SmY RNA - SmY RNA

SmY spliceozomální RNA
SmY-structure.png
Shoda sekundární struktura SmY RNA. Počet substitucí párů bází pozorovaných v 68 strukturně seřazených sekvencích v zarovnání semen Rfam je zobrazen pro každý pár bází, což ilustruje rozsáhlou podporu této předpovězené struktury.[1]
Identifikátory
SymbolSmY
RfamRF01844
Další údaje
RNA typsnRNA, sestřih
DoményChromadorea
PDB strukturPDBe

SmY ribonukleové kyseliny (SmY RNA) jsou rodinou malé jaderné RNA nalezený u některých druhů hlístice červi. Předpokládá se, že jsou zapojeni do mRNA trans-sestřih.

SmY RNA jsou asi 70–90 nukleotidy dlouho a sdílet společné sekundární struktura, se dvěma kmenové smyčky doprovázející konsenzus vazebné místo pro Sm protein.[2][3] Sm protein je sdílenou složkou spliceosomální snRNP.

Fylogenetická distribuce známých a předpovězených genů SmY RNA a počet genů a pseudogeny nalezené u každého druhu. Genová čísla jsou založena na výpočetní analýze (pomocí programu Infernal) z genomové sestavy; v některých případech se jedná o návrhové genomy, které mohou být neúplné.[1]

SmY RNA byly nalezeny u hlístic třídy Chromadorea, který zahrnuje nejčastěji studované hlístice (např Caenorhabditis, Pristionchus, a Ascaris ), ale ne ve vzdálenějších příbuzných Trichinella spiralis ve třídě Dorylaimie. Počet genů SmY u každého druhu se liší, u většiny z nich Caenorhabditis a Pristionchus druhy s 10–26 příbuznými paralogní kopie, zatímco jiné hlístice mají 1–5.[1]

Objev

První SmY RNA byla objevena v roce 1996 v purifikované formě Ascaris lumbricoides spliceosome přípravky, jak se říkalo další SmX RNA to není zjistitelné homologní smY.[2] Bylo identifikováno dvanáct SmY homologů výpočetně v Caenorhabditis elegans a deset v Caenorhabditis briggsae.[3] Několik přepisy z těchto SmY geny byly naklonovaný a seřazeno v systematickém průzkumu malých nekódující RNA přepisy v C. elegans.[4]

Systematický průzkum 2,2,7-trimethylguanosin (TMG) 5 'čepice přepisy v C.elegans pomocí anti TMG protilátky identifikoval dva transkripty SmY s omezením TMG.[5] Sekvenční analýza potenciálních vazebných míst Sm v těchto přepisech ukázala SmY, U5 snRNA, U3 snoRNA a sestříhaný vůdce Přepisy RNA (SL1 a SL2 ) všechny obsahují velmi podobnou konsensuální SM vazebnou sekvenci (AAU4–5GGA). Predikovaná SM vazebná místa identifikovaná v U1, U2 a U4 transkripty snRNA se od tohoto konsensu lišily.[5]

Funkce

v C. elegans, SmY RNA copurify s spliceosome a se Sm, SL75p, a SL26p bílkoviny, zatímco lépe charakterizované C. elegans SL1 trans-sestřih snRNA kopurifikuje v komplexu s Sm, SL75p a SL21p (a paralog SL26p).[2][3] Ztráta funkce buď SL21p nebo SL26p jednotlivě způsobuje pouze slabou citlivost na chlad fenotyp, zatímco příklep obou je smrtelný, stejně jako příklep SL75p. Na základě těchto výsledků se předpokládá, že SmY RNA mají funkci při trans-sestřihu.

Reference

  1. ^ A b C Jones TA, Otto W, Marz M, Eddy SR, Stadler PF (2009). „Průzkum nematodových SmY RNA“. RNA Biol. 6 (1): 5–8. doi:10,4161 / rna.6.1.7634. PMID  19106623.
  2. ^ A b C Maroney PA, Yu YT, Jankowska M, Nilsen TW (srpen 1996). „Přímá analýza hlístic cis- a trans-spliceosomů: funkční role pro U5 snRNA při sestřihu vedoucího trans-sestřihu a identifikaci nových Sm snRNP“. RNA. 2 (8): 735–745. PMC  1369411. PMID  8752084.
  3. ^ A b C MacMorris M, Kumar M, Lasda E, Larsen A, Kraemer B, Blumenthal T (duben 2007). "Nová rodina C. elegans snRNPs obsahuje proteiny spojené s trans-sestřihem ". RNA. 13 (4): 511–520. doi:10,1261 / rna.426707. PMC  1831854. PMID  17283210.
  4. ^ Deng W, Zhu X, Skogerbø G a kol. (Leden 2006). "Organizace Caenorhabditis elegans malý nekódující transkriptom: genomické rysy, biogeneze a exprese ". Výzkum genomu. 16 (1): 20–29. doi:10,1101 / gr. 4139206. PMC  1356125. PMID  16344563.
  5. ^ A b Jia D, Cai L, He H, Skogerbø G, Li T, Aftab N, Chen R (září 2007). "Systematická identifikace nekódujících RNA 2,2,7-trimethylguanosinových čepičkových struktur v Caenorhabditis elegans". BMC Molekulární biologie. 8: 86. doi:10.1186/1471-2199-8-86. PMC  2200864. PMID  17903271.

externí odkazy