TMEM33 - TMEM33

Transmembránový protein 33 je protein který je u lidí kódován TMEM33 gen, také známý jako SHINC3.[1]Jiný název pro protein TMEM33 je DB83.

Gen

Umístění TMEM33 na lidském chromozomu 4[2]

U lidí je tento gen DNA umístění je krátké rameno chromozom 4, poloha lokusu: 4p13.[3]Genomický rozsah je 41937502-41956213, překlenující 18,7 kb, na pozitivním řetězci.[3]Transmembránový protein 33 je všudypřítomně vyjádřeno, ale zvláště vysoce vyjádřeno v krev, lymfatické uzliny, kost, a tuková tkáň.[4][5]

Promotér

Transkripční faktory s nejvyšší vazebnou afinitou k matici k GXP_4428588[6]

A promotér sekvence před TMEM33 je GXP_4428588. Tato sekvence promotoru 1069 párů bází zahrnuje 41936535-41937603 na lidském chromozomu 4.[6]Promotorová sekvence se překrývá s 5 'nepřekládanou oblastí, první kódující exon a první intron genu TMEM33. Mnoho různých transkripční faktory je známo, že se váží na tuto oblast.[6]Nejpravděpodobnější vazba transkripčních faktorů je vyjádřena nejvíce pojivová tkáň (tj. krev, tuková tkáň a kost), imunitní systém, a nervový systém.[6]

mRNA

Všech jedenáct lidských transkriptů TMEM33 bylo zarovnáno. Transkripty a, b, c, d a e kódují životaschopné izoformy TMEM33 a dalších šest nikoli.[7]

Existuje 11 různých variant transkriptu mRNA TMEM33, 9 alternativně sestřižených variant a 2 nesestříhané formy.[7]Pouze 5 variant (a, b, c, d a e) kóduje proteiny. Transkripty a, b a c kódují stejný protein dlouhý 247 aminokyselin, protože každý má stejné 7 typické kódování exony. Tyto tři varianty se liší pouze v délce 3 'UTR.[7]Přepisy a, bac mají dlouhý kódovací rozsah 744 párů bází a obzvláště dlouhý 3 ' UTR to je 6000 základních párů dlouho.[8]

Protein

Vlastnosti

SUSIO predikce uspořádání aminokyselin TMEM33 v lidské buněčné membráně [9]

v Homo sapiens, TMEM33 protein má 5 různých kódujících variant mRNA, které kódují 3 různé proteiny izoformy.[10]Největší a nejběžnější lidský protein TMEM33 je protein dlouhý 247 aminokyselin s 3 transmembránové domény.[11]Jediný známý TMEM33 ortholog se čtyřmi transmembránovými doménami je Tts1 in Schizosaccharomyces pombe.[12]Lidský protein má predikci molekulární váha 28 kDa[13]a izoelektrický bod 9,88.[14]TMEM33 má výrazně vysoký čistý kladný náboj a množství hydrofobních zbytků. Zejména, leucin který tvoří 17,8% lidského proteinu TMEM33.[15]TMEM33 obsahuje konzervovanou doménu v proteinové super rodině UPF0121, u Homo sapiens tato oblast zahrnuje aminokyseliny 1 až 246.[11]

Post-překladové úpravy

Programy a experimenty, které analyzují proteiny, předpovídají různé posttranslační modifikace TMEM33. Existuje experimentálně zjištěno acetylace bod je v alanin, aminokyselina zbytek 2 u lidí.[11]Lidský TMEM33 má fosforylace předpokládané dne serin zbytky 197 a 198 a threonin zbytky 5, 127 a 193.[16]Primární kinázy u nichž se předpokládá, že budou působit na TMEM33, jsou Protein kináza C. (PKC) a PKA.[17]Předpokládá se, že TMEM33 bude mít O-glykosylace místo na lidských aminokyselinových zbytcích 4 a 5[18]

Struktura

Přesná sekundární struktura TMEM33 není známa, ale předpokládá se, že bude složena primárně z alfa-šroubovice a svinuté domény.[19]The terciární struktura není známo.

Mobilní lokalizace

Podle sekvenčních motivů Homo Sapiens, TMEM33, se předpokládá, že bude na endoplazmatické retikulum (ER) 48%, mitochondrie 35% a jádro 13%.[12]TMEM33 ortology v obratlovců, bezobratlých, a houby Předpovídalo se také, že se lokalizují do těchto tří buněčných poloh: ER první a mitochondrie druhá, a u některých ortologů se předpokládá třetí poloha a bylo to jádro.[12]Homo Sapiens TMEM33 lokalizovaný s ER membránou a NE exogenně.[20]Bylo hlášeno, že štěpný kvasinkový TMEM33 ortholog, Tts1, se lokalizoval na ER a na NE (jaderný obal ).[21]

Homologie

Ortology TMEM33 a jejich divergence od lidského TMEM33 získané z NCBI

Je známo, že ortolog TMEM33 je ve více než 150 organismech a není znám paralogy existovat.[1]

TMEM33 je konzervován u všech zvířat, podobnost s lidským TMEM33 je> 80% u všech obratlovců a> 60% u všech bezobratlých.[22]TMEM33 má velmi vzdálené ortology, které mají UPF0121 v plísních, kvasnicích a rostlinách.[22]

Interakce s proteiny

Pomocí lidských proteinů, an afinitní chromatografie běžel na TMEM33 ukázal, že protein se navázal na retikulon 4C, 1A, 2B, 3C a Arl6IP1 in vitro.[20]Bylo zjištěno, že TMEM33 interaguje s ubikvitin C., ubikvitin specifická peptidáza 19 (USP19), 40S ribozomální protein S14 (RPS14 ), replikační protein A (RPA1, RPA2, RPA3), přechodná endoplazmatická retikula ATPáza (VCP) a iniciační faktor RNA polymerázy III (BRF2 ) s použitím experimentů se zachycením afinity s těmito proteiny jako návnadou.[23]Coimmunoprecipitace experiment nalezen dvoupórový kanál (TPC), iontový kanál a TMEM33 se váží.[24]

Funkce

TMEM33 se lokalizuje na membráně endoplazmatického retikula (ER) a jaderném obalu, a proto musí v těchto oblastech fungovat.[20]TMEM33 exogenně potlačuje funkci retikulonu 4C, což je protein, který indukuje tvorbu tubulární struktury ER.[20]Proto se má za to, že TMEM33 reguluje tubulární strukturu ER modulací aktivity retikulonu. Bylo zjištěno, že Tts1, ortolog TMEM33 v S. pombe, se podílí také na diktování zakřivení ER.[21]V jádře knock-out studie naznačují, že Tts1 hraje roli při směrování těl pólů vřetena a komplexů jaderného jádra v jaderném obalu během mitózy.[21]

Reference

  1. ^ A b „Gene: Transmembrane protein 33“. Citováno 2014-02-25.
  2. ^ „TMEM33“. Databáze lidských genů GeneCards.
  3. ^ A b „Bioinformatika genomu USCS“. Citováno 2015-04-05.
  4. ^ „NCBI GEO profil“. Citováno 2015-04-05.
  5. ^ „Profil NCBI UniGene EST TMEM33“. Citováno 2015-04-15.
  6. ^ A b C d „Genomatix: ElDorado“. Citováno 2015-04-15.
  7. ^ A b C „NCBI Aceview: TMEM33“. Citováno 2015-04-05.
  8. ^ „NCBI Nucleotide: Homo sapiens transmembrane protein 33 (TMEM33) mRNA“. Citováno 2015-02-15.
  9. ^ „EXPASy: SUSIO“. Citováno 2015-04-05.
  10. ^ „NCBI Aceview TMEM33“. Citováno 2015-04-05.
  11. ^ A b C „Protein NCBI: transmembránový protein Homo sapiens 33“. Citováno 2015-02-05.
  12. ^ A b C „Server PSORTII“. Citováno 2015-04-22.
  13. ^ „Genové karty: TMEM33“. Citováno 2015-03-09.
  14. ^ „Super počítač v San Diegu: stanovení izoelektrického bodu“. Citováno 2015-04-19.[trvalý mrtvý odkaz ]
  15. ^ „Super počítač v San Diegu: SAPS“. Citováno 2015-04-19.[trvalý mrtvý odkaz ]
  16. ^ „NetPhos 2.0“. Citováno 2015-04-12.
  17. ^ „NetPhosK 1.0“. Citováno 2015-04-12.
  18. ^ „NetOGlyc 4.0“. Citováno 2015-04-12.
  19. ^ „Super počítač v San Diegu: PELE“. Citováno 2015-04-19.[trvalý mrtvý odkaz ]
  20. ^ A b C d "Identifikace a charakterizace TMEM33 jako proteinu vázajícího retulon" (PDF). Citováno 2015-02-22.
  21. ^ A b C Zhang, Dan; Oliferenko, Snezhana (2014). „Tts1, štěpný kvasnicový homolog rodiny TMEM33, funguje při remodelaci SV během mitózy“. Molekulární biologie buňky. 25 (19): 2970–2983. doi:10.1091 / mbc.e13-12-0729. PMC  4230586. PMID  25103238.
  22. ^ A b „NCBI: BLAST“. Citováno 2015-03-22.
  23. ^ „Interakce proteinů Biogrid s TMEM33“. Citováno 2015-04-17.
  24. ^ „Interakter Two-pore channel (TPC) odhaluje role specifických izoforem pro TPC v endolysozomální morfologii a buněčné pigmentaci“. Citováno 2015-02-22.

Další čtení