TMEM260 - TMEM260
| TMEM260 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | TMEM260, C14orf101, transmembránový protein 260, SHDRA | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 617449 MGI: 2443219 HomoloGene: 49506 Genové karty: TMEM260 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 14: 56,49 - 56,65 Mb | Chr 14: 48,45 - 48,52 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TMEM260 je protein že u lidí je kódován TMEM260 gen. Funkce TMEM260 ještě není jasně pochopena.[5] TMEM260 je také známý jako UPF0679, c14orf101 a FLJ0392.[6]
Gen
Umístění
TMEM260 je umístěn v pásmu 22.3 na lidské ruce chromozom 14. Genomová sekvence začíná na 56 955 072 bp a končí na 57 117 324 bp na chromozomu 14. Genomická velikost genu je 162 253 bp. The mRNA velikost pro TMEM260 je 4278 bp. a skládá se z 15 exony.[6]
Genové sousedství
V okolí TMEM260 jsou další čtyři geny. Dva geny leží před TMEM260, včetně LINC00520, což je dlouhý intergenní neproteinový kódující gen RNA 520 gen, a PELI2 což je gen pellino E3 ubikvitinové proteinové ligasy, člen rodiny 2. Po proudu leží jeden pseudogen, RPL36AP1 a gen OTX2, což je gen homeoboxu 2 orthodenticle.[7]
Zachované domény
TMEM260 obsahuje jednu konzervovanou doménu DUF2723. Doména DUF2723 je konzervována zpět na bakterie a její funkce není známa.
Homologie
TMEM260 je konzervován u mnoha druhů. Ortology lze nalézt ve všech Eukaryoty, Viridiplantae, Houby, Protisti, Bakterie a Eubakterie. Dosud nebyly nalezeny žádné paralogy.[8]
Izoformy
Jsou známy dva izoformy pro TMEM260, který byl vyroben alternativním spojováním. Jejich uniprot ID jsou Q9NX78-1 a Q9NX78-2. Isoform 1 se skládá ze všech 707 aminokyseliny v celé proteinové sekvenci, která je tvořena 15 exony. Izoforma 2 je spojena na aminokyselině 286 s 3 'koncem zkráceným tak, že obsahuje pouze prvních 7 exonů v sekvenci. Váží pouze 30 707 Da.[6]
Protein
Obecné vlastnosti
Protein TMEM260 se skládá ze 707 aminokyselin s předpokládanou molekulovou hmotností 79 536 Da. Protein má izoelektrický bod 8,4. TMEM260 je víceprůchodový membránový protein, který zahrnuje 8 spirálovitých transmembránových domén.[5][6]
Zachování
Aminokyselinová sekvence pro TMEM260 je vysoce konzervativní savci, které mají přibližně 86% až 100% podobnost sekvence. Ptactvo, žáby, a ještěrky také mají vysoký stupeň podobnosti s lidskou sekvencí TMEM260 se podobnostmi mezi 76% a 83%. Ryba mají podobnost sekvence mezi 56% a 66%. Řasy mají přibližně 52% podobnost sekvence, zatímco rozsivky mají pouze 39%. Ačkoli savci obsahují velmi vysoký stupeň sekvenční podobnosti a jiná zvířata vykazují poměrně vysoký stupeň sekvenční podobnosti, jiné druhy, jako jsou řasy, rozsivky a bakterie mají mezery a zkrácení 3 'konce. Segment sekvence TMEM260, který je vysoce konzervovaný v organismech již od řas, rozsivek a bakterií, je konzervovanou doménou DUF2723.[9][10]
| Rodové a druhové jméno | Běžné jméno | Přístupové číslo proteinu[9] | Sekvenční délka (aminokyseliny)[9] | Identita sekvence s lidským proteinem[9] | Sekvenční podobnost s lidským proteinem[9] |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Lidé | NP_060269 | 707 | ||
| Pan troglodyty | Šimpanz | XP_522861 | 707 | 99% | 99% |
| Canis familiaris | Pes | XP_003930546 | 707 | 91% | 95% |
| Loxodonta africana | Slon | XP_00340871 | 707 | 90% | 94% |
| Mus musculus | Myš | NP_76188 | 707 | 82% | 90% |
| Ornithorhynchus Anatinus | Ptakopysk | XP_001520783 | 549 | 75% | 86% |
| Taeniopygia guttata | Zebra pěnkava | XP_00200425 | 705 | 71% | 83% |
| Xenopus tropicalis | Žába | XP _002933788 | 687 | 66% | 81% |
| Anolis carolinensis | Ještěrka | XP_003228513 | 730 | 65% | 76% |
| Danio rerio | Zebra ryby | XP_688103 | 740 | 48% | 66% |
| Guillardia theta | Řasa | EKX49772 | 733 | 36% | 52% |
| Thalassiosira pseudonana | Diatom | XP_972174.2 | 716 | 25% | 39% |
Úpravy po překladu
Protein TMEM260 prochází několika různými druhy posttranslačních modifikací. Patří mezi ně N-terminál Acetylace, N-glykosylace, a Fosforylace.[11]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000070269 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036339 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b "NCBI-nukleotid". Citováno 2013-04-25.
- ^ A b C d „Genové karty“. Archivovány od originál dne 02.02.2014. Citováno 2013-04-25.
- ^ „TMEM260 transmembránový protein 260 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“.
- ^ "BLAST-ortology". Citováno 2013-04-25.
- ^ A b C d E „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“.
- ^ „SDSC Biology Workbench“.
- ^ „ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Kategorie“.