Křišťálový server Bilbao - Bilbao Crystallographic Server

Křišťálový server Bilbao
Logo krystalografického serveru Bilbao.png
Bcs snímání obrazovky.png
Hlavní stránka krystalografického serveru Bilbao
Typ webu
Vědecké nástroje (krystalografie a fyzika pevných látek)
K dispozici vAngličtina
MajitelUniverzita Baskicka
VytvořilMois I. Aroyo, J. Manuel Perez-Mato, Gotzon Madariaga
URLwww.cryst.ehu.es
Spuštěno1997; Před 23 lety (1997)
Aktuální stavOnline

Křišťálový server Bilbao je otevřený přístup webová stránka nabídka online krystalografické databáze a programů zaměřených na analýzu, výpočet a vizualizaci problémů strukturní a matematické krystalografie, fyziky pevných látek a strukturní chemie. Zahájeno v roce 1997 laboratoří materiálů Katedry fyziky kondenzovaných látek při Univerzita Baskicka „Bilbao, Španělsko, je krystalografický server Bilbao vyvíjen a udržován akademickými pracovníky.[1]

Informace o obsahu a přehled hostovaných nástrojů

Zaměření na krystalografická data a aplikace teorie grup v fyzika pevných látek, server je postaven na jádru databází a obsahuje různé skořápky.

Nástroje pro vyhledávání vesmírných skupin

Sada databází obsahuje data z International Tables of Crystallography, sv. A: Space-Group Symetry,[2] a data maximálních podskupin vesmírných skupin, jak jsou uvedena v International Tables of Crystallography, sv. A1: Vztahy symetrie mezi vesmírnými skupinami.[3] A k-vektor databáze s Brillouinova zóna obrázky a klasifikační tabulky k-vektorů pro vesmírné skupiny jsou také k dispozici prostřednictvím KVEC nástroj.

Skupiny magnetického prostoru

V roce 2011 byla data magnetických vesmírných skupin zkompilována z H.T. Stokes & B.J.Campbell's[4] a D. Litvin[5]díla obecné pozice /operace symetrie a Wyckoff pozice pro různá nastavení, spolu s systematická absence pravidla byla také začleněna do serveru a souvisejícímu nástroji byl věnován nový shell (MGENPOS, MWYCKPOS, MAGNEXT ).

Skupinové a podskupinové vztahy vesmírných skupin

Tento shell obsahuje aplikace, které jsou nezbytné pro řešení problémů skupina-podskupina vztahy mezi vesmírnými skupinami. Vzhledem k typům vesmírných skupin G a H a jejich index, Program SUBGROUPGRAFIE poskytuje grafy maximální podskupiny pro pár G-skupina podskupiny G> H všechny různé podskupiny H a jejich rozdělení do třídy konjugace. Pravidla rozdělení Wyckoffových pozic pro dvojici skupin a podskupin vypočítává program WYCKSPLIT.

Aplikace teorie reprezentace

Čtvrtý shell obsahuje programy na teorie reprezentace z prostor a bodové skupiny. REPRES konstrukty malá skupina a celá skupina neredukovatelné reprezentace pro danou vesmírnou skupinu a k-vektor; CORREL pojednává o korelacích mezi neredukovatelnými reprezentacemi vesmírných skupin souvisejících s podskupinami. Program SMĚŘOVAT seznamy tabulky znaků krystalografických skupin bodů, Násobení Kronecker tabulky jejich neredukovatelných reprezentací a další užitečné informace o symetrii.

Teorie pevných látek

Tento shell souvisí s fyzika pevných látek a strukturní chemie. Program PSEUDO provádí hodnocení pseudosymetrie dané struktury s ohledem na superskupiny její vesmírné skupiny. AMPLIMODY provádí analýzu režimu symetrie jakékoli zkreslené struktury diskrétního typu. Analýza spočívá v rozložení zkreslení narušujícího symetrii přítomného ve zkreslené struktuře na příspěvky z různých režimů přizpůsobených symetrii. Vzhledem k vysoké a nízké struktuře symetrie program vypočítává amplitudy a polarizační vektory režimů zkreslení různé symetrie zmrazené ve struktuře. Program SAM vypočítá režimy přizpůsobené symetrii pro střed zóny Brillouin a klasifikuje je podle jejich infračervený a Ramanova aktivita. NEUTRON počítá pravidla vyhynutí fononu v nepružném rozptyl neutronů. Jeho výsledky jsou také relevantní pro difúzní rozptyl experimenty.

Struktura Utility

Byla zahrnuta sada nástrojů pro strukturu pro různé aplikace, jako například: transformace jednotkové buňky (CELLTRAN ) nebo kompletní konstrukce (TRANSTRU ); tenzor napětí výpočet (KMEN ); přiřazení Wyckoff pozice (WPASSIGN ); ekvivalentní popisy dané struktury (EQUIVSTRU ); srovnání různých struktur s podporou afinního normalizátory z monoklinický vesmírné skupiny. STRUKTURA VZTAHY vypočítá možné transformační matice pro danou dvojici struktur souvisejících s podskupinami skupin.

Nepřiměřená databáze krystalových struktur

Křišťálový server Bilbao také hostí server B-IncStrDB: Bilbao Incomensurate Crystal Structures Database, databáze pro nepřiměřeně modulované a složené struktury.

Vědecký výzkum

Kromě přijímání citací z vědeckých článků[6][7] a práce,[8][9] krystalografický server Bilbao také aktivně publikuje výzkumné zprávy v mezinárodně recenzovaných článcích,[10] stejně jako hostování / účast na mezinárodních workshopech, letních školách a konferencích.[11] Seznam těchto publikací a událostí je k dispozici na webu webové stránky serveru..

Historie vývoje a lidé

Křišťálový server Bilbao ožil v roce 1997 jako vědecký projekt Pracoviště fyziky kondenzovaných látek a aplikované fyziky II z Univerzita Baskicka (EHU) pod dohledem J. Manuela Pérez-Mata (EHU) a Moise I. Aroya (EHU) ve spolupráci s Gotzonem Madariagou (EHU) a Hansem Wondratschekem (Technologický institut v Karlsruhe, Německo) s financováním baskické vlády a několika ministerstev španělské vlády. Původní kód napsal tehdy Ph.D. Studenti Eli Kroumova (EHU) a Svet Ivantchev (EHU) a první skořápky související s vyhledávacími nástroji, vztahy mezi skupinami a podskupinami a reprezentacemi vesmírných skupin se brzy objevily online.[12][13][14][15]

Poté ve spolupráci s Haroldem T. Stokesem a Dorianem M. Hatchem z Univerzita Brighama Younga V USA server rozšířil své služby o analýzu režimů symetrie. Asen K. Kirov, Ph.D. student z Sofijská univerzita Bulharsko přispělo na server a pracovalo na programech určených pro neredukovatelné reprezentace a pravidla vymírání.

V roce 2001 Ph.D. student Cesar Capillas zahájil svůj výzkum na serveru a stal se hlavním vývojářem a správcem systému se zaměřením na vztahy struktury, jako je pseudosymetrie a fázové přechody. Danel Orobengoa, také Ph.D. student, připojil se k vývojářskému týmu v roce 2005 a pracoval hlavně na režimech symetrie, klasifikačních tabulkách k-vektorů a necharakteristických drahách (ve spolupráci s Massimem Nespolem z Nancy-Université, Francie), psaní jeho Ph.D. práce o aplikacích serveru pro železité materiály.

V roce 2009 Ph.D. pro vývojový tým byla přijata studentka Gemma de la Flor a postdoktor Emre S. Tasci: de la Flor pracuje hlavně na identifikaci a interpretaci operace symetrie, srovnání struktury a Tasci se stává novým správcem systému a hlavním vývojářem se zaměřením na vztahy struktury týkající se fázových přechodů. Tým Bilbao Crystallographic Server převzal svoji aktuální (2012) sestavu v roce 2010 přidáním Ph.D. student Samuel Vidal Gallego, jehož hlavním výzkumným oborem je skupiny magnetického prostoru.[16]

Reference

  1. ^ http://www.cryst.ehu.es/html/doc/bcs_about.html O krystalografickém serveru Bilbao a jeho autorech.
  2. ^ Wondratchek, Hans (2010). International Tables for Crystallography, sv. A1: Vztahy symetrie mezi skupinami prostoru. John Wiley & Sons. ISBN  978-0-470-68908-0.
  3. ^ Hahn, Theo (2010). International Tables for Crystallography, sv. A: Space-Group Symetry. John Wiley & Sons. ISBN  978-0-470-66079-9.
  4. ^ http://stokes.byu.edu/magneticspacegroups.html Tabulka skupin magnetického prostoru.
  5. ^ http://www.bk.psu.edu/faculty/litvin/Download.html Archivováno 2011-11-19 na Wayback Machine Magnetické skupiny.
  6. ^ Data článků Web of Science citovat: Aroyo MI; Perez-Mato JM; Capillas C; et al. (2006). „Krystalografický server Bilbao: I. Databáze a krystalografické výpočetní programy“. Zeitschrift für Kristallographie. 221 (1): 15–27. doi:10.1524 / zkri.2006.221.1.15.
  7. ^ Data článků Web of Science citovat: Aroyo MI; Kirov A; Capillas C; et al. (2006). „Krystalografický server Bilbao. II. Reprezentace krystalografických skupin bodů a vesmírných skupin“. Acta Crystallographica A. 62 (2): 115–128. CiteSeerX  10.1.1.433.5991. doi:10.1107 / S0108767305040286. PMID  16489249.
  8. ^ Seznam prací zmiňujících krystalografický server Bilbao.
  9. ^ Seznam prací založených přímo na aplikacích hostovaných na krystalografickém serveru Bilbao.
  10. ^ Seznam článků souvisejících s krystalografickým serverem Bilbao.
  11. ^ Vybraný seznam konferencí, na kterých byla zastoupena práce z krystalografického serveru Bilbao.
  12. ^ Kroumova E, Perez-Mato JM, Aroyo MI (1998). „WYCKSPLIT: počítačový program pro určování vztahů Wyckoffových pozic pro dvojici skupina-podskupina“. J. Appl. Cryst. 31 (4): 646. doi:10.1107 / S0021889898005524.
  13. ^ Ivantchev S, Kroumova E, Madariaga G, Perez-Mato JM, Aroyo MI (2000). "SUBGROUPGRAPH - počítačový program pro analýzu vztahů mezi skupinami a podskupinami mezi vesmírnými skupinami". J. Appl. Cryst. 33 (4): 1190–1191. doi:10.1107 / S0021889800007135.
  14. ^ Kroumova E, Aroyo MI, Perez-Mato JM, Ivantchev S, Igartua JM, Wondratschek H (2001). "PSEUDO: program pro vyhledávání pseudosymetrie". J. Appl. Cryst. 34 (6): 783–784. doi:10.1107 / S0021889801011852.
  15. ^ Ivantchev S, Kroumova E, Aroyo MI, Perez-Mato JM, Igartua JM, Madariaga G, Wondratschek H (2002). „SUPERGROUPS: počítačový program pro určování superskupin vesmírných skupin“. J. Appl. Cryst. 35 (4): 511–512. doi:10.1107 / S002188980200732X.
  16. ^ „About the Bilbao Crystallographic Server“, oficiální wiki záznam Bilbao Crystallographic Server.

externí odkazy