Yrr2 - Yfr2

Yfr2 / Kyano-1
Kyano-1-RNA.svg
Konsenzuální sekundární struktura Yfr2 / kyano-1 RNA. Všimněte si, že Yfr2 obsahuje sekvence terminátoru a Cyano-1 ne. Tento údaj je převzat z předchozí publikace.[1]
Identifikátory
SymbolUnk
RfamRF01701
Další údaje
RNA typGen; sRNA;
DoménySinice;
PDB strukturPDBe

Yrr2 (CYanobakteriální Fnerozhodný RNA-2[2] později publikováno jako Cyano-1 RNA motiv)[1] je rodina nekódující RNA. Členové rodiny Yrf2 byli identifikováni téměř u všech studovaných druhů sinice. Rodina byla identifikována prostřednictvím bioinformatika obrazovka zveřejněných sinic genomy,[3] předtím byly seskupeny do rodiny Yfr2–5.[2][4]

Rodina motivů kyano-1 RNA je v podstatě synonymem pro Yfr2, ačkoli Cyano-1 nezahrnuje sekvence terminátoru a Yfr2 ano.[1][2]

Funkce této ncRNA není známa,[3][4] ačkoli to bylo předpokládal, že členové rodiny komunikovat s RNA cíle prostřednictvím líbání komplexů pomocí jejich vysoce konzervovaný odkrytý střed prvek shody (CSE: IUPAC 5'-RKT SGAAAC WHG GHM ASA M-3 ').[3] Dřívější studie zaznamenaly podobnost s snímání kvora ncRNA v Vibrio bakterie.[5]

Rodina může být rozdělena do dvou podskupin, jedna se nachází v námořní sinice (např Prochlorococcus a Synechococcus rody) a další z sladkovodní sinice. Obě podskupiny mají délky 63–100 nukleotidy (s mořskými podskupinami geny jsou v průměru o 22nt delší),[3] konzervovaný 5′ region a charakteristický Yfr2 CSE. Jejich sekundární struktury liší se však tím, že Yfr2 z mořských pikocyanobakterií má další kmenová smyčka.[3] Pozice genů Yfr2 není obecně zachována,[2] ale yfr2a ortology byly identifikovány jako lokalizované 3′ na gen Ribozomální podjednotka 50S gen rplL téměř ve všech studovaných mořských sinicích.[3] V rodu ProchlorococcusGeny Yfr2 se nacházejí v sousedství Yfr10 a byla teoretizována potenciální interakce mezi dvěma ncRNA.[6]

Počáteční bioinformatický sken, který identifikoval yfr2, také identifikoval yfr1, a funkční RNA který je upregulovaný v době stresové podmínky.[2] Rodiny Yfr byly nyní identifikovány až do roku 2121.[6]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C Weinberg Z, Wang JX, Bogue J a kol. (Březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ A b C d E Axmann IM, Kensche P, Vogel J, Kohl S, Herzel H, Hess WR (2005). „Identifikace cyanobakteriálních nekódujících RNA srovnávací analýzou genomu“. Genome Biol. 6 (9): R73. doi:10.1186 / gb-2005-6-9-r73. PMC  1242208. PMID  16168080.
  3. ^ A b C d E F Gierga G, Voss B, Hess WR (červenec 2009). "Rodina Yfr2 ncRNA, skupina hojných molekul RNA široce konzervovaných v sinicích". RNA Biol. 6 (3): 222–227. doi:10,4161 / rna.6.3.8921. PMID  19502815.
  4. ^ A b Scanlan DJ, Ostrowski M, Mazard S a kol. (Červen 2009). „Ekologická genomika mořských pikocyanobakterií“. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 73 (2): 249–299. doi:10.1128 / MMBR.00035-08. PMC  2698417. PMID  19487728.
  5. ^ Lenz DH, Mok KC, Lilley BN, Kulkarni RV, Wingreen NS, Bassler BL (červenec 2004). „Malý RNA chaperon Hfq a několik malých RNA řídí snímání kvora u Vibrio harveyi a Vibrio cholerae“. Buňka. 118 (1): 69–82. doi:10.1016 / j.cell.2004.06.009. PMID  15242645.
  6. ^ A b Steglich C, Futschik ME, Lindell D, Voss B, Chisholm SW, Hess WR (srpen 2008). „Výzva regulace u minimálního fotoautotrofu: nekódující RNA v Prochlorococcus“. PLoS Genet. 4 (8): e1000173. doi:10.1371 / journal.pgen.1000173. PMC  2518516. PMID  18769676.

externí odkazy