comput. Biol. 2 (10): e142. Bibcode:2006PLSCB ... 2..142B. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020142. PMC  1626157. PMID  17411327.
  7. ^ Salimi N, Vita R (říjen 2006). „The Biocurator: Connecting and Enhancing Scientific Data“. PLoS Comput. Biol. 2 (10): e125. Bibcode:2006PLSCB ... 2..125S. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020125. PMC  1626147. PMID  17069454.
  8. ^ ChemIDplus Americká národní lékařská knihovna, n.d., vyvoláno 7. listopadu 2015
  9. ^ datový sklad diXa n.d., získaný 7. listopadu 2015
  10. ^ Hendrickx, D. M .; Aerts, H. J. W. L .; Caiment, F .; Clark, D .; Ebbels, T. M. D .; Evelo, C. T .; Gmuender, H .; Hebels, D. G. A. J .; Herwig, R .; Hescheler, J .; Jennen, D. G. J .; Jetten, M. J. A .; Kanterakis, S .; Keun, H. C .; Matser, V .; Overington, J. P .; Pilicheva, E .; Sarkans, U .; Segura-Lepe, M. P .; Sotiriadou, I .; Wittenberger, T .; Wittwehr, C .; Zanzi, A .; Kleinjans, J. C. S. (12. prosince 2014). „diXa: datová infrastruktura pro hodnocení chemické bezpečnosti“. Bioinformatika. 31 (9): 1505–1507. doi:10.1093 / bioinformatika / btu827. PMC  4410652. PMID  25505093.
  11. ^ Trénujte online, údaje o nemoci European Molecular Biology Laboratory, n.d., získaný 7. listopadu 2015
  12. ^ Taxonomie NCBI

externí odkazy