SuhB - SuhB

suhB
RF00519.jpg
Identifikátory
SymbolsuhB
RfamRF00519
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000655
PDB strukturPDBe

suhB později přejmenován mmgR (makes mRuda Granules regulátor) byl domnělý nekódující RNA nalezeno vícekrát v Agrobacterium tumefaciens genom a příbuzné alfa-proteobakterie.[1] Mezi další nekódující RNA odhalené ve stejné analýze patří: speF, ybhL, metA, a serC.[1]

Několik studií v Sinorhizobium meliloti ukázal, že prvek suhB je skutečně nekódující RNA: nejprve byl detekován na Northern blotu a byl nazýván Sm8RNA[2], za druhé ve studii RNAseq označované jako SmelC689.[3]

Mutantní fenotyp (kmen postrádající malá RNA ) cytoplazma obsahuje vyšší obsah polyhydroxybutyrát (PBH) skladovací granule než kmen divokého typu.[4] Při fixaci dusíku je sRNA nutná k omezení intracelulární akumulace PBH Sinorhizobium meliloti je ve stavu přebytečného uhlíku ve vztahu k dusíku. Byl přejmenován na mmgR. Další studie potvrdila, že mmgR dolaďuje regulaci skladování PBH.[5]

Northern blot potvrdil výraz sRNA u jiných druhů rhizobia. MmgR homology byly nalezeny ve většině alfa-proteobakterií. Rho-nezávislý terminátor a jednořetězcová oblast 10-mer (UUUCCUCCCU) jsou zcela konzervované. Proto bylo navrženo definovat novou rodinu alfa-proteobakteriální sRNA: alfa-r8 z nichž mmgR je členem.[6]

Protein vázající RNA Hfq váže a stabilizuje mmgR.[7][8] Vyjádření mmgR Ukázalo se, že gen je řízen dusíkem (N).[9] Další studie[10] ukázal, že regulační proteiny NtrC mohou být vyžadovány pro expresi mmgR gen po omezení N. Při omezení uhlíku (C) mmgR přepis je potlačen AntiA.[10]

suhB je také přítomen v Sphingopyxis granuli kmen TFA [11], an alfa-proteobakterium který používá solven tetralin jako zdroj uhlíku a energie ([12] a odkazy v něm uvedené). SuhB byl detekován jako 61 nt dlouhá sRNA pomocí Northern blotu v TFA buňkách rostoucích vysokou rychlostí. β-galaktosidáza činnost a PsuhB :: lacZ fúze potvrdila nižší expresi suhB v TFA buňkách rostoucích nízkou rychlostí. Chybí mutant suhB vyjádřit thn geny (degradace tetralinu), a to i v přítomnosti preferenčního zdroje uhlíku (podmínky represi katabolitu). Tento fenotyp je způsoben uvolněním negativního účinku SuhB na translaci ThnR (pozitivní regulátor thn geny). Hfq se také podílí na interakci mezi SuhB a 5 'UTR thnR mRNA, jehož výsledkem je thn represe genů v represe katabolitů podmínky.[11]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Corbino KA, Barrick JE, Lim J, Welz R, Tucker BJ, Puskarz I, Mandal M, Rudnick ND, Breaker RR (2005). „Důkazy pro druhou třídu S-adenosylmethioninových riboswitchů a dalších regulačních RNA motivů v alfa-proteobakteriích“. Genome Biology. 6 (8): R70. doi:10.1186 / gb-2005-6-8-r70. PMC  1273637. PMID  16086852.
  2. ^ Valverde C, Livny J, Schlüter JP, Reinkensmeier J, Becker A, Parisi G (září 2008). „Predikce genů sRNA Sinorhizobium meliloti a experimentální detekce u kmene 2011“. BMC Genomics. 9: 416. doi:10.1186/1471-2164-9-416. PMC  2573895. PMID  18793445.
  3. ^ Schlüter JP, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jänicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (duben 2010). „Genomový průzkum sRNA v symbiotickém alfa-proteobakteriu vázajícím dusík Sinorhizobium meliloti“. BMC Genomics. 11: 245. doi:10.1186/1471-2164-11-245. PMC  2873474. PMID  20398411.
  4. ^ Lagares, A (2015). Biologická role malé regulační RNA Sm8 ve volně žijícím a symbiotickém Sinorhizobium meliloti. Disertační práce; Universidad Nacional de La Planta, Argentina.
  5. ^ Lagares A, Linne U, Becker A, Valverde C (duben 2017). "Trans-kódovaná malá RNA MmgR". Journal of Bacteriology. 199 (8). doi:10.1128 / JB.00776-16. PMC  5370414. PMID  28167519.
  6. ^ Lagares A, Roux I, Valverde C (červen 2016). "Fylogenetická distribuce a evoluční vzorec α-proteobakteriálního malého genu RNA, který řídí akumulaci polyhydroxybutyrátu v Sinorhizobium meliloti". Molekulární fylogenetika a evoluce. 99: 182–193. doi:10.1016 / j.ympev.2016.03.026. PMID  27033949.
  7. ^ Torres-Quesada O, Reinkensmeier J, Schlüter JP, Robledo M, Peregrina A, Giegerich R, Toro N, Becker A, Jiménez-Zurdo JI (2014). „Profilování genů Hfq-vázajících RNA v celém genomu odkrývá rozsáhlé posttranskripční přepojení hlavní stresové reakce a symbiotických regulonů v Sinorhizobium meliloti“. RNA Biology. 11 (5): 563–579. doi:10,4161 / rna.28239. PMC  4152363. PMID  24786641.
  8. ^ Sobrero P, Valverde C (září 2011). „Důkazy o autoregulaci exprese hfq v kmeni Sinorhizobium meliloti 2011“. Archiv mikrobiologie. 193 (9): 629–639. doi:10.1007 / s00203-011-0701-1. PMID  21484295.
  9. ^ Ceizel Borella G, Lagares A, Valverde C (květen 2016). „Exprese malého genu pro RNA mmgR pro Sinorhizobium meliloti je řízena zdrojem dusíku“. Mikrobiologické dopisy FEMS. 363 (9): fnw069. doi:10.1093 / femsle / fnw069. PMID  27010014.
  10. ^ A b Ceizel Borella G, Lagares A, Valverde C (leden 2018). „Exprese malého regulačního RNA genu mmgR je negativně regulována AniA a pozitivně NtrC v Sinorhizobium meliloti 2011“. Mikrobiologie. 164 (1): 88–98. doi:10,1099 / mic.0.000586. PMID  29214973.
  11. ^ A b García-Romero, Inmaculada; Förstner, Konrad U .; Santero, Eduardo; Floriano, Belén (2018-09-14). „SuhB, malá nekódující RNA podílející se na katabolické represi genů pro degradaci tetralinu v kmeni Sphingopyxis granuli TFA“. Mikrobiologie prostředí. 20 (10): 3671–3683. doi:10.1111/1462-2920.14360. ISSN  1462-2912. PMID  30033661.
  12. ^ Lopez-Sanchez, A .; Floriano, B .; Andujar, E .; Hernaez, M. J .; Santero, E. (06.11.2009). "Tetralinem indukované a ThnR regulované aldehyddehydrogenázové a -oxidační geny v kmeni TFA kmene Sphingomonas macrogolitabida". Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 76 (1): 110–118. doi:10.1128 / aem.01846-09. ISSN  0099-2240. PMC  2798658. PMID  19897762.

externí odkazy