TMEM106A - TMEM106A
TMEM106A je gen který kóduje transmembránový protein 106A (TMEM106A) v Homo sapiens.[5] Nachází se na 17q21.31 na kladném řetězci vedle genů souvisejících s rakovinou NBR1 a BRCA1.[5][6] The TMEM106A gen obsahuje a doména neznámé funkce, DUF1356.[5]
Struktura bílkovin
Protein TMEM106A má molekulovou hmotnost 28,9 kdal. Má 262 aminokyselin, z nichž 240 je v doméně funkce.[5] Protein má a transmembránová oblast.[7] Existují důkazy o sekundární transmembránové oblasti u lidí, ale tato oblast není zachována v souvisejících ortologech.[8] Protein neobsahuje a peptidový signál protein.[9] Proteinová struktura obsahuje podobný podíl alfa-šroubovice a beta-vlákno sekundární struktury (to nezahrnuje transmembránové struktury).[10][11]
Existuje několik oblastí pro posttranslační modifikaci TMEM106A, včetně:
Homologie
Paralogy
The TMEM106A gen má dva paralogy: TMEM106B a TMEM106C. Tyto paralogy patří do genové rodiny pfam07092, která patří do nadrodiny DUF1356. Tato rodina se skládá z několika savčích proteinů o délce přibližně 250 aminokyselin.[15] TMEM106B a TMEM106C jsou konzervovány v bezobratlých savcům.
| Protein | Přístupové číslo | Aminokyseliny | Procento identity | Nejvyšší výraz |
|---|---|---|---|---|
| TMEM106A | AAI46977 | 262 | 100 | Ledviny [16] |
| TMEM106B | NP_001127704 | 274 | 43 | Všudypřítomný [17] |
| TMEM106C | AAI07793 | 231 | 36 | Všudypřítomný [18] |
Ortology
The TMEM106A gen byl nalezen pouze v Chordate kmen.[20] Ze tří subfyla TMEM106A se nejčastěji vyskytuje v Obratlovců a byl také nalezen u vybraných členů Tunicata, což jsou krmítka mořských filtrů bezobratlých. K tomuto rozdělení kmene došlo před 722,5 miliony let.[21] TMEM106A nebyl pozorován u bakterií, rostlin nebo hub.
| Organismus | Běžné jméno | Přístupové číslo | Aminokyseliny | Procento identity | Poznámky |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | AAI46977.1 | 262 | 100 | Savec |
| Pan troglodyty | Šimpanz | XP_001154896.2 | 262 | 99.2 | Savec |
| Pongo abelii | Orangutan | XP_002827523.1 | 262 | 96.2 | Savec |
| Callithrix jacchus | Kočkodan | XP_002748067.1 | 262 | 90.5 | Savec |
| Canis lupus familiaris | Pes | XP_548074.2 | 262 | 84.8 | Savec |
| Mus musculus | Myš | AAH22145.1 | 261 | 66.4 | Savec |
| Xenopus borealis | Marsabit Clawed Frog | ACC55056.1 | 262 | 59.5 | Plaz |
| Danio rerio | Zebrafish | AAH50177.1 | 282 | 34.5 | Ryba |
| Oikopleura dioica | Mořské stříkání | CBY08060.1 | 249 | 27.8 | Bezobratlý |
Výraz
TMEM106A je exprimován v několika lidských tkáních. Tkáně s nejvyšší expresí jsou děloha, ledviny, tenké střevo, a žaludek.[16][22] Profily EST pro ortology ukazují, že exprese je zachována s nejvyšší expresí v ledvinách a menší expresí v několika dalších oblastech.[23] Některé tkáně nikdy nevykazují expresi, včetně: sval, tuková tkáň, a kost.
Genové sousedství
v Homo sapiens, TMEM106A se nachází vedle NBR1, gen identifikovaný jako vaječník nádorový antigen monitorováno v rakovina vaječníků.[24] Nachází se také poblíž BRCA1, a rakovina prsu gen potlačující nádor.[25] Prvních 140 aminokyselin proteinu TMEM106A, včetně částí DUF1356 a transmembránové oblasti, je odstraněno spolu s BRCA1 během časného nástupu rakoviny prsu.[26]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000184988 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000034947 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C d „Entrez Gene: TMEM106A transmembránový protein 106A“.
- ^ „Genecards: TMEM106A transmembránový protein 106A“.
- ^ Nakai K, Horton P (leden 1999). „PSORT: program pro detekci třídících signálů v proteinech a předpovídání jejich subcelulární lokalizace“. Trends Biochem. Sci. 24 (1): 34–6. doi:10.1016 / S0968-0004 (98) 01336-X. PMID 10087920.
- ^ Persson B, Argos P (březen 1994). "Predikce transmembránových segmentů v proteinech využívajících více sekvenčních srovnání". J. Mol. Biol. 237 (2): 182–92. doi:10.1006 / jmbi.1994.1220. PMID 8126732.
- ^ Nielsen H, Engelbrecht J, Brunak S, von Heijne G (leden 1997). "Identifikace prokaryotických a eukaryotických signálních peptidů a predikce jejich míst štěpení". Protein Eng. 10 (1): 1–6. doi:10.1093 / protein / 10.1.1. PMID 9051728.
- ^ Garnier J, Osguthorpe DJ, Robson B (březen 1978). "Analýza přesnosti a důsledků jednoduchých metod pro předpovídání sekundární struktury globulárních proteinů". J. Mol. Biol. 120 (1): 97–120. doi:10.1016/0022-2836(78)90297-8. PMID 642007.
- ^ Chou PY, Fasman GD (1978). "Predikce sekundární struktury proteinů z jejich aminokyselinové sekvence". Pokroky v enzymologii a souvisejících oblastech molekulární biologie. Adv. Enzymol. Relat. Oblasti Mol. Biol. Pokroky v enzymologii - a související oblasti molekulární biologie. 47. str.45–148. doi:10.1002 / 9780470122921.ch2. ISBN 9780470122921. PMID 364941.
- ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (prosinec 1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". J. Mol. Biol. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ Gupta R, Jung E, Brunak S (2004). "Predikce N-glykosylačních míst v lidských proteinech". Citovat deník vyžaduje
| deník =(Pomoc) - ^ Johansen MB, Kiemer L, Brunak S (září 2006). "Analýza a predikce glykace proteinů savců". Glykobiologie. 16 (9): 844–53. CiteSeerX 10.1.1.128.831. doi:10.1093 / glycob / cwl009. PMID 16762979.
- ^ „NCBI Conserved Domains: DUF1356“.
- ^ A b "EST profil: TMEM106A transmembránový protein 106A"..
- ^ "EST profil: TMEM106B transmembránový protein 106B"..
- ^ "EST profil: TMEM106C transmembránový protein 106C"..
- ^ Wu C, Orozco C, Boyer J, Leglise M, Goodale J, Batalov S, Hodge CL, Haase J, Janes J, Huss JW, Su AI (2009). „BioGPS: rozšiřitelný a přizpůsobitelný portál pro dotazování a organizaci zdrojů anotací genů“. Genome Biol. 10 (11): R130. doi:10.1186 / gb-2009-10-11-r130. PMC 3091323. PMID 19919682.
- ^ „NCBI homologen: TMEM106A“.
- ^ Hedges SB, Dudley J, Kumar S (prosinec 2006). „TimeTree: veřejná znalostní báze rozdílných časů mezi organismy“. Bioinformatika. 22 (23): 2971–2. doi:10.1093 / bioinformatika / btl505. PMID 17021158.
- ^ „Profily GEO: TMEM106A transmembránový protein 106A“.
- ^ "Profily EST"..
- ^ Whitehouse C, Chambers J, Howe K, Cobourne M, Sharpe P, Solomon E (leden 2002). „NBR1 interaguje s fascikulací a prodloužením proteinu zeta-1 (FEZ1) a proteinu vázajícího vápník a integrin (CIB) a vykazuje vývojově omezenou expresi v neurální trubici“. Eur. J. Biochem. 269 (2): 538–45. doi:10.1046 / j.0014-2956.2001.02681.x. PMID 11856312.
- ^ Garcia-Casado Z, Romero I, Fernandez-Serra A, Rubio L, Llopis F, Garcia A, Llombart P, Lopez-Guerrero JA (2011). „U španělky s časnou bilaterální rakovinou prsu byla identifikována de novo úplná delece genu BRCA1“. BMC Med. Genet. 12: 134. doi:10.1186/1471-2350-12-134. PMC 3207938. PMID 21989022.
- ^ del Valle J, Feliubadaló L, Nadal M, Teulé A, Miró R, Cuesta R, Tornero E, Menéndez M, Darder E, Brunet J, Capellà G, Blanco I, Lázaro C (srpen 2010). "Identifikace a komplexní charakterizace velkých genomových přeskupení v genech BRCA1 a BRCA2". Breast Cancer Res. Zacházet. 122 (3): 733–43. doi:10.1007 / s10549-009-0613-9. PMID 19894111. S2CID 22991723.
externí odkazy
- Feric M, Zhao B, Hoffert JD, Pisitkun T, Knepper MA (duben 2011). "Rozsáhlá fosfoproteomická analýza membránových proteinů v renálním proximálním a distálním tubulu". Dopoledne. J. Physiol., Cell Physiol. 300 (4): C755–70. doi:10.1152 / ajpcell.00360.2010. PMC 3074622. PMID 21209370.