TMTC4 - TMTC4
Transmembránové a tetratrikopeptidové opakování obsahující 4 je protein že u lidí je kódován TMTC4 gen.[5] Tento protein prochází přes plazmatická membrána 10krát a bydlí v ER lumen a cytosol. Předpovídanou strukturou proteinu TMTC4 je řada alfa-šroubovice.
Gen
TMTC4 je umístěn na chromozom 13 v 13q32.3. Gen je lemován ADP ribosylačním faktorem 4 pseudogenem 3 (ARF4P3) vlevo a ribozomálním proteinem S26 pseudogenem 47 (RPS26P47) vpravo. TMTC4 zabírá 4043 bp a má celkem 23 exonů.[5]
mRNA
TMTC4 má sedm izoforma varianty, nejběžnější je izoforma 1 při 4043 bp.[5]
| Isoform | Délka (bp) |
| 1 | 4043 |
| 2 | 3833 |
| 3 | 3500 |
| 4 | 4217 |
| 5 | 4120 |
| 6 | 4037 |
| 7 | 3827 |
The 5 ’UTR pro TMTC4 je krátký a v mnoha kratších izoformách jsou části této nepřekládané oblasti ořezány. Ve srovnání s tím je 3 ’UTR dlouhý a je často kompletní napříč sedmi izoformami.
Protein
Fyzikální vlastnosti
The molekulární váha pro TMTC4 je 85,0 kdal a neexistují žádné pozitivní, negativní nebo neutrální shluky aminokyselin nebo běhy nábojů překračující normální délky. Při pohledu na vzdálenou ortolog (purpurový mořský ježek) je molekulová hmotnost TMTC4 85,5 kdal a opět zde nejsou žádné náboje, pozitivní, negativní nebo neutrální shluky nebo neobvyklé vzdálenosti. Složení bílkovin mezi druhy je velmi podobné. The izoelektrický bod pro doména neznámé funkce (DUF 1736) je nižší než celkový protein.
| Doména | Aminokyseliny | Molekulová hmotnost (kdal) | Isoelektrický bod |
| Lidský TMTC4 | 760 | 85.0 | 9.135 |
| DUF 1736 | 75 | 8.6 | 4.123 |
| TPR se opakuje | 234 | 26.7 | 9.509 |
Domény
TMTC4 má deset transmembránový oblasti, všechny rozložené v první polovině proteinu.[6]
TMTC4 je vrstvený tetratrikopeptid (TPR) opakující se sekvence, které jsou součástí TPR nadrodiny proteinů. DUF1736 je přítomen před oblastí TPR. Sedm zbytková repetice (SRR) je umístěna ke konci proteinu a předpokládá se, že kóduje a svinutá cívka struktura.[7] Další člen rodiny TPR, PFTA (opakování alfa podjednotky proteinových prenyltransferáz), se nachází v oblasti TPR proteinu a předpokládá se, že se podílí na signální transdukce a vezikulární provoz nařízení.[8] LSPR koagulační faktor V, také opakující se motiv, je umístěn v oblasti TPR a je považován za centrální regulátor hemostáza.[9]
Sekundární struktura
TMTC4 převezme řadu alfa-šroubovice struktury, zejména v oblasti TPR, i když v počáteční polovině proteinu je rozmístěno minimální množství struktur beta-řetězce.[10]
Posttranslační úpravy
Předpovídají se čtyři jaderné lokalizační signály, přičemž každý protein označuje jaderný dovoz.[6] Na samém konci proteinu se však předpokládá Retence ER signál, který by zabránil proteinu opustit ER. Protein má tři předpovídané N-glykosylace webů, což potenciálně pozmění jeho strukturu a funkci a předpokládá se jich deset fosforylační místa, každé možné aktivační místo pro regulační mechanismus.[6]
Výraz
TMTC4 je exprimován ve všech lidských tkáních. Tento gen je však nejvíce exprimován v mozek a v mícha.[11]
Nadbytek bílkovin se zdá být pro TMTC4 nižší než obvykle.
Nařízení
Existuje jeden možný promotér pro gen TMTC4, který se nachází v 5 'UTR, ale před začátkem sekvence kódování.
Funkce
V současné době není funkce TMTC4 charakterizována.
Interagující proteiny
Možné interagující proteiny jsou NRG1, PEX19, HERC3, TXNDC15 a COL1A1. Všechny byly detekovány afinitní chromatografií.[12]
| Název proteinu | Známá funkce | Umístění |
| Neuregulin 1 [NRG1] | zprostředkovává buněčnou signalizaci[13] | membránový glykoprotein[13] |
| Faktor 19 peroxisomální biogeneze [PEX19] | cytosolický chaperon[14] | membránový receptorový protein[14] |
| ECT a RLD doména obsahující E3 ubikvitin proteinovou ligázu 3 [HERC3] | člen rodiny ubikvitin ligáz[15] | cytosol[15] |
| Thioredoxinová doména obsahující 15 [TXNDC15] | Neznámý | Neznámý |
| Řetěz Alla 1 kolagenu typu I [COL1A1] | trojitá šroubovice kolagenový protein[16] | extracelulární[16] |
Homologie
Ortology
Ortholog prostor pro TMTC4 zabírá velkou část evoluční čas. TMTC4 je přítomen v savci, plazi, obojživelníci, ptactvo, Ryba, a bezobratlých. Není přítomna v rostliny, bakterie, archaea nebo houby.[17]
| Pořadové číslo | Rod a druh | Běžné jméno | Přístupové číslo (protein) | Identita | Datum odchylky (MYA) |
| 1 | Heterocephalus glaber | Nahý krtek krysy | EHB03258.1 | 88% | 94 |
| 2 | Rattus norvegicus | Hnědá krysa | NP_001127886.1 | 90% | 94 |
| 3 | Myotis brandtii | Brandtova pálka | EPQ01527.1 | 90% | 94 |
| 4 | Pteropus alecto | Černá létající liška | XP_006909447.1 | 93% | 88 |
| 5 | Erinaceus europaeus | Evropský ježek | XP_016040457.1 | 85% | 94 |
| 6 | Sorex araneus | Společná rejska | XP_004614101.1 | 86% | 94 |
| 7 | Sus scrofa | Divočák | NP_001239134.1 | 91% | 94 |
| 8 | Lipotes vexillifer | Baiji | XP_007461591.1 | 90% | 88 |
| 9 | Ailuropoda melanoleuca | Obrovská Panda | XP_019650336.1 | 90% | 94 |
| 10 | Acinonyx jubatus | Gepard | XP_014931490.1 | 93% | 94 |
| 11 | Tyto alba | Sova pálená | KFV56414.1 | 85% | 320 |
| 12 | Charadrius vociferus | Zabiják | KGL87053.1 | 84% | 320 |
| 13 | Python bivittatus | Barmský krajta | XP_007425712.1 | 81% | 320 |
| 14 | Anolis carolinensis | Carolina Anole | XP_008105174.1 | 82% | 320 |
| 15 | Xenopus tropicalis | Západní drápá žába | NP_001121486.1 | 38% | 353 |
| 16 | Nanorana parkeri | Nanorana parkeri | XP_018432106.1 | 73% | 353 |
| 17 | Callorhinchus milii | Australský ghostshark | XP_007885231.1 | 68% | 465 |
| 18 | Crassostrea gigas | Pacifická ústřice | XP_011422949.1 | 50% | 758 |
| 19 | Strongylocentrotus purpuratus | Fialový mořský ježek | XP_011670776.1 | 49% | 627 |
Paralogy
Paralog prostor pro TMTC4 pokrývá genovou rodinu TMTC. V této genové rodině jsou čtyři geny: TMTC1, TMTC2, TMTC3 a TMTC4. TMTC1 a TMTC3 se oddělily od TMTC4 asi před 1200 miliony let TMTC2 oddělené od TMTC4 před 1400 miliony let. Obě tyto události se staly někde mezi bezobratlými rostlinami.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000125247 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000041594 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C „Transmembrána TMTC4 a tetratrikopeptidová repetice obsahující 4“. Entrez Gene.
- ^ A b C "Motif Scan". Švýcarský institut pro bioinformatiku. Citováno 2017-05-04.
- ^ Grigoryan G, Keating AE (2008). "Strukturní specifičnost v interakcích cívka-cívka". Aktuální názor na strukturní biologii. 18 (4): 477–83. doi:10.1016 / j.sbi.2008.04.008. PMC 2567808. PMID 18555680.
- ^ Zhang H, Grishin NV (srpen 1999). „Alfa podjednotka proteinových prenyltransferáz je členem rodiny tetratrikopeptidových repetitiv“. Věda o bílkovinách. 8 (8): 1658–67. doi:10.1110 / ps.8.8.1658. PMC 2144414. PMID 10452610.
- ^ „Koagulační faktor V, LSPD (IPR009271)“. InterPro. EMBL-EBI. Citováno 2017-04-27.
- ^ "Výsledky I-TASSER". I-TASSER. Michiganská univerzita. Citováno 2017-04-27.
- ^ "2906582". Profily GEO. NCBI. Citováno 2017-04-27.
- ^ Huttlin EL, Ting L, Bruckner RJ, Gebreab F, Gygi MP, Szpyt J a kol. (Červenec 2015). „Síť BioPlex: Systematický průzkum lidského interaktomu“. Buňka. 162 (2): 425–40. doi:10.1016 / j.cell.2015.06.043. PMC 4617211. PMID 26186194.
- ^ A b „NRG1 Gene“. Genové karty. Citováno 2017-04-27.
- ^ A b „PEX19 Gene“. Genové karty. Citováno 2017-04-27.
- ^ A b „HERC3 Gene“. Genové karty. Citováno 2017-04-27.
- ^ A b „COL1A1 Gene“. Genové karty. Citováno 2017-04-27.
- ^ „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. NCBI. Citováno 2017-04-27.
Další čtení
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (listopad 2000). „Klonování DNA pomocí in vitro místně specifické rekombinace“. Výzkum genomu. 10 (11): 1788–95. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Christian SL, McDonough J, Liu Cy CY, Shaikh S, Vlamakis V, Badner JA, Chakravarti A, Gershon ES (květen 2002). "Hodnocení shromáždění přibližně 15 Mb oblasti na lidském chromozomu 13q32-q33 spojené s bipolární poruchou a schizofrenií". Genomika. 79 (5): 635–56. doi:10.1006 / geno.2002.6765. PMID 11991713.
- Rual JF, Hirozane-Kishikawa T, Hao T, Bertin N, Li S, Dricot A, Li N, Rosenberg J, Lamesch P, Vidalain PO, Clingingsmith TR, Hartley JL, Esposito D, Cheo D, Moore T, Simmons B, Sequerra R, Bosak S, Doucette-Stamm L, Le Peuch C, Vandenhaute J, Cusick ME, Albala JS, Hill DE, Vidal M (říjen 2004). „Human ORFeome verze 1.1: platforma pro reverzní proteomiku“. Výzkum genomu. 14 (10B): 2128–35. doi:10,1101 / gr. 2973604. PMC 528929. PMID 15489335.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (říjen 2004). „Od ORFeome k biologii: funkční plynovod genomiky“. Výzkum genomu. 14 (10B): 2136–44. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Tao WA, Wollscheid B, O'Brien R, Eng JK, Li XJ, Bodenmiller B, Watts JD, Hood L, Aebersold R (srpen 2005). „Kvantitativní analýza fosfoproteomu pomocí dendrimerové konjugační chemie a tandemové hmotnostní spektrometrie“. Přírodní metody. 2 (8): 591–8. doi:10.1038 / nmeth776. PMID 16094384.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber W, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (leden 2006). „Databáze LIFEdb v roce 2006“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D415-8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.