PhyloXML - PhyloXML
Přípony názvu souboru | .phyloxml |
---|---|
Typ internetového média | text / x-phyloxml + xml |
Vyvinul | Mira V Han a Christian M Zmasek |
První vydání | 27. října 2009 |
Typ formátu | fylogenetické stromy |
Rozšířeno z | XML |
Otevřený formát ? | Ano |
webová stránka | phyloxml |
PhyloXML je XML jazyk pro analýzu, výměnu a ukládání fylogenetické stromy (nebo sítě) a související data.[1] Struktura phyloXML je popsána v definici schématu XML (XSD ) Jazyk.
Nedostatek současných formátů pro popis fylogenetických stromů (např Nexus a Newick / New Hampshire ) je nedostatek standardizovaných prostředků pro anotaci uzlů a větví stromu s odlišnými datovými poli (což by v případě základního stromu druhů mohly být: názvy druhů, délky větví a případně více hodnot podpory). Ukládání a výměna dat je ještě těžkopádnější ve studiích, ve kterých jsou stromy výsledkem nějakého sladění:
- studie genových funkcí (vyžaduje anotaci uzlů taxonomickými informacemi a názvy genů a případně daty genové duplikace)
- vývoj interakcí hostitel-parazit (vyžaduje anotaci uzlů stromu s taxonomickými informacemi pro hostitele i parazita)
- fylogeografické studie (vyžaduje anotaci uzlů stromů s taxonomickými a geografickými informacemi)
Aby se to zmírnilo, začala se používat celá řada ad hoc speciálních formátů (například Formát NHX, který se zaměřuje na potřeby genové funkce a fylogenomických studií).
Dobře definovaný formát XML řeší tyto problémy obecně a rozšiřitelně a umožňuje interoperabilitu mezi specializovaným a univerzálním softwarem.
Příkladem programu pro vizualizaci phyloXML je Archeopteryx.
Základní příklad phyloXML
xmlns: xsi =„http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance“ xsi: schemaLocation =„http://www.phyloxml.org http://www.phyloxml.org/1.10/phyloxml.xsd“ xmlns =„http://www.phyloxml.org“> zakořeněné ="skutečný"> <name>příklad z knihy prof. Joe Felsensteina „Inferring Phylogenies“</name> <description>MrBayes na základě MAFFT zarovnání</description> <clade> branch_length ="0.06"> zadejte ="pravděpodobnost">0.88</confidence> délka_větve ="0.102"> <name>A</name> </clade> branch_length ="0.23"> <name>B</name> </clade> </clade> branch_length ="0.5"> <name>C</name> </clade> </clade> </phylogeny></phyloxml>
Reference
- ^ Han, Mira V .; Zmasek, Christian M. (2009). „phyloXML: XML pro evoluční biologii a srovnávací genomiku“. BMC bioinformatika. Spojené království: BioMed Central. 10: 356. doi:10.1186/1471-2105-10-356. PMC 2774328. PMID 19860910.