GenMAPP - GenMAPP
 | Tento článek obsahuje a seznam doporučení, související čtení nebo externí odkazy, ale jeho zdroje zůstávají nejasné, protože mu chybí vložené citace. (Srpna 2016) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
 | |
 Screenshot GenMAPP | |
| Vývojáři | Alexander Pico, Kristina Hanspers, Nathan Salomonis, Kam Dahlquist, Scott Doniger, Jeff Lawlor, Alex Zambon, Lynn Ferrante, Karen Vranizan, Steven C. Lawlor, Bruce Conklin |
|---|---|
| Operační systém | Okna |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | Licence Apache |
| webová stránka | www |
GenMAPP (Gene Map Annotator and Pathway Profiler) je zdarma, open-source bioinformatika softwarový nástroj určený k vizualizaci a analýze genomický data v kontextu cest (metabolické, signalizace ), propojení datových souborů na úrovni genů s biologickými procesy a chorobami. GenMAPP, který byl poprvé vytvořen v roce 2000, byl vyvinut týmem open-source založeným v akademické výzkumné laboratoři. Kromě vizualizačních a analytických nástrojů GenMAPP udržuje databáze identifikátorů genů a sbírky map cest. Spolu s dalšími veřejnými zdroji si GenMAPP klade za cíl poskytnout výzkumné komunitě nástroje pro získání vhledu do biologie prostřednictvím integrace datových typů od genů přes proteiny až po cesty k nemoci.
Dějiny
GenMAPP byl poprvé vytvořen v roce 2000 jako prototyp softwarového nástroje v laboratoři Bruce Conklin na Instituty J. Davida Gladstone v San Francisco a nadále se vyvíjí ve stejném neziskovém prostředí akademického výzkumu. První verze GenMAPP 1.0 byla k dispozici v roce 2002 [1], což podporuje analýzu DNA microarray data z člověk, myš, krysa a droždí. V roce 2004 byl vydán GenMAPP 2.0, který kombinuje dříve doplňkové programy MAPPFinder [2] a MAPPBuilder a rozšiřuje podporu dalších druhů. GenMAPP 2.1 byl vydán v roce 2006 s novými vizualizačními funkcemi a podporou pro celkem jedenáct druhů.
Používání
GenMAPP byl vyvinut biology a zaměřuje se na vizualizaci dráhy pro biologické pracovníky. Na rozdíl od mnoha jiných výpočetních biologie systémů nástroje, GenMAPP není určen pro modelování buněk / systémů; zaměřuje se na bezprostřední potřeby laboratorních biologů tím, že jim umožňuje rychle interpretovat genomický data s intuitivním a snadno použitelným rozhraním. GenMAPP je implementován v Visual Basic 6.0 a je k dispozici jako samostatná aplikace pro Microsoft Windows operační systémy, včetně Boot Camp nebo Parallels Workstation na počítači Mac. Program je volně dostupný pro stažení a zahrnuje funkci automatické aktualizace, která umožňuje rychlou a spolehlivou distribuci aktualizací programu a dokumentace.
Obsah a funkce
GenMAPP vytváří a udržuje genové databáze pro různé klíče modelové organismy:
- člověk - Homo sapiens
- myš - Mus musculus
- krysa - Rattus norvegicus
- droždí - Saccharomyces cerevisiae
- zebrafish - Danio rerio
- červ - Caenorhabditis elegans
- ovocný let - Drosophila melanogaster
- Pes - Canis familiaris
- kráva - Bos taurus
- komár - Anopheles gambiae
- E-coli - Escherichia coli
GenMAPP poskytuje nástroje pro vytváření, úpravy a anotace map biologických cest.
GenMAPP umožňuje uživatelům vizualizovat a analyzovat svá data v kontextu sbírek cest a Genová ontologie.
Cesty a související data lze pro web exportovat jako HTML. Viz příklady:
- IGTC
- Archivy GenMAPP
- Embryonální diferenciace kmenových buněk (datová sada z GEO: Andrade Lab, Ottawa Hailesellasse et al. 2005-předloženo)
- Časový průběh těhotenství u myší (datová sada od Salomonis et al. 2005 Genome Biology 6: R12.16)
Viz také
Reference
- http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v31/n1/full/ng0502-19.html
- http://genomebiology.com/2003/4/1/R7